GgaINT0137474 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000027365 | HIVEP3
Description
human immunodeficiency virus type I enhancer binding protein 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13561]
Coordinates
chr23:898505-906171:+
Coord C1 exon
chr23:898505-898680
Coord A exon
chr23:898681-906072
Coord C2 exon
chr23:906073-906171
Length
7392 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
TGTTTTCTGCTTCCTTTCAGGGA
3' ss Score
12.19
Exon sequences
Seq C1 exon
GTACAAATCAAACGAAGAGTATGTGTATGTGCGAGGCCGTGGAAGAGGGAAGTATGTATGTGAGGAGTGTGGAATTCGCTGCAAGAAACCCAGCATGCTGAAGAAACACATTCGCACGCACACAGACGTCAGGCCATATGTCTGCAAGTACTGTAACTTTGCTTTTAAAACCAAAG
Seq A exon
GTAAGAGACAGTCAGCTCCTAGCTCCTCTGCTCAGTGTATTGACTTCATGGGGTGCTTGCAAAGGGGAAGGGAAGGCCTTCCCAGGCCTGGAAAACCCCATGAGGCAGAGGGAGGGGGATGAGGGAGTCTGAAATGGGCTGGAATTACCCAACAGGACCAGCCCTGAATCTGATGCGCGTCCCGAGTCTGCTCCATCCTCTTGGTGTTTCTTAAAGGAGAAAATTGGAAGCATGGCTTTGCTGCCAGGGATTTGTGAACAAAACCAGCCCAGAATGAGGACGAGCTCCCGGGTCCCTGGGCAAGCACCTGGAGACAGGCGTTGGGTGGCTTTGTACGCTCGTGCTCTCAAGATCGGTATTGGCGCTGCACATTTTCATCCTTGGCAGTTGCATGCAACTTCAGCATTTTCTACATCATATGAACAGACCTTTTCTCTAAAGACCTCCATCCCAGGTCATCTAGTCATTAGTGACCCACAGCCTCACTGCCTCCAGCTGTTCTTCACAAGCAGCCTCCATCATTGCCTCAGACCTTGTGCAAGTAGAACATGTCAGGGACATGCAAAACAGCATGTGAAAAAAATGAGTCTTTTCCCATGGACTTTGGGGAAAGTTGTCAAAAGTGCCAGAAGGGCCCAAATCCTTTGACCTCTCATAAGAGTCTGGCACCATGGCTTTCACAGTTCTGCTCTCCATCTTTGCTTGTATCGAGTCTTGCAATAAAGATGCTGAGTTTGGTGTCTCACTTATAGCTCGACATAAGTACAAAATGCCCATCGTCTCTAGCTCCATCCTTGCAAACCTCAGAAAATTGCAGAGCTGGCAGAGTTGATTTCTCAAGAATAGCATCCCAGAACCCCACTGTTACCCAAGAAAGAGGCACAGCAAAGACATGGGAGGAGGCCCTGTGTGCTGCATGGGCCATGTCATGCCCGCTGGCCCAGAAGTGCCATTGGTGGCCATGTCTGTGCCTCAGTGCTAAACAAGTGACCCTGCTGCTGGGTGAGTCACTGGGGCCATGCCTGGGGCTGGAGGTTAAGTTGTGGGGGATTTCTGGGTAACAACGTGTTGGGAATCAGCAAGTGTATGCGGACATGGGGAAGTGATACCATGTTTGAGGCCAAATTCTTGTCAGACAGAAGCAGCAGCAGATCCAAGCCATGGTTCTTCCTCTCCTTCCCCACCTGGAGCTATCTCTGATCCATTTTCTTTCTCTTTCCCTCTTGCTTTGGTTCCTTCGTTCCAAGGTTTTCCTTTGAGAGGTGAATCTGTTCAACCTCTCCCATCACTTCACCTTGCTTTCCATCATGCTTCGTTAGGCCTTTGTTCAGGGTGATGAGATGAATCCATCCTTTCCACCATCTCTCTTGCTGCTTTGCTCTCCATCTCTGCTGCCTTGAAGCACACCTGCAAATAGATGCTTGCCTCCAAAGGATTTCCCTTCTTCAGCTTACTGGGGAAGGCAGCATGGGAATGCTTCCTTCCAAAATCAGTTTGCTCTGGGATTTCAATGCAAAACTATCCATTTGCATACGGATGCATGAGGGGGGCAGAACTTACTGGGATGAGCGATTTTAGGGCAAATGGTTGCATGATGGTAACTTGGAATTGCATGAACATGGCTCCTTGTTGGAAGGGGGGGTGAGAGACAGAGCCCTGCAGGCACGCTCATACTGCACATAACTTTGCAGCACTTGGATAAAATCTGTTTACTTTGCTGATGGGAGCATAAGGACCTTTGAAACTGTTATTGGAAAGCAAGGAAAAAAAATAATCCTTGTGTGCCGATAACATCATCAATTAAAGCCCAGTTGCAGAATTGTTGCAGTTGGTGATGGAGCCTGAAACAGAGGTCTGGTTTGCAGAACTAGAGGTTTCACAGCTTGTTTTGCAGACGTCTAGAAGAAGTTGGTTGGGGCCCTGATTCATTAGGATCCCCCTTCCTGGTGGGCAGTTTTGCAACCACAGTTAATTGCAGAATGGAGAAGCTGGAGCTCTTGCTACCGGATTGCACTTGCAAAAATATAAGCTGAGCTGAAGCTCTTTTAAAAATCAGCTTTCCAAGGTTAATTTTAGCGTCCAGTGTAAACTCAAGGGGAATATCTGTGGGGCTGTCTTCGTTTCGGCTGTGGTAGATCTCTCCAGCATGATCTAATGCTCGAAGCTCTCAAGTAGACTGGAAGCGGTTTAATGTTTTTTTTTTTATTATTATAATTTTAATGGGGATCTTTATCTGGTTAAAATGTGCCCCTCTCCCCCTTGAAATTCCATACTTGTGTTCCAAGAACTGGGAAAACTTTTTGCAAAAGAGTGAGCTTTCAGTATTTCCCCCTACTCACTAATTATGCTGTTTGTCTGCTTTTTGTGCATCTCTTTCATTGCAAGCAAAGCTGTTCCTCCGAGTTACGGAGCTGCAGGAAAATGGTTTTTTATTATTATTATAATTTTAAAGCAATTCCATGAGATTATTATTTTTTTCCCTGTTCACTCAGTTGATGGAAACAGCAGCCTTGGAAATTTGGTTTGTAATTTGGTTTGATTTTACATTTCTGGATGAGATATCAACGTGCCTCTTTAACGAGGTGTCTCTACCTCCACTCCGTAGCAATGCTCTCCTGTGAGGTTTGTTGCTGTGGCCTCAGAGAGGTTGTTTAATGCAGTTAAGCTGCTTCTTCACTGTTCTTCATGAGCCACCAACTGTCCCTGTGTCCTTGCCCTTTCCCTTCCATGGGTGACCCAGGGCTGGGGCAATGCTAGCACTTGAATTTCCCACCCTGTGCACATATTGTCCCCTCCCACAGCTGTTGTTTGCTTTCAGACTCGCAGCACGTCTGGATTGCTTGATATTTCTTAAAATTTCTGGAAAAACCATGTGGAGCAGCAGACTGTATCCACGTCTTTGTGCAGAGGTCAGAACAGACAGAGAGCTCTGCATTCATGTAAGGAGTGTTGGCTGGAGATCCCCGTTTGACAGTCTGCTCCACTCCCAGCTCCCAGACGCCAGACTTCTCCATGTCCTCAGCCATAGCCCTTAATAAATTAGCTCTCAGTTCCTTAAATCAGCACACGACAGGCACTGGGGTTATTGAACGCGCTAATGTATTGAATGCGTTACCCCTCGGCCCTTAAAGGCCAGGTTATGGCTGCTCAGTTTATTATTATTACTGCTGTACAGACTCAGCGCTCTGCTAAGCTTCTCTGGAAACTCCAGAGCAGGTCCAACTGGCGGAATGTTCCACAAGAATTAATTCAGCTAAAGCAGGGCAGAGCCACGGCCGCGCTGCCAAGAATCCCCGCACCGACGCTGGGAACAGAGAAGGACCCATTGGTCCAAGCAGGAGGAAAAACACTGAGAAAAGGGCAAAAAATAAAAATACAAATGAAAGGAATGAAGGCTGGAAGTCAAATTCGAGTGAAATATTAGGCAGCTATTAAGCTCCCATGGGAAATGTGCTAATTCTCTTAATTTTAAAGCCCAGCCTCGGGACCTTTCTGGAAGATCAGTTAGCACAGGTTGATGACATGCTCCAGAAGATGGCTGGTATTTCATAGCCTGTATCCATGCAGGATGGATGCTCGATTCTCTCCTTTAATCTTTTAAGTCAGTATAAAAAGATAACAACACCATTTAAAACAAATTTAAACCTTTTGCCCAATAAATGATCCAAATTAAAGCTTTTCTTCTTTGGGATCCTCAGTGGGGGACATCATAGAATCATAGAATTATAGAATCATAGAATGGCTTGGGTTGAAAGGGACCTCAAGGATCATGAAGCTCCAACTCCCCACCACAGGCAGGGCCACCAACCTCCACATTTAATACCAGCCCAGGCTGCCCAGGGCCCCATCCAACCTGGCCTTGAACACCTCCAAGGACGGGGCACCCACAGCCTCTCTGGGCAATCATCTCCATACAGAGACCTGTGCACTATTTAAGTCACGCATAAACCCTACTTCAAGGGTTTATCTGGGATGAGGAGCACTGCCTATTGCTTATCCTCTGGGTGTGAACGTGTCTCACAGCAAAATGGGAGTTGCCAGTGATGGAGTAGCTGTTGCTCTCCTTCCATACTATTTTAAAGGAAGGATGTGAAAATAACTCAAGTCCTGGAAAGCAGTGTCAGTATCACAAAGTTGCCTTGGATGCCGAGGTCATGTTGTTGGGTATTTGTTGGAATTACTGTTGTTAAACTGTTCACATTTAATAGGAGAAACAGAAAGCACGGTGTGCGTCCAATGTGGACAAGTTAATTTTTTCCACAAATCTTAATGCTTCCGTCCCCTGATTTTTATTTTAACTCCAACACCTTTAAAATATTATAATAGATGTTCTGAAGAATTAATTTCCCTCTTTTAATTTAAATGGAAAATCACTTCTAGTCCCTCCTAAGCTGCTTTTGGAACAGCGCAGTTTTAGCTTTCTCAAAACAACACAAGCATTTAAGCTGCTTTAAGTCCAGAATAAGACCTCACAACAACAGAAGAGCTCAAGCAGCCAGCAGCACATAGTTGTACGCAGGCGTAAGAGAGAGCCCATCCCTGTGCTGCTCCAGTGCAGTATTGCTTAGGGTGGGGAGAGGCACCATTTGCACAGTTTCCTGAATTTATTTTGATACAATCAGCTGAGTTCAAATCTGGGAGCTCCTTCTGAACCTCAGTATCACCCACTTGCTTAGGATTGGGTTTGACTGTTCTGCAGCCTAAACCCAGCTCCCCTCTCTGCTGGTTTCCCTCTTGTTCCTTCAGTTATGTTTCCAGCTGTTTCCAAGGAAGCAGTGTTATTATTATTATTTTGTTTTAAGTTAGGAACCAGCACTCAGCAAGTCAACAAGTAGCTGAGTCTTTCCTTTTAGGATCCATGTCCAGCTCTTACTTGGGCAAAAGTGTTGATTTTACTGGAAATGTGCTGAAGGACATTTAATTGAAGGGTCCTAAAACACAAACTGTTGGAAGAACCCTGATAGGATAAATATTATCCTCCTCCAAATTGCTCCCAAGAT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Seq C2 exon
GGAATCTGACTAAGCATATGAAGTCAAAAGCCCACAGCAAAAAATGTCAGGAGATGGGCGTGTTGGTATCTTCACTGGTGGATCTGGAAGCCGAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000027365:ENSGALT00000045163:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.033 A=NA C2=0.441
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=43.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]