GgaINT0079293 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000016289 | DST
Description
NA
Coordinates
chr3:89812072-89822912:+
Coord C1 exon
chr3:89812072-89812170
Coord A exon
chr3:89812171-89822777
Coord C2 exon
chr3:89822778-89822912
Length
10607 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
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3' ss Score
2.43
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AGGTCAATGGAAGAAGAAAAAAAAGAACATGTTGAGAAGGCTGGGGATTTACTGAAATGGGTGTCAAACCTCAGCAAGACACTCAGCAAAGAAGGAGGAGAAAAGGCTGAAAAGACAGATTTGCCTAAGCAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016289:ENSGALT00000026264:30
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.152 A=NA C2=0.578
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]