MmuINT0153600 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000055371 | Stam2
Description
signal transducing adaptor molecule (SH3 domain and ITAM motif) 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1929100]
Coordinates
chr2:52720884-52742200:-
Coord C1 exon
chr2:52742061-52742200
Coord A exon
chr2:52720969-52742060
Coord C2 exon
chr2:52720884-52720968
Length
21092 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGT
5' ss Score
8.73
3' ss Seq
TATGTTAATACATCTTACAGAAA
3' ss Score
5.84
Exon sequences
Seq C1 exon
ACCGCTGGGCCAAGCCGTCTAGGAAGCCGCGGCGGGTCGCCCAGCTGGGGCAGTCGGAGTCCCGCCAGAGCGTCGGGATTCAGCTCGGGTTGCCGGCGTGATGCCTCTGTTCACTGCCAACCCGTTCGAGCAAGATGTGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000055371:ENSMUST00000102759:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0079014=VHS=PU(14.9=71.4)
A:
NA
C2:
PF0079014=VHS=PU(18.5=92.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types