GgaINT0070370 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000010566 | NPNT
Description
NA
Coordinates
chr4:39968079-39974798:-
Coord C1 exon
chr4:39974748-39974798
Coord A exon
chr4:39968172-39974747
Coord C2 exon
chr4:39968079-39968171
Length
6576 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTAGC
5' ss Score
5.61
3' ss Seq
GAGCGTTCTTCTATTTGCAGCTA
3' ss Score
7.79
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTTCTACGTCTTAAGGCAGAGAATAGCCAGCCTAAGGTGCCAGCCCAAAG
Seq A exon
GTTAGCCCAACATATTTCTTGAAATAATTGTGGAAAGATTATGGCTTGGAGTCGTGGCCTCTAAGTCGTTAATTGTACATAAAAACTATAATACATGGCAAGAAGATGTAGATGTTCTCTTTTTTCTTTTCAATATTTTTGAAGCATCTGATTTGGGGAGGATGGGGAGGGCGGGAGAGGGAAGAAAACTAACAAGGCTGTTTCATCCCAGTCACCTATCCGATGACACGCAGCTTATCTCCTAAACCATTGCACTCTTTTCTTTATTCCTTCCTCTTTTCTTCTTTCTTTATTTTACTGTCAAGCCCCAAGTTACAGTTTTGCTTTTCTGCAAGTTGTTTATACTGCCAGCATCACATTTACAAGCTGTCGGATCTGGGAGGCCTGATTTTGCTTTCACAGTATAGAATTGTGCAGCAGGAGGCTAGTTTGGGATGGCTGAAGCGCTTACTGCCCCCCATTGTCTGCTTTGCACCTCCACTACAGGTTGTCCTTTTCACAGCAGGGAAACGTTACAGCCCCTGGCCTACAGCAGTGCACAGCTTGGCGTGTTGGAGCACAATGAAGTCAGTGCTAGTTTAGATTAGTACTCAGGGCTGTAGTCTTGTGCTGCTTAAGAACTGATATGTCTTGTTTACTTATTCCTGTGGTGGGAGCACCAGTCTTTAGAAGGGGAGCAAAGCCTTCAGCTGTGCATTAAAGTTGGCTTTGTTACTGTGGTACAGAAGTTACTGCACTGAAGCCACTGGGTGTTACATTACTATAACCAAGTCAGCGGTAGGGCCCCGTTTCTTTTCTGCCGCCACATGTGGTGACGTTCCTGCTAGCCTGGAATTCGGTAGAAACACAGAAAGATTTGGGTAACAAACCTGCATTTGAGATGATAAAGCAGTGTTCTTTAAGGAATTGTCATGAGCCAGTTGAAAGACAAACATGAAAAACATGACAAAAGCTGAAATATTTCTCACTGTTCTCTCTGCATTGTATTTGACCAAATTTCCGCTGGTTTTTAAACAGCTCTAAAATGCATAGATTAACTTTCACTGGCTTCATTAAATCCTGTTTATCTCAGTGTTAGCTAAGTGTGTCTATAAGTGTTGTTCTGAGCAGCAGGACGTTCACGAACCAAGGTCTGGATTTGAGTTTGCAGTTGAGAAACACACTTGAGTGCATGTAGGCAAGCAGAGAATCCACTGTAACGAATAGCCCCCACTGGCTGCAGTTTGTCATGTTAATGTGCCATTACCACAGCCATGTGTGCAAACTGAGTAACTGATTTATGCAGGCAGAGGTGAGAGTTGTGTGTGTAAAATTAGGATCCACTTACCTAATGGAACTATATATTTTAGGTAGAAGCTTGTGTGCATTTTAACCTGTTAACATGAATGCTACAAATAAATGCAAGTCACTTTAAAAGAAACCAAACAGCAAACAGTAAAACGCAACTCAGGCATTATATACCACCATCTTATCTGATGTTACTATCAGTCTCTAGTTACAGAAATTGGTCAAGCAATTTTATTATCTTTCAGTGTAAGGAACGTTTTGCACATGAAATTATCCGAAAGTTAATAACCCGGTGACCGTAATCCAGCTTATTAAACGCTGCAGGGATGTATATTGTAACTGCTTGTGCACTTATCTGGGGAGCAATTGTTTTTTGGCCAAAGTAATTCTGTAACGTGAGTTATGGTTATCGCATGGTTTTACCACCTACTGATAACTATGTAGTAGGTTAAGCTTTATGCATTCCTCTGTGTTTGTATGTGTCGGAGCAAAAAAGAAATGTGTAACTTTGAAAGAGCTGCAGTGATTTGTGTTAAAAATAGCTCATACTTTGGAGGAATATCTATATCTAAACAACTGTTAATGAGGTATGCTTATTTTACTGAATATTTGAGACGTAGACATTGCTGCCCACACCCGTGGAAAAAAACAGGTGGAATTACAAAGACTAAATAGAAATAGACATGGGCTGAAGTTGGCTTTGAGGAAAAGAAGTACAGAACTTAGGGTTGAAGTTATGGTCTGCTGGTGCCACAGGAAAGAGGGAGACACCTTTGGGCAAAGGAGAAAGTACAGGAGAAGGCTTTCTTTCACCAACACACAAGTCCTGTTTTTAATGTGGCACTGTGGGAGCATAAATAGTGATCTTAGGTTTGGAAGTCTGTTGTGGATTCATCACTGCAAGAGTAAGAGTTTGTGAAGATGAATAGTATGTAATATTAATCTGTGGGCTGACGCATAAATTACTTCTCACGTTTGCGCAAAATGAATGTTAAGGAATGGGGATTTGGGGTCAGGATAAAAAAGGGCTCTGTGTTACCTGGAAAGAGAGAAGCAATGGTCAACACAGATTATTTCAGACGCAGGCATTCTTATACAATTTTGACTTCAGAGAGCTGAAAATAGAGGTTGGAGAACAGATTGAACACCTATGGTCTGGCATTTTGAGGCAGATGTGAGCGGAGAGCTGCAGGAGGAGCAACTAAAGACTATGAGGGCAACTTCTGTCAGTGAGACACTCTTGTGGACATCAATCAAAGAAAGAAGGTGTGTGGAATCAGGAATTAATATTATGGAACAAATTCAGCAGCAGAGCAGAGCAAAGTGTTACAACATTCAAGAGTGTCCTTACATCATTATCGTCTTTTGATGGAAGACATAGCTCAAAGGGTTAGAAAAGCAGATGAGAATTAGGTTGGTAGAGAAGTTCAGGATTTTTCATTGTTGATCTCTAACAAAGAAGAGGAGTTAGGTAAGAATCAAGCAGTGTGACTGTCTCGTTAGGACTCCACCAAGCAGTGCTTGGTAACGGAGTAATAAGTTGGTAACGTCAACGTTCTAGGGGGCTGTAGCACAGGGAGAAAATAAAGGTGAAAAAAACAAACGACAGCAACGCCTCCCACCGCCAACACTGTAGACCCATAATGAATTAATTGAATGCATGCTTCATTTATGTACTCATGCGGCAATTAAAAAATCATAATTCAGAATGATTTAGTCATACTCAGACACACCAGCTGTTCCTGGTGTCTGGGAACATGGGTGGCTTCGAGCTTCTACGCAAGTGTAGCACATGCTGAGAGCATATGCCTTTTACCAGGAATTCTTTCTCCCACACTCAAGGAGGAAAAGCCACAAAAACAACTCTAAACCCAAACCACTCATATTTCAGTTCTCTATTGTTTTTACAGGGCTTAATTTGTTCCGAATTTTACTTGAAACTTAAAATGCAGTATTTATCATCTTATTTTGGAAGAAAAGGTGGTTCTTGCCAAGCTTTAAAATAGGTACTCTGTTAGATTTCTGGCTAAATAAAAGGCTTGAAAGACACTTCCTTGCCTCCCATTAAAGTCAGTGGGAACTGAGACAGAGCAAGGCTTTGCGTCAGGCCCAAAAATAATCTAAAATGAAAAGAATGAAATGGGGTGGTCACGAGACCGGTGTTTATTTTTTGGTATCTCCTGAATGAACTGGGCAACAAAGTGAAGTGGAGAGTTTAGTTGTGGTTTACGGCCTAGATAAACAAACAAGAGTTGACTAATGGTGAAGATAGCTGTGCTAAGGATTTCCTTCTGTCCTCGCTCATGCGACTGCCCCATGGGAATGCCAGTTTAAATGCTTTCAGAGGAGGCTACTTGGAGAAGTGTTACATCTTTTATGTTGTTGATTTAACAGTAAATTAGCCGGGGTTGGAACTAGATGATCTTAAGGGTCTCTTCCAACCCAAACCCTTCTGTGATTCTATGATACAGCTTAACTTTTTTGTTTGTTTGTTTTAAGCAGTGACTTTTTAAAGACTTTTATAAAGGAGCAATTTGCGAGGCAGAGTGTGAACGTGCCGGCCCGTCTGGGCCTAGGGGAAGCTGGTAGAGGAGCATTGGAAAAGGCAGTGTAGGTGTAGCCAGTAGAACCCCAACCAGCTGTACGGACTTGGCTGAATGTAATTTACAGCTGAAGCTCTGAGTACAATGCAAGCTCCTGGTTAGGTTAATGGGAAGTCACATAAATAGCTTGGTGACAGTGATTTGATTCCTTGTAGGAAATGCTGTGTGAAGTTTGGAGGTGCTGGCTGAATTACATGCGCTGCAAAGCTTGCTGCAAAATGCTTTTCCCTTTTATATAGAAAGTCTTCCATTATTATATAGAACTAAAATTGAATAGAATGTTTTATTTAAGTTGTGTAATGTTCAAGTAGCTATGGCATTCAGAATACATTCTAATAAAAGAGATTTCTTCAAGTACTGTGCTTGGCAGTAAAAGCTGGTTTCCAAATACCTGTTTATGTGCAGAAAGCATTTTATAATGTCTTTGGCTTTATGGGTAGTGGTCAGGCAATCGTTAGGAGTAGGGATTTTTAAGCTGTGGGCTGCTGAGGCACTGACATCTCCCTTTAACTGAGACTTTTGAAAACAGAAGAGATTTAAGTGCACTTCTTAGTTTTATCTCGGGAGTAGGAGATAGTCTAGATCAGGACTTATCTGCCTGTATGTCATACAGACATCAAATTTTGCAGATAATACTATGGGGCTAAGCTGGTTAACATGTATTAGACTAGCCAATCTTTTGAGGATGCCACAGATGCCATCACCCATGTCTTCTATCTGTAATCAATTGTTCTACGTAATTTGCTTCAGATGTTTTATTAAAGCTAATGAAGAATTTTTTGTCTAGTACAATGTCCTACTTGGTTGACTGAGAGAATTAAAACAAACTTGCAGAAAAAAAGTCTGGTTCCTAATGACAAAGATCTTGGATCTTCTGAATCAGATACACTTTTCCATTTCTAAACCGTGAAAGGCTTTTTGGCTTCAACTGTAAGATCTTTTTTGCAGTCTGAGCTGCTGCTAATGTGTGCTTCATGCATTTGAGGAGAGAAAGGCATTTTAGTGTCCGCTAAACTAAAGTTGCAGTAGGTTCACTCAGGAAACTTTACCACTTCATTCCAAGCTGATACCTAGCTGATGGTGCTTGGTGTTCTAACAAGTTAGTGTTAT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Seq C2 exon
CTATATGCCAACCAGGATGCAAACACGGTGAATGCATTGGGCCAAACAAGTGCAAGTGCCACCCAGGATACACTGGAAAAACGTGCAATCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000010566:ENSGALT00000017193:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF126612=hEGF=WD(100=40.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]