GgaINT0124072 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000004088 | FNBP1
Description
formin binding protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17069]
Coordinates
chr17:5732998-5738775:-
Coord C1 exon
chr17:5738617-5738775
Coord A exon
chr17:5734089-5738616
Coord C2 exon
chr17:5732998-5734088
Length
4528 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGCTA
5' ss Score
2.48
3' ss Seq
TTGTCTTTCTTATGTTTTAGATT
3' ss Score
12.59
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCAGAATGAAGGAACAATTTCTGTAGCAGAAGGAGAAATGCTCTATGTAATAGAAGAAGACAAAGGTGATGGGTGGACACGAATCCGAAGGAACGAAGATGAGGAGGGCTATGTCCCTACGTCTTATGTTGAAGTCTATTTGGACAAAAATGCCAAAG
Seq A exon
GTGCTATGACTTATATTTAATAATATTATTATTACTTTATTTGCTTTCACAGAGATACCCAAGCCTGCAACTTTGTGTTGCATATAGAGCCTTTTAAAAGTCTGTACAGTGCCACAAAGTGCATTATTTCATACATGGACTAATATGGCTTGCTGTGCTGCAAAACATGCTTTTTTATTGGTCAGAGAAGGCTAGTGTGGTAGAGGGGAGATGCAGCCTTTCCTAGTAAGTGCTTGTTCAACTGTCACTGCCGTTGCATACCCAATCTAGGGCAGGAAACACAAAGCCACTTGGAAACAGTACTGGTTTTCCTTACATATCCTGGGTGCATTTCAGACGTGTTCACAAGTTCATCCCAACCTGATTCAGTGGATTGCTATATAGGGAATATTTGGCCTGGTGTTCTGTGTCTCAGCGTGGTAGCTTTCAGAGCCTAATGAGTTCTGCGGACCTTTGGAACTGAAACCTGCTCATCATCTAGTTAGTGTGTTTGGAAGGGGAAGCAGAAGTCTTGCCAAAGCCTCTCTACACAGCACTCTGTGATCCTCGATAAACATTAAAACATGGACATTAAGGAAAACCCTTTATTCTTTCCTGTCTTGATACATTTCAGAAAATGGTCTTTTGGCTGTATTTGCTCTTTCAGATGAAATACAGGTTTTCAGATGACCATAACTAATGGTTTCAGCTTTTGCTTAAATGCAGTCAATGGAGGCACTCTGAGCTTAAACTGGACAGTCTTCTGTTTCTTAGTTGCTTTTTACTCCTTCCAAATAGGTGTATTTTGTAAGCAAGCAGTGCATACAGGAGAATGAATGCTGGGTAGAATGCATGCTAGCATGTAAATACCTGGTAATATAGTACAGTGAGAAGTTTTAGGTCTGTTTCAATTGGTATGTTTGAAGTCCACTGTTAAATAATTTATGCATTTCTTTTGCAGTCATTTAATCCTTCAGATTATTGTGTTTCCTGGACCTTAAAGTTCTTGGTGTGAAACAAACTGCCTCATCCAATTTAAAAGAAAACAGAACCATTCTCATAGAGACAGTGGGGAGAGAAGAGAGCTGTCTCTGTAAATGCACACTATAATTTGATCAGTTCCCTTTTTCCTGGGTTCAGTATTAATCAGTGTGTGCCTCGTCTGCTGCAGGTGGAAGCCTGGGGTCTGATTTTGCCATAGTAGTTTTATGTTTGGCAAATGCAGAGTCGGTTGAGATGCAAAAGTAAACACTTCTGTCTGCTTTTGTTAACCTTTAAAAGATGGGTGTGGATTGTATGTTTTCTCTGCTTCACGTTCAGGACAACACAGCACAGAATGAGAGACCTCATCTCATAACTCAGTGCTCTCTCCTTTGGAGAGTGTCCTTTGTGTGTGGTGGTGGTTGAAAGCAGCATTATTGTTCTGCTGGAAGATGTGTTGGTGAGCAGTGTAGGCTGCTTGAAGCAGCTGAGCTGCTGTGGCATCCCCGTCTGTCAGAAGTAGCAGGCATGGCTCTCTGCACACTCCCTCTCTGAGTGATGCTGAAGGGCAGTTTGTGCTGGGAGTGAGCACTGATACGGCTGGGAGGAGTTCAGATCCTTGATATTTCCCATTAATTTTGCTGGACTTTAAGAATGAAATCAACTGTGCGTGTGACTATCTAATGGAAATGAACTATGATATTTACGTATTTTGGAATGGAAAACTTGCCATAAAACATCAGAGAAGCAGTGCAAAGTGTTATGGGAAATGCTGCTGCATTTAAAAGGCAAACTTTGTGGCAAGCTGCAGATTTCTCACTTTATCAATATGTTGTAGAAGTGATTTTATTCAATCCTTGACTAAACTGGAAACTACAACTTTCCTGAAAATGACAGTGCTAAAGCATTTACACTTCAATTCCTGTTTTCAAAAAGACCCTGGAGCAGCTGGCAGCTCTCAGTGTAGCTGTGCAAAGAGCAGTTAGGTGAGGTGCACAAGCAAAGCCCTGGGCAGCCACTGTGCCTCTGTGATGGTAGGACAGGTAAGTTGTGTGCTGCAGCCGCCCCTGTGCGTGTGCTGCTCACCTGAGCCATCTCAGGGCTGCGTGAGGGCTGCTGGGAAAGTTTACCATGGTAAACTCCAGCCAGAGGGTGTTAGCAAACCCTGCCACAAAAAGAATGGTAATGTCTATCTTGTTCTGCCTTTTTTTTTTTCCAGATGTGTACAAATCCCTTCAGAAAATCTCTGAGTAGGTTTGCATAGGCCTGTTCACCTTTTGTTCTACGGGTTTGCTGCTACGATTGTTTTAAGAGATCTATTTCAGAAGGTTTTCTGTAGAAGAGATGAATGCACGTGGCGTGTCTCCATCAATGCAGGACTCTGTTAGGTGCCACTCGCTCAGCTGATGCATGTATAAGTTCTCCTTGCAATTTAAACGTGCATCGCTGCCGATGGAAGTGCTGCCCCATGGCATGAACTTAGTTGTAAACAGCAGTATTGTCCTTCCTGATACCAGTGGGGGCTGACGCAGTGCATTCCCTTTGCAGTGCATTCAGGAAACTGTTAGAAATGCTAAAAACGTTCAGACTGAGAACTGGATCTGTCAGATATGTGCTTGTGCTTCGGGGCTTGCGCCGACCTCTCCCTGCCAGGGGATGAGGAGGAGCACTGCTGGGGGCTCAGCTGGTGTAGCTTATTGCAGGGCTTTCGTGCTCTGGCAGGTGCTGGTGCTGGAACCAGTTGGACCTTTGTGCTCAAGACTGACCATCCTGTGTTATTAAATGTGGTACCTCACAATCTGCTTGGGAGCAAAGCCCTCTTTTAAATGTGATACACAGAACTTGGATGAAATAATTGTCAGATAAACTCTGGTGGCACCCAGCAGAAAAGCCACGCTTGCTGCCCGCAGAGGGGCTGGCTGCTGGGGGACCTGAGCGGTAGGGACTGTTGTGTAAAGTTATGCTTCTGGGAGAGGGAAGAACATAGCATGAGTTTGGAGCCACGTGAGCATGGCAGCTCCTCTGCCCATGGCAGCTCCTCCTTCCCTCCGCAACCCCCAGCTCCACAAGCAGCCCTGGTTGGTGGGCAGCTCAGTGCTCTGCTGTGTGCTGGAACCACCGCAGCGAGCCTTGGCTTGCACAGAGCAATAGGTGGAAGTTAACCATGCTGATGCACTTTTGATCTAGGATGGATGTGATTATTTAATGCTTGCCAAATCCTTTAGGAACTGGTAATTAATTAGCAACTGGACTGTGGCTTTTAAAAGAATCTTTGTGTTAAATACTCGTCCTTAGTTCTCCCGGTATTAAAAATATGTATATAACATAACTTAAAAACTAAAGTTACTTGAATTTAAATCGTTTTTATCATTTTATATATATATATATAAAAATAAATGGTTTTATAGGTTGTTGTTCTGCTTAACTTAGCTGTTGTTTTGATAACTGTTCGGTCCTTATGCTGATAAGCCTTCTTGGTTCCTCAGCTGTCTGCATCTGGTTGGAACTGCATAGGAACTTTCGTTTGGTGTTCAAGTCTGTTAAGTCTGGCCAGTGTGGTTGTTCCATTTCTATTCTTAGTTTTTAAAGAATCATCCTCTGTCAGAAATCTCTTTATAGCTTCATGTACCACGGTGTCTTCTTCTAATAAACATTATATTTTCTCATTCTTGTGAGTTTTTATTTTCATGGCTATTCATTTGAGTTTGACTTTGTTAATGGAAAGGAGGTGGCGCAGAGCTGCTTTTCACCTGCTTCCCACACAGAGGTACCTTAAGTAGAAATGTAGTTGTCTTTCAGGAGGAATATTTTGCTGTGGCTCTGTGGAAATTTTTGTGCTATCATATGGAGGTTTTTTCTTTCATTATTGCTGTGGAAGTGGGCAGAAAGGACACCTGAATGTCGTCCCCCCATCACAAGCGTGAGGGAAGTTTGGACTCGTCCTTTATTCCTCCCCATAAAGCAGTCTCTTCAGCCAAAGCAAACTTCTGGATCGTAGCTCTGACCACAGAGCAGGCTCACCCTCAGCCAGCAGCCTGTGGCTGCAGCAATGTGATGAAGCATGAGTTCAGAGGCTAAGACGACTTTCACTTACCTGTTTATTTCTTCACTTCCCCTAAGAGTGAAGGGTCTTCGTGGCCTGCTGTGTAAGGGATGGCTGGTCTGGGCTCATCTGCAGAATTCTTTGTTTTGGCTTCCTGTTATTCTTCAGTACCGTTCACTTGAGCAGATATAGTACCTCTTAGCAGATTGAAACGGAAAGAGCTGTTTGTTTTCTCTGCTGTTGTGCTGAGAAAGTGCTGGCAGGGTTCTGCTCCTGGGTTTGACATCCTTCTCCCAGGGGAAAGCAGTGATCCAACGATGCTTCCTGGAAGGAAGGGCTGAGGGTGAATGGTGACTGAGTGTTGGGAAGTACGCCTGAGTTCAGGAGCTTTGCTTAACCCTCTGCAACCCTGTAGGTGCTTGGTTTCCTTTAACCTCCTGCAGGTAGTGCTGCTCTTAAGGGAACCCTTTTTCTCCAATCTCTTTCTAATCCAGTCTCTTTCTTTTTGTCTTTCTTATGTTTTAG
Seq C2 exon
ATTCCTAAAGGTGTTTGTGCTGGTGCAAGAACCTCGGGGCGAGCTTGTCACAGAAGGAGAAACAAAATGGTCTGTTTACCCTGCAGGCAGTTAAAACATACCCATGGAAAGCCAGACTCCCACTCTTGTCTGGAGTTCCCACTTGAAAAATTCAGACCTAAATTCCATCCCAGTACCATTCAGATGCTTGCTCTTTTCCATGGCATGCTATTTGTGGCTCAGATTAACTTACCAGCCTTCCCTGCTCTTCTACCAGCTTGGCACAGCCCTTCTATAATAAAAAATAACCAGCACTTCCCCTCCCAGCTCCTTCCAGTGCTGGTCAGAGAACCGCTGGCTGCCCATTGATGCAAAGGGCACCTGGAGAGTCCCAAGCATGTGCAGGTCTGTCTTCTGTCCTCCGTTGTCCCTCAGTCCATCTGAATGTATGCACTGATCCATCAGCGTTTCACATGGTGCCTTTAGCACTAATCCTGCAGGTAGTTTCACCAGCTCGGAAAGGAGGTGCACACACATGGTAAGCTGCTCCTGGGGGACAGTGTTACAGCAGCTGGACTGGACTCTGAATTGGCAGATATTAAACTTGATCCACATGCATCATTCAGTATTCTTCTTTCTACAAAAAAAAGTCACTAATACTTTTCAGCCTTTATTTTTTTTAAATCTAGGCTGATGCTCATGCCAAGTATTAAATCCCTATGACCTTGCTGTTGCCTGAAAGCCTTCAAGCTCACGTATGTACACTTTCTTTCCTGCTTGTTCTCTTGCCCCTTCCTCCTTATTGCCCCCTCCTTTCTTCCTCCTGTCCCTCACACACACACAGACACACACAAACACCGGCGTTTTGGTCTGAAGCCCCGTTCTGCTCGTCACAAAGGCCTCCATTTTGCTCTTGTTTCAGTCTGCATGCTCGCCCTGTTGCCTTGCCTGCGCCCACCTTCCCGAGGGCCACATTATTTTGTGGCTCGTTCCTTATGTCTTTGCAGTTTTCTTTTGTTGGTTTGTTTTTCAGCGTTTCAGACCTACCTTCTTCTTTTGCATGACCTCTTGTGCGTTCTCATCAGTTAATGTTTGAATAACAGAATTTGTTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000004088:ENSGALT00000006504:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.537 A=NA C2=0.500
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF146041=SH3_9=PD(86.3=81.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]