GgaINT0046554 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012513 | STAM2
Description
signal transducing adapter molecule 2 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001012940]
Coordinates
chr7:34917362-34925235:-
Coord C1 exon
chr7:34925196-34925235
Coord A exon
chr7:34917447-34925195
Coord C2 exon
chr7:34917362-34917446
Length
7749 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGC
5' ss Score
7.23
3' ss Seq
CAATCTTGTTTTCTTTATAGAAA
3' ss Score
8.02
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGCCGCTTTTCGCCTCCAACCCCTTCGAGCAGGACGTGG
Seq A exon
GTGAGCGAGCGGGGAAGGGTGGGGAGGTCGGCGGGCCGCGGCTCTCCTCGGCGCGGCGTTGGGGACCGCGGCCGCGGCTCGGGCCTGTGGGGGGTGAGCGGCGGCGGTGCCCGTCCGCCTCTCGGCGCTGCGGTGTGTGCGGGCCGTCGGTTTGGGCTGGGAATCGTGGAGGCGAAGGTCAGCCTCGTTCGTGCCGGCGGGGTCGGGTAGCGCTCGCTGGGCGTCCGAAGGGACGCGGTCCCAGTCCAGCCCGAGCTGGCTCCATCCCATTGCAAAATCGGGGGCAGGCTTGGGCCGGGCTGCTGCGGCCGTGACTCAGCCGGGCTGGTTCGGGTCGGGTCGTGCTCCAGCGCTGCTCTCCGGGACATCGAGTTTGTTCCGTGTCTTGTTTCTGTCTTTCTGGTTTTTAAAGGCCCGTTTCTGAATTGCAACATAGCAAAGACAATTAAAATAAGCTAGGTCCTGGACTCAGGCTTGCATTTCCTGTGCCTCCCTAAAACCCCAGGGTTTTACATATGAGAAGAATGCATCATTACAGAACCATAGAGATTGGAAGGGATCTTGGAGATCCTCCAGTCCAGTCCCACAAAAGCTGGTTCCCCAGAGCACACTGCAGGTTCCCTGCAGGAGGCTGCAGGTTCCCTAGAGCACGATTCTGGCCCCTGACAGGAAGAAGTGGTGGCTGTCAGTGCACACATTAACACCCCACTTCCTTTTTGTGAGTGTAAGTCCTCTGCTCTGTGCTGGTGAGGCCTCACCTGGGGTGCTGCATCCAGATGTGGAGTCCTCACTACAGGAGGGACATGGAGGTGTTGGAAAGCATCCAGAGGAGGGCCTCAAAAACAGTCCACGGAATGGAATGCTTCTCCTATGAGGACAGGCTCAGAGAGCTGGTGCTGTGCAGCCTGGAGAAGACAAGGCTCCGAGGTGACCTGATCATAGCAGCCTTTCAGTATCTAGAGGGTAGCTACAGGAAGGAAGGGGACAGACTCTTTAGCAGAGTCTGTAGTGATAGAACAAAGGGAAATGGCTTCAAGCTCAAAAAGGGTAGATTTAGGTTAGATAAAAGGAAACAGTCTTTTACAGTGGGGGTGGTGAGGTACTGAAACAGTGATGTGGTGGATGCCCCATCCCTGGAGACTTTCAAGGTAAGGCTCGATCAGGACTTGGGCAACCTGACCTAGCTTTGTGCCCCTGTTCGTTGCAGGGGATCTGGACTAGATGGCCCTCAGAGGTCCCTTCCAACTCTGAGGGTTCTATGATAAGTTGTGCTGTTTTCTTCATATGCCTTCAAAGTTTGTTTATTGAAGGCATTGCCTTCAGTTGATTTTGATGTTGACCTGTGGCTAAAATGGAGTAGCAGCTGGATAGGCCAGTTTCACCCAGTGCACTTGTTTTAAAGAACTTGCGTGTGTTCTATACCTTTCTCATAGCTCTGATGTATTTGCACAAGTGAAGACTACTTGAACTGAGACTCACGGCTGTACAGAATCCTTTGCAGCTTCTCAGTTTGGTAGCAACTCTAAAAGTATAGGGCTGCAAAGTGATTGTCAGTGTGCCAGTAGTTTCTTAAACTCTGTATTATACATAGTGAGTAGAACTGCTCACACGTGCTACAATTAAACAAGTGCAGTGGGCTGGGAATTTCATAATTATCAAGGCCAAATCTCACAGTCCCTTGCCAGGGAAAGTCTGCTCTTTGCCACTAGGAGCTTTTCTCTTTTAGTTACTATTACTTAGTAAATCAGACAACACGGAGCATCAAATTATTGAACGTGGTTGTTCTGTACTTTCACTGGTGGTACTCCCCTGAGGCTTCTCATGCTTCTGTTGAGCTTTAACTTTATGATTTGAGGTTTTATTTTCTCATTCATCTTTTTGATTAAAAAAAATAATAAAGGTGCATGCCACGAGTGTAGTTGAGCTCTGCTGATGTCCAGATGCTACGGGAAAGGAGAGCTCTTCCATCTTCTTGTCCTCCCAGGCGTTGTGGGTTGCTCTCTGGGCTGATTCAGCACATTCTTTTCAGCAGAAAACAAATTTCAAAGAAGTGTTGGGCTGACAGTTGGGATCATCTGTGAAGGTGATGAAGTTTGGTGGCTTGAATCAGCTCACCAGAGGCTGCAAAGTGGCAGTGAGAAGGAGGGGTAGGGCTCCCTGGGAAGGTCAGTGGGGGAAATGGAGCCCTGCTTCTGGTGGCAGCGAGAAAGAGGGTTGGTTCGGATATCTCTTCTGACCATGCCTTCAGTGTTGGAGCTTTCCTGGGAGGGGGCCTTTAGAAATTGTAGATAAACACAGCTGCAGCTATTGTTTTCTTGGTTCTAAACTCATGTGTTTGCTTTTCAGCAGATCTGCATAGGGTCTTACTTCCTCAGCATTGCTTCGGTTGCTTTGTCTGTGGTTGCAGTTCCATGAGATTAACCTAAGGAATAGCTTCAGAAATTCAATTTCTTTCACCCGTGGTTTTTTTTTTTAATTATTATTATTATTTTGGCTGAGAGAATGCCACAAGACTTCAGTGCTTTAAAGGGTTCGAAGCATTTTAACTTCCTACCTAAATCTATTCATCCTTAGTTCATACACACTTGCTGTTTTCCCCCCATTGTAAGCCTTCTTCTTAAATAACCTTCATCTTCTAAAAGTAGTTGCTCCTCCAGCAGAGGACAAGCCTGCTCCTTTTCATCCTTTGTTTAGTTAGCCTTCTTTAGTGAGGTTGTTAACACAATCACGGGGGTAGGAAGTATTTTTCTGTGTAGTTTGAGTGGCATCCAGAATTGCATGCCATGTCACAGGTTGTTGGTAACTTGTACGATTGTATTTTGTTTCCTTGTTCTTTGCTGAAGTGTTCACCTGCTGTGTTTTATTCTAGTGTTATATATGCCTTCTTGTATCTGCTCCATGTGGCGTTCTGCGTCCTCTTGTGCTTGCACTTGGCGTGCCTGTGCTTCTCCTCTTGTTTCCAACCACTGATATCTTGTTCCTAAGAGAATCATTGATAGACTGGCTGTGTGAGTTTGCATTTTGTCCTGCTGCTATCCTGCTCTGTCTAACCCACTCCTCAGTAGTTCACATTTCTCCTTATGTGGCGTTTTAGTTTTCCCTGTTACTGATAATACCTTCCAGCTTCATTAGCTTCCTTTGCAGACCCTTACTCCTGCTGTGTCTGCCAAAACCTATTCATTTCAAGACTAATTCTTGAGGTGTTCAGCTCCCTACCCGCTTTAGAATGTTTTACATCATAATGTGTCTTCCTTATAATGTGGAGTGATCCAAGAACTGTAGCTAATAACTCACACATGGCTTCCTATGAAATATTCCACTGAGTGCCGGACAGACCGGCTGATGCTTAAATTAATCCTTGGCAAGGTGTCCTGCCTGGAGGAATAGCTGCCATCTGTTGAAATTCACCATGGTTCCCTTTCATTTCTCAGCAATAATTCACGTCTTTAACATTTGGTGTAAGGTCTTGCAAATGTTTGTGGACAAGCTAATTGGTGTGGAGTTTTCATTGTTGCTCGGGTCTTTTTCTCTTCTTTAAATCTTTTCAAGTGGTCGATCCATGACTTTACTTTGATTGGAGTGATGATAACTCTTGGATTCTGAACCTGTGATTTCATGTCAGTTCTTTCTCGTTACTGAGACTGCTGCTTCCAGCCTCAGCCCTGCCTTGATCACTGCACGTGTAGTGATCTCGTTTCTAATCAGTAATTAAGTCAAAGCTAAGTTACTATATTTTTGCCTTTTCACTAATTTGGATCTACGAGGGCAAAGTAAGCAAAAGCAGGTGTGCAGGATGAAACTTCTGCTTTCCAGAAATTCATGTATGTGGCCCTGGTTTCTCTTTTTCCCAATCTTTCACTTTTATTACATGAATGCTGGTTTATATTTACTCAGTGCCATTCTGCATAACTTGAAATGTGTGCCCCTCCAAGCTTCTGTTTCATGTCACTTTGGGATGCAAATCAGCCTCTAGAAAATTGTCATTTAGCGATCAGGCTGTAATGAACATCAAATCAAACTGAAAGGTTCTTTGCAAAATCACTGTTTGAGGGCTTGTTTCTCTCTCTGTAGTGTAAAAGTTGACAGGAGAAAAAATATTGCTCCCTTCTTGTATTTGTTTTCTTGGCTTACACGTGGTTTGGCATTGCTGGCGAGCTTTGCTTAAGGGAATTCATAGGAAATAACAAAATCCTTTGCAGGTGTGAAGGCTGTGTGTGCAAAGCATGTGGGGGCGGAGCTGCCAGCAGAACAGGATCGTATGATGCCCACTAAGTGGGATGGAGAATTCTGGCAGTATTGGTCAGTGAGAGATGTATGTGAGGTGTGCTGCACGTTGGTAGGACGTAGTGTTGTGCTGGTTGTGTTGGCAGAGATTTCTAAGGAACCATGTAATGCCTGGGAGCTGAGAGGTTCTCACAGTGCCCTCACTTTTCTTTCCTGTCATGTTGACACACGTGTTGGAAGTTCCCCCAGTTGCTCATGTGATGTCCCTCACTTCCTGCTATTGTGCATGTGGGTCCTAGATGAGCCTTCAAGCCCATAGCAGTGACCGTGCACCAGCACTCAGTTATTGCTGTTCTGTGCACATGATTTGACGTTGTGCCAGGATCTGTACACTTGATGTTTGATGACATGTGACCAGGAATGCTTTTGGAGGTTTGCCACACTGCTCTGTTGCACTCCTAATAGTATTTTTCTTTTCCTGTCTCTTGGTGTTACTTCTGCATATTACTCATCTCTTGCTTGGGAAATAAGGGGAACAGAATGGGCGCTGTCAGGCTGGGATGAGGGCCTTCAGCTCCCCTTTCAGCTGCAGCAGTCCTACTGGGTGCTGTGTGGTACCTCTGTGTGCTGATAAACTCCAGCAGCCCCCCATGCTGAGGCATTGTCTTCCCTCCTGGTGGCTGTGTGTTAAGGCAGTTCTATTGGCAGGAATACCAGTGAACAGTTCCCATCCCCTCCCCAGCAGCTCATTTGTGTGCTATCTCCACTCTTGCGTT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Seq C2 exon
AAAAGGCTACAAATGAACACAACACCAGTGAGGACTGGGGTCTTATTATGGACATATGTGACAAAGTTGGAAGTACTCCTAATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012513:ENSGALT00000037757:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.321 A=NA C2=0.276
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0079014=VHS=PU(22.2=71.4)
A:
NA
C2:
PF0079014=VHS=FE(20.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]