GgaINT0137474 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000000635 | HIVEP3
Description
NA
Coordinates
chr23:880218-887884:+
Coord C1 exon
chr23:880218-880393
Coord A exon
chr23:880394-887785
Coord C2 exon
chr23:887786-887884
Length
7392 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
TGTTTTCTGCTTCCTTTCAGGGA
3' ss Score
12.19
Exon sequences
Seq C1 exon
GTACAAATCAAACGAAGAGTATGTGTATGTGCGAGGCCGTGGAAGAGGGAAGTATGTATGTGAGGAGTGTGGAATTCGCTGCAAGAAACCCAGCATGCTGAAGAAACACTTTCGCACGCACACAGACGTCAGGCCATATGTCTGCAAGTACTGTAACTTTGCTTTTAAAACCAAAG
Seq A exon
GTAAGAGACAGTCAGCTCCTAGCTCCTCTGCTCAGTGTATTGACTTCATGGGGTGCTTGCAAAGGGGAAGGGAAGGCCTTCCCAGGCCTGGAAAACCCCATGAGGCAGAGGGAGGGGGATGAGGGAGTCTGAAATGGGCTGGAATTACCCAACAGGACCAGCCCTGAATCTGATGCGCGTCCCGAGTCTGCTCCATCCTCTTGGTGTTTCTTAAAGGAGAAAATTGGAAGCATGGCTTTGCTGCCAGGGATTTGTGAACAAAACCAGCCCAGAATGAGGACGAGCTCCCGGGTCCCTGGGCAAGCACCTGGAGACAGGCGTTGGGTGGCTTTGTACGCTCGTGCTCTCAAGATCGGTATTGGCGCTGCACATTTTCATCCTTGGCAGTTGCATGCAACTTCAGCATTTTCTACATCATATGAACAGACCTTTTCTCTAAAGACCTCCATCCCAGGTCATCTAGTCATTAGTGACCCACAGCCTCACTGCCTCCAGCTGTTCTTCACAAGCAGCCTCCATCATTGCCTCAGACCTTGTGCAAGTAGAACATGTCAGGGACATGCAAAACAGCATGTGAAAAAAATGAGTCTTTTCCCATGGACTTTGGGGAAAGTTGTCAAAAGTGCCAGAAGGGCCCAAATCCTTTGACCTCTCATAAGAGTCTGGCACCATGGCTTTCACAGTTCTGCTCTCCATCTTTGCTTGTATCGAGTCTTGCAATAAAGATGCTGAGTTTGGTGTCTCACTTATAGCTCGACATAAGTACAAAATGCCCATCGTCTCTAGCTCCATCCTTGCAAACCTCAGAAAATTGCAGAGCTGGCAGAGTTGATTTCTCAAGAATAGCATCCCAGAACCCCACTGTTACCCAAGAAAGAGGCACAGCAAAGACATGGGAGGAGGCCCTGTGTGCTGCATGGGCCATGTCATGCCCGCTGGCCCAGAAGTGCCATTGGTGGCCATGTCTGTGCCTCAGTGCTAAACAAGTGACCCTGCTGCTGGGTGAGTCACTGGGGCCATGCCTGGGGCTGGAGGTTAAGTTGTGGGGGATTTCTGGGTAACAACGTGTTGGGAATCAGCAAGTGTATGCGGACATGGGGAAGTGATACCATGTTTGAGGCCAAATTCTTGTCAGACAGAAGCAGCAGCAGATCCAAGCCATGGTTCTTCCTCTCCTTCCCCACCTGGAGCTATCTCTGATCCATTTTCTTTCTCTTTCCCTCTTGCTTTGGTTCCTTCGTTCCAAGGTTTTCCTTTGAGAGGTGAATCTGTTCAACCTCTCCCATCACTTCACCTTGCTTTCCATCATGCTTCGTTAGGCCTTTGTTCAGGGTGATGAGATGAATCCATCCTTTCCACCATCTCTCTTGCTGCTTTGCTCTCCATCTCTGCTGCCTTGAAGCACACCTGCAAATAGATGCTTGCCTCCAAAGGATTTCCCTTCTTCAGCTTACTGGGGAAGGCAGCATGGGAATGCTTCCTTCCAAAATCAGTTTGCTCTGGGATTTCAATGCAAAACTATCCATTTGCATACGGATGCATGAGGGGGGCAGAACTTACTGGGATGAGCGATTTTAGGGCAAATGGTTGCATGATGGTAACTTGGAATTGCATGAACATGGCTCCTTGTTGGAAGGGGGGGTGAGAGACAGAGCCCTGCAGGCACGCTCATACTGCACATAACTTTGCAGCACTTGGATAAAATCTGTTTACTTTGCTGATGGGAGCATAAGGACCTTTGAAACTGTTATTGGAAAGCAAGGAAAAAAAATAATCCTTGTGTGCCGATAACATCATCAATTAAAGCCCAGTTGCAGAATTGTTGCAGTTGGTGATGGAGCCTGAAACAGAGGTCTGGTTTGCAGAACTAGAGGTTTCACAGCTTGTTTTGCAGACGTCTAGAAGAAGTTGGTTGGGGCCCTGATTCATTAGGATCCCCCTTCCTGGTGGGCAGTTTTGCAACCACAGTTAATTGCAGAATGGAGAAGCTGGAGCTCTTGCTACCGGATTGCACTTGCAAAAATATAAGCTGAGCTGAAGCTCTTTTAAAAATCAGCTTTCCAAGGTTAATTTTAGCGTCCAGTGTAAACTCAAGGGGAATATCTGTGGGGCTGTCTTCGTTTCGGCTGTGGTAGATCTCTCCAGCATGATCTAATGCTCGAAGCTCTCAAGTAGACTGGAAGCGGTTTAATGTTTTTTTTTTTATTATTATAATTTTAATGGGGATCTTTATCTGGTTAAAATGTGCCCCTCTCCCCCTTGAAATTCCATACTTGTGTTCCAAGAACTGGGAAAACTTTTTGCAAAAGAGTGAGCTTTCAGTATTTCCCCCTACTCACTAATTATGCTGTTTGTCTGCTTTTTGTGCATCTCTTTCATTGCAAGCAAAGCTGTTCCTCCGAGTTACGGAGCTGCAGGAAAATGGTTTTTTATTATTATTATAATTTTAAAGCAATTCCATGAGATTATTATTTTTTTCCCTGTTCACTCAGTTGATGGAAACAGCAGCCTTGGAAATTTGGTTTGTAATTTGGTTTGATTTTACATTTCTGGATGAGATATCAACGTGCCTCTTTAACGAGGTGTCTCTACCTCCACTCCGTAGCAATGCTCTCCTGTGAGGTTTGTTGCTGTGGCCTCAGAGAGGTTGTTTAATGCAGTTAAGCTGCTTCTTCACTGTTCTTCATGAGCCACCAACTGTCCCTGTGTCCTTGCCCTTTCCCTTCCATGGGTGACCCAGGGCTGGGGCAATGCTAGCACTTGAATTTCCCACCCTGTGCACATATTGTCCCCTCCCACAGCTGTTGTTTGCTTTCAGACTCGCAGCACGTCTGGATTGCTTGATATTTCTTAAAATTTCTGGAAAAACCATGTGGAGCAGCAGACTGTATCCACGTCTTTGTGCAGAGGTCAGAACAGACAGAGAGCTCTGCATTCATGTAAGGAGTGTTGGCTGGAGATCCCCGTTTGACAGTCTGCTCCACTCCCAGCTCCCAGACGCCAGACTTCTCCATGTCCTCAGCCATAGCCCTTAATAAATTAGCTCTCAGTTCCTTAAATCAGCACACGACAGGCACTGGGGTTATTGAACGCGCTAATGTATTGAATGCGTTACCCCTCGGCCCTTAAAGGCCAGGTTATGGCTGCTCAGTTTATTATTATTACTGCTGTACAGACTCAGCGCTCTGCTAAGCTTCTCTGGAAACTCCAGAGCAGGTCCAACTGGCGGAATGTTCCACAAGAATTAATTCAGCTAAAGCAGGGCAGAGCCACGGCCGCGCTGCCAAGAATCCCCGCACCGACGCTGGGAACAGAGAAGGACCCATTGGTCCAAGCAGGAGGAAAAACACTGAGAAAAGGGCAAAAAATAAAAATACAAATGAAAGGAATGAAGGCTGGAAGTCAAATTCGAGTGAAATATTAGGCAGCTATTAAGCTCCCATGGGAAATGTGCTAATTCTCTTAATTTTAAAGCCCAGCCTCGGGACCTTTCTGGAAGATCAGTTAGCACAGGTTGATGACATGCTCCAGAAGATGGCTGGTATTTCATAGCCTGTATCCATGCAGGATGGATGCTCGATTCTCTCCTTTAATCTTTTAAGTCAGTATAAAAAGATAACAACACCATTTAAAACAAATTTAAACCTTTTGCCCAATAAATGATCCAAATTAAAGCTTTTCTTCTTTGGGATCCTCAGTGGGGGACATCATAGAATCATAGAATTATAGAATCATAGAATGGCTTGGGTTGAAAGGGACCTCAAGGATCATGAAGCTCCAACTCCCCACCACAGGCAGGGCCACCAACCTCCACATTTAATACCAGCCCAGGCTGCCCAGGGCCCCATCCAACCTGGCCTTGAACACCTCCAAGGACGGGGCACCCACAGCCTCTCTGGGCAATCATCTCCATACAGAGACCTGTGCACTATTTAAGTCACGCATAAACCCTACTTCAAGGGTTTATCTGGGATGAGGAGCACTGCCTATTGCTTATCCTCTGGGTGTGAACGTGTCTCACAGCAAAATGGGAGTTGCCAGTGATGGAGTAGCTGTTGCTCTCCTTCCATACTATTTTAAAGGAAGGATGTGAAAATAACTCAAGTCCTGGAAAGCAGTGTCAGTATCACAAAGTTGCCTTGGATGCCGAGGTCATGTTGTTGGGTATTTGTTGGAATTACTGTTGTTAAACTGTTCACATTTAATAGGAGAAACAGAAAGCACGGTGTGCGTCCAATGTGGACAAGTTAATTTTTTCCACAAATCTTAATGCTTCCGTCCCCTGATTTTTATTTTAACTCCAACACCTTTAAAATATTATAATAGATGTTCTGAAGAATTAATTTCCCTCTTTTAATTTAAATGGAAAATCACTTCTAGTCCCTCCTAAGCTGCTTTTGGAACAGCGCAGTTTTAGCTTTCTCAAAACAACACAAGCATTTAAGCTGCTTTAAGTCCAGAATAAGACCTCACAACAACAGAAGAGCTCAAGCAGCCAGCAGCACATAGTTGTACGCAGGCGTAAGAGAGAGCCCATCCCTGTGCTGCTCCAGTGCAGTATTGCTTAGGGTGGGGAGAGGCACCATTTGCACAGTTTCCTGAATTTATTTTGATACAATCAGCTGAGTTCAAATCTGGGAGCTCCTTCTGAACCTCAGTATCACCCACTTGCTTAGGATTGGGTTTGACTGTTCTGCAGCCTAAACCCAGCTCCCCTCTCTGCTGGTTTCCCTCTTGTTCCTTCAGTTATGTTTCCAGCTGTTTCCAAGGAAGCAGTGTTATTATTATTATTTTGTTTTAAGTTAGGAACCAGCACTCAGCAAGTCAACAAGTAGCTGAGTCTTTCCTTTTAGGATCCATGTCCAGCTCTTACTTGGGCAAAAGTGTTGATTTTACTGGAAATGTGCTGAAGGACATTTAATTGAAGGGTCCTAAAACACAAACTGTTGGAAGAACCCTGATAGGATAAATATTATCCTCCTCCAAATTGCTCCCAAGAT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Seq C2 exon
GGAATCTGACTAAGCATATGAAGTCAAAAGCCCACAGCAAAAAATGTCAGGAGATGGGCGTGTTGGTATCTTCACTGGTGGATCTGGAAGCCGAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000000635:ENSGALT00000000902:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.412
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF065247=NOA36=PU(38.2=96.7),PF053276=RRN3=PU(18.2=48.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=43.3)
A:
NA
C2:
PF065247=NOA36=FE(21.7=100),PF053276=RRN3=FE(20.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]