GgaINT1004521 @ galGal4
Intron Retention
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:R4GI47]
Coordinates
chrZ:32676981-32684700:+
Coord C1 exon
chrZ:32676981-32677143
Coord A exon
chrZ:32677144-32684511
Coord C2 exon
chrZ:32684512-32684700
Length
7368 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTATGT
5' ss Score
6.93
3' ss Seq
TTTTTTCTCCCCTCTTACAGCTC
3' ss Score
12.85
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGGAGTTACAGGAGCTGCAGAATCTTTACAAACAAAACATTGCACATACGACACAGCAGGCTCAACTGATACACCAACTTCAGACTCTTAATACTGACACACAAAAAGTACTGAAGGAACAAGAAGATGTGCACACAACTGAAACAATATCATATCAAAAA
Seq A exon
GTATGTTTTACGATCACAAGGTTCATATTAGTATCTATCTGTACAATATGAATAGTACAGTAAGGAATCAAAGCACTATGTAGCGGAGTGTCCTTTGGAACTTAGGATCTTTGTTTACCAAAATATGGTTGTCGGAGTAACAGGGTTTCTTGACCTAATTACATTCCAGCAGCTGTGGTCTTTTCCTTATATTGAATTAATGATTTACTTATATCTGAACAGTTATAGAAGAAGTGAGAAGCATATCAGTTTCTCTATACAACTTTTCTGTTATCTAGATTTTTTTATCTCCTCTTCTAGAGGCCTATTCTAGAGGCCCAATTAGAGCCCTAATTGAAAAGGGCTTTAAAACAGTCTCAAGAGTTAAATTTACTCTGCATAATAGCTGTTTAGTACAGTAGTGGTTTAGTACAATAGCGCTTTAGTACCAGTACAGCTTATTTCAGCTGGGGAAAGAGTTTATCCTTTCCTGTGAAAAATATTTTCCTAGTGTAAGTTACTTTTGTATGGAAAATTGATAGGAATACTCACACTGCTATAGGCTTCTATCCTAGACTTAGTTCAAAATTCATGGTTGCTTCAGAACGCTGGCTCACAGTTCTTAGCCTGTCTTTGCAGAACTTAAGGCTTCTGCTTACTTAGTGGTAAAAGAAGGGCAAGAATACTGTAGTACTGAAGGCAAGCCAGTGACTTCAACTCACAGATAACCCTAAAATCTATTATTTTAGAGTTGCTGAATTCATTTTTTCCCCCCAGCATAGAAGAATAGTAGGAGGAAGGTTTGCATCTTAAGGTAGGAGTAGACAAGTATTCTGACAAATGACTGCTGTGGAACTGATGGATAGACTGTCTTTTTGCATTTCTCAAAACACTTAATGTGCCTGGAAAACTCTGTTCTTTAAAAAAAAATATATATATATGCCACAAGAAAGTAAGCTCCTTAAATTAGAGCATAATAGATCTTCTAATTTGTTTGTCAAATTCAGTCAAGAGAACTTTGGAGTGGAGAAGTTCTTCCTTTACCATGACACCCTGTTATATACTTCTGACTAGTATACTGTATAAAATATCAAACTATCATTTCTTCAATGGAACATGCAGTTCCCAAGTGGTAAGGTCTTCTGAAGTCGCAAGAGGCATTTGGAAAGCTCAACATCTATAAAAATGATGCAAACGCCTGTTTTTTATTGAATGAGAAAGGCAAATGGTTGCGGACAAATGTGTGTTCTGTTTGTTTTCTCTGTTATTAATATGCTGGCTGCAACAGCTAGATAAGGATGTGTTAGCTACTCCATAGACATTCACAAAGGAATATTTTCCAACTGCTCCAAATGGCATTGAGCCTATCAGCGGGTACATCCTATGATATATTGTCCCTTACAGCAAGATCAATGACCTCTCTGTTAATGGTCAGATAGGCAGTATATGCTATAGCTGAGGCAGTGTGGCTGGCTGACATACTCCAAGTTCATCGTAACAGTCTGCCATTTAGGAACAACTGCTCTTTGAACTGATGTTGAAGTGTAGTATGGAGCAATAGTCTGAGTAAAGAAAATATCTTTCTGTTTAACCGAGATCAAGGTCATGAACTTGCACCGGATTATGTATAAATCCACTGAGGACTACAGTTCTCTTCCAAGTCAAGCTATAGTGGGCAACATACAGATGTGAAGATCTGTAATCTGTTTTAGGAAGTTACATTGACTTGATGTACAGATACCTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTTATTTTAATACAGACTCTTTAAGGGTGCCACATTCTACAGTAACTCTTTTATGTTATAACATCTGTGGAAATGAATTGATATCTGTTTCATGCTACAGCTATAGTTCTTATTCTCAAGGATAGGGAATATTTTTCTAAAATGCATAGCATCTGTTTTAGTGGTCCCACATACTCAGGGGACTTCATTCCTTTGCTGGATTTAATGAGACTCAATAGATTTGTCCTCACTGACAATTTCAAGGTGGAGATTCTTCAATCAATACTAAGGATAATAAGGCAAGAAGAGATTCTGAACTCCTTAGCTAGCTTATCACAGTTTTCTGGAATTTACAATTTAGGGCCTTTGTTTGTATAAAGCAGTACTTTCTCTTGATCTGATATAACCCTAAGGTTCTTTGTTAATTGTGCTGATTAAAAATCTCTTTGTGGAAAGTCCTTTTAGTGAGCTGGAAATATTATTTGTCATTAAATAGGAAATAATAATTAATGCACTGAAACTTAGCTCCTCAAACAACAAATAGAGAATGTGGGGGTTTTGGTACAGTAGGTACATGTAATGAAGAAAAGCGTTGCTCAGTAGTAGATTTTTGGGATAATTAGGAAACACTAAGATTTTTCAGTTGTGAAACATGACAAAAATTTGCATTAAGTGCACTGAAGGTAGATGAAAAGAGTATAGCATCAGATGCATTTTCAGTTAATTTTAGTTAATTTTGTACCTGCAGTTGACTTTGCCTGTCCTTTTCATGCTGTCAGTCTATGGAAATGGTTTTCTTTAGGTCTAAGAAACTGCAATTACAATGTTAAGTTACTGGCTCTGGTAGCTTAAGGTTCAGTTTCACCACTAGCAGTCTTTTTCAGGACTGCAAGAACATTTAAGCATAGTTAAAAATCACATATATGTACTTATTTTTATTCAAGTAGCATTGAATCCAAAAAAATAAAAAATAAAACATACAAAAGCATATATAAATATTAGTAATAACAGTTTTGTTCCACAAATTGGAACAAAATACATTTGTTCTCTCACACAGAAACTAACTGTCAAGTCAAATGTACTAAAGCTTACATCAGTGTTAAGTGAATGATTGTCCTGGTAGTTGACTTTGTAGGTGAAAGTTTTGAGGAACTCATATCTTCATTAATAATTATATTGCATTTTATATCAGTCTGTGACACTGTTTTCTGTTGTTGGGAGGTTTGTTAATTAGGTTATTCTATTTATTTATTCTGTACCAAACTCTACTACTATTGTTTCCATACTATCAAGTGGATTTTATGATCAGATACTTTTAACCTGTTAAAAGTGAATAAATTCTGTATAGGCTATAGGTCTGTCATGATGATGCTAAACTCTGCACTCACAGGTAATATCCTTAATATTTGAAAAATCCTGTGTTGAGTGTACAAGAAGAGACGTATAAATAAGAATCTTAAAATTAAACTTGTTGAAGTATTTTTGTAAAACCTACTTTGATTTAGAATAGTAATATTTTAATATTTCTGAGTATTTTGACTAATCAGATTGGGTTCACAATGGAGTTTTTTATACTGCACTGTGAACGGTGTCCTGCATTAACCAATTTCGTGTCCATTAACAACCCTGCTGAATGTTCATTCCAGCCTATGTAGAGAAGATAGCTTACATTTCTGAGAATGAAGTCTTATGATATGGAATATAATTTTTGTCAGTTTAGGTCAGTTGCCCTGGCTGTATTCTCTCTCTTCCTCTTGCTCTCTGCTGCCTACTGGCCTTCAGGGACAGGTTGAGAGGTACTGTAGAGCCAGCCTTGATGCTGTTCCAACACTGCTTCTCTACTGCTTCTAGAGCTTCTCCAGCTGGTTTCTGTCCTTATTCTTCTGGAATTCTCTTTCAGTAGTATCATCCTAGTGATGTGACTTTCTGTGACAGTATTATAGTAGTTTCCCTTGTTGAATTACTGTGTCTTAATTTAGACTTTTTTTCTACTTATTTCTTAACTATGTGTCTAGTATTACTATAGGTTAGCATTTGTTTACTCATGTCTCTGCAGTGATGCGCAGAGTATTTGAAGGGGTGAACATGCTGTTAAGCATTTAATGTAAGATAATATTTTATACATTATATATATATATTGCTTTATTGTTTTATATAATTGTTTTGTCATTTTATATAATTGATTACTGTTACATTTTTAATAAGTGGCTGTATTCTAGTGTTTTAGATCCTCACAGGGGTGTACTTTTGAAAGAAATCTCTTGGCTATCCTCTCTTTCAGTACTTTAGTTGATATTACAGAAAAATCTACAAGTGTGTTAACTAAATAATTCTTGAATTAAACATCAGCGTGTTAAATATTTTTATCAGTTGGGGGCATGCTTTAGAGTCATATCTTTTGGATATCCTTGAATTTTTAGCTTCAGTCTGGCACTTTTAACTGATTGGCAGACACTAAGCACACCTGTTGTAATGAAGTCTCTTTTAAGTAGCTCTTCAAATATGTTGCAAAAACTGTTTCTGGTCGAATCAGTCAAGTTAGTGAAGGAAATTTTTAGGGTAGCTGTAAAGTAGGGAATAATTTGCTTTTTTTGTAATACAGCTGAATTACTCTTCCTTCCTAATAAGTAAAGCTCCTGTGTCATTTAGACTGAATTTATTACAATGTACTGGTTTTAGGTAGTTTTAATATTTATTTTCATCTGTGTACTTTCACGAATAACAGATGGTGTTGCCTTGTCAAAGAAATGGCAACTCTAAGACATTAGAAAGAGATGCTCAAAATACAGTCTGCAACATTTTTTTGCAGAACAAAGTCTTGTGTCACTGGCTTTTGCCATTTTTCTATGGTGTATATGTATATTTATAGGGAAGGACTTTTTAAATCTTTTCTTTCTGTCCTGTAACCATAAATATTTTTATCTCTTGTTTTGGAGACTAAGCAGTTTTCTCATCAAATCTCAGGTCTTATTAACAACTGTGAGTTGTAACCACTCACTTTTTTGAAGCCCATGTTTCACTCTTTTCTGTGAAAATTACTAGTTCTGATATAAATAATTTATAGTATTTTTGTCTTTCTTTTATTCTAGTCAATATTCTCTCTCTGGTCCTCTAATCTTTTACACATTGTCACCTCTACACATGAATTTCTGTATTTTTTTTAATGGTTGACCTATTTGACCATAGTATTCAATTTCATATGTTCGAGAACGCACTTACTGCTGTGTGACTGTGATGTTTCTTCTAAACTAGTTGCAAAGTGAGCAGAA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Seq C2 exon
CTCTATAATGAATTGACTTTGTGTTTTGAAACTTTAAAAACAAATGAAATTCAGCTGCAGCAAAGGTACACCTCTCTTCAGGATCAGTTACTTGGAAAAGATGAGAAGATTTGTCAGTTACAGGAACAACTTCAGCAGGCTCACGATGCTTTGAATATGTTACATCAGAATTCTTCTTGTGACTTACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000028298:ENSGALT00000045875:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF093116=Rab5-bind=PD(39.0=94.1)
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]