BtaINT0064429 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000008926 | FUBP1
Description
Bos taurus far upstream element (FUSE) binding protein 1 (FUBP1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001076846]
Coordinates
chr3:66986096-66992758:+
Coord C1 exon
chr3:66986096-66986173
Coord A exon
chr3:66986174-66992612
Coord C2 exon
chr3:66992613-66992758
Length
6439 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTATGT
5' ss Score
7.43
3' ss Seq
TTGTTCTGTTTTCTCAAAAGGTC
3' ss Score
10.44
Exon sequences
Seq C1 exon
AAGGAGATCAGCAGAATCCAGCTCCAGCTGGACAGGTTGATTATACCAAGGCTTGGGAAGAGTACTACAAGAAAATGG
Seq A exon
GTATGTTCTACATTTCATTTTTATGCATTTTATTAAATTAAAATATTCAGTAAATACCACACTAAAAGGTTAAAGGTTTTGATAAAAAGCATGTTTTTTCCATGGTTTTAGTACCTTGGACTTCTTTTGTCCAGTAATTTAAAATCTTGACGTGTAGAAGGATACATTCCCAAATCACTGAACTCTCAGAAGTATCATGGTCATTACAAATCATTGTTTAAATTGTGGTTAAGAAGTTTTTTTATTTCTAAACACAATTTACTAGTTGAAACTAAAATATAGAGCACCAAGCAATAATTGGTTGTGTGCAGTGTTATTTTTTCTGCAAAATAAACAGATACAGAAGTAACCTACAGTGATAAAGGAAGTTAATTAAAACATATGCATATATGAAAAAAGAAACAGTCACCTGGAATTGCTGTCTTCTTCATTCAGTAAACATAGAACGTGTATTACATGCTAAGCATAGAAATACATGCTGAGAATGTGATTGTGGGCACAACACCTAGGAGTTCTGCCCTTCTGGTTATTATATTCTAATGGAGAGTACAGTTGTTAATAAAAGTGCTTTGCAAATACTGTATCAGTGGTTCCCCACCCCCCTTACCCATGGGGGATATGTTCTAAGTACTTCGCCGCATGGGTTCCTGAAAGTGCAGATCGTCCTAAGCTCTATATATGTACTATGCTTTTTTCCTATTATCAGGTTTATTTATTAGGCACAGTAAGAGAGTAACAACATTAATAAAATAGAACAATTAGAGTATATTGAATGAAAGTGAACATGAATGACCTGTCCCTCAAAATACCTTGTCCAAATTTAATGCCTTTTCCATCTTAACCAACCATATGTCACACACTGTAACTATGTGTCACATACTATAGCTGTAACTTGGATTTTGAGGAGTGACAGCAAAACTTCGAATTTTTTTTCTGCCACAGTTTAATAGATTTGTTCTTCCTGTAGATCTTAGCGACCTCAGCATACAATTTTTTTCTTATTAAATAGATAACTTTTTACCTTTTCACTTAAAGGAAAAGCCTTTTTGGCATATCCCAATTGCCAGCATCACTCTTCTTGTACTTTAGGGCCATTATTAAGTAAAATAAAGGTTACTTGGACACACAAGCACTGCAATACTGGGACAGTCAACATTATATAAACAAGATAGCTGCTGAGTGACTAATAGGTGGAATATGCCAGATAAAGGGACAGCATGAGATTTCATGTTGCTATTCAGGATGATGTGCAGTCTAAAACTTATGAATTGTTTATTTAATATTTTCAGGTCACAGTTGACCTTAGGTCACTTCACTGCAGAAAACAAAACCATGGATGGGGGTGGTAGGGGGCTACTGTCTGTTCACTGACATATGTACGGATTGGGAAACAAGTCCCACAACTACACAGTGGTGGAACCAGACTTTGGAACTCTTGAAAATGAAAGAAAGTGAAGTCGCTCAGTCATGTCCGACTCTTTGCGACCCCATGGACTGTAGCCTACCAGGCTCCTCTGTCCATGGGATTTTCCAGGCAATAGTACTGGAGTGGATTGCCATTTCCTTCCCCAGGGGATCTTCCCGACCCAGGGATCGAACCCGGGTCTCCGGCATTGTAGACAGGCATTTACCATCTGAGCCGTCCAAACCTGTCTCCTATGTTTGCATTTTTCAGGGACCATTTCAAATCCAATGATGTACTTCTGGATAGATCTGGCTGTTTCTCATGTGCTTATTCTCTTAGTCATTTAAAATGAAATGACAAACAAGCTAATCATATAAACTTGCCCATTCTGCACTGATATTGAAAGTATCTATGGTGATAGGTTTATCATAAAATAACAGTCTACTTGTGATTGATTCTCAGTGTAAATTTCAGGGTTATTTGCCAAAGAATATTTGCCATTTTTCACAGAAAAAAATTTCCAGAATGGTGATTCTATTAATCTTTATATAAAAGTACATAAAACTGGTGATGAGAATGTTTTACACAGCTAATTTGTGTTTTTAAAAAACGAAAAATAATTTCTCCTCTTAGGCTTTCTAGAAAAGTTGCTATATGTTATTCCTGAGGTTGTAACAAATTCATTAATTTATGTATTTGTGGCCCAGCTTGACCCAGTTTATCTCAGGCAGACCTATAACAACTAAAATTCTGCAAAAAGAAATTTTAAAAAGACTTGAAGACAGAATACTGTAATTAGGGCGATCACACAATTTATTGCCCAAATGGGGATACTGTTGAGAATAACCCGGAATGCTGTTTTAGTAATCATTCCTTAACAACATAGTGGACATGACCTGTGGTCACTAGCTTTTATGAAATAGCATCATTACTAAAGGTTAAAGAGTTTTCTTTTCACAATGGGCAGTATGCTTTATATGATTCCTACATTAATACTGAAATTGGGTAAAAACAAACCCTGTTGGTAGACTTAGGTATTTAATAAATTCACGTGTTACTCACCCAAAATATGTTGTATAATCTGCAAGTTCTAACCATTCAAATCTTTATTTTTAAGGGTAGACATTTCACTTTGCCTTTTAAAAAGTTGTTTGTGTTCTTTTCCCTGCTGACTGCTGTATAAAATTGTAATTATAGAGGTAGTCTGCTGGTCTGTCTTGAAACCTTTGTGGGAAAAGGTGGTATAGAAATAACTTAAAACACTATGTTTGACTGAAGATCCTCCTTAACCCTTGCCTTCTTTTCACTTGTTATTTTTCTGTAGCACTGCAGGTATAAGCTGTTATTTTATAAGCAAAGTGAACTGGTTGAATGATTCCCTTTAAATGTAAATCTTAAATAATGTTAGGTGATCTTTAATGATAGCTGCTGCTGTTGCTGCTAAGTCGCTTCAGTCATGTCCAACTCTGTGCGACCTCGTAGATGGCAGGCAGCCCACCAGACTCCTCTGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAATACTGAAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCATGAATGCATGCTAAGGTGCTTCAGGCGTGTCCGACTCTGTGCAACCCCATGGACAGCAAGCAGCCCACCAGGCTCCTCTGTCCACAGGATTCTCTTGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCCTTAATGATAGCTACAAGGTCTATTTTTCCTGTGGAAGTTTTCTTCTGTTTTGGATATTTTTTTGGTATATGATTGATTGCTTAACCACTTTGATTTCTTTTAAGTGCATTGCTTGTCCTTAAGACCTTTTTAGGATAGCTACAAATAAGAGACCTTAAAGGATAAAACTTATCAGTTGAATCTTTGATGTTTTTAAATAGAAGGGAAAGAAAAGAGTACTAGAATACCAGGGAGAGACAATGATCTTTATCTCCAAATTAACTCCCTTATTTGTAGAGATTTTTAATCTTCCAAGTGGCAGAGGTAGGATTTCCTAGGACTCTGGATGTCCTGATTTCCATCCAGTGCCCTTGTCACCATACTAGAACTGTCCCAGACTTTGAAGCCTTTTCAGCTTTTTCTGTTAAGAAAATCCACAATAACATTATAGATTTTTCAGTTTGCTTATTAAAATAGACCTCTGTTGAAAACAGATAAGTTGTTTTTAAATTAGTTTTCTAAGAGAATTCTAAATTACCTGCAATTAGCACAAAGAAAACTTAGGAGAGAAATTCTTAAAGATGAGATACTTGAAGGTTAATGAAAGAAACTAAGAAATTCATATTGCTGCCATATAAGGAATGACAGTAATCTGGATGTGTGTGCTTTTGAAGCTAGAACGAAAGGAAACTTTTCTAAGTAAACTCCCTAAAGAGAAACAGGGCTTCAAAATAGAGATATAGGAAGTTTCTATTTGAAAAGAGAGTAAGTGATGACATTTGGGGATAAGTTTGACTTCAGAGAGGCCCTTTTAATGTCAAGCACTGATACAGTGAACTCTGAACCCTTAGCATATGATACCTAGCATATGATACCTTAAGCCTTTAAAAGAGCCAGGAGAGAGTGATTGTGGGAAAGATAAAGGTGTCTGAGGATGGAATCTATTCAAGCGGAACTGTCTCTTAGGCTGTAATGGAATGTTGCATGTGAACTCTAGGGTGATTAAGTCTTATCTCTGAAATGAAATGAAATTAAGATTCTTACATTGTCACGTTATATGTAAATGTTAAGTAATGTTCTACTGAAGTATAAACTAAACTGTCTCACGTCAAAACAGTTTTGGAACTGAGGGAAAGAATAAAGGGAACAGGTTAAGTACATGCCTTTCCAAAGGGCAAGAGGCTAGAGGAAGATCCAAAACATAAAAAGATTAGACGGGAAAAGTTCTTTCCCTACTTTCCAAAGGGCAAGAGGCTAGAGGAAGATCCAAAACATAAAAAGATTAGACGGGAAAAGTTCTTTCCCTACTTTATAGCTGAGCAAAAAGAATCGCGTTTGCTCTTCATATAGGAGTGGAATGAGTTTTTCTATGGATGCTTTCAAGATTGGAGTGTCAGATGTTGGTGACTTAACCACGTGTTTATGTTTCTTGGAGTATAACATGTTTACTTTCAGTTTTCCACAGGAATATTTTGAGTTTGGGGGTGTTTTTTCAGTGAAAATTTGAGTTTTGATATTTTCTTGATATGTCTCCATGGTAACTGTAGTTTTTTTCCTCTCTAAAAATGAGTGTCTTTTAATGAAGTTTAGTTCCATTTTTAAACCTGTAGTGGACGTCATCGTTGCCTTAAATAAATTTGGCCTCAAGTCAGAAGGCTTTGCAGTGGGCAGTTTGTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTGTGTTGGTTTTTTTTTTATTCTTAGTACCAGGATATTTGACAATTACTGAAACTGGTTTTAGATTTACTTGAATTGTGTCTCATAAAATCAAAATATTAAATTCATTTCCTAAAAGAAGTATGGAAAAACGAAAGTGTGATAATTTTGTTAAGAGAATATAGGATTTCTCTGTGCTGCTGCCTGTATAACTAGGGGGAGTTTCTTATGTTTCT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Seq C2 exon
GTCAAGCAGTTCCTGCTCCTACTGGTGCTCCACCAGGTGGTCAGCCAGATTATAGTGCAGCCTGGGCTGAGTACTATAGACAACAAGCAGCCTACTATGCCCAGACAAGTCCCCAGGGAATGCCACAGCATCCTCCAGCACCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000008926:ENSBTAT00000011751:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.864 A=NA C2=0.796
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF090055=DUF1897=PU(78.6=81.5)
A:
NA
C2:
PF090055=DUF1897=PD(17.9=10.2),PF090055=DUF1897=WD(100=67.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]