GgaINT0081592 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009925 | MTA3
Description
NA
Coordinates
chr3:25163857-25170373:+
Coord C1 exon
chr3:25163857-25163959
Coord A exon
chr3:25163960-25170273
Coord C2 exon
chr3:25170274-25170373
Length
6314 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGA
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
CTGCTCTTTCTCTGTTGCAGTGC
3' ss Score
10.91
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGAATTAGATGACAGAGAACAGGCAAAGCTGGAAGTAAAAATATGGGATCCAGATAGCCCCCTTACAGACCGTCAGATTGACCAGTTTTTAGTTGTAGCACG
Seq A exon
GTAAGATTAAAATCCTCTAATAAAAAAAAGAATCCTTTTCCTTTTTTCTACTGATTATTTATTCCCCTTTATCATGTTACTCAACTTGTTTTACCATATTGTGAGCCCTTCTGTTTCCCACAGTTAGCTAAAAGAAAAAAATCAGAGCATAAACTTCTGAATATTTATTGAGTTTATCAGTACAGAAGAGAGAGAAAAAGAGAGTAAGTTGTGCTAGACTGCCTGTATTTGAGACTGTAGTAGATTTTGATCTTTTAATGTAGACATCATTCTGTTTTCCCATCAGAGTAATTTGAAATAGGATTTCAGTGCTAATATTTGTCTTGTACTACAGTGTTTTGAATTTCATAGTGTAATATAAAGAAGAAATAAAGAAGGTGTAAACAAATGCAATGGATGCAAAACTTGCCAGATTTGCATATAAGTTGACTAACATACAGTGCAGTTATTTCAGATGAATGTTGAAATGAAAGTTGTGAAGTGATGCTTTTTATTAGTGGAAAAAAGTGGTCAGTTCAATTTTATAAATTAACATATGATTATGCAAACTAATTTAAGGAACATTGAAGCCCTTGGAATTCATAAATACCTTTTAAAATAATTTCTCCACTTTACAGAGTTTTGACAGATTTTAGAAAATGTTTTTACTGAAGGATGATTCTACACTTGCACAATAGAGTATGTTTCTCTCATCCTTCAATTCACAGTTAGGAATATATTACAGAAGTTCTGTTCTCGCTTAGAAAAAATGCTAACAGTACTGTTGATTGTGGCTGACATAGAGATGTTATCCTGATTTGTTCTGTCTCCGTTTTTTTTTTTTCTAAGCTGATTGCAGAGCATATTCTCAAATCTTGCTAGGCAAATAATCTTTTAATACTGTTTCCAATTTTTGTTCTTCTTTTCTCTCCTTTGGAAAAAACAGTTCAGGATAGGAGTTAAAAACAAAAGGAGAAATTGCTTTATATTTTCCAGCTTATGTGTGGAATGAAATGAGTTGCTGATTGACTATTTTACTCTTCCAGCTTAAATGGAGTTGCACAATTATAGGATGACGTGAGTTGAAAGGGACCCACAAAGAACATGGAGCTGAACTCCCGGCTCTGCATGGGACCACCCAAAATTCAAACTTGATGAGAGCATTGTCCAGATGCTCCTTGAACTCCTGCAACTCAGGGCAGTGGCAACTGCCCAGGGCAGCTTGTGCCATGCCCACTGCCTTCTGGTGCAGAATCTCTCCCTAACCCCCAGCTGACGCTTCCCTGACACAGCTCCATGCCGTTCCCTCGGGCCCTGCTGCTGTCACAGTGAGCAGAGCTCAGTACTGCCCTCCACTCCATGGAGCTGTAGCCATCATGAGGCCTCCCCTCAGCTTCTCTGCTCTGGGCTGAGCAAACCCGGCGACCTCAGTGCTCTTTACACACCTTGTCCTCCAGATCCTTCACCATCTTGGAAGACCTCTTTTCCATGCTCTCTAGTAGCTTATGTCTGTAATATTGTACTCATCTAGCTGTTTGTTGGATGTTTTGTCCAGAACCATACTGTGGGAAAGAATATCAAAAGCTTTGCTGAAATCTGAAAAGATTACATCAACTTCCCATGGTCAGTGGAAGGTCTTATGTCCTAAGATGAAGATTTATAAAACTGATTGTATGTCTTTGCAGAGTTTGTTCTTTGCAGAGTTTGTTCATTGCCTTCACATCCATCCGCTTCCCATTTTGCAGCTACCCTGGGGAGTTTAGGTAGTATACTGTCAAGTTAAAAATGTTCTCCTCTGGAAACAGTTCTGCCAGTAGGCAATCTACTGGTAAGTAACAGAACAAATGACTGAAATTTTAAGAGAGAATCTCTTCTTCCCCTTAGCCATGACATCATATGAAGTGCTGTGTATGCCCTGACAAAGTCTGCATTCATGTAGAAATTGATAAATTTCAGAGGATATTTTTAAAGGGAGAATGGGTCTTGTTTCTAGCTGCTTAACTGTAACTATCAGAGATCTTGTGGTAGGTGAATCACTAATGACATCTGACTGACATCTTGTTAGAGACGGTCACTTTACTGATGTTCTTCCACAAACTTCTACTTATCTTTGCTGCTTTTGGACTGACAGGAACACTTCCAAGGCTTTTCTCTATGCTTGCTTTCACAGGCTTCAAGATCAGATTTTTTGTGTGTGTGGTTCTTTAACAGACTTACTGATTTAAAAATAATCCTGTGATAATTAGGGCAGCTTTAAATTCAGTATATTGTGTGCTTGCAGGTAAAGGCTTTCATTATTCTGGACCAGTAAAAGTTGCTTGAGTGTGGAATTGGTATTATGATCTGATTAATCTGTTCCTGCAGACTCAGAAGATCCTTCTGCTATATCTTCATTGCAGTTATCTGGGCATTGGCTGTGCCTGCTGGGTTTCTAGTGAGATATTATTTCTCTTTTGTCTGAAAACTGTTTTTGCAAATTTGAAATTCTGTCAATAAGAACTTTTTCCTAGGTGGTTTCTTATGTGTAATTTTGTTGAAGAGGGCATTTGAAAAACCTTTTCATATGATCTTTTTTAAACTTGTTGTCCCTGGTGCAGTATCTATTCTCAGGTGGGGTTTTTTTTTCAGTCTGCTTTAGGTGAAAGAAGAGTTGCTCTTGACCTTATAGGCATCAGGTTTTTCAGTCACTCAATCATACTTTGTTAGAAGGTGATAAAATACTCTTTTTTATTTGTGTTGCCCATTTGCAAGAATGTATATATTTGGCCTTGTGTATGTAGTCTGATGGGATTTGTTACTGTCTCAGGAGCAAAGAGCCTTTTTTCTACGTTTTTTCATTGTCTACAGTTTTCCAGCCACTTTACCCCAAGCCTGTAGCATTGCCTGGGGCTCTTATGGCCAAAGTGCAGGACCTGGCACTTGGTTTGTTGAACTTCATCCCATTCTTGTGTCAGAAGACTCGATAGATTTATTTATTTATTTATTTTTGCAAAGTTTAAGAGTATTTGTCAGGAAAGACCCTTAGCCTTGGCTTCTCTTAGGAGTCTTGTTGATTTTGTGGATTTAAAAATCTTGAAAGTATAATGCTGCTGCTACTGAAGCGTGATTTGGATGAGAGGTCTTACTTATAGTAGCAAAAGTACCTGTTAGAGGAATCCGGGGGCCTCGTGCTAATGTACTCCAGTTTGTGGGGGTTTCTTTGTTTGTTTTTTGATAACACGGTGTCAATTATACTCTGGCAAAGACAATTGTGACACCATTTTACATTCCATTCAAATAAGATATAACTTAACCAATTTTTATCCTGTCGTGTGGCAACAATTCTTTGTCTACTAGTTTCAAAGGACAAGATCTGAGAAGCTGTAGCAGCCACTTAGAGATTACAGATTTGTGTACATCAGCAGACAGCACAGTCCAGTAGAAACTGATTTGCTGAATGAAATGTCTGGTGCTTGTGATGTAGCATCCACACTATTATATTTACTTCTTGTGCAGTTTTAATTTTAGGCTAACTTTAATCTGGTCTTGTGGAGTTAATATCCACTAGTATGGGATACTGGTGTTTAACAAAAGAAAAAAAGGAAATTTAAAAAAAAAATCCATGTGTTTAAGTGGAATTTTTGGTGTTTCATTTTCTGCTCATTGCATTTTCTTCTTTCATTGGGTACTGCTGAGAAAAATCTGGCTCCATCTTCTTCATCTCTACTGAGGTTAAATCCTCAGTTAAATCCTCTCTGAGCCTTCTCTTCTCAAGGCTTGACAATAGGAGGAACATTTTTAGTTATCTTACATTAAAGAATACACTTTGGTGGCTTAAGCTACTTTGGCTGAACAGTGAAATTTGTTTTGCCAGCAGGTAGGTATAGGCAAAAGTGTGTCATTTGGGAATGAGCACTGATGAGGATTTTTTTTCTTTTTAACATTTTAAAATCACTCTTTCATGGTAGTATTAGTAAAGTCACGCAAGGAAAAAACAAAGGAAATGTATGAACTTTATATTGATATACTCCTTATGTGTGTGTTTTCAGTGGGGAGGAAAAAAAAAAAAAAAGAACCAAAAAAACATAGCCAGGGTTTTCTGACTATTTCTAAAGTAAATACTTAAGTTTTCATTTTGACTGCATGGCTAGTTCATATGGAGTGCAGCATATTAGTGTGTTAAGTTTTGAGACAAGGTAAATATTTAACAGTCAAATGTTCTAGAATTCTACACTTTTTTGGGTTGTCCGAAAAACTCAGTCTTACAGAAATTGCCAGGAGTTGATTTTGAAATACAGCTGCAGATGCCCCATCCTTTCTCCTTCAAACAACTCACTGCCTGTGCTTTATGGCATTTCTGGGATGTTTTGCACTCACATAACCCATAGTCCAGCACAGCAGTCATCATGATTGTAATCTTCTCCTACTGAGTACAGCATTGGAAGTGTTGTCAACCAGTTCTTCAATTCTTGCCTTTTTATCACTTTCTTGAAATGAACCTAGTGCTATAACATCTCTTACTTTTGATTTTATGTACTGGGTAATGTCATCCATATATGCTTCTACCTGGAAGCCTGAAAATTTTGTAAGCAGCTTAATGTGATAGAAACTGACTTCTTTGTAGTTTTCCTAATGTGCTCCCATTTTATTTTAGAAATACGGTCAAATAAAGTAGTGTTATTTATGCAAGAAAAAAGATAAGCTAGTAGGTAGCAGCAGAAGGGAAATACAGTCATGACATGTGTTGCCTTACTGGTTGGAGCAGTAGCAACAGAAGATCACAGCAAAGATTGTTAGCTACAACTCTTATCAAGGCCAACGTGTTTAAAGGGGCTGGCTGACTATCAGAATATATGTTCCCAGTAGAGTAGATTCTTGGGACTGATCTGTGGACAGATACTAATTTATATATAGCCAAGTATTTAAAAAAGAAGAAGAAAACAGTGTGTAGATGCTTGTCACATATTTGCCATCACCATAAAAAAGGAGTAAAGATTACAGAACAGTGTTTGAACATTGCTTATTTAGTCCACAGCCTTTAG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Seq C2 exon
TGCGGTTGGCACATTTGCTCGGGCATTGGACTGCAGTAGTTCTGTCAGGCAACCTAGTTTACACATGAGTGCAGCTGCTGCTTCCCGAGACATCACACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009925:ENSGALT00000016137:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.086 A=NA C2=0.515
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0144819=ELM2=FE(61.8=100)
A:
NA
C2:
PF0144819=ELM2=PD(5.5=8.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]