GgaINT0124072 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000004088 | FNBP1
Description
NA
Coordinates
chr17:6290465-6295494:-
Coord C1 exon
chr17:6295336-6295494
Coord A exon
chr17:6290808-6295335
Coord C2 exon
chr17:6290465-6290807
Length
4528 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGCTA
5' ss Score
2.48
3' ss Seq
TTGTCTTTCTTATGTTTTAGATT
3' ss Score
12.59
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCAGAATGAAGGAACAATTTCTGTAGCAGAAGGAGAAATGCTCTATGTAATAGAAGAAGACAAAGGTGATGGGTGGACACGAATCCGAAGGAACGAAGATGAGGAGGGCTATGTCCCTACGTCTTATGTTGAAGTCTATTTGGACAAAAATGCCAAAG
Seq A exon
GTGCTATGACTTATATTTAATAATATTATTATTACTTTATTTGCTTTCACAGAGATACCCAAGCCTGCAACTTTGTGTTGCATATAGAGCCTTTTAAAAGTCTGTACAGTGCCACAAAGTGCATTATTTCATACATGGACTAATATGGCTTGCTGTGCTGCAAAACATGCTTTTTTATTGGTCAGAGAAGGCTAGTGTGGTAGAGGGGAGATGCAGCCTTTCCTAGTAAGTGCTTGTTCAACTGTCACTGCCGTTGCATACCCAATCTAGGGCAGGAAACACAAAGCCACTTGGAAACAGTACTGGTTTTCCTTACATATCCTGGGTGCATTTCAGACGTGTTCACAAGTTCATCCCAACCTGATTCAGTGGATTGCTATATAGGGAATATTTGGCCTGGTGTTCTGTGTCTCAGCGTGGTAGCTTTCAGAGCCTAATGAGTTCTGCGGACCTTTGGAACTGAAACCTGCTCATCATCTAGTTAGTGTGTTTGGAAGGGGAAGCAGAAGTCTTGCCAAAGCCTCTCTACACAGCACTCTGTGATCCTCGATAAACATTAAAACATGGACATTAAGGAAAACCCTTTATTCTTTCCTGTCTTGATACATTTCAGAAAATGGTCTTTTGGCTGTATTTGCTCTTTCAGATGAAATACAGGTTTTCAGATGACCATAACTAATGGTTTCAGCTTTTGCTTAAATGCAGTCAATGGAGGCACTCTGAGCTTAAACTGGACAGTCTTCTGTTTCTTAGTTGCTTTTTACTCCTTCCAAATAGGTGTATTTTGTAAGCAAGCAGTGCATACAGGAGAATGAATGCTGGGTAGAATGCATGCTAGCATGTAAATACCTGGTAATATAGTACAGTGAGAAGTTTTAGGTCTGTTTCAATTGGTATGTTTGAAGTCCACTGTTAAATAATTTATGCATTTCTTTTGCAGTCATTTAATCCTTCAGATTATTGTGTTTCCTGGACCTTAAAGTTCTTGGTGTGAAACAAACTGCCTCATCCAATTTAAAAGAAAACAGAACCATTCTCATAGAGACAGTGGGGAGAGAAGAGAGCTGTCTCTGTAAATGCACACTATAATTTGATCAGTTCCCTTTTTCCTGGGTTCAGTATTAATCAGTGTGTGCCTCGTCTGCTGCAGGTGGAAGCCTGGGGTCTGATTTTGCCATAGTAGTTTTATGTTTGGCAAATGCAGAGTCGGTTGAGATGCAAAAGTAAACACTTCTGTCTGCTTTTGTTAACCTTTAAAAGATGGGTGTGGATTGTATGTTTTCTCTGCTTCACGTTCAGGACAACACAGCACAGAATGAGAGACCTCATCTCATAACTCAGTGCTCTCTCCTTTGGAGAGTGTCCTTTGTGTGTGGTGGTGGTTGAAAGCAGCATTATTGTTCTGCTGGAAGATGTGTTGGTGAGCAGTGTAGGCTGCTTGAAGCAGCTGAGCTGCTGTGGCATCCCCGTCTGTCAGAAGTAGCAGGCATGGCTCTCTGCACACTCCCTCTCTGAGTGATGCTGAAGGGCAGTTTGTGCTGGGAGTGAGCACTGATACGGCTGGGAGGAGTTCAGATCCTTGATATTTCCCATTAATTTTGCTGGACTTTAAGAATGAAATCAACTGTGCGTGTGACTATCTAATGGAAATGAACTATGATATTTACGTATTTTGGAATGGAAAACTTGCCATAAAACATCAGAGAAGCAGTGCAAAGTGTTATGGGAAATGCTGCTGCATTTAAAAGGCAAACTTTGTGGCAAGCTGCAGATTTCTCACTTTATCAATATGTTGTAGAAGTGATTTTATTCAATCCTTGACTAAACTGGAAACTACAACTTTCCTGAAAATGACAGTGCTAAAGCATTTACACTTCAATTCCTGTTTTCAAAAAGACCCTGGAGCAGCTGGCAGCTCTCAGTGTAGCTGTGCAAAGAGCAGTTAGGTGAGGTGCACAAGCAAAGCCCTGGGCAGCCACTGTGCCTCTGTGATGGTAGGACAGGTAAGTTGTGTGCTGCAGCCGCCCCTGTGCGTGTGCTGCTCACCTGAGCCATCTCAGGGCTGCGTGAGGGCTGCTGGGAAAGTTTACCATGGTAAACTCCAGCCAGAGGGTGTTAGCAAACCCTGCCACAAAAAGAATGGTAATGTCTATCTTGTTCTGCCTTTTTTTTTTTCCAGATGTGTACAAATCCCTTCAGAAAATCTCTGAGTAGGTTTGCATAGGCCTGTTCACCTTTTGTTCTACGGGTTTGCTGCTACGATTGTTTTAAGAGATCTATTTCAGAAGGTTTTCTGTAGAAGAGATGAATGCACGTGGCGTGTCTCCATCAATGCAGGACTCTGTTAGGTGCCACTCGCTCAGCTGATGCATGTATAAGTTCTCCTTGCAATTTAAACGTGCATCGCTGCCGATGGAAGTGCTGCCCCATGGCATGAACTTAGTTGTAAACAGCAGTATTGTCCTTCCTGATACCAGTGGGGGCTGACGCAGTGCATTCCCTTTGCAGTGCATTCAGGAAACTGTTAGAAATGCTAAAAACGTTCAGACTGAGAACTGGATCTGTCAGATATGTGCTTGTGCTTCGGGGCTTGCGCCGACCTCTCCCTGCCAGGGGATGAGGAGGAGCACTGCTGGGGGCTCAGCTGGTGTAGCTTATTGCAGGGCTTTCGTGCTCTGGCAGGTGCTGGTGCTGGAACCAGTTGGACCTTTGTGCTCAAGACTGACCATCCTGTGTTATTAAATGTGGTACCTCACAATCTGCTTGGGAGCAAAGCCCTCTTTTAAATGTGATACACAGAACTTGGATGAAATAATTGTCAGATAAACTCTGGTGGCACCCAGCAGAAAAGCCACGCTTGCTGCCCGCAGAGGGGCTGGCTGCTGGGGGACCTGAGCGGTAGGGACTGTTGTGTAAAGTTATGCTTCTGGGAGAGGGAAGAACAAAGCATGAGTTTGGAGCCACGTGAGCATGGCAGCTCCTCTGCCCATGGCAGCTCCTCCTTCCCTCCGCAACCCCCAGCTCCACAAGCAGCCCTGGTTGGTGGGCAGCTCAGTGCTCTGCTGTGTGCTGGAACCACCGCAGCGAGCCTTGGCTTGCACAGAGCAATAGGTGGAAGTTAACCATGCTGATGCACTTTTGATCTAGGATGGATGTGATTATTTAATGCTTGCCAAATCCTTTAGGAACTGGTAATTAATTAGCAACTGGACTGTGGCTTTTAAAAGAATCTTTGTGTTAAATACTCGTCCTTAGTTCTCCCGGTATTAAAAATATGTATATAACATAACTTAAAAACTAAAGTTACTTGAATTTAAATCGTTTTTATCATTTTATATATATATATATAAAAATAAATGGTTTTATAGGTTGTTGTTCTGCTTAACTTAGCTGTTGTTTTGATAACTGTTCGGTCCTTATGCTGATAAGCCTTCTTGGTTCCTCAGCTGTCTGCATCTGGTTGGAACTGCATAGGAACTTTCGTTTGGTGTTCAAGTCTGTTAAGTCTGGCCAGTGTGGTTGTTCCATTTCTATTCTTAGTTTTTAAAGAATCATCCTCTGTCAGAAATCTCTTTATAGCTTCATGTACCACGGTGTCTTCTTCTAATAAACATTATATTTTCTCATTCTTGTGAGTTTTTATTTTCATGGCTATTCATTTGAGTTTGACTTTGTTAATGGAAAGGAGGTGGCGCAGAGCTGCTTTTCACCTGCTTCCCACACAGAGGTACCTTAAGTAGAAATGTAGTTGTCTTTCAGGAGGAATATTTTGCTGTGGCTCTGTGGAAATTTTTGTGCTATCATATGGAGGTTTTTTCTTTCATTATTGCTGTGGAAGTGGGCAGAAAGGACACCTGAATGTCGTCCCCCCATCACAAGCGTGAGGGAAGTTTGGACTCGTCCTTTATTCCTCCCCATAAAGCAGTCTCTTCAGCCAAAGCAAACTTCTGGATCGTAGCTCTGACCACAGAGCAGGCTCACCCTCAGCCAGCAGCCTGTGGCTGCAGCAATGTGATGAAGCATGAGTTCAGAGGCTAAGACGACTTTCACTTACCTGTTTATTTCTTCACTTCCCCTAAGAGTGAAGGGTCTTCGTGGCCTGCTGTGTAAGGGATGGCTGGTCTGGGCTCATCTGCAGAATTCTTTGTTTTGGCTTCCTGTTATTCTTCAGTACCGTTCACTTGAGCAGATATAGTACCTCTTAGCAGATTGAAACGGAAAGAGCTGTTTGTTTTCTCTGCTGTTGTGCTGAGAAAGTGCTGGCAGGGTTCTGCTCCTGGGTTTGACATCCTTCTCCCAGGGGAAAGCAGTGATCCAACGATGCTTCCTGGAAGGAAGGGCTGAGGGTGAATGGTGACTGAGTGTTGGGAAGTACGCCTGAGTTCAGGAGCTTTGCTTAACCCTCTGCAACCCTGTAGGTGCTTGGTTTCCTTTAACCTCCTGCAGGTAGTGCTGCTCTTAAGGGAACCCTTTTTCTCCAATCTCTTTCTAATCCAGTCTCTTTCTTTTTGTCTTTCTTATGTTTTAG
Seq C2 exon
ATTCCTAAAGGTGTTTGTGCTGGTGCAAGAACCTCGGGGCGAGCTTGTCACAGAAGGAGAAACAAAATGGTCTGTTTACCCTGCAGGCAGTTAAAACATACCCATGGAAAGCCAGACTCCCACTCTTGTCTGGAGTTCCCACTTGAAAAATTCAGACCTAAATTCCATCCCAGTACCATTCAGATGCTTGCTCTTTTCCATGGCATGCTATTTGTGGCTCAGATTAACTTACCAGCCTTCCCTGCTCTTCTACCAGCTTGGCACAGCCCTTCTATAATAAAAAATAACCAGCACTTCCCCTCCCAGCTCCTTCCAGTGCTGGTCAGAGAACCGCTGGCTGCCC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000004088:ENSGALT00000006504:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]