HsaINT1007996 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000044459 | CNTLN
Description
centlein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23432]
Coordinates
chr9:17298190-17309252:+
Coord C1 exon
chr9:17298190-17298352
Coord A exon
chr9:17298353-17309057
Coord C2 exon
chr9:17309058-17309252
Length
10705 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTATGC
5' ss Score
5.06
3' ss Seq
GGATATATTTTTTGAAACAGCTT
3' ss Score
4.55
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGGAACTGCAGGAGCTGCAGAATCTTTACAAACAGAACAGTACACATACAGCCCAGCAAGCAGAGCTGATCCAGCAGCTTCAGGTTCTCAATATGGACACACAAAAAGTACTGAGAAATCAGGAAGATGTTCACACAGCTGAAAGTATATCATATCAAAAA
Seq A exon
GTATGCTTTTATTCTGTAATAAAGATGTAAATGTTTATGTATGAACTTATGAACATATATAGAATTCAGATTTTTTCAAATTTCAGCATTTAATTTTTACTTCCTTTTACATGTGTTTCCTCAAAATTTAGAAGTGAAGGATGGTTCAATTTGATAACATTTAAAATTTTTTGAATTTTCTTTATGGTAATTAGAGCTGAATCACTTAAAATATAGATACAAACTTACTCTATAGGGTATTATTTTTATAAATTGGCATTCAGACAGCTTCTGTGAAACATACTAGGAGTATAGTCTCAAAACTGGAATGGAATTCCTCGGCCTGCTATTACAAGAAATTATTTTGTCAAGTATGGCAGACTTTCATTGTAAAATTTGTACATTATTTTTCGGCAAATCTTCACAAATACAAAGGGGATTGCTGAGGAGGGCTTTAGGATCAATATTTTCCAGGATTTTTCTCTGTTTATTTTGTGTGTTTCTGTTCAGTAGTCTTTTACTTTACAGTTGTTTTAGGAGCCTTTCAAGAAGGTTTACCCAAGTATTTAGGTGTGCTAACTGACTCAGCAGCAATAATTTAATCTACTAATTAAAAAAAATACCTTTATTGGCCGGGCATGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCGAATCACAAGGTCAAGAGATCGAGACCATCCTGGCCAACATGATGAAACCCTGTTTCTACTAAAAATACAAAAAGTTAGCTGAGCATGGTGGTTCATGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTCGCAGTGAGCCAAGATCGCACCATTGCACTCCAGCCAGGCGACAGGGGGAGACAACGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTTTACTGAATTCTTCATATGTTTTGTGTAGTGTGCTAAATTATTTTAATAAATAATGTAGTTTATATAGTGTTATTCTCATTTAATGATAGTAGTTGAGGCAAGTGAGGCTTAGAGAGGTTAAATAATACACAGTTCATATTATCCCTCTAGAATTACTGGATTTTTACTTCTGATCTTACTTTTCTAAAAAATCACTGTGAAAATCGAATGTCTATAATTAACATGAAATTAATTACCTTAAAACTTAAACACATATTTTTAAATGATGCTTTGTAACAGTGGTTTTCAGTGTGTGTTTTGTGTTGCCTTTGTGTTTTCCCAAGGACCTAGATGATAGCAAGCAGGAAGATACAGTCTTCCACTTCAGCTAGAGCAGTGCTGCCTTTTTGTTTTATGGGGTGACATTGCCCACTGTGTTTTTTGTTTCTAAAGCACGTTCCATTGCTAAAATGATTTGAAACACTGTACTTTATTAATACTTGTTAATTGTTATTAATACTAATTAATTGTTTTCTCTTTTTCCCCCATTGATGACTTTCTGTTGCTTGGAACATTTTTTTTCTGTTGCTTGAAACATTTTTTTCCCCTCTTGGCTTCCATTGTACTATAATTGGGTGGCTTTCTTCCTTCAGTTTTTAGCTGTCCCTTTTTAATTTCTTTGTGGTCCTCCCCAGTCTCCATGTCCTGTAAAGTGTGAAAATGTTCCAGGCCTCACTCTTAGGATCTCTCCTTTTTTTTCTGTTTATCCTCACACCCTAGGTGATTTCATCTAATCACCTTGACTTTCAAAGTTACACTGCAGGTTCAATATCCCTTATCTGAAGTGCTTGGAACCTGAAACCTGAAGTGCTTCACATTTTTAGCTTTTGAGATTTTGGAATATTTGCATTACATTTACTGGCTGAGCATCCCAAATCTGAAAAATTGAAATCTGAAATGCTCCAATGAGCATTTCCTTTGAGCATCATACTGGTGCTCAAAAATGTTTTGGATTTTGGAGCATTTCAGATTTTTTGATTTGTATGCTCTACCTGTGTCTATAGGCTGATGATTCCCAAATTTGTAAATTTGTTTATCTACCTTGGATCTCTTCTGTATACTCTAGGAAAGAGTATATCTAATTGCCTACTTAATATCTCTTCACTTGGATTCCTAATGGGCATCTCATACTGAACGTGTTCAAAACAAAGCTATTGCCTTTTATGTTTTCAGTACAGGTGCAGAATTCGACTACTTCCCACCACCCTTGCTGTCACCATTCTGTCCAGGCCACTATCACATATTACCTGGATTATTGCAGTAACTTGCCAGTTTCTTTGTTCTGATCTTAAGCCTTTTGACATAGGTGCCAGGATATTATTGCCAAAACTTTGTGAGTCAAATCAGATCACTGCTCTCTTCAAGTCCCTCCAGTGGTTTCCCAGACCATTAAAAATAAAAAACCTAAGTTCTTACTACAACCTGTGGGACTCTACATGTTCCGACTCTACATTACCTCTCTGATCTCATCTTTGCCTTCTTTTCTTATTCACTCCAGCAACACAAACCATGTTTTTATTCCTTGAACATAACAGGTATTTAACCTTTCAAGGTAATACTTTCTTCCAGTGCCTGAAAGCTTTCCTGCCCAGTTATCTGCATAGATACCATTTTACTTCCTTTATTCTACAACTCTTACAGTTTAAAATTAGTTGATAGCAGACATTAAATGGTAGAAGCAAGAAAAGAATGATGTATGTTGTAATAGTAGTAGAGGGAAATATGGGAGCATAACTGGGGGCCTGTTCCAAGACTAAGGATAAAGAAAGCTCTCCTTGATGGTGTCATACCAGTAATACTTTGCTGAGAAGATAAGATATCAAAGAGACAAATTAATTTCTGATAACTTTTCCAAATGGACTCTAGTTCAAACCAGAAATTCCCTAGTGTATGTCTTTACTAAATTGGGAGAAGTAGAGCTTATATGCCCCTATTTGGCGAACTTGCCGTAACCTAAATTGTGATCTGGGGTACATTTTGAAACCGTAAACACTTTTCTTCTAGGATTATGTTTATCCCTTCCAAGAATCATTATAGAAAATGAGAGATGTAAATGATGGGGTTATGTTGTGTTTGTGAATGATATTGAGGCAGAATAAAAATAAAAGAGAACAAACTGAGATGTGCTAACCTAATAATTGGCTTACTTTTCCTTGTGTTTAGTCTGTTTTTTGTCATTTCTTTCTCTAGATTGAATATCATTTTTCTTTTATTTTTGTTTCTCAGAGATTACCTTGGGGAGTGTGGGAGTAGGGGGCTTCACTGATACTTAAGTTGATTCTCACTTTGAAATTGTACCTCCCACTGTAATATTTTAATTTTGTAGTTGTTTTAGATGCTTGTAGTTGTTCATACAGTTTTCATTAGTATCCTCAACTAGACTCAATTTGAAAATATTCTTCTTATTTATTTATTCTTTATAAATTTTGTCTACAGTTAGTAGACATTACAATTGTTTTGGTGGCTGTATGTAGTTATTTTAAAAAACAAAGTCTTTTATAATTCCATCTCCCAGAGGCAAATACTGTGAACATTTTGAATATTTCACTTTTAAAAATGCATCTTAACATATTTGTTAGCACACTAGTATTTTTCACTTTAACATTATATTTTAAAAAATCATAACATATAACTATTTTAGATGGTCATATAATTTATTTTTCTACTGTTGGTTATATATGTTATTTGTTTTACTATTGTAAATAAAGCTGCAATAAACATTTCTTTGTCAGTTCAGACTATTACTATTCATTATAGTGTACTGACTACACATATGTGTACACACACACACACACACACACACACACACAGACACACACACACTGACCTATCCACCCAGGGAAGACTTCCTTTTATGAAGCTATAACATCATATTAACCATATGCAATTCACTTTTTTTTTTTTTTGACAGTGTCTCACTCTGTTGCCTAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCGACTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGCTTCAAGCAATTCCCCCACCTTAGCCTCCCCAGTAGCTGGGACTACAGGCACGTGCCACCACACTCAGCTAATTTTTGTACTTTTCGATAGAGACTGAGTTTCACCATGTTGACTAGGCTGGTCTCGAACTCCTTACCTCAGGTGATCCATCCGCTTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGTGTGAGCCACTGTGCCTGGCCCAATTCACTTTTAATTAGTTCGTACATAACATACCCTTTTAAAATTATGCCATAATAAGAATGTACGGGGGTCATGGATTCTAAGGGGACCTGCCTACTACATGATCAGTAAACGTTAAGTTACTGAAACTTGAGACATTGCATGCTATGATGTCCCACTTTGGATAATGCAATTTAAAAATCATAATTGTATTTTAAAACTTTATGGCGATGTTTCTATTTTAATTTAAATATTACTCTAGTCCATTTAATGTTTGACTTTGGGTGGATGAATGGTTCTGCAGTGGTGAAAAATGTGGAGAAACAAAATACAAGTGAGAAGTCCTTCCAGTTAGATCACAGTTATAAAGACAGAATGTAAAATTGTACTATAAGCCAGGGAGAATCTGAGTTTCCATTTACACAAATTATTTTAGAAATGTTTTATGTAAATCGAGATAAAAATGTAAATTGCTCCTAGTAACCATATAATAATAATAGTTAACATTTTTTAGCTTATTGTGTATCAGGCACTGGCGATAGGGCTTTTGCCTGATTGTTTAAGCCTCGCACCAACCTGATGTGGTATTGTTATTTTTATCCCTGTTTGTAGATCAGGTAACTGAAGCTTAGAGTGTTGTCTAAAGTCAAACAGCTACCTGTGTAGAATTCAGATCTAGGTAATCTTGGGTCCAGAATGCAATTCTTAAACTTTATTATAAAGCCAACAGTATAGTTCAGTTTTAAATGGAAAGGTGAGGTCTTATCCCTAAAAGCCTCGGTAAACAGATTCTACAAACTTGCATTATCCATTCTCATCCAAATTTTTTCAACACTTAATAATTTCTAATGTTGGAATATTTATCCTGATATCTAAGTTAAATGTTATTCAGAAGATTTCATTGCTCTCTTTTTGGTGACCAGAGTATAGCAGTTACCTTTCTCTGTGAAAAGGGCTTCCATCATTTTTCTCTGGCCATTGTTTCTCCTGATTGTATCCATTTGGTTTCTTTTATCTTGCTATTACATCACACTTTTTAACTTTTTGAGCTTCTGAAGATTTTTTACTAACGCTTTTTTTTTCTCCTCAAAAATGTAGTAGTTGTGTAGTGCAGGATTTTAAAATTTGTGAATGATCACATTGCCTTATTTGTCAGGTGTGTTATTGTTCATACTTTAGTGTTCATTTATGTCAGATTATTCATTCTTATTCTAGAGCATTATATGTATTGTCTTTATTCCTTGTCTACACATATTTTTAGATTGTTTTCTAATTTGAATAATCTTGCAATAATGAGATGAAATTATTTATTCAAAATTTCAAACATTTTCACATAGATTCATTTTAATATTTTCGAATAATAATTGGGATTTAGCTCTAAGACTCAGGTGAGTTGAATTAAAAGTATTACACTAACAATTTGTCTTCAATTCTTATTAAACTTCTTTAAGAATCAGATCTTAGTTTACTGTTTCTAATGAAGTTTGTTTCCTCTGTTCTCTTTCTCTCAATTCTTCACCCCTTTTTCTTGCCCTTACATTACCCATTCTTTCTCTCATTTATTAAGTAGATCTGTATCATAATATCTGTTTAATTATCTGAAAAGATGAAAACAGTTGTCCCAGGTGGTAGGATGTGGGAATTGAGGAGGGGAGACAAAGGTGAAGAAAGAAAACTGAAAAAAGTTTTGAGCACAGAGGTGAGTCATATTGTCCCAGAGCTCTCCGTAACAAATCATCAGTCTCATATACAAGTCTACCAGTCATATAGTGTGGAAGGCTTTTCTAGGAGAAAAACACCTATCAAGATAAATAAAAGTAATCTAATGTGTTCTCTTCCTCTGAGCATGTAGCCGTTCATACAATTTTTAATATTTTTATATCTGCACCTTTATATATGTGTATGAATTAAATATTGATAAGGAATTATATCAGCATTTATGATTTCTAGACCATCCAACATGGTTGGGGTACTAACATGTATTTTATAACTTTTTGGTCTATTTAGTGACAATATTACTCAAACTATTAACTAGGAAAATAAGGAGTTAGCATATTAAATTACATGTTAAATTAGTGTTGTCATTTTTGGCTATAAATAGTACAGTTTTCACTTGAAGAATTTATTGTTTCAGTCAGTGTTGCAAATACAGTTGGCACTCTGTATCCATAGGGCATATCCCCATTCACAGATTCAACCAACCTTGAATTGAAAATATTTGGGAAAAAAATGAAAAATAGCAATACAACAATAAAAATTAATAAGAAAAAGTATAACAACTATTTACATAGTGTTTACATTGTAAACACTGGGTAGATTCCATCTCATTCTTATAAGTAATCCGGAGATGGTTTAAAGTATACAGGAGGATGTACATAGGTTATAAGCAAATACTGTGCCATTTTATACAAGGGACTTGTGCATTTGCAGATTTTTTTTATTCACTTGGGTCCTGGAAACAATATTGTGGATAATGAGGGAATGCTGTAGTATATTTACTAGATTTGGATGATTTCAATTCTTAAACAAATTAGTATCAGTGGATAACAGAGCATATACATTTTCAAAATTGTTAAGATATATAAAATATCATTTAGTTCTTTAACACTAATAAAATATTCGAAAAGGCGTTCTTCAGTCTAAGCCCCTGAAAATTAAAGGAGTTGGAGGTTGAGGTCTTATTTCTAACTTGCTTTCTGTCCCCTGGAGATCCTTTTAACCTTTTTCACTTAATTTCTTCAACAGAAAATAGCATGAAGAATAGTAAGGATAGTATATTGCTTATGAATTATAATGATTGATACTTCTAAAGCATATAATGTAATACGTGGTTACATTTTTATAGGCCAGAATCTTACAAAAAAATTCTTATCCATTCGAGCTTTTTGGATTATTAGAGGAAAGAAGTTATAGAGAAAAGAGCCTCTCTGAAAACTGTTGTAAGGAATCTTATTGCTAATAGGGAAAAAGATAACTCAGTATGCCTAAAGCAATGCAGATGAATGAATTTATCATATTGCCTAATTTACTCACTTGAGCACTGTTTTTTTTTTTTTAAACTCTACTCTTATTAATGGAATGAGAATAAGATGGAATCTACCCAGGGCACTGGAACATCCTAAGCTTTTGCCTTCTTGCAGGATCTCCTAGAGAATTAAACATTTGATTACCCTGAGGTCTTGTCACCAAAAAACACTTTAGAAATAAAGCTAGATTTAACCTTGTTGAAGGCTGTTTTAACCAAGTTTACTGCTGGACTGAGGCCTAGAGTTAAAAATGGCTGGAGGACTATCTTTGCTTCCTGTACTCTAAGTTCACAACTGAGTGATCTCATTACTATTAAATACATGAAATCCAGTCAGCCAACAAAGAAAACAGGCAAGTAGGAGATGTATATTTGGAGTAAGCTAAGGAATAAGATAAGAATTTTTCCCAAAACCTAGAGCAAAGCTGACCTAATTTGTTCTGGGCTTTCTCAGTTCTTTTTCACCTGCTGCTTGGAAGGATGGATATTCAGTGCAAGACATAGAGTTTTTCCCAGTGTAGTCTTACACACCTAGTCATATCACATCAAGTCAGGGCAACTTCTGAATAGGAATGCAACTGCTTAAACTGCATGTCAGAGAGAGCAAAGTAGAGAACACAAGAAGGGTGCTATTAGTCGTCTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGTTTGAGTCTTGCCCTGTTGTCCTGGCTGGAGTGCAATGGCACGATCTCATCTCATTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCATGCCCAGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCTCCATGTTGGTGAGGCTGGTCTTGAACTCCCGTCGTCAGGTGATCCGCCAGCCTCGGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTACGGATGTGAGCCAACGTGCCTGACCAGTGCTCTATTTTATGAAGCAAGGCAGAAGTTAGATGAGAGGAGATAAATTAAGATAGAGCCTTCTTCCATGAATGAATCGGCCTAAAGCCTTATATTTGTGGAAGAAGGTCCCAAGATGTGACACCCAAGAGTAGGGTATACCACATCCTTGGCACTAGTGGCCAGTAAATTGGTCCTCGATCCTGACCATACCCTAGCATCATGCCTGTACCTTGGTCATTAGGATAGAAGGTATGTAGTTTTCTTTGTCAGCACTTATCAGTGTCCATGAGATTCTCAAATATTTGAAATATGTGAATTCTTTAATAATATGTTCTATTATTTACCTCAGAGGGATTAATTTGTACTGATTGGGTAAATATTGGTTAGTGTAAATAATGCACCCGAGATTAGAAAGTGGTTAAATATTCATTGAAAAAATGACTATGCAGTGAAGAGAAGACCGTCACTCATCATAGCTTCAACTTTCCCTAGCCAGGTTAGCTCTTGTGTCCAGGGTTTGCTTTTTTCTTTTCTACCCTAAACCCAGTTATGAGAGCAGCAGCACAGTACAAGTAGGCACGCTGAACTCTTCATTGTCCCTTTAAGCTGTCAGGTTCCTACTCTTTCTTGCCTCCTAGAATATTTGATGGTATCAGCTGTGGAAATGACATTGGACATGCTCCTTGGTATAAAGGTAATGAGAAGGGAAAGTATAAATTGATGTTCTAAATTTTTTTATAAATCATATAGGCAATACTTTCTTTTAAAAGATTGCCTAGACTTTGGCAATAAAGTGAAGTGGATTATTTTAAATATCTCCACAATAATATCGATAGATAATTTTATTTTTTTTTAAGACAGTGTCTCCCCATGTCACCCAGACTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCGGCTCACTGCAGCCTCGACCTCCTGGGCTCAAGTGTTCCTCCCACCTCACCCTTCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCTACCACGCCTGGGTAATTTTTTGTATTTTTGGTAGAGACGGGGATTCGTCATATTGCCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGAGCTCAGGTGATCTGCCCATCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCTTCCCAGCCAGAGATACATTTTTTTTTAAAATAAAAGATAAAAGGTATATTGAGCTAATTATATGCCAGTGGAGTGGAACTTTGGAGGGTCTTATTTTTGTGACAAAATTATGTTTCAGGAGATGTATTAATGAAAGGTTTTACAAGCCTTTTTAAATTTTAAATTTAAAAAACGGAGGTAAACATGCATACAGAAATGTACACAAATCCTAGGTTTCTAGATGAACTAAAGCTTTACAATCTTTTATGTATGTAAGTTTCTTCCCATGAGGCAAGGCAAACTGATGGAAGATGTTCGTATCTTTAAGTAAATGAGCAAACCTAAAAACTTACCGTAGCTGTATATAATTTTGAGATTTTTACATTTGAGGGTTTTGCTCTTATTGTAAGATTTTACTGTTAGCCTTTAAAACCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATTTTCGTTCTTAGGTCACTTTTCTAGTGTCAGCCACAGATATACATACAGATTATGTATGTAAATCAACTACCAGAGATTGGATTATATCTCATTAAATCACAATTATACATTAGGATCAAGTTCACAAGTTCTGGAGGCATACCATTGTTAACCTTATATTACTGTCTGTATGATAGCACTTATATGTCATGTTATCTCATAGTTTTAATAAACTTAAATTTATTTAATGCATATTGCCTTGACTTAAAAAGGTTTTAAAGTTATTAATAAGTCTTCAAAATATTGCTTCTATTTTTTCACAGTTTAAGGTTTTCAGTAACTCCCTGTTGTCTGCAGAACAAATCCATCCTCTTAATCCAGTATTGAAGAGCCTTTACATTCTTTCTACAGCCTTACTGCTTGACTTTGTCTCTTACTATTCCTCTGTTCCTCCTAGCAGTAGATACTAAATTATACTTAATAAGAATGTAGAATTCAACATTAATTAACTGTTAATGAAATACTCCTGATTTTGTTTTCTTTCAAATGTATATGTTAAGTCCGATTAAACTGATATACCTTGTGCTCCTTTCTGTCCTTTCCTATCGTTGTACATAATTTTTTTTCACATTTCTTCTATCTTTAGAATGACTTTTTGTTTTTGGTCAATTCCAATTATATTGTCATGGTTCATTTCAGGTCCTTTTTCATAATTCCCTCCATGATTAATACAGCTAGCTTAAAGTATTTTCTTCCTCAGAAATTTGGCATTCTTTTCCTATATTACACTGGCTAATAATACATATTGCCTTTTTAACATATTTTCTAGTTTTTATCACATTTTAAATGTTAAAAAATTAAATATTAAACATATTATTATATAAATTAGTTATTTTTTGTGTTTATATCTTCTTTCTCTCTGAGACTATTAAAATAACCTGAGGGCAAGAACTGTGTTTATACAGTTCATATGTATATATACACACACACACACACAGACACACAGACACATAGTTTTATTGATTATTAATATAATTTGGATATATTTTTTGAAACAG
Seq C2 exon
CTTTACAATGAGTTACATATTTGTTTTGAAACCACAAAATCAAATGAAGCTATGCTCCGGCAAAGTGTTACTAATCTTCAGGATCAGCTATTACAAAAAGAGCAAGAAAATGCTAAGTTAAAAGAAAAACTTCAGGAATCACAGGGAGCACCTCTTCCTTTACCTCAAGAAAGTGATCCAGACTACTCAGCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000044459:ENST00000380647:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.173 A=NA C2=0.682
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains