GgaINT1013534 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000008939 | FUBP1
Description
far upstream element-binding protein 1 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001006535]
Coordinates
chr8:17806688-17811115:+
Coord C1 exon
chr8:17806688-17806765
Coord A exon
chr8:17806766-17811032
Coord C2 exon
chr8:17811033-17811115
Length
4267 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGTGTGCAT
5' ss Score
-11.66
3' ss Seq
ATCACTTGTAGGTCAAGCAGTTC
3' ss Score
-5.36
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCAGCCAAACCCAGCACCAGCAGGGCAGGTTGACTACACAAAGGCATGGGAGGAATACTACAAAAAAATGGGTATGT
Seq A exon
GTGCATATTTCACCTTTTTCTGTAGGATGTTGTAGGAGATCTGCATGCCTCATTTGATGAGGTTTATTTTTCTTAAAGAAGAAAGGATTATCAACTCGTCCCCCAAACTACTGTACCAAAACCCCGCACCTTGGAAGAAAAGCAGAGAATAATAGTGAAGGCATTTAATTGTATTCATTCCAGTAATGAGCTTTGGGAAAAAAACCTTCTGCTTAAAGATGTCTGTACTCAATCACTGGGATACAATCGTTTTTAGGTGCTTAAAATTTTGAGTATTTTAAAATATTTTCAGGTACCTTTCGGAGGCCTGTTGTTCTTCTAATGAAAATGTTGGTTTTGGTGTTAAGTAGCTTTGCCATATATGCATTCAGTTATCTTCCTTCTTGTTCCAACTTCTGCTTTCTGTGATCAAGGTATTAAAATCATAACTAGCTTTCATTTACATGATATGCTTTTTTAATAGTATTTGCTTTGCAGCATTTATGTTCTGTGCTTTAAACTGAAGTTTATATATTGTTGCAAGCTTCTTGAAAATAGTTGGTCAACCTGACTTCTAAGAAGCAAAGTGTATTTACATTTACAGTTTAAGGTTCTATCACTGACTAAATAAAGAGAGTATATGGTCTTGTACATTGGCAGAAAGTGCTATCTTTAAATCATCATAAAGTCTTGCATGTAAATGTTTCGACTGTACTGATCCCTCATGTTTATTATATGTGATGTAGATTTGTAGAAGAGGCCATCTGATTTATTTGGTTTTTCGTTTGTTGGGGTTTTTTTGTTTGTTTAATTTTAGTGGGACTAATTGATATTTTTTTCTTTTTTTTCCCCCCCCTCTTTGAATGGCACCCCTTTATGTGCCCCCTTTATGTAATTATGAAAGAATGAACATTCTTTCTCTTCCAGTTTCATGTAACAAGTTTTGTTTTTTATTGTTTGGTTTTGGTGGGGGTTAATTGTTTTCTAAATTTGCTGTCTGTGTTACTACAGCTCACATGGTCAATACAAGGTACTAGAGCTTTTGTATTGCCCTTAAATTAAGAGCAATTTAATTTGTTAGCAGGGACTCTGCCATCTTTTTGTTATCTCTGAAAAGCAAAGTGAGCATTGCAGTAGTCTTGCACTTGCTCTAAGTAAATAATGGCTTGAAAGGTGGTGGGTAGCTCTGGGGAACAAGTCCAAAAAGGGGTCTTAACGCTAAGAGGGAGACATTAGGAAATATAAAGAATTGTTCTTAAAACTCAAAATGGATAAATTCTAACAAAAATCAAGTAAGAGGAAAAACAGGTGGTTCTGATCTTTTTTTTTTTTTTCTAGTCTTAGCCTGAGTTTTTAAATTATAAAAGCCTTCTGCTTTGGCATGTTGAAAGCCCTGAGATAGAATCTGTAATTTCTCCTGTTATCTGCTTGGAGGATGAAGTGCACAAGTGGGATTGAGGAGCAGATTCCCTGTTTTGCAGTAAATAATTTGGTGTTCTCCCTTGCTTCCTTTACTATGTTAAGTGGTAGAAGATCTAACATATAGAAAGGTTCTACATCAGCACGTTCTTGTGATCGCACGTCTCTCAAACACAGCTACTACTGTTCGTGCTTCCTGTTGTGCTGTAATGCTGCTGGCTGTAACTCGTGCAAAAGGAGATGACCCATAATTCTGAATTATTCTTGGATTCCATTTCAGATTTCTCACAGCACAGATAATTACACAAATAGATGTCATGTATGAATTTTTTTTATGTGCTGTTTCAGGTAGTTGAACTGAAACGTGGGTGCAGAGCCCAAATAATTTTACTTCTGCTACTGGAGAAGACTGCATTGATAAGGCAGTGATAAGCTCATAGTGGTGCTAAGCTGAACAAGTTTCATGTGATACTGCAACTGGTGAAATGGATTTTTCTCATGTAGTGACCTAAAAACTAAAGTGCTCTGAACATTGTAATGAAAACTGTAATACTGTTTTCCTAAGTGACTTGCTGCTTGTTTAATAGGACACAGTTAATCACAGAGAACATGTGTTTTGCCTATGATTTTTAAGCGTGTTATAACAGTGGCTTGAAAATTACATGTTACCAACTCAAAAACATAGTGGCAAGGTCCATCCTGTTTTTCAGACCCTTGTTTTGCTCAGGAACTATTGCTTTGAGTAGCAAATACAATTAAAAGTAAGACTGAAGAACTAATGAAATTGCTTATGCACACCGGTAAGTTACTGTATGTGTGTCTCGTAGGTGGCTCAAGCCTTTTGTCTCCTAGTACCCTAAGTCATACATTTAAAAACTTGTTTTAAACTTCAGGTTAACAAGACAGCAGTTTAATGCTTGAAGACATATTGGTGCTGTTGTCTTGAACTGAAGACATACTATTTTTCTTTTTCTCTGCTAGAGTTCAAGTAAACATTTAACTACATAAGTAACAATCTTCCATGGGTAATGGTTCACAAGGAACACGAAGTCACATTTCACTAAATGATCTGTATGTCATTGTAGGAGTTAATACATACATTGCTTTGGAAACTTGGAAAAAGTGTATCCTGGGATGGTCTGTAGCCATATTTTAAAGGTAGCTTTGGTTAAACTTGTTGACAGAAGCATAAATTGTAATTTATGGTAGGGTGTAAGTGTAAATGGTAACGTGTGTTTGAAGCTCCGCAGTTTTCAGTAAGTGTTGGTTAGTTTTTCTAAGAAAACTGTGTTACTGTATAATACAGAAACTGATGGAGAGAGCTTTTTCTGTTGTTGTTTTTTTGTTTAATGATACCAACAGCGTAAGTGGAAAAACTACATAAGTTACATGGCTAGAGAATGGAAGACTGATGTGTACACATTCAGGGTAGTGCAGCGTCAGATATTCACATTTTCTGCTCACACTTTTTATTCCTGAAGAGTTCGGGATTAAAAACAAAAGTAAAAAAACACCCTTCTATCTGATACTGTAGAAAGCAGTTTATTAGAATCCTTGATACTTGTACTCCCCAGAAGGCTGCTCTGTGGTCTTGAAGTTGAATAAAAAGTGAGTTAATACAGGTAGTATTGAGAACTTCCAGCTGTCATCCTTTGGAAGCTCTCCCTTATGAGCAGAAGATCAGTCTAGGGGCACTGTCTTAAAATTGTATAGGATGGAAGCTTGCATTTTACTCAGGTTGGTTTGATGTACTGTGATAGGATAGGGGTTGGTTTGGTTTCCTTGTACACTAAAAAAACGTGTAACAATTTGGCTGGGAGAGTGGATGTGGTTCGTATTCCAATGGTAATGTTTCAGTGGCAGTAATCCAGTCCTGGCTTTTATTTTATTTTTTTCCAAATTGAAGTATTCTGACCTCTTAAGATCGTGTATTACAGTGGTAAGAAGCGCTCTGTTTCAGAAGTTTAAGAAAATATATATGGACTCCTTCTGTCTGGATGTGTGCCAGCAGTGGCTGAATAGAGAAGGTTATTGTGTTCATAGTCGGGTGCCTTCTTCACTGGTAACTAGCAAAGAACCCTTGAGATAAAATTCTGTGAAGAACATAATGGTAATAACTGGAGTGGCTTTGCTCATTCTGAAATGAGAGGAAAGGAAGAAAATACGCCTGCTACAAACCTTCCTTGAAATAGTCGTATGACTTAGGTCTTGAGTTTGGCTGTAACATTTTTGATACCCAAAAGAGTCAATGTAAAAGTCTTACCACCTTTATAAAAACGTTTTAAAGTGCTATTTGATTTTGTTGGAAAGATCAGTTGTTCTTAGCTGCGTGTGTGTATACTGTTACTTACAGGCACTGGTGCTTTGAGCGGTGGTTGAGAAGTTTCAGGGCTGTACTCTTGGGGAATAAAGGTTCACAAAAATTAGTGCTCTTCTGAAAAAAGATAACTTGCAGAAATGCAGAAGTCCCACTGAGCATACCGAAACTGGGGGAGTGAATAAATGAGGTTCTGACAAATTAAATATTGCATCCTGTAGAGTATAAGATAAGGTCAGTCTAGATAGGTGACTGAAAGCTATCTTCCCTGCTAACTTGTATTTTGGTTTAAACTGGTTGATCAGGTCTGTTTAGACCTTAAGTTATAAGGACTTACGCTTTGTACCGTGGTTCAGGAGTTGGAAAATCCTGTCTCAGTGGAAATCACTGCATTAAAATAATAGAATGAGTAGTAAGGTAAGAAGGAGCAGCCACGAGGTTGTTGAGAAGTGTAAGCAAAGTGGTGTTGGTTAGGCAGCAAGATTTCAAAATTGTTTCACTTCTGTTGCAGCAGCAAAGCTATATAACCTGAATCACTTGTAGGTCAAGCAG
Seq C2 exon
TTCCTGCACCTGCTGGAGCTCCGCCAGGTGGTCAGCCGGATTACAGCGCAGCATGGGCTGAGTACTACAGGCAGCAGGCAGCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000008939:ENSGALT00000014525:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.481 A=NA C2=0.679
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF090055=DUF1897=PU(88.9=88.9)
A:
NA
C2:
PF090055=DUF1897=PD(7.4=7.1),PF090055=DUF1897=WD(100=85.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]