HsaINT0115365 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000168743 | NPNT
Description
nephronectin [Source:HGNC Symbol;Acc:27405]
Coordinates
chr4:106833345-106848585:+
Coord C1 exon
chr4:106833345-106833395
Coord A exon
chr4:106833396-106848492
Coord C2 exon
chr4:106848493-106848585
Length
15097 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTAGA
5' ss Score
6.12
3' ss Seq
ATGCCATCTTCTTTTCACAGCTG
3' ss Score
8.98
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTTCTACGTCTTAAGGCAGAGAATAGCCAGGATAAGGTGCCAGCTCAAAG
Seq A exon
GTTAGATGAACATATTTCTTGAAATAATTTTGGCTAATCTATGTCTTGAAAGGCATACCTTCTAAATAATTTTACAAAGCTGTAAACAAAACATTAGTTGTGTTTTTGAATTGCTTCTTTTTAGGAAAACTATATTTCTTAGAGATGTGCTTATTCTATACATAATTATAGTAAGTTAATTTTAATTCCATTATTACATTAAACTTTTCCGTTTCAGTTGATTATTCCTTTCTTCTGTTTTATGAATCTAATAAATTGACCTCCATTCTAAGCTAAAGGACAGTTTATGTTTTTAATACTTAAGGAAGCAAATATAAAAACAAAGTCCACCAAATGAAATTACTAACACCAGCCTATCATTAACCTGAGGGAGTTGTATTTCATATTCATTAATTCTCCATGGAACAATTCAGGTAAGAAATATTTTTATTGTATGAAATATGTTATCAGTTATAATAGCACTTACGGGCATTTATGCTCTTGTTTTAGGTACATAAAGGGTTCCTTGTTTAAGATATTTTTGGCAGTAAATAATGTCACTTATCACCCTATGACACTTTAGTGGAAAACGTTGGTGAAATATGTGGAATTGTAATGTTTAATGGAATTGATTCTAAGAAGACAATGTTCTTTTTGTTTGTTTGTTTGAAACAGAGCCTTGCTCTGTTGCCCAAGGTGGAGTGCGCTGGTGTGATCTTGGCTTACTGCAAACTCCGCCTCTTAGGTTCAAGTGATTCTCCAGCCTCAGGCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCCCACCACAATGCCCGGCTAATTTTTTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCGGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCTACTGCACCCGGCCTGAGAATGTTCTTTAAACTGATTGAAGAAACTATCACATGTCATGAAAAATGTTTTTAAGGCAGAATTTTAATAAAAAAAATATTTGGGAACAAAATTGATAGTACTAGAAATAGAAGTTCAGAAATTTCTTTGTTCAGGGAGACTTAAAGCATATGTATTTTAAAGTTACTAGCAGTTATAGGATTGACTAGTAGAGCTATGGCTTACATTAGGGAGGCAATGCCAAGGAAAGAATAGAATGTGTGGTTGGCCACCAACATCTGGGTTCAGGAACTGTTCCTATGACTTACCACCTGTAAGAAACTAGACATTTTAACTTTTCTGAGCTGCAATGTTGTAATCTTTAAATCTAACTTTGCAAGATTCTTACTGGTTATAAGGAGGTGGCTTCCACAGTTCTTGACAGATGTTTGCTATTATTAGTGTGTTCTCAATATATACAATACAAATGGAGAACTCTGAGCCGAGTTTTACTAGGATCCATCCTAGGACAGATGGTACAGCACATTTTCAAATGGTTTTGTTTACCATAATCATCTTTTGGAAATAATCAATTGGAAGTAGAACAATTCTTCAGTTATTCATTTCTAAAATCAAAACTTTCATGGGATAGTTTTCTGTGCTTCTGAACCGTTTTTCCCATTTCTCTAATAATATCCATCCATAAACCTCCGAGTGGAACAGTTTTGGTTGTCTAACAGTGTTTGTGCTTGGGAAATGAATTGAAGGGAGATGGAATTGAATTGTTGAATGTGAGCATTTAGAGTTCCTGTAATTTATCCGTATAATTATTTGAGAGCTTACTAGAGGTAAAGAGCTAAGTTAGGTGCTGGGAAGATACAAAGGTGAATAAAACAGGGACCCTTACTTTCAAGCAACTCAATTTGTAAGATGATTGGCTCTTATTCCTTCTATGATTCTTAAATAGGAAAAAGTTAGGGATAAAGATTTGAGGGAGTTCAGGGAAAGAATCATTTCCTGCTGAAGAGGATCAAGGAAGACTTCATGAACTCAATGGTATTCAGTTGATACTATATATATATATATTATCAGTATATCTAGTATATAGTATCAGTATATACTGATAGTGAGTGACATGAATGCCTAGAGCTTCATTTTACTGGGATGATATCTGCAGTAGTTGGTCCTGGATCATGCAGGTAATAGCTGGCTCTCTCTCTCCATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATAATATATAAAAATAATATAATATATATTATATATTATAATATATATATTATATAAATATTACATATACATAATATAATATATAATATATTATATATATAGAGAGAGAGATAATGGAGAGAGAGAGCCAGCTATTACCTGCATGATCCAGGACCAACTACTGCAGATATCATTCTAGTAAAATGAAGCTCTAGGCATTCACGTCACTCACTATCAGTATTGAAAGCCCACAGAGGAAGGCAATACTGGGTAAGAGGCATGTTTTAGTATAGGATTCTGTGAGAGCATATCTTAAGGGGCAGTAGCCCAGACCAGCAGTGATGGAGTGGTGATGGCCCAGCTGAATCCCGAGGGATAAATCAGTCAAGTGAAGAGTATCCTGGGCACACAGAAAAATGCATTTAAAGCTCAGTAGCCAGAGGGAGGAGCACATTCCGAGAACTGTTAAGAATCTCAACCCAGCATATGTGGGGTATATGTTTGAAGGGCATCTGATGAGAGACGCAGTGGGAGAAGTGGGAAAGGACTCCTGGAAGGCTTTTGATATCATATTAAATACATTTGCCTTAATCACAAAGTTGTAGAGGAACACTGTAAAGATTTTAAGCAGAGAAATTAATATTTTAGAGGATAGCTGGTGGTAATGGATCAGATCTAGCACTCAGGTGAATTTAGTTTTGCTTGGAGTGTTTGTAGTTGTCAGTGTCTCACAGGAGACACGGATATAAGGGTTGGTTCAAAAATCGGTAGGTCTGCATTGCTGCGAGGAGTCTATCAGCTGGGGCCTCTTAAGTAGCTGGCCCATTTGGAAGAAGTATGTGCCTCATTTCCCTGTGGAGCTCACTTCCTTTAGTGCAAATGCCTGGGACCTGTAGGAAGTCAACCTGGTGAGAAATTAGGCTTCATTTTAAGTAGTGGTGGTGGGAACAAAGAGAAGGAGAGGGATTGAAAGATACTGAAAAGAAAGGATGGAGAGGCACACAGTGTTAGGGCAGTGGCGGGGGGGCACATGGGCTTGGCAGACAGACTTGCTGCAACTACAAATTGTGTTTTTGAGAAACTTACCTAAACAGTCTGAGCTACAGCTTCTTTTTTGATAAAATGTAGATAACAGTCCTATCTAGTAGGACTTTTTATGAGGATCAAATGAGGAAACCCAAAGCGTTTGACTCAGCAACTGGCTTATATTCACATTCAGTAACATGGTGGCTGCAGTATTTGTAATGCTGGTTGTGAAAGGTGAAGAAGATGTAATCAAGATTACTCCCAAGTCTCTAGGACATCATTTGGTGAGCTAGAGAACACAGGAGAAGGTGCAGATAATGATTTCAATTTTGGATATGTTCAGTTTGAAGCGCTTGTGAGACTTTGAAGTAGAGAAACTTGATATGTGCTTGGATTGCAGGGTGAGATCTGAACAGAACACAGGCTATGATTTCATTTCTTTCCACTATTCTACTCAAACCTTCCTTCCTTTTCCTTCGTCAACTTCAGTCAACATTGATTATTGCCACAACTATCTCCACGGAGGAACAGCTTTAAACAGTAGAAAAAGAATGTGGGATAGGTAAAAATCTGTGTTCCACATCTGCTAAATGTTATCTAATAGTTGTAAGTTCTTGAAAAAAAATCTTTCCAGTTTACCGTTTTGGCAAAGCATTGTAAGCAACTAATAATTCAACATTTGTTTATATCAAGGGCTGAAAAAAAGTCATCCTCTACAAACATATTTTCTTTTTTTCCCTCTTTTGGTTGCCTTTTTTTGTTTTACATCACCACCACTCCTAACTCTAAGAAAATATTTGACTAAAAGTGAATCATTGTTAGTAGTGAATTCGTACTTTTTTTTTTTTCTATGAGACATAGTCTCATTCTGTCACCTAGGCTGGAGTGCAATGGTGCGAGCTCTGCTCACTGCAGCCTCTGCCTGCCAGGTTCAATGGACTCTCCTGCCTCAGCCACCCAAGTGGCTGGGATTATAGGCATACACCACCATGCCCATATAATTTTTTTTTTTTTTTTCAGTAGAGACGGGTTTGCCATATTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGAGCTCAAGCAATCCACGCACCTTGGCCTTCCAAAGTACTGAGATTACAGGCCTGGGCCACTGTACCCAGCCAAGCACATTTATTTTTTAAGTTTATATTCTGTCCTAATACAATGTATTAAAAATGAGCCCTGCCTCAAGTCCTAGCCTAAATGCCACTTTCTCCAGTCTGCTTTCCTGATTTTCACAGCAGGAAGTCTTCTGTACTTCCTCTACATATAACACTTGCATGAAGCATATCTCACATTGCCCTACATTGTGGTTATTTATGGATCTATATTATTTGTTCTGCTAGACTATTAGTTTCATGAAGGTGGAGGCAGTGTCTTATACATCTTTACGCCAGTATAACAGCTTCTGCAATGCCTCGTCCAGTTCAGTTCAGTACACTTTTGAAGGTGTAAGAGCTAGTCATTTCTATTTATTAATAAAAGGGATTTAAAAAAAAGATGGACAAGATGTAATCTTAATAAACATATTGTGGTTTTCAGGAAACAGTTTAATGAGAAAATGAATATATTTGTCTCCCTACCTTATGACCTTATTACATATCATAGATCTTCACTCTTGCTTTAGATTCTAAACAGAAATCAATTTATGTGCTTGAAATCACATAAAGGTAATCTGATTGTGTCATCTACTGCTTACAGTCCATTGGCTGTTCACAATTATGGGTAGAATCTTGATTATTTGAGTAGAAGCCTTTTCAGGCTGACATTGCCTTATCAGTGGAGGACTGTTTCTTGTTGTAGGCCCAGTCGCAGTGGACGGCCCTTGGGTTTCCAGACT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Seq C2 exon
CTGTGTGCCAACCACGATGCAAACATGGTGAATGTATCGGGCCAAACAAGTGCAAGTGTCATCCTGGTTATGCTGGAAAAACCTGTAATCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000168743-NPNT:NM_001184690:3
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0764510=EGF_CA=PU(0.1=0.0)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)