MmuINT0103994 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000039057 | Myo16
Description
myosin XVI [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2685951]
Coordinates
chr8:10604790-10633950:+
Coord C1 exon
chr8:10604790-10604881
Coord A exon
chr8:10604882-10633422
Coord C2 exon
chr8:10633423-10633950
Length
28541 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGG
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
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3' ss Score
10.69
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000039057-Myo16:NM_001081397:35
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.677 A=NA C2=0.613
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
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C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: