GgaINT0091333 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000006112 | SCN5A
Description
sodium channel, voltage gated, type V alpha subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10593]
Coordinates
chr2:5462372-5470575:+
Coord C1 exon
chr2:5462372-5462463
Coord A exon
chr2:5462464-5470344
Coord C2 exon
chr2:5470345-5470575
Length
7881 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAAA
5' ss Score
5.07
3' ss Seq
CTTGGCTTTTATCTCCCTAGGAC
3' ss Score
12.14
Exon sequences
Seq C1 exon
ATACATAACTGAATTTGTGGACCTGGGCAATGTCTCAGCCTTGCGAACGTTCAGAGTACTGCGGGCGCTGAAAACAATCTCAGTCATTTCAG
Seq A exon
GTGAAAACCAGGTTAAACACTCCGGCTGCCATTAAAGCCTACATGCCATTTCCAGTAGTAATCACAGTCAATACAAGTGACTTAACCATAGATACTGATCAGGAAATGGAGGAATGTAGGGAATGTGACCTGTCAATAGAATACCTTTCTCCGATACGTTTCCCAGTACCATTTCAGTGGGCAGAAGGAATTAGAGTGCTTCCAGAAGTACAGACCTCACTAAAATGAGTGCTGCTGGAAGACAGGCTGCATGCAGTGGCTCGTGAATCGCAGACACAAAGTGCTCATTCATGAACTGTATGAGAATGGCAACGAAACTCTTTTAAAGCCTTCAGATATTGATTTTAGAAATGGAAGGTGAATGACCTCAAGGTGTGTATTTGTGTTTAAGAGCACATCAAAAGAGGAATCCAAGTCTGTGCCGTGAGCTTGAAGATTGCAAGCACAGGTAGACTGATTTGTCCTAGTGCTTGTCCATCTGCTTGTGATAGAAACAGTGCTTAAATTTCAGACCTTGCATAGATCAGAAAAGTTCTACCATTAATTTTGTTGGATTCAGCATTTTACCAAATCACATTTTCTTCCATATTAAAGACCATGATTCCAGCACAACCACCCCCAACAAAATATAATAGTTTTTATACAGGTCTGGTAGTGAAAGAAGCTCTTTTTTTCATTGCTTATGACCTATTTTATTTGTGTTTCTGAAAATAGTAATTAATACTTTTTAGTAATTTATGCAGTCTGGTAAGGAGTAACCATGTGATGATAAATTCTTGCTGAGCATTATCTATGGACAGGTCTCATTCAGCCTCAGTGTTTAACATCTCCAACCTGCATGGCAAGGTAGAGAAGATAGCAAAAACTGTGCATGGTAGATCCTATTGGTGATAATCCTGAACAGATGCTGGCAATCACACATCAAAAATATGCATAGCATTGAGATTGCTCAGATTCTTCTGCACAGCTCTTTAGGATTAGAAAGGTTTGGCCATCCGCTGTGTTATGCACACCTGCATTATCGTAGAATCACAGAATCATTAAGGTTGGAAGAGACCACCAAGATATCTAGTCCAACCATCCAACTACTATCAGTATTGCCCACTTACCACGTCTTCAGTGCCACATTTCCACAGTTCTGGAACACCTCCAGTGACAGTGACTGCACCACCTCCCTGGGCAGTCTGTGCCACTGCAGCACCACTCTTTCTGAGAAGAAATATCTCCTAATATCCAACCTGAACCTCCCCTGGCACATCTTGAGGCCATTCCTTCTCTTCCTATCAAAATGTCACTCATATATAATAAAACAAATTTATGCAAAAGCCATGGCATAAATATCTAGGGAGTAATCACCAGCACTCACAAGGAGTACAAAGTGGAAATGGGAATTCTGGAATTGAGAGATTGAAGAAATGTACACGTGGGCCCACGGTTTACTCCATCACTCCAACATTACTGTAATGAAATCAGTGAGTTTATTGAAAAATCAAGCTACTTTTTAGTGAAAGTATAGGTCAAAATTTAACTTTTAAAGAGTGAAACTGAACAGCAAGTTGAGCAGTTTTGCAGATCATTTGGGATGGTAATCAGAAAGAAAAGCAGAGTTTCCTAGCTTCCTTTCCTAGTGATTTGAAGGCTAACTTAGAGGGACAGCCTTCTCCAGGGGACGCCTTTCACTTTCCATCTTGTCCAAATCTTGTGCTTCTTCAGAGCAGAGCCTGTCAATTTTGCTGAGTTACATATGCAGCCATTTGCTGATGTTCTGCATCTTGCTTTATATAAAGTGATAAACCGTGGCTGTTTTTCAGTTGATGAGGAGAATAGAGATATTCAGAAAAGCTTTATTTTAACGTTCACTAAAGCCCTTCAATGATAATGAATGCGGAGTTGTTCCATTTGTGGGTTAATAGGAAAAAAAAAAAGACAAATATTATTTATTAGAGTGATACATAGCAACTCACATTTTCTTGTTTTCTTTCTTCCTATGAAATTACTCTTTTGATAACTGCATTTTTAGGTACTTGTGACTGAATTATTTGCTGATATGGCTGCATAATGATATGCAAATAAAATATCTGGCCCTTAAATTTTATTGTCAACATTACCTGTGCCCTGAGCGTGTCTAAATGATAGATGTTGAGAGCTACAAATTGCTAAGGATCACTTAGTAAACACTTTGCCTGTAAAACAAGGATATGCTTTTTCTTTTCCTCTTTTAATTTTTTTAATTGATAGTTTTAGAGGAACCAGTTCATTTTTTTTATTTTTATTTTTTGTCAGACATGTTAAGTATATGTTTAATATACGTCTATATGTCTAAATATATGTCTAACAAAGAAATGTTGGGCATGATGCTATTTACTTGGATTTCAATCTGAGTTTTTGACTATGACATAGGCTTGTGCTAGGATGAAATATCATTCCACAGTGGGCTAAAAATGAAGAGATAATGAACGCTGATATCTTCTGTAAGATTTTTGGGTGCATCTGCTATGGAGAGCAGAAAAGGTGGGCTTTTTTTCTTCTTTTATATCTTCAGAGAGAAGCACTGAAATGCACTCTCCTTTGCACATATCTGAGCTTTTCCTCAATAAAATTGATCACGCTTCTCTATCGGGTATTTATGTCTGCATAAACGTACTTGGGCTCAGCATGCTCAGTGAAATCGCTTACCAAAAGTAGCAGGCCAAGTCCTCCACAGCGTAAGGCTTCCGTCCAGCAAAGCACTTAGGGGCTGGTTTTCAAAGGCATTCTGCTTCACTTGAAATCAATGAGTTTCAGTATTGACTCCAGAGGGAGTCGACAAAGCTAACAATTAGTGCTTTTAAAAATCTCACTTATCTTTAATACCTTGCTCTAAGTGCGCAAGCAGGCACAGGGATTTTTAGGGGATGTGCACTCACTGGATTTAAAACGATCTCCCAAACTTGGAGTCCACTCCCCTGGTTCAAGGCTGTGCTTAGCTCAACTCATTGCCTTTACTTTTGCCCTAGGAGGAAGGTTCCAGATCCAGATTCAGCAAACCTAAATGTTAGCATCTAGCAGTGAGCAGCTGTGCTTCCTGCTCTGTAGGCATCCGGGGCTACACCTGCTTGGTGTCATGCTGGCATCTTCTGACCCCATTCAACCTCACCCTCTCTTGGTGCATTACCAGTAAGATATCGGGTCATTGCCTTACCCTCTGTGGCTGCCTTTAATATACCCGAGGACCTTCAAGGATCCACACAGTTTTCCCTTTTCAGCACTAAGCAAACCCATTTCATTCTGTCCAGTTTCCCATGATATCAGGGAATACAAGCTTTGTACTGTAGCTGATAAGCTGTTTATCTAGATTCACTGCATAAAAATGTTTTTAATTTCTCCATATATCCGTTATGTTCAGGTTCTTAGAAATAGCAAACATTCTCAGCTTGGGAACATAAAACCTTTAACTCTCAGTGATTTTATTTATTAATTAGCATCTTGCTCATTGCCATGGCAACCAGATTCATTTATTTTCCTTCTAGACAGAAACTGTGATCAGCTGTAGGACAACCCACTGAAGTTTCCCATTTGTCTCCCCCAGCCACTGTATCCAAATCCCAGTGTACTCAACAGGAACCTTTCCTGTGATTTTGGAGGTCTCCAATTATTTATCTGCATGCAAATTGCCAATGTTTTTGTGAGAATTAATAACTGAGGAAACTCAAAACCCTCAGGTGTACCCTTCAGTGCCCCCTCAACAAGAGCCTCAAAATGCAGGTCATTATGGACATCACTGTTTTGTGTATCCAGAGAAGCTCTTCTGCTCTTTCCAGAACAGTCGCGTACTTCACAGACATTTCACACAAAATGACAGGATACAGGCGAAAGGTGACCTCACAGAAAATTGGGCCAAGGCACTTTGGGGCCTGATCCAGCTCCCGTTTGATTTAGTGTGAGTCTAAAGGCTATAAATAGTGCTGTGAATGTTATCCAGTACTTTACTGATAGCCAGAACAGAGCTTGGAGTGCAAGAATTAAGGCTGCGTGGAGGAGTACGACCCTTGATCACTGCTTGAATCTCACTGAAGTCCCCCTACAGAAAGACAGATTTCATCCTTATGATGGGCAAATCACATGGCTCAGGGACAAGCTAGTTGAGAAATACATGACATTTTTGCATCTTCCTTGGAGACTGGCCTGACACTCACATTTTCATGCAGAGGTGGTCTACAGAAATGCTGACAGCCCTTCAAGTTTGCCAACATGGTATTAAACTCTCTGCTGCTCCATGTGTCAGCGGCTAGTGACAAAATACGTTCATCATGGCTGGTGACAAAGGACGGTAATTGAGAGTGAGCTCTTCTCTCCATTTGTGTACATGACTCATGCAGACATGTACAAGGCACATGCACATCTTTAAGAGAAGAAGGCTAGGAGAAGGCAGTCACACTCTGGTGGCACACTCTGGTTTTGTTTTTGCTTTTTCTCCCTACTGATTTTCAGACTGTGCATGGAAGTGTCCGATGTTCTGTAGGTGATTGCCAACATCTGGTATGGATGTCATTATGCTAATACTTTTTCACGTCTGAAAGGAGGAATGGATGGTGCTGTGGGATCTTGCCATTTCTCATTGTTTGGTGTTGCTTGCATTTTCTATGGTTTCTGATTTGCATTTGGAAACTGATTATTTGGCTAACTTCTGAATGTAATAATTTCTACCAGTATTAACAGGAATGCTTGGGCCAAATCCTTCTTGCTTTCTGCAGGTGTCATTCTGCCCGTACAGCCCTCATCCCACTGACTTTGGGTGCTTTGATATTACTCGTGTCACGCAAGCAGGATTTGGCCCAGAAGCATGGGAAGAATTCAGTGATTCAGGAGACCACTGTGCTGATTACTCCAGTAAGAGTAATCCACAGCCCCACAGTCATTAGCAGATGTAGACGTTACTCAGCTCTAGATCAGCTCCTCCGTTTTTGCTGCATGCTGCCTGGTTTGGTGTTTGACTTGCAAGAATTAAGTAAATGCCTTTA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Seq C2 exon
GACTGAAGACCATTGTAGGTGCACTTATCCAGTCTGTTAAGAAACTTGCTGATGTGATGATCCTGACCGTTTTCTGCTTGAGTGTCTTTGCCCTCATAGGCCTCCAGCTCTTTATGGGCAACTTGCGACACAAGTGTGTGAGGGACTACACCCAGTTCAACTTCACCAACGGCTCGTTGTACTTGGATGGCAGGACATGGAACAACTCAGAGGAATTTCTTAACGATCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000006112:ENSGALT00000031281:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=FE(12.2=100)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(30.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]