GgaINT0047229 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012561 | PKP4
Description
NA
Coordinates
chr7:38031979-38040818:+
Coord C1 exon
chr7:38031979-38032091
Coord A exon
chr7:38032092-38040783
Coord C2 exon
chr7:38040784-38040818
Length
8692 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACAA
5' ss Score
6.82
3' ss Seq
GACTTTTTTTCTTTCCGCAGTTC
3' ss Score
10.51
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACTCCAATTTCAAAGACTTACCAGAGAACTGGAAGTGGAAAGGCAAATTGTGGCTAATCAGCTAGAAAGATGTAGGCTTGGAGCAGAATCACCAAGTATCGCCAGCACAAG
Seq A exon
GTACAAGTCCCAATGACTTCACTTTCATATATCCCATAAGCTAAAGGGCCTCTTATGTCCTCTATCCGTGTATTTCCACTAACAGCTGTTCACCTTTCATCAATATCTTAAGTACAAAAATACAGATTTGCTATTAAGAGTTATGAGACAGTTCAAAAAGACCTAATCATTGATTACATAAATGTGAAGCTTTAATTTCTCTTTAAGTATGTTGAAATTGGTTTTTAAGATTCAGCCAAAGAGAAATGCAGTAGACTTGAAAATATTTGTGCTAAACTAACAGTGTTTCCTTCTGGGGTCATAACAAATATTTCAACAAATCAAACGAAAGTATTCCTACAAAAACTTAAGAAAGTGAGCATGATTATTTGCAATAAATAAGTAATCCCTTGCACCACCTAACACAACTGTTTTACTTTATCATAGAACTTGGCTTACGTTTCATTTGACAGTATTGTTCCTGGCATGAAAGTTTCTGTCTGAGAAACTTGAAAATACTCAAAAATATTCTTTGGGCAGGACTCCTGCTTTGTACCCTTCTTGCTTGTCCATCTTCCCTCTAGTTAGTGTTCAGATTTTGTTTTGAAAGCTTAATTAAAAAAAAAAAAGTTCCTACAGAAGAAAAAGTAAACAGCCTTTGTTATTAATTAGTTGTGAACATCAGAATGTCCAATTTCAGTGCATTTTCCTGAGTAGTATAAAAGGGAAAATGTTTTCTATGTCCTGGTTTAGAGAATTTGGAGAGCGAAGAGCACTGCATAAACATGAGTGAGATGTGGGTGCAGTTTTTGGAATTATGTACAATTACCAGTATCTACGCAGAGTTGGATACTACAGAGGTATGACTTAGACAGGCTTGAGTAGTGGGCCCAGGTAAACCTCATGAGACACAACAAATCCAAGTGCAGGGTCTTGTACCTGAGTTGAGGCAACACCCCCTACCAATACAAGCTGGGGTATGCAAGGATAGAGCGCAGCCCTGCCAAAAAGGACCTGGGGGTACTGGTGGACAGGAAGCTGGACATGAGCCAGCACTGTGCCCTCCTGACCCGGAATGCCAACTGGATCCTGGGCTGCATCAAAAGCAGCGCGGCCAGCAGGTCAGGGAGGGGACCCTGCACGTCTGCTCTGCACTGTGAGGCCTCACCTGGAGCACTGCATCCAGATGTGGAGTCCTCAGCACAGGAGAGACATGGACCTGTTGGAGCGTGTCCAGAGCTGGGCCACAGAAATCCCTACGAGGACAGGCTGAGAGCTGGGGCTGTTCAGCATGGAGAAGGGAAGGCTCTGAGGTGAGCTGAGAGCAGCCCTTCAGCATCTATAGGGACCGTAAGAAGGCAGGGGACAGACTCTTCAGCAGGGTCTGCTGTGACACGACAAGGGGAAATGGTTCCAGACTAAAGGAGGGGAGATTGGGACTGGGTGTAAAGAAGACGTTTTTTTACAATAAGTGCACTGGGGCACTGGCACAGGTTGCCCGGAGAGGTGGTGGGTGCCCCATCCCTGCAGACATTCAAGGTCAGGCTGGACCAGGCTCGGAGCTCCTGACCTACCTGTGGGCGTCCCTGTTCAGTGCAGGGGAGTTGGGCTACGTGTCCTTTAGGGGTCCCTTCTGACTCAAATGATTCTATGATCTATACCTCTGTAATTTACCACAGTGGAAAACAAAATTTATAGTTGTCATGATTTGGTATACAATCATTTGTTTTTAGTTACTTTCTTTATAGTTAAGCTATGTTTACTTATATGGAAAAAGTTTATGAAAGTTTAAGGGGAGAAAATGTTAGTGCAAAAGTTGGTTTATTTTATACTTTTGTATGAGTGTCTAGGTAAGCTCTTCAAGCACTTGTTTTCAGGTTCATAAAATGTTATTAATAACTGTAGAAAAAATAGACATTCTAAAATAAAGGTGAATTTTATTCATATAAAAATGCATAAGTATATGTTCATGTGTGTATATGTTTGCAAGCACCCTTGTACTCTGACTGCTGTTCTACTTCTTCTAAATTGTCTTATGTTATCTGAATCTAGTCCCAGAAAGAAAAATTCTGTATTTGAATCAGATTCTTCCACTTCTTCATGACCAGCTGCTTCTGCTAGAGTTAGTGTTCAAAAGAATTAAGGTAAAACAGTAGTTCGGAGGAGTTTCAAAGCAGGCGCAAATATAATGGCAAAATTTGTAGCTTAAAAAAATGTGTGTTTCCTCAAACTAAGTGATGTAAATATCTTGCTAAGGCTGACAAGGTGGTAAATAAATACGAAGAGGGCACCTGAGGCATAAAAAAGCTTGGAAACTGAATGCTTAGTGGAAAGAGCAAGTGGGGATGGCTGACAGCCTGCTCGAAGACCCACGCTGGAGTTGAGCACTTACACAGCAAAATAATGTTCCATCTAGCCAAGAATTTTCCAATACGCTCTTGTCTAAAAATAAATAAATAAATAATGTATATGCTGTCTTATTTTTACCATTTGTTCAGGTTTTCTTCCCCTGAGGAAATCAGCAATGTTTTGTTTGAAAGATAGTGCTTTAATCTTCTTTAATGCGGTTAAAGCGGCTGGGAGCATTTCATGTCAGAAGTCCAACTGGAGGCTGTGTTCACCTCAGTTGTGTGGCAGTGTCTCTGATGTTCTTGCTTCTAAGCTGGATTTCCACAAAACTACGTTGGCCTGGGGATAGTGCAGCTTGCAAAATAGATGCTGTCCCCCAGTCGTGGGTACTTCTGAGCCCATTTGGTTATTGCAGCTCGGGCTTCAAGCTGTTCTATGCTTCAGCCGAGTCATCCCTCTGAGCTAGCCCATCACCCTGTTGCAGGAGTACCAGCTCAGTGGAAGTCATTGTAACAGCTCTGGTAATGTGGAAGTACAGCAGCACAGGACAGAGCACACTCCATGCAGAAGTAGACACTGTCTGCAAGTCCATGCCTACATCCATCCTGCAGGTTGGCACCAGTGATGAGACTATAACCCACTGAGCTCACCCAGAAGGACTGGTATTGCAAAAGCACGGTTCATTCTGTTTCTGTTAGTCCTTAAGAAATATGTCTGTAGTCCTTAAGAAATATGTCTGTTGCTTTGTTACGCGTGAACAAAGGAAAGCAAACAAACTGTAGTTTGCAGTTTAGGTTTGTTAGACTGTTCCCTACGTGTAAGATAACTATATTCTAGGTGCCAGCCTCACACAGGCATAGCTGACTGTCTCACTCTCTTAAGAGGAGTGTGAATGCTGGCTGACAACAGCAACAGATCTGCACATACTAAGGAACTGTAATGTGATAGGTAGAGAAGCAAGAATTAGACCATCTGCAGCCCTGAACTAAGAAATGTTTTTATTTTTGTGTACTTATGGATTACTTGCCTGTTAAAATGGTTTCTTCTCATAATTGTATTTGTAAATGGGTATTTTACTCAGCCTTTCTAAGATCTTTCATGCCATCCTATATGTTTTGCAACATCTTAAGAGACTGAAGGAATACATGAGGATTAGAGTTGCATGTAAGTATTAAACATTTTAATGCATTATATGCTACAAGATTGGAGATGACAGAGTGGGGAAAAACAATATGAAGTTTCAGTTTTATCTTCTTATTTTTTTGTCGTGTTATAACATGCACAGGTTTCTCTGAAGAAGCCACTGGGATGTTCAGCCTCCCATATAGTACAGCATTGCAGCTAACTTTCCGTCTGTAGCGTTACTGATTCAGTCGGACTCAGTCCTGGGCTGCCAGGTGTGCTGGAGTGCGTGCTGATGCAGGTAGATATCAGTGTGTGTCAAGGGGCAGAAGTCAGACTCTCTTTGTAAAATGCGTTGCCTGACCTCTCAGGTGGGACTTCGCTGTGTGACTCTCAGGGTCAATTCCTCTTGCTGTTATTATGAGCTATCATGTGTAGCTCTTGAAAATTGTGTGATTTGAAGAACCAAAAGGCTCACAGTTACTAATTGAATAGTAACTACTTTAATATTACACTCGTTACAGCAGCTTGCCTTGAATGCTTTTTAACAAAAGTGCCATGAAAGGCACACTAGCCTTGGTCATTTAAAGAGTCCGAGTCCTCTTGGCAGCATGCTCAACAGTCAGAAATGAGCACTTCAAGTGCTAAACAAACTGAATCAATCAAATGTGAGTAGTGCTGTGCCTACCTGATGTCTTCTGACTTCTGTGAAACTATGTATTTACAGCCATCGGGGTGGTTTATTTTCTCTGCTTGCTGTACATATAATCCCTTTTTTCCAGTAGGAATTAAAGCACAATGTGAGCTCTCTGCAATAGTAGGAAATATTCCAAAATGGTTCTGTAGAGTATTGCACTCCCTGATTGAACACTGATCATTTTCTGTGAGACTGGATACTGCACTTTCATGCTCAGGTGGTTTTGGTTCTCACCAAGTGGCAGAATGCTTACGAGCAGTGTCAGTAGAGCACGTGGTTTCTTCTTGCCAGGTGGTGCCCCGTCAGTCACGCAGTGCTGGGAACTTGTGTTCCCCCGCAGCAGTGCTGCTGCCACACTTCCAGCCGGGCGCCGGGCCCATGCCTGGGGCGCTCTGTGGTGTGCAGCAACAGGCGTGTGCTGACAGCACTGCTCACCGCTGAGCACAGCCCTTCATACAGATACTGGGTGGCGTGTTGGTACGGCCTTCTGTAAAGCCTGACGTGTTTGATGGATGTGTCTGAAATTGCTTGCATGTATGATTCCCCAGATTTCAGGGCACATTTTGAGCACGTTCCTCAGACTTTGTAGTTCTCATTAGTGTATTATAAATCCTCTTTTATCTACCAGTAGAGTTTCTATCTTCTATATTACAAGTAGTTGCATAGAAAAATAAGGATTTTTTATTTTATAACTCCTTAGACTGTGATGATGATGTCTTGTGACGTCGATCTCCAAACTTCACAGTGGACTGTTAGCCTTGTTTGTTCTCCTGCTGGCAAAACATTGTCACTGTCTCCTGCTCTGTCGTACCGACTGATTACCCCCTGAAATGCCCTTCCTTCAGAGCTGTCTCAGGAAGTGAACTCATTTTTTCTCATGTTCCATTTCCCAAGTAGAAGGAATAACAAGAACAGAACCATTTGTTTCTGTAACAGCATCAGCAGTTTTTCAAGATTTTTCATGTTTTCTTTGAAACTTCCAAGTTGCTTTTTTGATTCGACTGCATGCCAGAAATTTCCGCCGCCCTTCCCTTCCACTTGTGCAGCTTCTTCCTTGCTACATGTAGGATTTTAGGTTTTTTGGTTGTCCTGGACATGAAAATACAGTAATCATGCTTGTAGGCATTTTGCTAGTGGTTGAGGTGGACGTAAAACCTCTGTTGTGTATGAGATGATTCCCTTCTTTGCCTATAAAATTCAGTTATCCACTTGAATTATTCCCAGGTGCTGAATGCAGTAATATCATCTCTGAATCTCAGTACTCTACATAGAGGTTCTCAAGCACTGCAGCTAGAAGAAATTCTGGGACTCTTCTGCAGATAATTTTTGTCATTAAAATATTAACTAGCTTTTCTCTTTTGTGTGAGCTGTTTTCTAATCTCAGGGATTTTTTAATTTCTCATGACTGGACACATAACTGTGCCATAGGCTTTGTCAGAGACTTTGAAACGTGGAAGCAAACTGATAGGCTTGCTGCTCGCTGTCTGCTCTGACCGCAGCTCACCAGCCTGGGCAGGTTAAGGAGACAGGCTACTCCTTTCCAAGAGCTGTCTCAGCCTGCTCCTATCACAGACACTTCAGTGGTGTGTTTCTAGTTGGGTTCGGGTAACTAACTGAAAACTCGAATATCCAGCATGTTCAGTATGGTCTGCGGCTCCTTTAAAAGTGGCACTGGAACAAACAGCTGCTTACAGCGGTGCTCGGGGTGCCCGCAGTCAGAGCAGTTTGTGCGCCGTGTTTGTCCCAGCCGAGGGGCAGCTGGGCAGGCCGGGAAGCTTTGCATCCCCTCCCGAGGTGCTTCTGAGGATTCGCTTGGCTCTTCCGTGGTGTTCTGTTTCCTTTATCTCCTAATTGAATTGGCTTCTTGGTTTTTTTAATTACATTTTTTTCTTTTATGATAACCAGAGCAATTCAGGAACTGCACTGTTCTTAGGTTTTTTGTTCTGTTTTGTTCTCTTTTTCTTCTCTTGGAACCTTGCTTTCATGTTCTGTTTACTCAGAAAACCAGATAACTGGGTAATTTTCTTGTTACAGCCCTGGTGTTGTGCTTGTGTTCTGTTTACACAGACCATAAGCTTTGGATGCCCATGAAATGGAGGAATTTTGTTTTTTGTACAATTTGATTTCTGATTTTCAAATGTGTAAAAATGTGGATTACTGATGAGCTGCTCTGCTGATAAATTGAAGAGCAATTAATTAATATTGACTTGAGCTGCACGCATGAACACATGCTGTGTTCTGCAGTCCTGCCCGGGCTGTGAAGCTGGGCTGTTCTCCTGCGGGCAGTCACCTACACATGCACACAGAGGTGCAGCGGGTGCCTCGGCTGGGCTGACGGCGCTGGTGGGCAGTGGTGACAGACCAGGTGCTGTGTGTCAGCCTGTCGCCCTCTGAAGCCTCGCAGCTGAAGCACTGAGGAGCACTGGTTGCCACAGTGCATCGTTTGGCTAAATGACGTGGGGCTTTCTGGAGCCGGCAGGAGCTGCATCCTGGCCGTGCTCTGTGGGGCCAGCAGGTGTGCTGTGTGCAGGGCTGGACTGCTGTCATCAGCTCTCAGCTTCAGGATTTCACCTGGAGTAGCGCCTTTCAGTCGGTGGCCAAACTTGGGTGCAGTGCTCCAGATACGGCCTTCTAAATCTCCTCCCAGAGCACAAGAGGCTTGCCTTTATCAGCTGAAAACCCTCCCAGTCACTTGTAGTGCCGCTCACTCTTGCCACGCTGGTGGCAGAGCTGCTGGGTTGCACATGGGACGTGAGGTGGCTGTGGTACAGCAGAGTGGGTGCAATGCTGGCATGTTGGTGGGGGCAAGAAGGTGCCTGTAGAAAAGCTGGAGCTGAGAAACCATCTTGAAAGTGTATCCTTAGTTAAAATGTTACTGAAAACTTGTGCTACCAACAAAAGAATCAAATATACAAAATCTCATTGTACTTATTCTGATGATTACTCGTTACTAGTAATGTATATTACAGTATATAGATTTTAACATACCAGGAATTTAATTATACACAGCTTTAAGCCTCCATACTACTTATGAGTGTGCTCCTGATGTAGGTATTTAACACGGCAGATGAAGGACAGCTAAAGCATTCTGTGTGAACAGACATGAAGGGTTGGCTGGCAGCTCTGGCCAAGCAGTAGGCTTACAGCCCTGCACATAAAGCCCTTCCCCTGGTTGTCAGCAGGTGGGATGACACAGCTCACATCAGCACAGAGCTGAACTCTGGGGAAGGGAGTTGCTGGCTGTGTAAGTTATCCTCATTGTGCCCACAGGATGATGTCTGTATGGATCTGTTGCTTATCCCAATTTGGCATGGAGTTTGGATTTGTTTATCTATGTGTTTAGTGATTCTGACACTGGACCTGAGTTCTGGAGCTCCTAACTGCAAGTTTAGCACTTCCATACACAACAGCATTGTCTCCAGAAAATGTTCTGTTTTCATAGTGCGAAGTAGATATCTAGTATTGCTCAAGTTGCTGTGCTCAAATATTGTTTACAGGTGGTAGCTTTGGTAGAAAAGTACAATAAATAATGCGGAAATAGATGTGTCTTATCCAACATCCCAAGGGCCTGCTGATACACAGACATCATTAAGTCTGATGGAGGTACTCATACTTTCTTCTAAACAGCTTTTTGTTTGGAAAATAGTATCTTACAGTCATTGCAAAGTGGTGTAACATCGAAGTTGGATAATCAACATGTAGAGTGAGGGAGTCGTGTTTTTTATTTAAAAAAAAATGTATCCAGTGGATGAATGTAGCATCTGTCTGTAAAGGTAGTCATGCATTGATACTATGGCAGCATGCGGGAGTGCTTCTGTAGAAGAATCAAAATGGTTAAGATAGTTCTCTGTAAAATAATTATTTGGAAAATGCAAGTAGAGGTTTACCCAGATGATAAACACCTGCTGGATCCTGGGAGTAGCTGTTCCCCAAGGCAGGTTCCACCTGAACCGTGTAAAAATGTGTTACCTGTTTGTACTTGGAGGTGGGCATGTTGTGGTGTGTCGGATGGCTTTGCTTTTTCCCATATGCGAGGGATCAGAATTCTCTCTAGGATACCGGGAGGGGAAATGACAGCTAAACGTGCAGGTTCCATTTCTGTTCATCTATTCAGAACACATCGCGCGTCAATGCAGACTGCACTAGAGTTGTGATTCCCAAGCTGTGCTAGGCTACGCCATCAGCAGTGAACGCTCCTTTTGGGCGTTGTTTTACTGCTAATCCAGCACATGATTCTGAACTTCTGCTGCATAGGATTGGTTACACCATGGGGCTTTAATAAGGCGCACATCACACCCTTACCTGTGCTGATGCGGAAAGGCCAAACTCTTTGGTCATTTATCAGACCGTGAGTTACAGGGAATTCCCCCTGATGAATACAAAGTGAAAGCCGATACCCAGAGGTTTAGTTGCAGTATTTAGTTGCAGTGCTGGCTACTGGAACTTTGCTGGCTTTTGTGCAATTTGGTACACTTGGGTTTAGAAAGAAGGAAGTCCTGACTAGCAATGTGGTTCTTTTTGTGATGACTTTTTTTCTTTCCGCAG
Seq C2 exon
TTCTACTGAGAAGTCATTTCCTTGGAGATCACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012561:ENSGALT00000037713:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.614 A=NA C2=0.877
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF108283=DUF2570=PD(50.8=78.9)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]