GgaINT0137473 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000027365 | HIVEP3
Description
human immunodeficiency virus type I enhancer binding protein 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13561]
Coordinates
chr23:869979-898680:+
Coord C1 exon
chr23:869979-870124
Coord A exon
chr23:870125-898504
Coord C2 exon
chr23:898505-898680
Length
28380 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGT
5' ss Score
10.45
3' ss Seq
ATGACACCTGTTGCTCATAGGTA
3' ss Score
6.62
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCATTTGCCTTCGCTCCTTTCTAATGAAGGTCGAAAAGAAATAACTAGAGCTGAGAAGGAAGAGGATAAAAGAGGAAAACCAGAAGAAGAGGCTGTTGTAACCAAAAGAGGGGAGCCAGTCAGGATCAAGATCTTTGAAGGAGG
Seq A exon
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Other assemblies
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Suggestions for RT-PCR validation
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No suggested primer sequences
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Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]