GgaINT0047229 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012561 | PKP4
Description
plakophilin-4 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001006529]
Coordinates
chr7:35896734-35905573:+
Coord C1 exon
chr7:35896734-35896846
Coord A exon
chr7:35896847-35905538
Coord C2 exon
chr7:35905539-35905573
Length
8692 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACAA
5' ss Score
6.82
3' ss Seq
GACTTTTTTTCTTTCCGCAGTTC
3' ss Score
10.51
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACTCCAATTTCAAAGACTTACCAGAGAACTGGAAGTGGAAAGGCAAATTGTGGCTAATCAGCTAGAAAGATGTAGGCTTGGAGCAGAATCACCAAGTATCGCCAGCACAAG
Seq A exon
GTACAAGTCCCAATGACTTCACTTTCATATATCCCATAAGCTAAAGGGCCTCTTATGTCCTCTATCCGTGTATTTCCACTAACAGCTGTTCACCTTTCATCAATATCTTAAGTACAAAAATACAGATTTGCTATTAAGAGTTATGAGACAGTTCAAAAAGACCTAATCATTGATTACATAAATGTGAAGCTTTAATTTCTCTTTAAGTATGTTGAAATTGGTTTTTAAGATTCAGCCAAAGAGAAATGCAGTAGACTTGAAAATATTTGTGCTAAACTAACAGTGTTTCCTTCTGGGGTCATAACAAATATTTCAACAAATCAAACGAAAGTATTCCTACAAAAACTTAAGAAAGTGAGCATGATTATTTGCAATAAATAAGTAATCCCTTGCACCACCTAACACAACTGTTTTACTTTATCATAGAACTTGGCTTACGTTTCATTTGACAGTATTGTTCCTGGCATGAAAGTTTCTGTCTGAGAAACTTGAAAATACTCAAAAATATTCTTTGGGCAGGACTCCTGCTTTGTACCCTTCTTGCTTGTCCATCTTCCCTCTAGTTAGTGTTCAGATTTTGTTTTGAAAGCTTAATTAAAAAAAAAAAAGTTCCTACAGAAGAAAAAGTAAACAGCCTTTGTTATTAATTAGTTGTGAACATCAGAATGTCCAATTTCAGTGCATTTTCCTGAGTAGTATAAAAGGGAAAATGTTTTCTATGTCCTGGTTTAGAGAATTTGGAGAGCGAAGAGCACTGCATAAACATGAGTGAGATGTGGGTGCAGTTTTTGGAATTATGTACAATTACCAGTATCTACGCAGAGTTGGATACTACAGAGGTATGACTTAGACAGGCTTGAGTAGTGGGCCCAGGTAAACCTCATGAGACACAACAAATCCAAGTGCAGGGTCTTGTACCTGAGTTGAGGCAACACCCCCTACCAATACAAGCTGGGGTATGCAAGGATAGAGCGCAGCCCTGCCAAAAAGGACCTGGGGGTACTGGTGGACAGGAAGCTGGACATGAGCCAGCACTGTGCCCTCCTGACCCGGAATGCCAACTGGATCCTGGGCTGCATCAAAAGCAGCGCGGCCAGCAGGTCAGGGAGGGGACCCTGCACGTCTGCTCTGCACTGTGAGGCCTCACCTGGAGCACTGCATCCAGATGTGGAGTCCTCAGCACAGGAGAGACATGGACCTGTTGGAGCGTGTCCAGAGCTGGGCCACAGAAATCCCTACGAGGACAGGCTGAGAGCTGGGGCTGTTCAGCATGGAGAAGGGAAGGCTCTGAGGTGAGCTGAGAGCAGCCCTTCAGCATCTATAGGGACCGTAAGAAGGCAGGGGACAGACTCTTCAGCAGGGTCTGCTGTGACACGACAAGGGGAAATGGTTCCAGACTAAAGGAGGGGAGATTGGGACTGGGTGTAAAGAAGACGTTTTTTTACAATAAGTGCACTGGGGCACTGGCACAGGTTGCCCGGAGAGGTGGTGGGTGCCCCATCCCTGCAGACATTCAAGGTCAGGCTGGACCAGGCTCGGAGCTCCTGACCTACCTGTGGGCGTCCCTGTTCAGTGCAGGGGAGTTGGGCTACGTGTCCTTTAGGGGTCCCTTCTGACTCAAATGATTCTATGATCTATACCTCTGTAATTTACCACAGTGGAAAACAAAATTTATAGTTGTCATGATTTGGTATACAATCATTTGTTTTTAGTTACTTTCTTTATAGTTAAGCTATGTTTACTTATATGGAAAAAGTTTATGAAAGTTTAAGGGGAGAAAATGTTAGTGCAAAAGTTGGTTTATTTTATACTTTTGTATGAGTGTCTAGGTAAGCTCTTCAAGCACTTGTTTTCAGGTTCATAAAATGTTATTAATAACTGTAGAAAAAATAGACATTCTAAAATAAAGGTGAATTTTATTCATATAAAAATGCATAAGTATATGTTCATGTGTGTATATGTTTGCAAGCACCCTTGTACTCTGACTGCTGTTCTACTTCTTCTAAATTGTCTTATGTTATCTGAATCTAGTCCCAGAAAGAAAAATTCTGTATTTGAATCAGATTCTTCCACTTCTTCATGACCAGCTGCTTCTGCTAGAGTTAGTGTTCAAAAGAATTAAGGTAAAACAGTAGTTCGGAGGAGTTTCAAAGCAGGCGCAAATATAATGGCAAAATTTGTAGCTTAAAAAAATGTGTGTTTCCTCAAACTAAGTGATGTAAATATCTTGCTAAGGCTGACAAGGTGGTAAATAAATACGAAGAGGGCACCTGAGGCATAAAAAAGCTTGGAAACTGAATGCTTAGTGGAAAGAGCAAGTGGGGATGGCTGACAGCCTGCTCGAAGACCCACGCTGGAGTTGAGCACTTACACAGCAAAATAATGTTCCATCTAGCCAAGAATTTTCCAATACGCTCTTGTCTAAAAATAAATAAATAAATAATGTATATGCTGTCTTATTTTTACCATTTGTTCAGGTTTTCTTCCCCTGAGGAAATCAGCAATGTTTTGTTTGAAAGATAGTGCTTTAATCTTCTTTAATGCGGTTAAAGCGGCTGGGAGCATTTCATGTCAGAAGTCCAACTGGAGGCTGTGTTCACCTCAGTTGTGTGGCAGTGTCTCTGATGTTCTTGCTTCTAAGCTGGATTTCCACAAAACTACGTTGGCCTGGGGATAGTGCAGCTTGCAAAATAGATGCTGTCCCCCAGTCGTGGGTACTTCTGAGCCCATTTGGTTATTGCAGCTCGGGCTTCAAGCTGTTCTATGCTTCAGCCGAGTCATCCCTCTGAGCTAGCCCATCACCCTGTTGCAGGAGTACCAGCTCAGTGGAAGTCATTGTAACAGCTCTGGTAATGTGGAAGTACAGCAGCACAGGACAGAGCACACTCCATGCAGAAGTAGACACTGTCTGCAAGTCCATGCCTACATCCATCCTGCAGGTTGGCACCAGTGATGAGACTATAACCCACTGAGCTCACCCAGAAGGACTGGTATTGCAAAAGCACGGTTCATTCTGTTTCTGTTAGTCCTTAAGAAATATGTCTGTAGTCCTTAAGAAATATGTCTGTTGCTTTGTTACGCGTGAACAAAGGAAAGCAAACAAACTGTAGTTTGCAGTTTAGGTTTGTTAGACTGTTCCCTACGTGTAAGATAACTATATTCTAGGTGCCAGCCTCACACAGGCATAGCTGACTGTCTCACTCTCTTAAGAGGAGTGTGAATGCTGGCTGACAACAGCAACAGATCTGCACATACTAAGGAACTGTAATGTGATAGGTAGAGAAGCAAGAATTAGACCATCTGCAGCCCTGAACTAAGAAATGTTTTTATTTTTGTGTACTTATGGATTACTTGCCTGTTAAAATGGTTTCTTCTCATAATTGTATTTGTAAATGGGTATTTTACTCAGCCTTTCTAAGATCTTTCATGCCATCCTATATGTTTTGCAACATCTTAAGAGACTGAAGGAATACATGAGGATTAGAGTTGCATGTAAGTATTAAACATTTTAATGCATTATATGCTACAAGATTGGAGATGACAGAGTGGGGAAAAACAATATGAAGTTTCAGTTTTATCTTCTTATTTTTTTGTCGTGTTATAACATGCACAGGTTTCTCTGAAGAAGCCACTGGGATGTTCAGCCTCCCATATAGTACAGCATTGCAGCTAACTTTCCGTCTGTAGCGTTACTGATTCAGTCGGACTCAGTCCTGGGCTGCCAGGTGTGCTGGAGTGCGTGCTGATGCAGGTAGATATCAGTGTGTGTCAAGGGGCAGAAGTCAGACTCTCTTTGTAAAATGCGTTGCCTGACCTCTCAGGTGGGACTTCGCTGTGTGACTCTCAGGGTCAATTCCTCTTGCTGTTATTATGAGCTATCATGTGTAGCTCTTGAAAATTGTGTGATTTGAAGAACCAAAAGGCTCACAGTTACTAATTGAATAGTAACTACTTTAATATTACACTCGTTACAGCAGCTTGCCTTGAATGCTTTTTAACAAAAGTGCCATGAAAGGCACACTAGCCTTGGTCATTTAAAGAGTCCGAGTCCTCTTGGCAGCATGCTCAACAGTCAGAAATGAGCACTTCAAGTGCTAAACAAACTGAATCAATCAAATGTGAGTAGTGCTGTGCCTACCTGATGTCTTCTGACTTCTGTGAAACTATGTATTTACAGCCATCGGGGTGGTTTATTTTCTCTGCTTGCTGTACATATAATCCCTTTTTTCCAGTAGGAATTAAAGCACAATGTGAGCTCTCTGCAATAGTAGGAAATATTCCAAAATGGTTCTGTAGAGTATTGCACTCCCTGATTGAACACTGATCATTTTCTGTGAGACTGGATACTGCACTTTCATGCTCAGGTGGTTTTGGTTCTCACCAAGTGGCAGAATGCTTACGAGCAGTGTCAGTAGAGCACGTGGTTTCTTCTTGCCAGGTGGTGCCCCGTCAGTCACGCAGTGCTGGGAACTTGTGTTCCCCCGCAGCAGTGCTGCTGCCACACTTCCAGCCGGGCGCCGGGCCCATGCCTGGGGCGCTCTGTGGTGTGCAGCAACAGGCGTGTGCTGACAGCACTGCTCACCGCTGAGCACAGCCCTTCATACAGATACTGGGTGGCGTGTTGGTACGGCCTTCTGTAAAGCCTGACGTGTTTGATGGATGTGTCTGAAATTGCTTGCATGTATGATTCCCCAGATTTCAGGGCACATTTTGAGCACGTTCCTCAGACTTTGTAGTTCTCATTAGTGTATTATAAATCCTCTTTTATCTACCAGTAGAGTTTCTATCTTCTATATTACAAGTAGTTGCATAGAAAAATAAGGATTTTTTATTTTATAACTCCTTAGACTGTGATGATGATGTCTTGTGACGTCGATCTCCAAACTTCACAGTGGACTGTTAGCCTTGTTTGTTCTCCTGCTGGCAAAACATTGTCACTGTCTCCTGCTCTGTCGTACCGACTGATTACCCCCTGAAATGCCCTTCCTTCAGAGCTGTCT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Seq C2 exon
TTCTACTGAGAAGTCATTTCCTTGGAGATCACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012561:ENSGALT00000020513:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.816 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]