HsaINT0160257 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000115145 | STAM2
Description
signal transducing adaptor molecule (SH3 domain and ITAM motif) 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:11358]
Coordinates
chr2:153006659-153032506:-
Coord C1 exon
chr2:153032117-153032506
Coord A exon
chr2:153006744-153032116
Coord C2 exon
chr2:153006659-153006743
Length
25373 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGT
5' ss Score
8.73
3' ss Seq
TATGCCAATATATTTTATAGAAA
3' ss Score
5.35
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGGTCCCCGGCTTCGTGGCTAGCCGGGGTCCTAGCGCTGGAAAGGTGGCCGTAGCGGCCGCCTGACCCCTACAAAAGTCTGGGACAGGGGCAGCGACAAAGGCCTTGGGAGGACGCCCATGGTCGGAGGGATCTCGCCCCGGGAGAAAAGTTGGGACAGGAGCGCGGGATCGAAGGGTGGACTCCGAGCCGGCCTGTCAGGCAAGAGCCGGGCAGGTGCGGTGGCGGAAGTGCAGGGACGGAGGCCGAAGCGGAGCGGTCTAGGGAGCCGCGGCCGCGGGTCACCCGGCGGGTAGCAGTTGCTGAGTGTCAGCTAGACAGCAGCGACTAGGGCTCGGGCGCCGGCGAGATGCCTTTGTTCACCGCCAACCCCTTCGAGCAAGACGTGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AAAAAGCCACGAATGAGTACAACACTACAGAAGATTGGAGTCTTATTATGGACATATGTGACAAAGTTGGAAGTACTCCTAATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000115145-STAM2:NM_005843:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.179 A=NA C2=0.138
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0079014=VHS=PU(21.7=71.4)
A:
NA
C2:
PF0079014=VHS=FE(20.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)