GgaINT0119251 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000015389 | E1C7W0_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr1:91896578-91901296:+
Coord C1 exon
chr1:91896578-91896616
Coord A exon
chr1:91896617-91901067
Coord C2 exon
chr1:91901068-91901296
Length
4451 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATT
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
AAAATGTGATGTTTCCACAGGAT
3' ss Score
8.06
Exon sequences
Seq C1 exon
CCGGTCTTCGGTCAGATTACTGGTCAACAACGGGAACAG
Seq A exon
GTAATTCACTATTTTGGCAGCTTCCTGGCAGAGGTAGAGAATGAGTTCTAATTCATGTCTTAAGACTCACAGGTACTGTACTGCTCAGTATTAATTTAAAAGGGTTAAATTGAGCCTTGGCATTTCTATGCTTACTTGCTGTTAGAGTGACCAAGAGTTTTGCATGTGACAAATACAGAAACTGTCTGCCTTCATTTTGACTCTTAAACTTTGACTGTGTCAGTGGCATGGTGGGGAGTAAACTTAGCAGTCATTTTCCATTTACTCTACGCTGAAAATAATATAAACTTGTTCCAGTCTGGGCAGTACTGAATTTAAATCTGTTTATTGGCATTTACCCTGAACAACAAAGCTGTTGTCTATCCTTTTTCCTTCTTACTCCCTTTTCTCCAAGGTTAATGATGTATTTTTCTTTTAAATGAATTCCCCAGCAGAAGTTAGTCCAAGCAGTTCAATTTAGCCAGGGTAATGGGAGACACTGTTTATATTCCTGTCTGATTTAGTGTTTTAAACCTCCCTGCGAGATTCTTTGCTGGTACGCAGAGGCTTCACAAACAGACAAGCACAGTTCAAAAGTAAGTCACAGCTCTGTTCATTAGTAGATACATGCAGTAGATACCTAGGTAAAAAAAAAAAAAACACTGCTAGGCTAAGCATTAATATACTAACCAACTTTGATGAGCTACCTGTTAAGTCTTTGGTTTAGGGTCTGTCAGTCAGACAGGGGCTTGCTGTCTGACTTTCTTGTATCTCTTGCTCCTTGACACAGGCTTATTCTTCTTCTTGTCAAATCACACTCTTTCGATTTTTTTTTTTTTAAGGTCTTTATTCTCTTCCACATCTATGTTTTTTGAGATATTAAATTGTATAAGGGCTGCTCTGAAAGTAATGCTTCCTATTTTATTATACTGGCCCACAGTGTCAGAGGCAGATGTTGGTGGCATGGCAGTAGACGCTGAACCTTCTCGTCAGTATTCTCTTATGTTTTGTTGCTATGTGACAGATTGCTGTAGAGGAGCAGTCTGACAAAATGGAATCTGGCATAGAAGTGAGTATGAACAAAGGTGTGTCATTGAATTCCTCTGTTTGAAAAAAAAATGGCACCCACTGAAATTCATCCATGCTAGCTGAATGTTTATGGAGACCAAACAGTGGACGTGAGCACAGTGAGGCAGTGAGTGATCCATTTCAGTGGTGGAGACAGTGGGTCACCTCCGCAGGTGCAGACATGTACAAGTGCAGCATGCAGGCTCTTGTTCATTGCTGGTAAAAAGGCATAGGTAATGGTGGTGACTATGTTGAAAAATAGTGGTTTGTACTGAGTAAATACTCTATTAAATAGTGTCATTGTGCTCTTTGTATCTATTGTAGTTTCCTGGGAAATAAATAGGAAATGTTACTTCCAGAGCAACCTACTTAAATTATATTGTTGCCTTCTAAGATGGTCTGTCCAAACAACACAACCCCACAGACTATTTTTTCTTAGTATCCTTTTTCTTAATATTTCCAGATGCTTTCCTGAACTCAAGTAGTTAGAAGTTTACATTTGTTTAAGATAGTTTCATTACACCTTGACTGATGACATTAATCTTTCCAGTTATCCCAGAAAAAAAATCTGGTAGTAGATTTCCTGCTATGAGAAATGTAGTATCTGATGATTTTTGGTTTATGTTTTGCTCTTCATAGTCAAGTCATGTTAGTGCATTACAGTCAATCCTGCAACTAACTATGACAAATCCTTTTTCAGTAGTTCAAATTCCAAAGCTCACAACTTATTGTAATATTTCCTTGGCACGTCTCTTTATGGGCATTTTAATTACAAAACAGAATTAAATATATTGGTGCTCGCTTGCATAGCAATTTCATTTTCCAGTTCAGTGTTTCAGGGCAGAGGAATAGCGTTTTAAATTTCATCTATTTATTCATTCTTAGGTTTAACCTGTTATCTTTCACATAAAGGGGTAAGGATGGCCTGCCATGTTCTAAACGTCTTTCAAAGACTTATGCTACTGTCAGTCACAGTTGACAGCTGTTATCTATGAGTAGTGCTCGTATCAGTGAAGTTGCAGGAGAACGACAATGTGAATTGCTGTGGCAGTTCAGAAAATCATATGTTGATGCAGTTTCATTTGTTAGGTTCCCTTGATATTTTTTTTTTTTTTGTCTGTTTAGGTCTGTAGACTATGGTGAAGAAATGGAAGTGGGATTAAGTGCATTCTCAGCAAGTTTGCTGATGACATCAGGCTGAGTAGTGCTGTTGATACAACAGAAGGAAGGGATGCCATCCAGAGGGACCTTGAGAAGTGGACTTGTATGAACCTAATGGGATTCAACAAGGTCAAGTGCAAGGTGTTGCACTAGGGCCAAGGCAATAGCAAGTACGTGTACGGTGTGGGAGAAGAACTCACTGAGAGCAGCCCCGTGGAGAAGGACTTGGAGGTCCTGGTGGATGAGAAGCTTGAGGCAAGCCAACAGTGTGTGCCTGCAGCCTGAAAGGCCATCTGTATCCTGGGCTGCATCAAAAGAGGGGTGGCCAGCAGGGATAGGGCAGGGATTTTTCCCCTCTATACTATGCTTGTGAGGCCCTAGCTGGAATACTGCATCCAGGCTGGGACTCTCAGCACGGGAAAGACATAGAGCAGTTGGGTCCAGAAGAGGCCATAAAGATGATCAGAGAGCAAGAGAATCTCTCCTATGAAGAAATGTTCAGGTAGCTGTTCAGTCTGGTGAAGAGAAGGTCTGGGGAAACCTCTCTGGGACCTTCCAGTGCTTGAAGGGAGCTTGGGAAGGGATATCAACTTTTTACATAGGAAGATAATGGTAGGACAAGGAAGAATCTTTTTAAACTAAAAATGGGAGATTTAGTTTAGATGTTAAGTGGACATTTTTCATACGGAGAGCAGTGAGGTACAGGCTGCACAGAGAAACTGTGGTTACCCCATCCCTGGAGGCATTCAAGGCCAGTTTCATTGTGGCCCTGGGCAACCTGATCAAGTGTGTGGAAGCATTACCCATGGCAGGGTGGTGGAACTGAATGGTCTTTAAGGTCCCTTCCAAACCAAGCCATTCTATGGTTCAATGACTTCTATGATTACTTCTAGCTCCAGATCATGCTCTGAATTCTATGCATCGTGCTCTTTACCAGCAGTGAGCTAGTCATGTTGTAATTCACTTTGTAGCAATAATGATAGTAATAGAATTCTAAGGAATTTCTGCTGATTTAAAACTGGCTGTGTTGGGGGTGAGAAAATATGCAGGAAGAACTACTATTGAAAAAAAAAGTTACTGGAAAGAGATAAAAAAAAAGGAAGGAAGAACAATAGTTCAACCAAAGCTTTAAATAGTTATAACTGTAATTGAACTCAAATGGCATGTGACTCTGACAAAATGTTCACAAGCATTTATAGCATTAGTTTCAAGATTGTAACTTAGAAGTGGAAGTTGGGCGAGGCCTGCCTCTTCCTATCTTGAACAGCTAGTGATTAAAATGCCAGCATTCAATCTGAGTTGATGAGTGAGGGCAAATTTTCACAGTGCTCCAGTTGACGTTCCACTAATGTAACTATTTCAGACACTTGTCTCCTTAGAAGGTAGAGATTCATGCAAATATTTACTGAGTTTTATTTTCCCTAATTTGCTTGTTTGCTCCTTCTCACCTTTCAAAGTGCTATGTTAAGAGTTCTAGGTATGACCAAACAAAAAAAATCCCTAGGCATTTTGCTGAATGGGAACTGCTGTATTTAGTTGAAACAAGGACCTCAATATATTTGACTTGAAAGCCATGCTTTGTTCAGCTTAGTTTGAAAATTGTATGTAAGTAGGGTAATTCTTTGGTGATTTTTGTCAAGTATATGATACATGCTTTTGTTGTTTATTTTTTAAATAAAAATATTGTGTAGGCTAGGTTGTATTGTCTATTTTTTACAGCACTTATTTTCTAAGAATGACTTCTAACACTGCAAGTGTTTTCAAGACTTGACACTGCAAAATCCTGGTCTGAATTCATTTTGGCTCTACTTTGTGCAGGAGGTTAAACAAGAAAGTTTCTAGAATCACTTCCAACCTGAACATTTCCTAGGGAATAGTTGTTTGTTGTTTATCCTTTGGAGGTCCACAGATCTTTGTTAACTGCAAACATGTGCTGCACAAAATGGCAGAGCTTTTGTACTAGTACCCTTACAGCTATTTATTTACAGTACTCTTTGCCGTGCTCTTTAGCTTTATGAATAGACTTTTCCTTGATCACAGGCTTGTAAGTAGAATAAGAACAGTTTGCGGCATGGACTACTTTGTTTTCCTGCTTGGATATGCAAACATTCTTACATTGCTTTAGTTCAAAATTATATTCAGGCTTTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTACTCTGCGTGGATTTAAGAGCTTTTAGGCAGGCTTACAGCATTGAAAATGTGATGTTTCCACAG
Seq C2 exon
GATCAAATTGTGTGTATGATCTGCATGCTGATCGTCTACATGAGCATTTTCCTCTGGATATCCACACTACCTCTGGGGGAACGATCTGCTATCTTAAACTGATAGCATTAGTGGGTCATCTTATTCGTCTTTCAGTAGTATCCCTTCAGATTGAAGCAGATAACTGCATCACTGACTCACTAACTATTTATGACTCTTTGATGCCAATCAAACATAAGACACTATATCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000015389:ENSGALT00000024825:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0043115=CUB=PU(61.6=79.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]