GgaINT0046554 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012513 | STAM2
Description
NA
Coordinates
chr7:37044829-37052723:-
Coord C1 exon
chr7:37052663-37052723
Coord A exon
chr7:37044914-37052662
Coord C2 exon
chr7:37044829-37044913
Length
7749 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGC
5' ss Score
7.23
3' ss Seq
CAATCTTGTTTTCTTTATAGAAA
3' ss Score
8.02
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCCGGGCGGCCGCCGTCGAGATGCCGCTTTTCGCCTCCAACCCCTTCGAGCAGGACGTGG
Seq A exon
GTGAGCGAGCGGGGAAGGGTGGGGAGGTCGGCGGGCCGCGGCTCTCCTCGGCGCGGCGTTGGGGACCGCGGCCGCGGCTCGGGCCTGTGGGGGGTGAGCGGCGGCGGTGCCCGTCCGCCTCTCGGCGCTGCGGTGTGTGCGGGCCGTCGGTTTGGGCTGGGAATCGTGGAGGCGAAGGTCAGCCTCGTTCGTGCCGGCGGGGTCGGGTAGCGCTCGCTGGGCGTCCGAAGGGACGCGGTCCCAGTCCAGCCCGAGCTGGCTCCATCCCATTGCAAAATCGGGGGCAGGCTTGGGCCGGGCTGCTGCGGCCGTGACTCAGCCGGGCTGGTTCGGGTCGGGTCGTGCTCCAGCGCTGCTCTCCGGGACATCGAGTTTGTTCCGTGTCTTGTTTCTGTCTTTCTGGTTTTTAAAGGCCCGTTTCTGAATTGCAACATAGCAAAGACAATTAAAATAAGCTAGGTCCTGGACTCAGGCTTGCATTTCCTGTGCCTCCCTAAAACCCCAGGGTTTTACATATGAGAAGAATGCATCATTACAGAACCATAGAGATTGGAAGGGATCTTGGAGATCCTCCAGTCCAGTCCCACAAAAGCTGGTTCCCCAGAGCACACTGCAGGTTCCCTGCAGGAGGCTGCAGGTTCCCTAGAGCACGATTCTGGCCCCTGACAGGAAGAAGTGGTGGCTGTCAGTGCACACATTAACACCCCACTTCCTTTTTGTGAGTGTAAGTCCTCTGCTCTGTGCTGGTGAGGCCTCACCTGGGGTGCTGCATCCAGATGTGGAGTCCTCACTACAGGAGGGACATGGAGGTGTTGGAAAGCATCCAGAGGAGGGCCTCAAAAACAGTCCACGGAATGGAATGCTTCTCCTATGAGGACAGGCTCAGAGAGCTGGTGCTGTGCAGCCTGGAGAAGACAAGGCTCCGAGGTGACCTGATCATAGCAGCCTTTCAGTATCTAGAGGGTAGCTACAGGAAGGAAGGGGACAGACTCTTTAGCAGAGTCTGTAGTGATAGAACAAAGGGAAATGGCTTCAAGCTCAAAAAGGGTAGATTTAGGTTAGATAAAAGGAAACAGTCTTTTACAGTGGGGGTGGTGAGGTACTGAAACAGTGATGTGGTGGATGCCCCATCCCTGGAGACTTTCAAGGTAAGGCTCGATCAGGACTTGGGCAACCTGACCTAGCTTTGTGCCCCTGTTCGTTGCAGGGGATCTGGACTAGATGGCCCTCAGAGGTCCCTTCCAACTCTGAGGGTTCTATGATAAGTTGTGCTGTTTTCTTCATATGCCTTCAAAGTTTGTTTATTGAAGGCATTGCCTTCAGTTGATTTTGATGTTGACCTGTGGCTAAAATGGAGTAGCAGCTGGATAGGCCAGTTTCACCCAGTGCACTTGTTTTAAAGAACTTGCGTGTGTTCTATACCTTTCTCATAGCTCTGATGTATTTGCACAAGTGAAGACTACTTGAACTGAGACTCACGGCTGTACAGAATCCTTTGCAGCTTCTCAGTTTGGTAGCAACTCTAAAAGTATAGGGCTGCAAAGTGATTGTCAGTGTGCCAGTAGTTTCTTAAACTCTGTATTATACATAGTGAGTAGAACTGCTCACACGTGCTACAATTAAACAAGTGCAGTGGGCTGGGAATTTCATAATTATCAAGGCCAAATCTCACAGTCCCTTGCCAGGGAAAGTCTGCTCTTTGCCACTAGGAGCTTTTCTCTTTTAGTTACTATTACTTAGTAAATCAGACAACACGGAGCATCAAATTATTGAACGTGGTTGTTCTGTACTTTCACTGGTGGTACTCCCCTGAGGCTTCTCATGCTTCTGTTGAGCTTTAACTTTATGATTTGAGGTTTTATTTTCTCATTCATCTTTTTGATTAAAAAAAATAATAAAGGTGCATGCCACGAGTGTAGTTGAGCTCTGCTGATGTCCAGATGCTACGGGAAAGGAGAGCTCTTCCATCTTCTTGTCCTCCCAGGCGTTGTGGGTTGCTCTCTGGGCTGATTCAGCACATTCTTTTCAGCAGAAAACAAATTTCAAAGAAGTGTTGGGCTGACAGTTGGGATCATCTGTGAAGGTGATGAAGTTTGGTGGCTTGAATCAGCTCACCAGAGGCTGCAAAGTGGCAGTGAGAAGGAGGGGTAGGGCTCCCTGGGAAGGTCAGTGGGGGAAATGGAGCCCTGCTTCTGGTGGCAGCGAGAAAGAGGGTTGGTTCGGATATCTCTTCTGACCATGCCTTCAGTGTTGGAGCTTTCCTGGGAGGGGGCCTTTAGAAATTGTAGATAAACACAGCTGCAGCTATTGTTTTCTTGGTTCTAAACTCATGTGTTTGCTTTTCAGCAGATCTGCATAGGGTCTTACTTCCTCAGCATTGCTTCGGTTGCTTTGTCTGTGGTTGCAGTTCCATGAGATTAACCTAAGGAATAGCTTCAGAAATTCAATTTCTTTCACCCGTGGTTTTTTTTTTTAATTATTATTATTATTTTGGCTGAGAGAATGCCACAAGACTTCAGTGCTTTAAAGGGTTCGAAGCATTTTAACTTCCTACCTAAATCTATTCATCCTTAGTTCATACACACTTGCTGTTTTCCCCCCATTGTAAGCCTTCTTCTTAAATAACCTTCATCTTCTAAAAGTAGTTGCTCCTCCAGCAGAGGACAAGCCTGCTCCTTTTCATCCTTTGTTTAGTTAGCCTTCTTTAGTGAGGTTGTTAACACAATCACGGGGGTAGGAAGTATTTTTCTGTGTAGTTTGAGTGGCATCCAGAATTGCATGCCATGTCACAGGTTGTTGGTAACTTGTACGATTGTATTTTGTTTCCTTGTTCTTTGCTGAAGTGTTCACCTGCTGTGTTTTATTCTAGTGTTATATATGCCTTCTTGTATCTGCTCCATGTGGCGTTCTGCGTCCTCTTGTGCTTGCACTTGGCGTGCCTGTGCTTCTCCTCTTGTTTCCAACCACTGATATCTTGTTCCTAAGAGAATCATTGATAGACTGGCTGTGTGAGTTTGCATTTTGTCCTGCTGCTATCCTGCTCTGTCTAACCCACTCCTCAGTAGTTCACATTTCTCCTTATGTGGCGTTTTAGTTTTCCCTGTTACTGATAATACCTTCCAGCTTCATTAGCTTCCTTTGCAGACCCTTACTCCTGCTGTGTCTGCCAAAACCTATTCATTTCAAGACTAATTCTTGAGGTGTTCAGCTCCCTACCCGCTTTAGAATGTTTTACATCATAATGTGTCTTCCTTATAATGTGGAGTGATCCAAGAACTGTAGCTAATAACTCACACATGGCTTCCTATGAAATATTCCACTGAGTGCCGGACAGACCGGCTGATGCTTAAATTAATCCTTGGCAAGGTGTCCTGCCTGGAGGAATAGCTGCCATCTGTTGAAATTCACCATGGTTCCCTTTCATTTCTCAGCAATAATTCACGTCTTTAACATTTGGTGTAAGGTCTTGCAAATGTTTGTGGACAAGCTAATTGGTGTGGAGTTTTCATTGTTGCTCGGGTCTTTTTCTCTTCTTTAAATCTTTTCAAGTGGTCGATCCATGACTTTACTTTGATTGGAGTGATGATAACTCTTGGATTCTGAACCTGTGATTTCATGTCAGTTCTTTCTCGTTACTGAGACTGCTGCTTCCAGCCTCAGCCCTGCCTTGATCACTGCACGTGTAGTGATCTCGTTTCTAATCAGTAATTAAGTCAAAGCTAAGTTACTATATTTTTGCCTTTTCACTAATTTGGATCTACGAGGGCAAAGTAAGCAAAAGCAGGTGTGCAGGATGAAACTTCTGCTTTCCAGAAATTCATGTATGTGGCCCTGGTTTCTCTTTTTCCCAATCTTTCACTTTTATTACATGAATGCTGGTTTATATTTACTCAGTGCCATTCTGCATAACTTGAAATGTGTGCCCCTCCAAGCTTCTGTTTCATGTCACTTTGGGATGCAAATCAGCCTCTAGAAAATTGTCATTTAGCGATCAGGCTGTAATGAACATCAAATCAAACTGAAAGGTTCTTTGCAAAATCACTGTTTGAGGGCTTGTTTCTCTCTCTGTAGTGTAAAAGTTGACAGGAGAAAAAATATTGCTCCCTTCTTGTATTTGTTTTCTTGGCTTACACGTGGTTTGGCATTGCTGGCGAGCTTTGCTTAAGGGAATTCATAGGAAATAACAAAATCCTTTGCAGGTGTGAAGGCTGTGTGTGCAAAGCATGTGGGGGCGGAGCTGCCAGCAGAACAGGATCGTATGATGCCCACTAAGTGGGATGGAGAATTCTGGCAGTATTGGTCAGTGAGAGATGTATGTGAGGTGTGCTGCACGTTGGTAGGACGTAGTGTTGTGCTGGTTGTGTTGGCAGAGATTTCTAAGGAACCATGTAATGCCTGGGAGCTGAGAGGTTCTCACAGTGCCCTCACTTTTCTTTCCTGTCATGTTGACACACGTGTTGGAAGTTCCCCCAGTTGCTCATGTGATGTCCCTCACTTCCTGCTATTGTGCATGTGGGTCCTAGATGAGCCTTCAAGCCCATAGCAGTGACCGTGCACCAGCACTCAGTTATTGCTGTTCTGTGCACATGATTTGACGTTGTGCCAGGATCTGTACACTTGATGTTTGATGACATGTGACCAGGAATGCTTTTGGAGGTTTGCCACACTGCTCTGTTGCACTCCTAATAGTATTTTTCTTTTCCTGTCTCTTGGTGTTACTTCTGCATATTACTCATCTCTTGCTTGGGAAATAAGGGGAACAGAATGGGCGCTGTCAGGCTGGGATGAGGGCCTTCAGCTCCCCTTTCAGCTGCAGCAGTCCTACTGGGTGCTGTGTGGTACCTCTGTGTGCTGATAAACTCCAGCAGCCCCCCATGCTGAGGCATTGTCTTCCCTCCTGGTGGCTGTGTGTTAAGGCAGTTCTATTGGCAGGAATACCAGTGAACAGTTCCCATCCCCTCCCCAGCAGCTCATTTGTGTGCTATCTCCACTCTTGCGTT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Seq C2 exon
AAAAGGCTACAAATGAACACAACACCAGTGAGGACTGGGGTCTTATTATGGACATATGTGACAAAGTTGGAAGTACTCCTAATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012513:ENSGALT00000020440:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.143 A=NA C2=0.241
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0079014=VHS=PU(6.7=64.3)
A:
NA
C2:
PF0079014=VHS=FE(20.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]