GgaINT0106611 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000016837 | MYO16
Description
myosin XVI [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29822]
Coordinates
chr1:137718198-137737925:+
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Length
14772 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTATTCATCAGCTTAGACTTTCTGAGAATGAGAGTGTGGCTCTGCAAGAGCTTCTAGATTGGAGGAGAAAGCTGTGTGAGGAGAGAGAAGACTGGCAACAAATCTTGCACAACACTGAGCAAAGAATCACAGCCCCTCCTCCACCCCCTTGTAAAAAACCAACACTGCTGAAGAAGGTGGAAGATGCCTCCTGCAACAGACTGTCTTCAGGCATCTGGGATACCACCATGTGATCGGAATGTGTGTGTTTGCAGACAGTTAGGAGTGATACCATCTCATGCCTTCAGTCTGCACAATCAGCAAGTTTCCTTCCCTCCACAGAATGTGCAGGGTTTTTTTTTACAAGCAATCCTTCAAGAGCACAGGATGGACAAGCTATTTAGATATGTCATGTGTGCGTGTATTTGTATGTTTGTCCTTTTCATACATATATATACACATATGCATATATCTGTGCATCTATATGTACGTGTGTGTGTATATATATATAAGGTGACAAACTGCACTATAAGAATTGAAAGATACAAAACAGTCACTTAAGAGTTCTCCTGTGGACAATGGAGAAGCTATGTTAAGCAAATGCTGGCAGGGAGAAGTGACTGACAGGCATTGTAGAGAGATCAGGAAAGTCTGTGTGCACACTGTACAGCTGTTTTATATAGTATAAAAATATGATGTTTCTTGTTCCCTAATGAATGGTTTTATTATATTGCATATATGCATATATATATTTCTTTGTAGATGTCTGTGTTCTATTGGAGTTGCAAACCTGAAGTTTATTTACATGTTTATTACTGGTGTTTTATAACTTTACTCAATTGGTGCTGTTGTTCTTTCTTCAAAATACAGGTAATAAATCCAACACTCGCATTTTTCTTTCATAGTTTATCTTTAACACCATGCCAGCCAGTTTCAACACTGCATTGTTTGTTCAGAGCCAGCAAAGTCCTTTCTGAAGTCCAGTCCTGACATTCTTGAAGAGCTCCTATTTGCACGTGTTGTTTAAAGGTCTTCACACTCAAGAATTAGAGAGCATGACTTTCTTTTTGTGGACTTATGTTTCTGAATGGGTGAACTGTGAATTCTATGGTTACATCTCAAATCTTATTTCATTCTGGTTTTGTAAAATAATGAGACACTCATTTAAATTATAAATATGGTTTGAAATTCATACCTGATTATGCATAAGGTCAGGTGTCAGTGGAAATATGATAATGAGGTATACATAATGATAATGAGGTATGAAAATCGGGCTGTGATTTACTGTTAAAAGCCAGAAGGCTTCATTGAGATGGGTATATCTAAGGATTATGCTCTTATAGTGGCACAGTGATGCCTTTATACCTTGAATTTTTGTGTAATGAAATGGTTCCAGAAATTGAAGGACACTTGTTGGAGAGCATGAGTTCTGAGCAGGAATGTTAATTTATGAAAAAGATGCTGCTGGAAACTTGTTAGCTACTGCTTAGCAGTCTTTGAAATACTGCTTTGCCACTAAAGGGTGTAATTGATATGTATACAGAGATATTTTGTCAGGGTATTTTAAGTTCTTGGAACATGTGCACCCAGTTTGAAGCACTCTTCTTGGCTGTTTGCCACTTTCCTATCCAGATCCAGGAGAAAGTGCTTGTAATTTTGCAAGTAGATGTAAAACTGCTTACAATCTAAGCAAGATTTGTAAATGTGAGCTTACCTTGTTTGGAAGTGGCTGGGAAGGGAAGACAGCCTGCACATAGATGCAGGCTTTTCTGCCATGTTTGGCAGGCAGTTCAAGCAGGATGAATGGCAAAAAGCAATCCCATGCTTGCTTGTTTGTTTTTATTTACAGGGGAAGCAGCAGAACTCAAATTGTACCCAGGAGTGTCATCAAGCTGTAGGCAGAATTAAGTGCCTTCTCTTGCTGGAGATTAAAACAGACATGTTGAGTGGACAGGGAAAGGGAGACGACAGGTTAGCTCTTAAATTAATTATGCAATGATTGGTTTCTGATACTTAGGGATAGATATCACCCAGCACAGAACTTTACAGCAACAACTGCAGAAGTGCTCTCTTACACGCTAGATCGAGAAGTAGGGATTCTGGGTTCTGAACCTTGCCTTCAGCTGATGTCAGTGTCCCCAGCATAGGACCACTATGGGGTTGTGCAGGAAACAGCTCTCACCTGCTGAATAACCACAACAGGACAAGGCTTGGCCTGGAAGAGCTGTGGTTTCTGCCTTTTTGCTCAGATAACCAGGGACACACAGAAATCCCTGTGTGAGAGCAAAATGAAATGGCTCAAATTGAATGCAAGAAAGCTAATTAACCTGGCTTGGGTACTACACAGCTTCCAGGATGCAAGTTGCTCTCTGCCCAGCCCATCATTCCTGTACATAGCCATAGGAGCATCTACCCAGCTAGCTTAGCCATCTTGCACACCTCAGTGCCCTAAGACGTACAGATGTGCCCTCAGGCTTATCTCTACTCTGATGGGCCTGGAAAATAGTCCTCCCATAAGCTCTGTCATACTGCTACCTCTAATGCCCACTGGTTGGCTTGGCAGCTGGTGGCAGTCAACCCAGGGCAGCATGGAGTACGTTTAGGGCAAGCTGTAGAAGCTGTCCAAGAGGCCAGCTGAGATCATGTCAAGATCCCTGCTACTGCAAAGAGCTTGCCACCAGTCTCCAAGCCAGCTGTCTGCAGGGTAATGTTTCATATCTCCAGACCACACTGTTATCATCGCTGCATTTGTAACATGGAAGAGCCCAGAGGGCAGAGAATGCACTTGTCAGTTGGAGGTTACAGCGTAGTTGGGCGCATGATGCTACAGGAACCAACATCAGCTGCAGGAGCTCAGGAGTGGTGCTCTACCAAACTCTGTGTTGTATCCTCATAGAGCAGTGTGGAAGAGCAGTCACTGGATTTGGCAGCAGTTCCAGCAGTGCTGTTACCCAGGTGAGGCCAGTACGAGCCTGATGCAGGCAGTTTGGTTCTCCACAGGGTAGAGCCCATCCTGCCTCCCCTTCTGAAAGCCTTTGTTCTGTTTTTAGCCATCTTGTGTAAGGAATATATCCTCTGGGGCTCTTCCTTAGAGCACGTAATCACAGTGCAATATGACAAACTCAACACCAGGAGAGATGAGACCCTTTTCTTTTGATTAAGTTACTAATTTCAGGGTATGCGACGGCCAATTTTTGACTTGGGAGGGTTTTTCAGGATGTTCATTTAAAATGTATCACCATCGGAAAAGTATTATTTGTGTTAAAACGCATTTAAAATATTTCTCTGATGGCAGCAAGACACTCCAGAGTGTGACTTATGATGTCATAATTCACACCTCGTGTGTTCACTGGTCCCTTGGTCTTTGGCCTCGCGCCTAACAATGCAATTGGTGGGGAATTATTGCACCATAATTCACACCCTACTGTGTCTTATTGCTTAAATAACCATACTCTCAGAGGTGTCTTAAAACTACCATTAAAGTTTATATTGTGTATCAAAGTGTGTTTACAGGGCTGGGAAAATATACTATTGGCATTTTGAAATGTTGAGAAGTAGTTTTAGCAAACTGTACAGCGCTTATAAATTAATCTCCCCAGTGGAATACACACCAGCCAGTCCTGCTATTTCTTGAGTATATGGAATCCTCACTTGCACATTAAAAAGTAGTGTAGACAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGCCTTATGAATTTAATATTCTAAAGGGAAATATTAAACTCTGTGAACACGCTAATACCCTTAATATCCAGTGAGCAATCTAAAAGGTATTTATATTTGCAATAAAGCAATTTCAGGAAGCTGGGGTTATCATCAGATAATCGCTCCTCCACATTGTGCCTTATTGCTTAATTTTTAATATGTGAAACAAACAAAACTTATTCCAAATCAGCTTCTCTCTCAGCATGACATAAGAAGAATCAGGTATGTTTTACACTTTAAAATCCAAGGGAATTTGAAAACTGTATTGAACCACAATAAAATAAAAACTAAAAACAACAGCTGTTGGCATGAGAAATGTTCAAAGCTTGTGAATCTTACTGGTTACTCCTGAAATAGCACTTGGTGTATTTTAGTTGCTGTAGTTACATTCCTATTGCCGTTTATAAGCAGAACTTGGCTTTTTAAAACTTGATTTAGACATCCAGAAGGATACGTGCACCAATATTTTACAAATGATCTGTGTACAGCATGAAATGCTAATCCTTTTAGAACTTTGTATTGTTTACACAACAATAGTATGATTGTCGAATAAGTGAATTAAACTTCCCTTTTTGCCAGTGATCCTCTTTATTCCTTTTAAAAGGTTGACTTATTTTCATTAATAACTTCATTACATTGCAGATCCTTTGTGTGTGGGACAAAGAATTTCATTAACTTGCTAAGAAAGTACAATGGAATGTAGCGTAGTTCTAAAGTGATCATAGCAGCCGTATTCACTGTAGTTTTACATTCTTCTCTATGGTACTGAGATCCCTGGTAGCCACATTATTCTTATCACCATAAAGACTGCTAATATCTGAAATACTTCGAGGAACCTAAAATAACTTCTGCCATTCACTTGTTAAATAATACATGTGATTACATTTTGTACAACTCCATTTTCCAGAATGGTATTAAGCATTTCATGGCTTTATGTTCTAAATACGCAGTTTTAAAACAGAAAACCTAATGTGAGCATTAAGTATCTCAGAGTATCTGAAAAAAAAACCCACAAAAACACAGGGGTGTGTAAGGAAATGCTTTTCTTCCAGTTTTGCTGTTCTCTATGTGCTCAGGATTCTCATTTTCAGAAGAAATAAATAAATTCTTGTGCTGGTTTATATCATGGCTGTGAGAATTAGATCATTAGCAAAGGCTGGCTGTCTCTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016837:ENSGALT00000027192:34
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.417
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]