HsaINT0066539 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000162613 | FUBP1
Description
far upstream element binding protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:4004]
Coordinates
chr1:77949155-77955329:-
Coord C1 exon
chr1:77955255-77955329
Coord A exon
chr1:77949301-77955254
Coord C2 exon
chr1:77949155-77949300
Length
5954 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTATGT
5' ss Score
7.43
3' ss Seq
AAAGTTCTTTTTTTTCAAAGGTC
3' ss Score
7
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGATCAGCAGAATCCAGCCCCAGCTGGACAGGTTGATTATACCAAGGCTTGGGAAGAGTACTACAAGAAAATGG
Seq A exon
GTATGTTTTATACATTTCTTGAAAATACATACTTAATTAAATTGAAACAAATTATTCTCTTCAGGAAGAGAATAATTGAATAAAATCACTGGACTTGTAAACATATCAAGACAGTTGTAAATTATAGTTTTTAAATTTGTGGTTATATGGCAAGGAAATTTTTTTTTCTAATTGCATTTGTCAACCAGTTATTAATTGAAACTAGAAATGTCCTTACTGGTACATACAATATTAACATTACTATACTTTTGACAATGACAGTTATATATATTATCAGTCTAAATGACATAAGGTTAAATTTTAATGTGTCAGGCGAAAATTGTGTGTGATACCATTATTTTTGCTGCAAGATAAGCAGGTAAGAAGTAATCTGCAGTGACGGAAAGTAACCAAGTGATGGAACCAGAATCTGGCTTCCAAGAGGGTCTGAGTCCCAAGCTTGTCTCCCAAATTTGTCTCTTTAGGAACCATTTGGAACCTGATACTATACTTCTGGACAAATCACTATATTTCAGCTGCTTTTGCTCTTAGTCATTTAAAATTATTACATACCACAGCTAGATGTCACAAATGAAAGCTAAATTGGTAAGCTTGGTTATCCTTCACTAGCAGAAAAAGAACCTATAGGTGGTAGAGTTTTGTCATAAGAGAACGGTCTACTTGGGATTTTCAATGTTTTCTTTGCCAAAGAATGTTTCTCATTCTCCACAGAAAGAAAAATTTCCAGAAAGGTGATGATTTTAATCTTCTAGATGTAAAATTACATATACCTGATGATAAAGTTGTTTTGCACAACTGGTTTCTTTTTAAAGAAAAATTGTTTTTCCTCTTAGAATGGCTTCCTAGGAGAGTCATGTTCCGTCTCTTTCTGAGGCTTTAACAGATTATGTTTTTGTGACCTAGCTTAGGCAGATCTACAGTAGCTACAATTCGGCAAAAAGAAACTTTTAACTTAAAAACAGCATACTCTGATTAAGGTTGGTTACATAATTTATTTTCTGAACTGGGATCCTTTTTAGAATGAATAGGGATGCTATTAATAATCATGCCCTGACAGCATTGTGGTCAGGACCTGTAATCAACTTAACTTTAATTAAATAGCATCACCATTTTAAAAGACTTGAGCATGAGCCACGTGCGGTGGCACACACTTGTAGTCCCAGCTGCTTGGGAGGCTAAGGTGGAAGGATTCCTTGAACACAGGAGATTGAGGCCAGCCTTGGCATCATAGTGAGACCTGGTCACGTGTTTGGGTTAAAAATCACTAACTTCAACTTCTATTTTCTCAATGGGTAATGTCCCCTAGATAGGGTCCCTAGTTATTATTAAGTAGGTAAAAATAAAGGCTTGTTAATGGATTTAGGTAATTATGGAGGAATGAGTTTGGCTTCTGTGCTTTATTTTACCATATTGATTATTTGTAATATGGCCATTAATACATTTACTGTTTAGTCTTTTTTGTTTTACTTTTTATGTTTTACTCAAAATGAGTGGGTGGGTGGAATTCTAATTTTTATTGTTAAGGGAAGACATTTTACCTTGTCTTTAATTTTTTATTTTTTTTTACCATTTCCCTGCCAGTTAGAGATACTATACTATACTGTCTTGAATCCTCTGTAGGAAAACATGGCATAGAAATAATTAAATAATAATTAGATGTTAAATAATAATGCTGTATGACTAAAGAACCTCCTTACCCCACCTTTTCTGTTGTTGTTCTGTAGTACCACAATAATCACTTGTTAATTTTATTTATTTATTTATTTGAGAGGGAGTCTCACTCTCGCCCAGGCTGGAGTGCGGTGGCGCAATCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCGGCCTCATACTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGCCTGCTACCACATCCGGCTGATTTTTTGTATATTTAGTAGATACGGGCTTTCATCATGTTGGCCAAGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTCAGCCTTCCAAAGTGTTGGGATTATGGGTGTGAGCCACTGCACCCAGCCTCACCTGTTAATTTTATGAGCAAAACAGATTAGTTGGGCAAGTCCTTCACATGCATATCTCGTTGTTGTTGTTTTTTTTAAGACGGAGTCTTGGTCTTACTCCCCAAGCAATGGTGCGATTTCGTCTCAGTGCAACCTCTGCTTCCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTGCCTCAACTTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGCCCAACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGAGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCGCCTCAGCCTCGCAAAGTGTTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGCGCCTGGCCACATGTGTATATCTTAAAGGAAATAATGCTAGGTAATTTAGTCAGGTGCTTGATGAGCATTTGTCATCATCATACGGAGTCAATTTGTCTTTTTCTATAAAAGTTCTTTTTGTAAATGATTAGTTGCTTAACTGCTTTAATTTCTTCTAGGTACCTTACCTGTCATCAGGATCTTTTTACCACAAATAAGAAACCTTAAAGCATAAAACTTGGTTCAGTCTTCACATTTCTTAAATGGAAGGAGAAAGGGAATAATAGGGAGATATCTTTATCTCAAAGCCAACTGTTGTTGACTTTTCCAGTGGCAGGGGTATGATGCTAGGACTTCAGATTTCCTGATTCCCCATCCTAGTGCCCCTTTTGCCAAACTAGGCAGGCTTTCACAGCTTTTGGAGCCTAATTTAAGTTTTTCTTGTTAAGAACAGAAAACTCCATTCATAGATTTTAATTTGTCATTATTTGCTTATTTACTGAAAAAAAAAAAAAACTATTGAAAACAGGTGTGGGTTAAGTTTCCCAAAATTAGGTTTATATTTCAAAACAATTCTAAGTTCCCAAGGATAACACCAAACTAAGAGGATAAATTTTTATTTTATTTTTTTTTATTTTATTTTTTTGAGATGGAGCCTTTCCCTGTCGCCCAGGCTGAAGTGCAGTGGCATGATCTCGGCTCACTTGCAGCATCCACCTCCCAGGTTGAAGCAATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGAGAAAATCTTGATAAGATTTCAGAGGCTTATAAGGAACAGCAGTAAAGATGGGTGTTTTTAAAGCTAGAATACAGGGATTTTTTTAAGACCCTTAAGAGAACAAACAGGGTTTCAAAATAGAAAGGAGTAATTCTTGTTTGGAGAAGTGAAGACATTTGGGAAAAGTTTGACTTGAGGAAGGCCATTATGATAAGGACTGATGTGGTAGACTCTGAACCCTGAAGAATCTGGTACCTTAAGCCTAAAGGAGGGTAGAGTGAGGACTTGTGGGAAAGGTACAGTTATATGGGAAGACAACTGAGTGTGAAAATCTATTCATGCAAGGCTGGCTCTTAGGCTCTAATAGAATCTTGCAAGCTAACTCTAGAGCAAGTCTTTTATCTTTGGGATGAAAGAAATTTAAGGCTAAACTTTATACATTATAATTATAAAACTATAATAAATATTAGATAATGTTCTACTGAAGTATAAACTCAACTATCTGGCATCAAACAGTAACTAAGCCATGATCACACCACTGCCACTGTGTTCTGGCCTAGGTGACAGAGCAAGACCCTGTCTCAAAACAAAATCCAGTAACTAAAGAGAGGAATAAGGGGAGCGCAAGGTAAGGCAGTACATGTCTGAAGGGGCAGGGAAAGAGTTCTTTCTCTACTTCCAACTGGGCAAAATAAATCACATTTGCCCTTTAGATTGGAAGAGTGAAATAAGCTTTTCTTGAACATCTTTTAAGATTGGAGTGTCAAATATTACCAACTTATTTACCAAGAATTTGGTTTTTCTTAAAGTCTAAAGTGTTTACTATTAGCTTTCCACAGGGATATAGGAGTTTGCAGAGGTTGTAGTTTTTTAAGGGAACATCAATGAATTTTCTTGATGCATATGCCTGTTTCTACCATTTTACATTGTTAATTTGCCTCTAAAATGAGTAACTCTTACAATGGGGTTTAAAACCTGAAGACTATTGATTGCTACCTTGATCAGGTTTGGTTTCAAGTGTGCACCCTGTAAGAGACAATGTGTGGTTTTATTGCTATTGTCACACCAGTTTTTTAGATATTGAAACCTGTTTCAGATTTGCTTGAATTGTGTCTTGTAAGAGGAAAATGTTAAACTTACTTCCTCTTTGAGAACAGTTATTTATAGAAGACAGGAAAATATGAGAATTTTTAATAGTATATGAGAGTTCTCTGTTACCCAAGAAAAGAGGGTTTTTTTCAGGCATTTTTAAAGAATCATAAATCTTAAATTCTTTCACTCAGTTGCTTTGAGTCTGTGACCTGTTTTACAATGGTGATAGACTGCTTTCTGAAACTATGAAATTGGTCTTGTTGGCAGCATCCTACAAACATAAAAAGAGCTTCCTGTGTGTCCATGCTCCAGTATTTTTGTCTATGGTAGTTATTTCACAAAGCCAAGCGAGTTACAAACGAAATAAAATAGTGCTTAAGTAAAGAAACTGAATAGGAGAACATATACTCTCTCTTCTCAATTTTTTATTTAGAAAATTATATACCTTCAGAAATTGGGGAAATAAGGCATCAGACACTCAGCTTCATCATTTTTTAAAAGTTTGCTGTATGCGCTTTATATGTATGTTTTTTGTGTATGAACCATTTCAAAGTAAGTTGCAGACAAGACAGTTTGCTCTAAATAAACTCAATGTCTGGGCACAGTGGTTGACGCCTGTAATCCCAGGACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGTGGATCACTTGAGTCCAGGAGTTCAGGACCAGCCTGGACAACATGGCAAAACCCCATCTCTACAAAAAAAGAGAAAAATGTCAGCTAGGCATGGTGGGCCTGTAGTCCCAGCTACTCTAGAGGCTGAGGTGGGAGGATCACCTGAGCCC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Seq C2 exon
GTCAGGCAGTTCCTGCTCCGACTGGGGCTCCTCCAGGTGGTCAGCCAGATTATAGTGCAGCCTGGGCTGAGTATTATAGACAACAAGCAGCCTATTATGCCCAGACAAGTCCCCAGGGAATGCCACAGCATCCTCCAGCACCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000162613:ENST00000294623:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.654 A=NA C2=0.780
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF090055=DUF1897=PU(78.6=84.6)
A:
NA
C2:
PF090055=DUF1897=PD(17.9=10.2),PF090055=DUF1897=WD(100=67.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development