RnoINT0096865 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000016483 | Myo16
Description
myosin XVI [Source:RGD Symbol;Acc:621561]
Coordinates
chr16:84575150-84603318:-
Coord C1 exon
chr16:84603227-84603318
Coord A exon
chr16:84576443-84603226
Coord C2 exon
chr16:84575150-84576442
Length
26784 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGG
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
CTTTTTCTGTTCCCCTGCAGGTT
3' ss Score
13.73
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000016483:ENSRNOT00000022742:33
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.613 A=NA C2=0.507
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]