MmuINT0153600 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000055371 | Stam2
Description
signal transducing adaptor molecule (SH3 domain and ITAM motif) 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1929100]
Coordinates
chr2:52579918-52601183:-
Coord C1 exon
chr2:52601095-52601183
Coord A exon
chr2:52580003-52601094
Coord C2 exon
chr2:52579918-52580002
Length
21092 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGT
5' ss Score
8.73
3' ss Seq
TATGTTAATACATCTTACAGAAA
3' ss Score
5.84
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AAAAAGCCACAAATGAGTACAACACCACAGAAGACTGGAGTCTGATCATGGACATCTGTGACAGGGTTGGAAGCACTCCCAGTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000055371-Stam2:NM_019667:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.012 A=NA C2=0.224
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0079014=VHS=PU(14.9=71.4)
A:
NA
C2:
PF0079014=VHS=PU(18.5=92.3),PF145001=MMS19_N=PU(17.2=76.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: