GgaINT0039167 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000008939 | FUBP1
Description
NA
Coordinates
chr8:19606916-19611400:+
Coord C1 exon
chr8:19606916-19606990
Coord A exon
chr8:19606991-19611254
Coord C2 exon
chr8:19611255-19611400
Length
4264 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTATGT
5' ss Score
7.43
3' ss Seq
ATAACCTGAATCACTTGTAGGTC
3' ss Score
7.06
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGATCAGCCAAACCCAGCACCAGCAGGGCAGGTTGACTACACAAAGGCATGGGAGGAATACTACAAAAAAATGG
Seq A exon
GTATGTGTGCATATTTCACCTTTTTCTGTAGGATGTTGTAGGAGATCTGCATGCCTCATTTGATGAGGTTTATTTTTCTTAAAGAAGAAAGGATTATCAACTCGTCCCCCAAACTACTGTACCAAAACCCCGCACCTTGGAAGAAAAGCAGAGAATAATAGTGAAGGCATTTAATTGTATTCATTCCAGTAATGAGCTTTGGGAAAAAAACCTTCTGCTTAAAGATGTCTGTACTCAATCACTGGGATACAATCGTTTTTAGGTGCTTAAAATTTTGAGTATTTTAAAATATTTTCAGGTACCTTTCGGAGGCCTGTTGTTCTTCTAATGAAAATGTTGGTTTTGGTGTTAAGTAGCTTTGCCATATATGCATTCAGTTATCTTCCTTCTTGTTCCAACTTCTGCTTTCTGTGATCAAGGTATTAAAATCATAACTAGCTTTCATTTACATGATATGCTTTTTTAATAGTATTTGCTTTGCAGCATTTATGTTCTGTGCTTTAAACTGAAGTTTATATATTGTTGCAAGCTTCTTGAAAATAGTTGGTCAACCTGACTTCTAAGAAGCAAAGTGTATTTACATTTACAGTTTAAGGTTCTATCACTGACTAAATAAAGAGAGTATATGGTCTTGTACATTGGCAGAAAGTGCTATCTTTAAATCATCATAAAGTCTTGCATGTAAATGTTTCGACTGTACTGATCCCTCATGTTTATTATATGTGATGTAGATTTGTAGAAGAGGCCATCTGATTTATTTGGTTTTTCGTTTGTTGGGGTTTTTTTGTTTGTTTAATTTTAGTGGGACTAATTGATATTTTTTTCTTTTTTTTCCCCCCCCTCTTTGAATGGCACCCCTTTATGTGCCCCCTTTATGTAATTATGAAAGAATGAACATTCTTTCTCTTCCAGTTTCATGTAACAAGTTTTGTTTTTTATTGTTTGGTTTTGGTGGGGGTTAATTGTTTTCTAAATTTGCTGTCTGTGTTACTACAGCTCACATGGTCAATACAAGGTACTAGAGCTTTTGTATTGCCCTTAAATTAAGAGCAATTTAATTTGTTAGCAGGGACTCTGCCATCTTTTTGTTATCTCTGAAAAGCAAAGTGAGCATTGCAGTAGTCTTGCACTTGCTCTAAGTAAATAATGGCTTGAAAGGTGGTGGGTAGCTCTGGGGAACAAGTCCAAAAAGGGGTCTTAACGCTAAGAGGGAGACATTAGGAAATATAAAGAATTGTTCTTAAAACTCAAAATGGATAAATTCTAACAAAAATCAAGTAAGAGGAAAAACAGGTGGTTCTGATCTTTTTTTTTTTTTTCTAGTCTTAGCCTGAGTTTTTAAATTATAAAAGCCTTCTGCTTTGGCATGTTGAAAGCCCTGAGATAGAATCTGTAATTTCTCCTGTTATCTGCTTGGAGGATGAAGTGCACAAGTGGGATTGAGGAGCAGATTCCCTGTTTTGCAGTAAATAATTTGGTGTTCTCCCTTGCTTCCTTTACTATGTTAAGTGGTAGAAGATCTAACATATAGAAAGGTTCTACATCAGCACGTTCTTGTGATCGCACGTCTCTCAAACACAGCTACTACTGTTCGTGCTTCCTGTTGTGCTGTAATGCTGCTGGCTGTAACTCGTGCAAAAGGAGATGACCCATAATTCTGAATTATTCTTGGATTCCATTTCAGATTTCTCACAGCACAGATAATTACACAAATAGATGTCATGTATGAATTTTTTTTATGTGCTGTTTCAGGTAGTTGAACTGAAACGTGGGTGCAGAGCCCAAATAATTTTACTTCTGCTACTGGAGAAGACTGCATTGATAAGGCAGTGATAAGCTCATAGTGGTGCTAAGCTGAACAAGTTTCATGTGATACTGCAACTGGTGAAATGGATTTTTCTCATGTAGTGACCTAAAAACTAAAGTGCTCTGAACATTGTAATGAAAACTGTAATACTGTTTTCCTAAGTGACTTGCTGCTTGTTTAATAGGACACAGTTAATCACAGAGAACATGTGTTTTGCCTATGATTTTTAAGCGTGTTATAACAGTGGCTTGAAAATTACATGTTACCAACTCAAAAACATAGTGGCAAGGTCCATCCTGTTTTTCAGACCCTTGTTTTGCTCAGGAACTATTGCTTTGAGTAGCAAATACAATTAAAAGTAAGACTGAAGAACTAATGAAATTGCTTATGCACACCGGTAAGTTACTGTATGTGTGTCTCGTAGGTGGCTCAAGCCTTTTGTCTCCTAGTACCCTAAGTCATACATTTAAAAACTTGTTTTAAACTTCAGGTTAACAAGACAGCAGTTTAATGCTTGAAGACATATTGGTGCTGTTGTCTTGAACTGAAGACATACTATTTTTCTTTTTCTCTGCTAGAGTTCAAGTAAACATTTAACTACATAAGTAACAATCTTCCATGGGTAATGGTTCACAAGGAACACGAAGTCACATTTCACTAAATGATCTGTATGTCATTGTAGGAGTTAATACATACATTGCTTTGGAAACTTGGAAAAAGTGTATCCTGGGATGGTCTGTAGCCATATTTTAAAGGTAGCTTTGGTTAAACTTGTTGACAGAAGCATAAATTGTAATTTATGGTAGGGTGTAAGTGTAAATGGTAACGTGTGTTTGAAGCTCCGCAGTTTTCAGTAAGTGTTGGTTAGTTTTTCTAAGAAAACTGTGTTACTGTATAATACAGAAACTGATGGAGAGAGCTTTTTCTGTTGTTGTTTTTTTGTTTAATGATACCAACAGCGTAAGTGGAAAAACTACATAAGTTACATGGCTAGAGAATGGAAGACTGATGTGTACACATTCAGGGTAGTGCAGCGTCAGATATTCACATTTTCTGCTCACACTTTTTATTCCTGAAGAGTTCGGGATTAAAAACAAAAGTAAAAAAACACCCTTCTATCTGATACTGTAGAAAGCAGTTTATTAGAATCCTTGATACTTGTACTCCCCAGAAGGCTGCTCTGTGGTCTTGAAGTTGAATAAAAAGTGAGTTAATACAGGTAGTATTGAGAACTTCCAGCTGTCATCCTTTGGAAGCTCTCCCTTATGAGCAGAAGATCAGTCTAGGGGCACTGTCTTAAAATTGTATAGGATGGAAGCTTGCATTTTACTCAGGTTGGTTTGATGTACTGTGATAGGATAGGGGTTGGTTTGGTTTCCTTGTACACTAAAAAAACGTGTAACAATTTGGCTGGGAGAGTGGATGTGGTTCGTATTCCAATGGTAATGTTTCAGTGGCAGTAATCCAGTCCTGGCTTTTATTTTATTTTTTTCCAAATTGAAGTATTCTGACCTCTTAAGATCGTGTATTACAGTGGTAAGAAGCGCTCTGTTTCAGAAGTTTAAGAAAATATATATGGACTCCTTCTGTCTGGATGTGTGCCAGCAGTGGCTGAATAGAGAAGGTTATTGTGTTCATAGTCGGGTGCCTTCTTCACTGGTAACTAGCAAAGAACCCTTGAGATAAAATTCTGTGAAGAACATAATGGTAATAACTGGAGTGGCTTTGCTCATTCTGAAATGAGAGGAAAGGAAGAAAATACGCCTGCTACAAACCTTCCTTGAAATAGTCGTATGACTTAGGTCTTGAGTTTGGCTGTAACATTTTTGATACCCAAAAGAGTCAATGTAAAAGTCTTACCACCTTTATAAAAACGTTTTAAAGTGCTATTTGATTTTGTTGGAAAGATCAGTTGTTCTTAGCTGCGTGTGTGTATACTGTTACTTACAGGCACTGGTGCTTTGAGCGGTGGTTGAGAAGTTTCAGGGCTGTACTCTTGGGGAATAAAGGTTCACAAAAATTAGTGCTCTTCTGAAAAAAGATAACTTGCAGAAATGCAGAAGTCCCACTGAGCATACCGAAACTGGGGGAGTGAATAAATGAGGTTCTGACAAATTAAATATTGCATCCTGTAGAGTATAAGATAAGGTCAGTCTAGATAGGTGACTGAAAGCTATCTTCCCTGCTAACTTGTATTTTGGTTTAAACTGGTTGATCAGGTCTGTTTAGACCTTAAGTTATAAGGACTTACGCTTTGTACCGTGGTTCAGGAGTTGGAAAATCCTGTCTCAGTGGAAATCACTGCATTAAAATAATAGAATGAGTAGTAAGGTAAGAAGGAGCAGCCACGAGGTTGTTGAGAAGTGTAAGCAAAGTGGTGTTGGTTAGGCAGCAAGATTTCAAAATTGTTTCACTTCTGTTGCAGCAGCAAAGCTATATAACCTGAATCACTTGTAG
Seq C2 exon
GTCAAGCAGTTCCTGCACCTGCTGGAGCTCCGCCAGGTGGTCAGCCGGATTACAGCGCAGCATGGGCTGAGTACTACAGGCAGCAGGCAGCATACTATGCCCAGACAAGTCCCCAGGGAATGCCGCAACATCCTCCAGCACCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000008939:ENSGALT00000014525:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.846 A=NA C2=0.796
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF090055=DUF1897=PU(75.9=84.6)
A:
NA
C2:
PF090055=DUF1897=PD(20.7=12.2),PF090055=DUF1897=WD(100=67.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]