HsaINT0082956 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000105855 | ITGB8
Description
integrin, beta 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:6163]
Coordinates
chr7:20449238-20455382:+
Coord C1 exon
chr7:20449238-20449401
Coord A exon
chr7:20449402-20449497
Coord C2 exon
chr7:20449498-20455382
Length
96 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCAGT
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
AATATTTCTTCTCTATTAAGGAT
3' ss Score
8.22
Exon sequences
Seq C1 exon
AATGTTTCTCCAGCCCAAGCTACTTGAGAATATTTTTCATCATTTTCATAGTTACATTCTTGATTGGGTTGCTTAAAGTCCTGATCATTAGACAGGTGATACTACAATGGAATAGTAATAAAATTAAGTCCTCATCAGATTACAGAGTGTCAGCCTCAAAAAAG
Seq A exon
GTCAGTGAATTCTAAAAAAGAACTGCTAACAGTATGTTATTGCCTAGTTACAATATTTAGGCCCTTAGTTAATAATAATATTTCTTCTCTATTAAG
Seq C2 exon
GATAAGTTGATTCTGCAAAGTGTTTGCACAAGAGCAGTCACCTACCGACGTGAGAAGCCTGAAGAAATAAAAATGGATATCAGCAAATTAAATGCTCATGAAACTTTCAGGTGCAACTTCTAAAAAAAGATTTTTAAACACTTAATGGGAAACTGGAATTGTTAATAATTGCTCCTAAAGATTATAATTTTAAAAGTCACAGGAGGAGACAAATTGCTCACGGTCATGCCAGTTGCTGGTTGTACACTCGAACGAAGACTGACAAGTATCCTCATCATGATGTGACTCACATAGCTGCTGACTTTTTCAGAGAAAAATGTGTCTTACTACTGTTTGAGACTAGTGTCGTTGTAGCACTTTACTGTAATATATAACTTATTTAGATCAGCATAGAATGTAGATCCTCTGAAGAGCACTGATTACACTTTACAGGTACCTGTTATCCCTACGCTTCCCAGAGAGAACAATGCTGTGAGAGAGTTTAGCATTGTGTCACTACAAGGGTACAGTAATCCCTGCACTGGACATGTGAGGAAAAAAATAATCTGGCAAGTATATTCTAAGGTTGCCAAACACTTCAACAGTTGGTGGTTGAATAGACAAGAACAGCTAGATGAATAAATGATTCGTGTTTCACTCTTTCAAGAGGTGAACAGATACAACCTTAATCTTAAAAGATTATTGCTTTTTAAAGTGTGTAGTTTTATGCATGTGTGTTTATGGTTTGCTTATTTTTGCAAGATGGATACTAATTCCAGCATTCTCTCCTCTTTGCCTTTATGTTTTGTTTTCTTTTTTACAGGATAAGTTTATGTATGTCACAGATGACTGGATTAATTAAGTGCTAAGTTACTACTGCCATAAAAAACTAATAATACAATGTCACTTTATCAGAATACTAGTTTTAAAAGCTGAATGTTAATAGGGGACACTGTAAAGTATCATCAAAACCTGAATAGCTTCATTGTGCACAAGTGTGGAGTTTTGTATCCTCTTACCTGGTAAACTGAAGGGATTGTTTGGCCATTTCATTTATCTTATCATTAATTCACAAGATAGTTAGAAATTCTGCCTCAAGCAAAGTACCACATTTTGAATGTTTTCTTAGATTTTGATTGCAAGTAGATATCAGCATTTTTTAAATGAAAAGCTATATTATCTTCTCCCTTCAAGGCAGCCTAAGGATGTTCTTTCCCAGAATCACTCCAACCCTTCTTGCCAGAATTCATAAAAGTACAAAATTGGAGAATAGATGATATCTTAGAAATAAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTTTCACTCTTGTCACCCAGGCTGAAGTGCAATGGCGCAATTAGGGTTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGCAGTTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCATCCACCACCGTGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTTGCCATGTTGGACAGGTTGATCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCTACCCTCCTCGGCCTCCCAGAGTGTTGGGATTACAGGCATGAGCCACCATGCCAGGCTGCTAATTCTCCTTTTTAGTGAGTTAGGGAACTGAGCCTCAGAAAACTTAAACGATTTCTCAGAAAACACTCAAGTGATAAAGTGGCCACATTGGAAAGGAGTTTTTATCTTCTCATTGTCAGGCCAGTGTTCATTGCACAATATCATGCTACCTCTTGAATCTTTAAAATATTCAATTGGCAAATGTTTTTCAATGTGATTTACTCATGTCTTAAGTGTATGAGGAAAGTTCAAAGCAAAATAGAAAGGAATAATTCAAACTGAATTGTCCATAATCAGCTTCCAGTCTTTCATGCTAATCAGCTTCTTAAGAGACTGAAGTATGGCATACCTACAGGGGAATTCCTTCGCACCATAGCCTGTATGAACAGTGTTCCCTGGAGTTCTCCAGTGCTCAGCTTGAGACCTTGATACACGGGCCATGAGCCCTGTCTTCCCCAATGGAAATTTATTTACACTTACCTTATCCCTATGGACTTAGTCTGATTTTATTGGCTAGGAGTCTAACAGTCCTGTGTGGATATACAGTTTTGCCCATGACAACAAAGGAATCTATCCGAAATATCTTTTTTTTTATAATAAACTTCCAAGATTTGCTGTCTTCCAGCACTTGAGTTAAAGTACTAGATACTGCATTTTGATGAAGACTAACCCCATCTCATATTCTACCCTAAAGAGAACTGAAAAACCTATAATAAGTTGTTCTGGAGCCAATAAACACAGCAGCTCTGTTAGATGTCCTCTACAGCCAAGCACTTTCAATGCTAACTTGAACTGCATTTCCTTCCTCAAATGAGAGATTGACATAATTCAGTACTGTGAGTCACTTGTATAAGAAACCTTTGATCACTAAAAATAATGTAAAAATTGGGTTTAGTAGCCTAATACACATAACGTTCTTCTTAAAAAGGAAAATGGATGGATGCCTGACAACCCTCCAAAAGAAAAAAGTGTAAGATAGCCATTAAGATGATGACAATTTTTGAAATGAACATTATGATATTTATGAACAATAAACAAATTTCCGTATGGAATGAATTATCCAAAAAGAGTATAACAAAATGAAATCCTTAAAAATCCAGAGTTTATATTTTTTTTATACCCTCACTTGTTTGCACTAACTTTATAGTGGACCAAGGCTGTTACCATAGGAAGGGACAAACTTCCTTGTAGGCAACTCAGTGTTAGACGATGATTGTGGTTATGCTTGCAAAGTCTTGTGCTTATCTTTTTTGTTTTTACTTAAAAAGCTAATTTTTAAAGATTGTAGGGCTTGTATTTTACTTGAATAATTGATATCTTCCTGTGTAATGATTTGTGAGATGAGAATTAATATTTGACTAGTTAGAATTAATTAAATGGTAAGGGAACACAGGGTACTCTTAGGTTAAATAATGTATGCAAATAGAGTCTATTTTCAACTAATATGGCCACAGGAGCCTTTTGAGATTCATTGATATTAAACACAATTAATGAAATTTTAAATTGTTAACAGAATTGAGAACTTGAACAACACTTTTAGTACTGCAGCATTTTTGTGCCCTAAAGTATGTAATGATTTATAAATGTGCCATACATACACTACAACATAACATTTGCTTTGTTATGCATTTTATTTCTCTGGGGACACCATTGCACTGCAGTGCACACGTATTTATAAACATTTGTTATATTTTTGGAAACTTGCTAATATTTATTAAGTCATAGACTTTTCTGGAGGACTTAAAAATTCACTAAAAATCTGATTATGTCTTAAATGTTCAGTTTATCTTTGGTTTATTAAAATAAAAAAAAAATCTAAGATTAAACACAGTAGATATCTCTGGAGGCAATTTTCCAAAACTCAACATTAAAATTTGTGGATGCATGAGATGCAATCCTTCAAAGAATGAATCTGAAATATATTTTTAATATTTACTTAATATCCACTGAAGATATCTTTATGCAAGACAAGAGTCAGCCATCAGACACTGAAATATATTATGATAGATTATGAAGAATTTTCTCTGTAGAATTATATTCTTCCTGGAACCTGGTAGAGTAGATTAGACTCAAAGGCTTTTTCTTCCTTTTCTTACTCCTGTTTTTTCCACTCACTCTTCCCAAGAGATTTCCTAAAGCTTCAAGCTTAATAAGCCTAATAGTGAAAAATAACTGAATTTAATGGTATAATGAAGTTCTTCATTTCCAGACATCTTTAATTGATCTTAAAGCTCATTTGAGTCTTTGCCCCTGAACAAAGACAGACCCATTAAAATCTAAGAATTCTAAATTTTCACAACTGTTTGAGCTTCTTTTCATTTTGAAGGATTTGGAATATATATGTTTTCATAAAAGTATCAAGTGAAATATAGTTACATGGGAGCTCAATCATGTGCAGATTGCATTCTGTTATGTTGACTCAATATTTAATTTACAACTATCCTTATTTATATTGACCTCAAGAACTCCATTTTATGCAATGCAGACCACTGAGATATAGCTAACATTCTTTCAAATAATTTTCCTTTTCTTTTATAATTCCTCTATAGCAAATTTTTATGTATAACTGATTATACATATCCATATTTATATTTCATTGATTCCAAGACATCACTTTTTCAATTTAACATCTCTGAAATTGTGACATTTCTTGCAACTGTTGGCACTTCAGATGCAGTGTTTAAAATTATGCTTGAATAAATATTACACTAATCCAACTTTACCTAAATGTTTATGCATCTAGGCAAATTTTGTTTTCTTATAAAGATTTGAGAGCCCATTTATGACAAAATATGAAGGCGAAATTTAAGGACAACTGAGTCACGCACAACTCAACATGGAGCCTAACTGATTATCAGCTCAGATCCCGCATATCTTGAGTTTACAAAAGCTCTTTCAGGTCCCCATTTATACTTTACGTGAGTGCGAATGATTTCAGCAAACCCTAACTTAACTAACAAGAATGGGTAGGTATGTCTACGTTTCATTAACAAATTTTTATTATTTTTATTCTATTATATGAGATCCTTTTATATTATCATCTCACTTTTAAACAAAATTAACTGGAAAAATATTACATGGAACTGTCATAGTTAGGTTTTGCAGCATCTTACATGTCTTGTATCAATGGCAGGAGAAAAATATGATAAAAACAATCAGTGCTGTGAAAAACAACTTTCTTCTAGAGTCCTCTTACTTTTTATTCTTCTTTATCATTTGTGGGTTTTTCCCCCTTGGCTCTGATCACTTTAACTTCAAGCTTATGTAACGACTGTTATAAAACTGCATATTTAAATTATTTGAATTATATGAAATAATTGTTCAGCTATCTGGGCAGCTGTTAATGTAAACCTGAGAGTAATAACACTACTCTTTTATCTACCTGGAATACTTTTCTGCATAAAATTTATCTTTGTAAGCTAACTCTATTAATCAGGT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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000105855-ITGB8:NM_002214:13
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
TGATTGGGTTGCTTAAAGTCCTGA
R:
TTCAGGCTTCTCACGTCGGTA
Band lengths:
167-263
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)