GgaINT0057966 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000005892 | SCUBE2
Description
signal peptide, CUB domain, EGF-like 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30425]
Coordinates
chr5:8948883-8956068:+
Coord C1 exon
chr5:8948883-8949086
Coord A exon
chr5:8949087-8955900
Coord C2 exon
chr5:8955901-8956068
Length
6814 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGT
5' ss Score
10.36
3' ss Seq
CTGTGTTGTTCTTCCTCTAGATC
3' ss Score
11.45
Exon sequences
Seq C1 exon
ACACGTGTGATGTGCGCTGCGCCCGAAAAAAGACAGAGAAGAGGTTCCGTAAAACCATCCGAACCTTACGGAAGACGGTCAGCAGGGACCAGTTCCGCGTCCGTGTCTCTGGCATGGACCACGAAGTGGCCAGGAAGTCCCTCAAGCTGTCGGAGCCACAGCAGTCGTGCGGTGTGGGACAGATGCATGTGGGTAGCAGATGTG
Seq A exon
GTAAGTGAGTGTGAGTCAGGAACAAACCATCATAGTACAGTGGGATAAGCGCTCAGCACAGTGTGCTTTGTTGTGGGTGATGCAAAACCTACGGTAAACTCAAAGGTAGAAAGCCTGAGGGCTTAACAGCGGGCACCGCTGCCTGGGGATCACCGGTGTTACTTATAAAACACTGCGTTTGCCATCCATAACGCTGTGCTTCTGAACTTGTGAACATTTTGTATCTTGCTGAGCATTTTCTCTTTGCTGGTTAGGCTCTGATTCTCGGAGAATCTTCATGTCAGAGTTATAACTTCACCGAGAAAAGGGGCTTTCTAGGCCAGTACTGAGAAAAAAATCTCCATTATCGTGACACTAAAGGGCACCGCCGCAGTGAAACCCACAATAAATACTTCCAAAGCACAAAAGTTAAGGAGAAGGGTCAGATGTTGTCTTAACAGGGGTCTAACAGCCATGACGGCTAGCTCAGGCTGCATGGGGTGCGTAGCATGTAAGTGGTTTTGTGAATCAGCAAGCCTTTAAAATGCTTGTCAGACTGAATTAGTACGTCTTCCAGCAGCATCCCACTCAGGCTTAGAATAGATTTTCCCATCTAGTTTTGCTAACTCTGGAAACACTTGAATGCAAATAACAGAGAAAATGCTTTTTCGTTGTTGTTTAAAACATCAGTTTAGGGGAATTAGTTGGGAGTTCTATCAGAAAGAGCTGTGCGTTATGATGTAATGTTTTATAATAATGATGTAATGTATTATAATAAGCCTGAAAAACTTTGGAGCCTTCATCATGCTGAGGTTAGGTGGATGTTTTCAAGCTGTTGTGTCTGATGCTGCAGGAATGGTTTGAAAATGTCTCTGCCTCAGTCTGTTGAATGGAGTACAAGGTGCTTTCAAGCTCATCTATGACTTAATCTGGAAAAAAATCAGCAGTGAATAAGCTCAAAACACTACAGGTAAATGCACCCAGAGAAAACATCATCTTTGCTTTTGTCCTCAACCAATGTGAGTTGCAATTAGGAAGTGGAACAACAAGGGAACAATTATTTTTAGGTAGCCACGGGGCCCATTTCTTTTCTCATTAGAAATGAGCTGCTTACATGGAGCTTCTGTGCTAGTTCAGAGAGCAAGCGGCCTTCTGGAGAAGGTCAGTGAAATAGCCTGTCTGTGGCAAAAGCAGCCAGAGACGCTGAGCATATCAAGTGTTTTGAAGAGGAACTTGTAAAGGTCCAGACTTCTTTTGCTGAAATGGTGCCATGGTTCACCCTACACACCTTGTCAGGTTCTGCTGGGAGCACTGAGTCCTGTAAGATATGATTCCCTGAGGGCCTTATGCCTGGAAAGGTGCGATTGCCAAATGGATCTTCTTTTCCTTAGCTGAGTGATTCAGACCAAGTCCTTGTGCAGATTTGCTGTGATCAAATAGGGCAGAGATCCACAACACCTCTTACTTGAGTAGATGCTAACATCTCTCTTCTCTGTTTTAATGTTCCCCACCTATTTACATTAAACTTACAGAAACCTGGTACCTTTGAAACCTCTCCACATCTTTTGTCACGTTGCTGGAAGCTAAACTGAAAGTTTGCTGGTTGCTGAGGGAACATAAGAGTACAGGCAGAGGCAGTGCTATTACACATGCCTCATTTCCTTAGAAAAACCAATTGTGTGGGTAAAGCAGTGCTGGGCAACTGCTGCTGCTGTCTGACTGCTGGTCAGAAGGAGCTGAGAAATAGAGCGGGGTGGGGGAGAGAAAGAAGCGAGCTCATGGGTGTGTGTGAGAGCAGGACTTTTTCCTTTTGTTTTGGTCTGACTGTTCTGCAGAGCTGCTGAGAGCTACTGGGCAGGTGGCAGCCCTGTGTATCCAGGCATGGTAATGATTCTGGTGTGGAAGTGACACTATAGCAAGAGATACTGGGTCAGCAGATGAACCCAGTGCCACTGGGGCACGTGTTCTCAGGACAGGCGGCGAATTTTGGCAAAAGGATTTTGCTCAGTCTGACCAGAGAGGCAGAAAACAGTGATGGAAAAAATACGGCTAGGGACTGACAAGTCCTGGTTTTCCTGCTTTAAGTCCTGCTGACCATAGTGGGCCATGCTGCAGAGCAGAGGATCTAGAAAGGCACCAGGAACAGATCAGATGTAATCATCCTTAATAGGCTGAGTGGTTACACGTGTGTCTGCTGTTCTTTTAACAGCTGTTGATAGTAAAAGAGAATTCACAGTGCGTTCCAAGGAGTGGTGTATTTCATTTCAAGTTTGCTGTTCAGCATCAAGTCCTGTTCAGGCTTTTCTGACACTTTTGTGGCCCAGATGTTGTAGTTTCCTATTGGGTGTGCAAGCTCTGTGCCAATGAGGAAGGGTATTTAGTATTGGCTCATTAATTCTGTGAAGTCCTGAGAATGACCTATGTGGAGCAGCCCGCTGTAGGTCTCTATTAATGTGTATCACGGGAAATGGAACCTTAATCAACCTTCCCAGAGAATTCTGGATTCTCATAGCAGAGTGTGTGTCTTTCCACACTGCAGTAAATCTTATCGTGAAAAAACTTACCTATTTGATTGGTGGTGCTTCAAGACTGGACCATCTGGGGATGCTGGAAGTGCTGTGTGCTGCTTTGAAAGCAGATTTGTCTTGGGGGGGAGAAATGCGGTTTTCATTCACCAATCAGGCTAAAAGCAGTTATTCTTCAGCATGAGCAAGAGTTGAAACAGGTGGCCAAAGACCAACTCTTCAAATACTGACAGTTCCTTGTCATAATCTGATTAACAATGACATCCATACAGACAGAGAAGAAAAAGATAGCTACTGTGGACCTTTTGCCTGCAGGTATTTTCCACTGAGGGAGAGGCAACAAGCAGTTCATCTGTTTTTTCCATCACTTTAAGTGCTGTCGTATGTTGATTGTGCCCCATGGAGCTGAAGGTACAACTTTCTGTGTTTAGTATTTTTTGTGTTCCCTGTTCATTGCAGGGGAGTTGGAATAAATGGCCTTGAAGGGTCCCTTCCAACTCTAAGGATTCTAAGATAGCTGTGTTAGATAAATGAATGCTTTAATAAATGAAAGGAGGCAAACAAAAGTAAATGTTCTCTGAACTTGCTGTGTAGAAGGGTATGTTGCTGCAGTTACAAATGGATTAATCCAAAGACCTGTCACTTAAGAGAACAGCAAGCATGAGAACTGCACTGGCATAGGTACTGCTCTGATGTAAACACTGAGCAGCTTTATCTTGGGTGGGAGATGCTGATGCCTTCTCTGCTCAGCATCCAGCAGTTTTGTCCCCTTAGTTTAGAGGATGCAGACAAAATAGTAACAAAATAGTCTTAAAGCTTATATGTGGTGTGATGGGACACCATGGAAGTATGATAAAAGATACAGAAAGAGGAAAGTGCTGACTGCCGTTGCGTTTGTTGCAATTGGTGGTTGTATTTCCACACAGTGGAGAACTGTGAATTGCATTTATTTCTTATGTTTTTGTAAAACTGACAAGGAAAAAAATAAATGATTAAATGTCAGAGTGCCTTTTGCTTGTTAGCCTGCTTGCAACCGTAGGTTTAAGACACAAATCCTTCAGACATAACTGCCTCATGTGCCTTAGGTGTGTGAACTGCTACAATACAATAACATAAAGGATGAGGCTTTTGGAATTGATTTGTGCCCCTTGTCAGTAATTATCCTTATAAAGTCAAGGCGTGATTCTTAAGAAAATGGTAAAATGGTGGATCATGACCTCCTTTACAAGGTTCACCTTCTTATCCACTGAAATACTGCAGCGTTTGTCCAGAGGAGCAAACACTCAAAGGCCGATGTGCTGAAAAGAGAGGAAAGAGCCTCTAAGTGTCTTTGTAACCCTTAATCCTGGTTCCCTGTGCCCCCTCTTCTTTTCTTTTCTTGTTTTTGCATCAGAAAAGCTTTCACTCTTTTTTTTTTTTTTCCTTTCCCCCCTTAAAACAGCTGCATGAGATTCAAGACCAGTTTTTTTTTAATGGGCATTGAAGGCCAACAAAGACAGTGGCTGCAGAAATGAAGTCTACTGGAGGCAATTGGTTCTTTTGTTCGTTTGGAGAAAAACAATCCGGTTCCTGGAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGCAAAGCCAGCAAGGGGGATTCTGATTTATGCCATTATTTGCACATCCTCAGATCTTGTTTTGAGTGGGTATTTCCCATGTGTCAGGAGGGACGCTGTGCAGCTTCCAGTTCTGTGAAACTCCTAGGGCTGGTAGAAGCTCCTGGAGGCTCGTAGGCATTTTTAGTTTCATTGAAACAAATGCTGTGATGGGAGAAGTTTGAACTCAGTTTTATTTTGTTTTTCAGAGAGGGTTCGTTTGTGCCAACCTAACTTCATGAACAGTCCTGCAGATTCCTGTGGGATGATATCTGTGGTATTGATGTATTGTTCCCACAATTAACGATGCTGTAATTGAACCTAACACCAAGTCTGTTGTGTTGAATTGAGTCCTGGTGAGTGCAGTGAGTTTCTAAATATGCTTCCCTCATTAGCCCTGTTCTGTGCTCCAGTGGCATGAGATGCCTGGGCTGCATCTCCCCTCTGGGGAGAAACCAGGAGCAGTTTACAAGGAACGCATCTGTGGCTCATAGTGTCTGGGGAGCTGTACTGCTTAGGAAAGCTCGGGTTGAGATGGTAGTGTAAAGAAACCAATATATTTCTTAGACTATAAACCAGATAGAGGTGTGAATTATTATCCTAGTAGGCCTCTCCATCCAGATCTGAGCTCCTTAATCCCAGAAGCCACATCATGAATGCTATCTAATAAACCAGTGATCTTTGTTGTGAAAGCAGCCAGCGTTCCCCTCTCCCACCCTGCCTTAGAAGGCAGCTTCACGTGCTGGGGCCCTGACAGCAAGTAATTTCTGAGCAGGGGGGAGAGCACGTCCTTCCTGGAGTGGATCCAGAAATTATGGACTTTGCTGAAAAGTTCTAGATTTGTTCGGTTTTATACCACAGGAAGCTTTACAGTTTTACAACGTGAGCTTTCAAGGAGATGCAGATGGTAAAGTTGTCAGAAGAGAGCTGATGGCGTAGGTTCTCAGATGTAACGTCTTCACGTGAACGGTGTGGATTTGGTTCCTGCCTGGGACACGTTTCCCTCTTAGACAGCCTGCTGGACTCAGAGAAAGCTCAGAAAGCAGTTTTAAGGTGGAATTTGTATGACTTTACCAGTGCAAAGTAGTGGTCTGTTCAAAAACAAAACAGCAGCAACAGACCCAAAACTCACCTAAACAGTCTGAACTTCATGCATGATTAAAATGAAGGGAAAAAGACAGATGTAGGGGACAGAGCAGGCAGGCAGCCTCCAGTGAGGATACTTGGTGGATGGATTGCCTGTACAACCATACAGCTTTTGTGGGGAAGGAGATTTTCACTGATCTTTTCACTGCCTCTTTATTCCTGAAGCTGGTAGCTGCGTCTCAAAATCACCTTTACTATCCTTGATTGCATCTCCTCATCACAGAATTGTAATTAGTCTTTCCTTACCTTACTGAGGTTGTTGCATGAAAGCCTTACTTCATCCATTTTTTGTTAAGTTGCACAAGGAGTGATGAGTGTTCTGTAGAAATGTTTATAAAATGAAGAAAAGCTTGGGAGTGCATGAATGTGTGTACTTATGAGAGCAGAAGTGATGTGTGGTGGAAATAGTTAGAACTGAGGCAGTCTCTTTCTGCACTAGCTTTCATTGATAAGCTATGGAGCATTGCTTAATTCTGCTGTATTTTATTTTTAAGTGAAGGAAAAACACTCAGGACTCCACTCCGTTTATCAGCAATAAGCAAAATTCTTCATCACTGATCATGACCGGTAGTTAATGCCCTGCTTGTTGTTAGTCATATATCCTGAAATGAAGCCAAGGCCAATTTAACTTCCTAACAAAACAGCTATTCACCGAGTGATTTATTGGAGCTATAAACTAAAACTAACAGTTTGTTATTGTAACAGGTCTTTTAAAGGACAGGATTTTTCAGCACAGCTGTACAACTGCAACACTATTTTGTACCTTCCAGAACAGGGTGATTATTAAATGCTGGCACTGAAGTCAGTTCTTTTGTGCAAGGTTTCAAACACAGATTTTGTCAATACCTGTAAGTATTCCTGGGTTTATTGGATAATATCAGACTGTGTTCAAGTAAAATCAGTCTGGTTGATGTTATCTATTCATCATGCAGAACACAACTATCCAGTGCACAGGTGATCATTATCCAAGAATCACTACTGGCAAGAATATTTCTGCTTTAAAAGTCTTTGAGCCACATCTAGTGCTTAGTGAATTTGCACGATTCCTGGTTGCACTTGAGCTTTTAGGACAATTCCGTAACCTCAGCAGTTATGAAGTACAACAATTCACTACTTACTAACATGAAAATACTTTTAGAAATCTGGAAGTAACATTTTTGATGTCTTAATTTCAGTACTTTTTTTTTTTTTTCTTTTGGCAAGGGTCTGAGAGTTCTTTAGAAAGAAGAGTTAATCTCTATGTTATTGCTCTGTACTGATTAACAGCAAGCGCTGGACAGGCTTAGTGTCCAACGTAGCCTTGCAACAAAGTGTGAAGGCTGTTCCAGTCCACCGGAGCTCACCAGCACCAGAGGTTATCAGTGTTCGTGTCAGATATGCAGGGTACAGTGTATGTATTGAGTTCTTTCTGTCATTCACATTCAGTTCTGAAACCTCGGCCCTCACGATTTCAGAGGAAAACAGTTGCACAATGGAGTTTTGGGTCCTGCATACGCTCACTACTTACCTCCATTGTAAAATATGAGTTGAAGCTCCTGTGTTGTTCTTCCTCTAG
Seq C2 exon
ATCAGTGCTCACCAGGTGAATATTCCTCTGATGGCTTCAAGCCCTGTCTGCCATGTCCCATTGGAACATACCAGCCCGAAGCTGGGCGAGTGTCCTGCTTCCCCTGCGGAGGAGGTCTGACGACAAGACACAGCAGTACGTCCTTGTTTCAGGACTGTGAGACCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000005892:ENSGALT00000009480:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.101 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF076998=GCC2_GCC3=WD(100=84.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]