GgaINT0124067 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000004088 | FNBP1
Description
NA
Coordinates
chr17:6300068-6309391:-
Coord C1 exon
chr17:6309377-6309391
Coord A exon
chr17:6300178-6309376
Coord C2 exon
chr17:6300068-6300177
Length
9199 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGC
5' ss Score
8.69
3' ss Seq
CCCTCCATTCCACTCTGCAGGGA
3' ss Score
7.89
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTTCTCTCAAGCTG
Seq A exon
GTAAGCACATTTTCAGCATGCCTGTCCTGTGTTTTAATCACAACTCTGTGTGTGTTTGAATGTGCACTGTGCCACGTATGACATGACACTGAAATTGTTAAATTTGTTTCTTCTTTGTTTGCTTTTTTGCTGTTTATCAGATAACTCTGAATACGCAGGTCTGGAGTCTAATAGAGGTGATCAGAACTCGGCCTTTCTAATAAGCTGCTAAAAAATTAATTCTAATACGTAGTTTAGCTTTCATTTTTGTAATCCAGGGCTATGAAAATGTAGAAAAGCAGTGTCAAGTAATTCCATTACTGTGTAAGTATAAATTGAGACGTTAAAAGAAATGAAGATCTGTTTGGACTTTTTCCAGAGAGAAATGCATGTATTTGGTGTGACTGTCACATAGCCACAGAGTTTGCTTTCTGTGTCCAGGCGTTTACTGGCAATCTGCACCGTGGTCGCCTACATTTTACAGCCCTATGTAGTCCTTTGGAATAACTAATAATCATTAAAATTCTGTAAACCGTAACCAACAAGGTTAACTCAGTCTGATTTGAATTTGCAAATAATGTTATGTATATGAACCCCAAATTCGATCTTGGATGCAGCTGGGAAGGTTGCTTGAGCTACGGTAAGGTAATGTGTTACTGAGTTGGAAAGGGAATGGGTGGACCTATTTGGGAAAGCAAATGGGGCTGAACTTGATATTGCAGGTACTGTGCTGCTTGAGATGTGCCACACTTCAGTATGTTTCTGGTAGCTTGTTGGTGATCCTTGGCCCTTTGTGATCCCAGGGGGAACTCAGCTATTCTGCCCCAGTTCATGCACGCATTCCAGAGCCACAATGACTGGTGGCAGTTTGAGAGCTTCAGAGGATCTGCAGCTCAACTGCATTAGCTTGGAAGTTTTCTTTTTCCTCACCAGTCAGTGCCTTAGGTGCTCCTTCCCTATTACTCCTCCCTGCATACACATTGTCCATGGATTTATCATTCTGGACCTGTTCTGTTCTGAGGAGAGGTGTGTGCCCTGGAAGCTACCTGGGGTAGCTGTGGTGTGCCTGCAGAGGTTTGGGGCCCTGCTGCTGCCCTGCACGGCGCAGTCACTCATTGCTCTTCATTTGCAGTATTGCACTTCTGAAGACCTGTGGTAGGAGTGGGGAATAGTGGAAATCTCTGGCTCACTTGGAAACCTTCTTCTTTTGGCTATTGCCATCCATTGACCTATTAGTCCCAAGTGTTTATACCAAGAATTTCCACTTGTTTTTGTGTAGTGTAGCTGAGCAAAGCCTTCACATGTGTTGGAATATATCCTCCCCAACCAAACAGCTGACCTGGCCTTTCCCCAAGGATTGCACAAATCATGATGTGTATTTCTAGAAAACATGTGCAATGTTTACAGCTTGACGGGTGGTTTCAGCATCTTTTGCTTGAGAGCATGAAATGTGCCTAGCATGTGCAAAAGTTGTTCCTTGCCTCTTCCTGCTGGAGGAGGACCTGTAGCTGCTGTTCTGATGGGGAGTTACCAAGCATGGAATGGAGTCTCTGTAAGGTCACCCAGTCTCAGGCATGCATTTCTACACAACACTNNNNNNNNNNATTGTTGAATGTATTACTGCATAAATTCTGCTAACTAATGACAATCTGATTTGAAAATTGAGTATTTCTTGAGCAGGCTGTCAGAATCATCGGAGCTGTCGAGCCACCTTTATTTTAAATCCATCCCAAAAAGGGCTCTTTGCTATAAATGGAGCATCCGTTTGTGAGAGCTCTGTATCCAGGAGCTGTCGATGCTACGATTGGAGAGCTCTTGAATGGCAAGGTGTGCAAAAGTCTGACAACAGATTATGGCGTGGAGCAAGAGACGTTTTCCCATCTTCACGTCAGCTGTCTTTGACACAGAGCACGTGCATTTATGCACTTACAAGCTCATTGCACACCAACCCAAAGAGCTGGTAGCACAGTCACAGTGAGGACTGCTGGAAGCCTGAGTGCAGTTTTGATTCTCCCTTTAGTCTGGTTTTATACCTTGAGCAGCATTTAGCTGGCTCTCCTTGGCATGGAGCAGAAAGGCACTGTAGCACTGGTAGGCTCTGATCTCTTGGAAAACCTTCTGACTTGCAGCTGTCGTAACATCTTCCAGCACTGGAAGAGAGCTTTGGTAGTTCTGGTGGTTGACTGCCTGAGCACATTTGTTCACCTGTCAGTTTGAGGCCCTCCAGCACAGCTCAGAGCCCAATGTGTAAGTGATGTAGCACAGAGGCGAGCTGTGCTGCTGCCTAGGTTATTTTTTTAATGTACACCTCTCTTTTTGCACTCTCTTCCTTTCCCAGAGTAGCTAAAAGATAATGTTCTGGCTCTGCACCAGGGAATGCACTAACCTTTGAGGACTGGATCATGTATATCATTTAAGTAGCTTGAATAATGTCTTGCTGTGCTGCCATAGAATCAATTTGGTGTAAAGAGATTTTTTTTTTCCTTTATTCTTGGTCCTGACCTTGTCTGCCCATGTGGCCAAAATAAGTTTGAGATAAGCATCTGTATGAATTGTTTAAGAACACCAAATGGCTTAAGTGACTGCCCAGAAAGCATTGTGTGCAGCAGTGGAGGTAATGTGGGAGTACAGTCATTTGGACACGTGCCTGTGAGCTCGGCTGTCTCCTGGAAATGAGCAGAGGCCCCAGCACGCCTTTAGCAGCAGGAGCTGAGCAGTGCATCCCTCTCCCTACCTGCAGTTAGGTGCTGTCCTTCCCTGCTCCTGCACAAAGGGGCTGATGCTTGTGACTGCATTTCAGCACGTTTTCGATCTGAAGTGGCTTGCAGACGTTTACAGGTGTTTTGTTTTGTTTTGCAATTCAAAATTCAATGAGAAGATCCCTCTTGTAGCAGCAGTAACCGGGCGGCAGCCCAGGCAGAGCTCTTCCTGCAGTACTGAAGCACACAGGCAGCACTCCCAGCTCTGCTCCAGCCGAGGCCATGGCAGCTGCCCAGTGCTGCTGGGCCCTCTTGTGAACTTTTGCACAGATCTGTCAGTGTTACCCATCCAGTGAGGGCAATGTGTGTNNNNNNNNNNATAACTAATAATCATTAAAATTCTGTAAACCGTAACCAACAATGATAACTCAGTCTGATTTGAATTTGCAAATAATGTTATGTATATGAACCCCAAATTTGATCTTGGATGCAGCTGGGAAGGTTGCTTGAGCTACGGTAAGGTAATGTGTTACTGAGTTGGAAAGGGAATGGGTGGACCTATTTGGGAAAGCAAATGGGGCTGAACTTGATATTGCAGGTACTGTGCTGCTTGAGGTGTGCCACACTTCAGTATGTTTCTGGTAGCTTGTTGGTGATCCTTGGCCCTTTGTGATCCCAGGGGGAACTCAGCTATTCTGCCCCAGTTCATGCACGCATTCCAGAGCCACAATGACTGGTGGCAGTTTGAGAGCTTCAGAGGATCTGCAGCTCCTTAACTGCATTAGCTTGGAAGTTTTCTTTTTCCTCACCAGTCAGTGCCTTAGGTGCTCCTTCCCTATTACTCCTCCCTGCATACACATTGTCCATGGATTTATCATTCTGGACCTGTTCTGTTCCTAGCAGCTTGTTCTGAGGAGAGGTGTGTGCCCTGGAAGCTACCTGGGGTAGCTGTGGTGTGCCTGCAGAGGTTTGGGGCCCTGCTGCTGCCCTGCACGGCGCAGTCACTCATTGCTCTTCATTTGCAGTATTGCACTTCTGAAGACCTGTGGTAGGAGTGGGGAATAGTGGAAATCTCTGGCTCACTTGGAAACCTTCTTCTTTTGGCTATTGCCATCCATTGACCTATTAGTCCCAAGTGTTTATACCAAGAATTTCCACTTGTTTTTGTGTAGTGTAGCTGAGCAAAGCCTTCACATGTGTTGGAATATATCCTCCCCAACCAAACAGCTGACCTGGCCTTTCCCCAAGGATTGCACAAATCATGATGTGTATTTCTAGAAAACATGTGCAATGTTTACAGCTTGACGGGTGGTTTCAGCATCTTTTGCTTGAGAGCATGAAATGTGCCTAGCATGTGCAAAAGTTGTTCCTTGCCTCTTCCTGCTGGAGGAGGACCTGTAGCTGCTGTTCTGATGGGGAGTTACCAAGCATGGAATGGAGTCTCTGTGAGTTCACCCAGTCTCAGGCATGCATTTCTACACAACACTGATGCTTTGGTCTGAAGCATTGTGAACACAAATACTGAATTTAATCTGGCCTAGAGCTTTCAATTGAAGTATCAAAAAGGAAGAGCTTTTCCAAATTGCTTTGAATACATCTGGTATAACTGAGGATGTTTTCAAGCATCTCAGTCTCTTCTGGATAGAATTGAGAAGAATATTTTACATAGTCTTTCTGTTAACTGCTCATTTATTTACAAACATACATCCAGATGCTTTGCCTTAAAAAGATATGTATGGATTTAGCATGCAGGCTGACTGTAAAATGTACTACAACAGTCTAATGTGATGTGGGAGTTGCTGCAAAGCAAATGCTGCCAGCATTAAAGAATGAATTCAAATAGAAATCTCCTGTGCTGTGCACAGCAATGTAAGCAATAATTCAGAACTCTCAGGACTGCACGTGGCTCCTGATTTAGAATTAGTGTAACTTGTTTCTTGCATTTGTGTTAGATTTGCTTTCCCAGCGTCTCACAAAATGGAAGTCTATGTGTTATTACACACAAGATCAGGCCTCAACTAAGATGCACGTGTTCATTCTTACTGCACATTAATATGGCAACACTTTCATTGCTCCAACCTGTTCTGCTTTATTGAAATTCAACAGGAGGAGGTGGAGGAGGTGACCTGTGTGGGGTTGTCCTCCATCCCTCTGACACTCACATGCCTTTGTTATAAATAGCATGTCCTGCAAATGCCGAAGAAAGGGCACACTGTCTCAGAGCACATTCAGTGCAGAACTGAAGGGGTCTCACGGGCAGTTTTTGTGGCAAAGTGTCTCCTAAATCACTTTTCCCTTAGAGAAGCATTTGGCATTTTAGTA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Seq C2 exon
GGAGCAGGGCCAGAGGACTTCAGCAATCTCCCACCTGAACAAAGAAGAAAGAAACTTCAGCAAAAAGTGGATGAGCTCAACAAAGACATTCAGAAGGAGATGGATCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000004088:ENSGALT00000006504:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.200 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF122293=PG_binding_4=FE(4.0=100)
A:
NA
C2:
PF122293=PG_binding_4=FE(36.4=100),PF143891=Lzipper-MIP1=PU(34.5=78.4),PF154561=Uds1=PU(36.4=86.5),PF0218511=HR1=PU(25.8=43.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]