MmuINT0110264 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000040998 | Npnt
Description
nephronectin [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2148811]
Coordinates
chr3:132580425-132594596:-
Coord C1 exon
chr3:132594546-132594596
Coord A exon
chr3:132580518-132594545
Coord C2 exon
chr3:132580425-132580517
Length
14028 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTAGA
5' ss Score
6.12
3' ss Seq
ACACTGTCCTCTTTCCACAGCTG
3' ss Score
11.36
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTGTGTGTCAACCACAGTGCAAACACGGAGAGTGCGTCGGGCCAAACAAGTGCAAATGTCACCCTGGATTTGCTGGGAAAACCTGCAACCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000040998-Npnt:NM_033525:3
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0236314=C_tripleX=PD(72.2=40.6),PF0764510=EGF_CA=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: