HsaINT0108347 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000041515 | MYO16
Description
myosin XVI [Source:HGNC Symbol;Acc:29822]
Coordinates
chr13:109831890-109860355:+
Coord C1 exon
chr13:109831890-109831981
Coord A exon
chr13:109831982-109858956
Coord C2 exon
chr13:109858957-109860355
Length
26975 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATG
5' ss Score
9.43
3' ss Seq
TGCCCCTCTTCCTCCCACAGGTA
3' ss Score
13.69
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTAATCCATCAGCTGAGGCTCTCAGAGAATGAAAGTGTGGCCCTGCAGGAACTCTTGGACTGGAGGAGAAAGCTCTGTGAGGAAGGACAAGACTGGCAGCAGATCCTGCACCACGCTGAGCCCAGGGTGCCTCCCCCACCACCTTGCAAGAAGCCCAGCCTTCTGAAGAAGCCGGAAGGGGCCTCCTGCAACAGGCTGCCGTCTGAGCTCTGGGACACCACCATTTGATGTGGCCTGAACTGCAGACTTACAAAATAGAACTGCCTACTGATTCCGGGCTGCAACAACAGAAGGCTGCCTTCTGACATGCGCTGGGGCTTCTCTCCACGCATTTAGACAAAAAAAGCACAGGACACAGACACTAAATATATGAGATCCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGGGTTCTTTCTTATCCATCTCGTGGTGATACACTCTGATTTTCAAGCTCCTCATTTACGGCTCTGTGCTACCCCTAGGTAGCAAGAGAGAGGCTGGGAAAAGTGTGGACGTGGCCAGAGCGAGAGAGTAGCGGAGGAAAGGAGCAATCCATGCACACTCTGTACAGTTGTTTTTCTACGGTTCAACAGTCTGTTTATTGTACTTCCAATGGTTTTATTATAATACAGTATACGGGACATATATTTTATTTCTTTGTAGCTACTTGTGTTTTATTGGTATTATAAACCTGATAATTATTTACATGTTTATTACTGTAATTTTATAAATTTATGCAATTGGTGGTGCTTCCTTTCTTCAAAATACAGATTTTAAAAAATCATTTCTAGATTATTTTTTTCCTCCACAGTCCTTTTTTTTCACCTAACGCACCTAAATCTTGAAACTACATTGTTGTTTTAGCTTCGCCAGTGTCACCCCTTGCAAAACTATGAATTGAGCCCCATGTTTTAGGTGTTACTCATGGATGAGGAGGCTGTTCTTTCCTATGCCCTGTATTTCTGGATAAGTGGATTGTGTACCCTTTAGTTAAATTTCACCTCCCGACTTCAGCATAGATCACAGGAAATCACATGGCACACGGTTAAACACGTATGGCTTCAAATCCATAGCCGGTGGTGTAAAATGATCATATTCATTCAAAGGCCTACACAGTACAAATGAGCACGCTGCCATGTACTGGTTTGAGCAGTAGGGGCTGCATCGCACAGCGCTCGTCCCCCGGGACTTACACTGCATGATTCCCTCACTGTATATCCTCAACCCTCCCATAATGCAAGGCCTTGTTCATTGATGTGCTTTCGTCGGCTGTCGGAAAGTTCTGAGCAGTGGCTCCAGACCACCTTGTCTTGCTACTTGGAACTTTTTATTCATACCAGCCTTTGAAAAGTTACTGTGCCAATAAAGAGGTACAACTGTGTTCTTCTATT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000041515-MYO16:NM_015011:34
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.493
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)