HsaINT0000834 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000141338 | ABCA8
Description
ATP binding cassette subfamily A member 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:38]
Coordinates
chr17:68907740-68917451:-
Coord C1 exon
chr17:68917361-68917451
Coord A exon
chr17:68907880-68917360
Coord C2 exon
chr17:68907740-68907879
Length
9481 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
TTTTTTTTTCTGAATGCCAGCTT
3' ss Score
6.33
Exon sequences
Seq C1 exon
ACAGGAAAGTATTTCTCTCCCAAGGGAAGCTAAAGTGCGCGGGCTCTTCTTTGTTTCTAAAGAAGAAATGGGGGATTGGATATCACTTAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTTGCAGTTAAATGAAATATGTGTTGAGGAAAACATAACATCACTTGTTAAACAGCACATCCCTGATGCCAAATTATCAGCCAAAAGCGAAGGAAAACTTATTTATACATTACCCTTAGAAAGAACAAATAAATTTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000141338:ENST00000269080:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0000522=ABC_tran=PD(7.1=35.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development