HsaEX0023360 @ hg38
Exon Skipping
Gene
ENSG00000067208 | EVI5
Description
ecotropic viral integration site 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3501]
Coordinates
chr1:92508696-92563737:-
Coord C1 exon
chr1:92563642-92563737
Coord A exon
chr1:92536037-92536049
Coord C2 exon
chr1:92508696-92513970
Length
13 bp
Sequences
Splice sites
3' ss Seq
TAATGCATAACATGATGAAGCAG
3' ss Score
-5.43
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAGAAGAAGGAAAGCTTCAAGGACAGCTTAACAAGTCTGATTCTAACCAGTATATTGGGGAACTGAAAGATCAGATAGCAGAGCTGAATCATGAG
Seq A exon
CAGTCCACATCAG
Seq C2 exon
CTCAGGTGCCTAAAAGGCCAGAGGGGCTTCTCAGGCCAACCTCCTTTTGATGGAATCCACATTGTCAACCATTTAATAGGAGATGATGAATCATTCCATTCCTCCGATGAAGATTTTATAGATAATTCCTTACAGGAAACTGGTGTTGGTTTTCCTTTGCACGGAAAATCTGGTTCGATGTCTTTGGACCCCGCAGTGGCAGATGGTAGTGAGAGCGAAACAGAAGACAGTGTGCTGGAGACCAGAGAGAGCAACCAAGTGGTTCAAAAGGAGCGGCCCCCGAGAAGAAGAGAGTCGTATTCAACCACTGTCTGACCATCACTGTGACCTAGACTATGGATTTATTTAAGGGATCAGTTATCATATGATTAGGGCTTTTTGGAAATAATTTGTTTCATATGTACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTACAGTCTTATCTGCCTTTTTATCTTTGCCAAATCTTTACCACTGATTTACCATTGCCATAAAGTAGACTGGTATATGGTTAATGTGTAAAACAAGGTTCTAACAGTATTACTGAATATTAATGTTTCTTGTTTAGAAAATGCAACTATATCTATATGTGGGAACCATTCTGAAGTTCAAAACTATGGAAAATTGAATTTTCTTCAGACAAAACTGCTCTTGTGCAATATTTTATGCTCAGTGAGCAAATTGTGTATTTATGTTTATCAATTTGTTCTCAAGGTGGCTGTCTACAGACATTTGACCAAGACATACATCTGATTTACCTTGTGTTTTTTTTTTTATTGTTGTTTTTTTTTTTAAGACAGAGATTCAGTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCTGTGGTGTGATCTTAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCAATTTTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTACCTGGGACTATATGTGCGCACCACCACGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCTGGGCTGGTCTCGAACTCCTAACCTCAAGTGATCCACCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGCACCCAGCCTACCTTGTCTGTTTGTGTCTGGGAGGTTTTTTTTTTCTATTTTTATTTTTTCATGAAAATTATTGGTGGGCCACTGAAAGTCCCCACACACAAAGCCTTTATTCTATATAATTTTATAAACACAAATTCATGATTATCTGTTTTGAGAGTTTTAAGTTTTGTTTTAATGTTTAACTTTTATGTGCATATGATGCTTCCATGTGTTGGTTACTAGAGTAGTAGGTTAACTACAGACATACTGTTTTGTTTGTACATATTTATAAATCTGTACCACCTAACATTGAACATCATTTTATATGAAGAACATACATGTTGCAAAATGACTGCTTTCAGCATCTAACAGGACTTCTGTAAATAATAGGTTAAAAGTTAAAAATAAAACACTAATGTTTTAAGAGCTTTAGTATTTTGCTTAGCATTCAATACTAGCAGATTCATAACTGATGCCTGTTCAAAAACACTGTTGGTGGAATCTTTTATTTCATGTGTATGTAACTACTAAATTTTTCATGACTGAAGAGGTTATAGCACATATTAGTTAGTGCTAATATTCTACTGAATATAATTTAAGCAATGGGCTAAGGTCCAAGAAACATAGCAATTATATCTACAAATAATCTATTAACATGATCTTCAGAATCTCTAGTTTTTGTTCTATAGATAAAGCCATAAGAATCCTTTCCTACCAGTTTTTCCTATATCATTTAGATATTATTTCCTAGAAAACAGGATGCCTGTCACTGATAAGTTAGAGAAAACACCCAAATTATACTTGCACTATGGAAAGACGACATGAATATGTTGACTGGGTACTTTCTACTCTCATTTTTGTTAGCCTATGAAAAAAAAAACATTTTGTTAACCTATGGAAAAAGCCTTGGAAGAGAAAAGTAGAATTCAGTATGTATGGAGGCACAGTTTTGCACAGTATGTTGCATGCGGCAAAAAAAAAAATATGAAATAGAGTAGAAGAGATAAAAGTAGTTTTCTGTCAAAAACTAGGAGTTAAGCCTTCAGGTACGTTGTGGACTAGGCTTTCCAGCAAGGTTTTTGTAGCTATTTGCTTGCCTGAGAAATGAAATTGAAAACATACCCCTGCGTGTCTGTCCTTAACACCAGGCTAAATTCTGGTGGTTAAATAACTTATCTGTGGTTACAAGCTAGTAAGTAGCAGAGCCAAGATTTTTTTTAATATAGAGACAGGTGTCTCACTGTGTTGTCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAGTGGTCCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGTGGGGATTACAGGTGCGAGCTACTGCTCCCAGCAAGAGCCAAGATTTTAACCTAGATCTCCCTAACACCAAAGCTTTTGAAAGGGTTCAGCTGAAGAATTTCTCAATTCTCTGTTTTGTTTTGTTTTTATTTTTGTTTTTTGAGATGAAGTCTCACTGCACTCAGGCTGGAGTGCAGTGGTACGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCACGCCACCACAACTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTCAAACTTCTGACCTCAGGTGATCCACCCACTTTGACCTCCCAAAGTGCTGGGATTACTAGACGTAAGCCACCACACCTGGCAATTCCCTGCTTTTTTGACAACATAATTTAAATGAATTTGATTTAAATGTTTCCTGAATATATATACAGATAGATAGATGAGTATCAACACTTACAAGCTCTACACAGTCTGTGAGTGTAGATACTACTTACTCGTAGGATTGTCTTGTGCTTTGGGGATTTTTGTTCGGAGTTCTATACTATCAGCCCAGAAAGCTATCAATGTCCAAGTGAAGTGAGATGATGCATGGCCACATTATTGCTTTGACCCTCACATCAAGAAATCTGAATGATCTGGACCAGGGGTCAGCAAAGTGCAGCCTACAAGCTATTGCAGTCAGCTGCCAGTTTTTACTTTTTTAAATAGTTGGGAAAAAAATTCCAAAGACTGATATTTTGTGTCACATGAAAATTATATGAAATTCAAATTGCAGTGTCCATAAGTAAAGTTTTATTGGGGCACACCCATGCTCACCCTTTTAAATATTGTGTATGGCCGCTTTGTGCTACAGTAGCAGAGTTGAGTCATTGCAAGGGAGACCATATGGCCCAGGTAGCCTAAAATATTTATCTGATCCTTTACAGAAAAAGTTTGCTAACCCTTGATAACAGATACTCTAAAATGCAGGTTTTTCTTCTTCAATTTAGCTCAGTGGTAGGTCAAATTGTTTGCTTTTGCTATTAAGCTTATGATTTGGAAACGTAAAATTTCATGGTGGATATTATAATCAGAACTATTCAAAAGGGAAAACATGCCAGCCATTTTATATGATGAAGTCTCTTATTCCATAGAAAACTGTAGAAAGATATCTGTATCTTTGGAGAAGGAGAAAGAAAGGAAAGAACTCCAGAATCCCATCACTGTTCTTTAAAGCATGCATCACAGACCTTTAAGAGTATGCTTTATTGAGTAAAGGTTATAGTTTGACTTTAAGATAAGAAATTTTCTAGAATCATGTTTGAATTCTAAACGTTGATATTCTTAAGTACCATTTCTGATTAGGAATTAGGTGTTAAAAGAATCATGGTAAGGAAACCTTAATCCGTTGAAACTCTTGTAATTTGGACAACAAAAAACTAGAAATAACACTCTTTTCTTTGAAGATCTGATTCAAATACACCTTAGAAGAGTTTAAAATCTCCCAGGCCTTTAGGATGCAATAGGATATTATGCCTTGGTTTGACTCCTTTTCATTCAAATTAATGTAAGTATGTTGTTCAAGACTTTGAAGCATTGAACAATGTTCTCGATGAATTTTATTTAATTACTGACATTTTGTGATATTTGAATGTTATTAAGTTAAACACTTAGAGTTGAGTATATTCAGGGGAGAAAAGTGAATGAAATGACTCATAATAAGAAAGCTTGCTCCCTTGGGACAGTTACCTTCCTGGTGTCATTGCCATCCTGGGTTGACAAGCTGAGAGTAGAGGATACAAGTGATGTGAATAAAATGGAAATTGCATTGAGTTAATGAAACAGACACTTTTAGATCAAGAAAACACTTCAACAGCCTTTTTAGAAATTGGCACACTCCTATAGTCCCACCTACTCAAGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACTAGAGTACAGGAGTTTGGGGCTGTAGTGTGTAATGATCACACCTGTGAAAGAATAACCACTGCACTCCAACCTGGGCAACATGGCAAGACCCTGTCTCTTTAAAAAAAAAAAAAATCCTGGGAAAAGAAGTCAAAGATGTAATTTTACACAATTTCTGCCCCCACCGTCTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTGGCTAGATACTAGGTATTCAGTGTTTGCTGAGATGACAGGTTTCTACTAATCAGCCAGTTATTTGGGAAGGAGAAAAACTTTTTCTCAATTCTGAACATGATGCAGCTTGTTAACTCTCCAGATAGTGCCTTTGATTGAAAATAAGGTCTACACCTTTTTAAGTATATTATTTCTGACATCGTAAGAAATAATTTAGTTCCTTATTCTCATTTATCTTTTATATAATGTACTGTAATATTCAGGTTTAAAGTAAAATAAGTATATGAATTATATTTTGGTAAAACTGTTTCATGACCAGCTTGATTAATGTATATTAACATACCAGACATTGACAGCGAACATTTCATGAAATCAGTTATTTACTTACCAAAACAATGAGTTTTAGCTTGAAAGTTACTGCTGCTCTATTATTAACAAAACTAAGTTTTAAAAATT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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000067208-MICROEX1
Average complexity
MIC-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
In the CDS, with uncertain impact
Show structural model
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.527 A=1.000 C2=0.777
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NO
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
ENST00000540033fB2455
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
ACCAGTATATTGGGGAACTGAAAGA
R:
TCCATCAAAAGGAGGTTGGCC
Band lengths:
104-117
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- The Cancer Genome Atlas (TCGA)
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development