HsaINT0126255 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000144283 | PKP4
Description
plakophilin 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9026]
Coordinates
chr2:158577271-158603104:+
Coord C1 exon
chr2:158577271-158577383
Coord A exon
chr2:158577384-158603069
Coord C2 exon
chr2:158603070-158603104
Length
25686 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAG
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
TTTTCTTTCTTTTTCTTTAGCTC
3' ss Score
11.26
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTCAACTGAGAAGTCATTTCCTTGGAGATCAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000144283:ENST00000389757:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.656 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF117563=YgbA_NO=FE(54.4=100)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains