GgaINT0090900 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000010875 | F1NE25_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr2:30045393-30052776:+
Coord C1 exon
chr2:30045393-30045556
Coord A exon
chr2:30045557-30052447
Coord C2 exon
chr2:30052448-30052776
Length
6891 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
CAACTGCTATTTTGTTGCAGATA
3' ss Score
9.05
Exon sequences
Seq C1 exon
AATGTTTCTCTGGACGAAGCTACTTTAGAGTGTTTTCCATAATCTTTATAGTTACATTTCTGATTGGGTTGCTTGTTGTACTTATCATCAGGCAGATAATTCTGCAGGGAAATAGCAATAAAGTTAAATCTTCAGCTGATTACAGAGTCTCTGCGACAAAGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATACCATTGACCAGAAAAAGGCTTGCTGCTCAAGCTCTCCAAAGAGGAATGAAACCTAAGTTACAGCCTCTAAAGCCGGAGGAGGAAAGAGATCCTTCTTTCAGCCACTTTTTTGACACCAGTCATGTAGGTGCACACTATTACAGAATTTCTCTCCCTGCATGATTCCAACTGTGGTGGGTGCAGAATTTGACCTGATAAACAGAGAGGATGGAGGGGACAAAAGTTCAGCATTAGGGGCTGCTGCATGTAAGTTATCTGCTCAGCACAGTGGTTTGAGCAAAGATCTGAATATGTGCGATGACAGCCAGAAGGCAATTGTTAGAATA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000010875:ENSGALT00000037889:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]