HsaINT0008076 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000145362 | ANK2
Description
ankyrin 2, neuronal [Source:HGNC Symbol;Acc:493]
Coordinates
chr4:114239673-114244950:+
Coord C1 exon
chr4:114239673-114239776
Coord A exon
chr4:114239777-114244914
Coord C2 exon
chr4:114244915-114244950
Length
5138 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGT
5' ss Score
9.25
3' ss Seq
AAGTATCTATTCTGTTGCAGCCG
3' ss Score
7.26
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTCAACTCTAGCCAAGGAGGCAGAAAGGAATTCTTATCGCCTAAGCTGGGGCACTGAGAACTTAGACAACGTGGCTCTTTCTTCTAGTCCTATTCATTCAGG
Seq A exon
GTGAGTAAATCAATATTATGTATCCTGATCAAGAGGTAAAAAGAGATGGGAGTGAAAACAACAGCTTTGTCCAGTAGCTTTAGCTGGTGGCTAGCTTTACAGTGGAGGTGCCCTTTGTTTAAACTTGTAAATAACATTGCTTTATCCAACATGGACTCTATATCTACAACAACAAACCAGCAAAAAAGATTGAATTCAGCATTAAAAAAACTGACTATTGTTTTAAAACAACTAGTAGAATTGCGTCAAACAGCTTGCTACCTAACTGGAATATACTAGTGGCCTTCCTACTATTCACGTACTGTCTTTAAGACATCCTAAAAAGAGGGGCTGAATCATGTGATTTCTAGAAAGTTTCTATTTATTAGGATTAGCTGATTGGTTCAATGAAATAAATGCCTTTCTCAGATGCTAATGCATTTCAAATAATGTTACAGAAGCTTGAATCACACAAATATATAGAGGAGTTTATATATTGTTTGAAGTAGGGATATAAACAAAAAGGGAATTTGAACGCAATCAGTCAGGTTCTCAGTTATCTTTTTAAAGTCATTCAGAGAGTATACACACCACTGTTGAAGCAATGCTGCCTGTTTTTATTAACTCATTAAAAAATAGGAGTTTGAGTCATACTTTCAAACATACTTAAAGTTGTTCTTAAGGTGTTCAGTTATGTGGAATATAAATTCTTTAAGGAGTTTTAAATTGTAACACTCTTCCAATTTCTTCCTTACATATTAGTAGTTTGCAATAATATAGTAATATCATAATTATATATAAAATTTCTATTTTTTATTTAATTATTTTTAAAGCCCTATTTATATGCTATATATCAAAATGCAATATTTTGATTTTAATTATTATCCCCAAATCCTTATCCATAAATCCCAGAACTATTTGGAAAAGTAGATCCTTTCTTATTTTTATTATTCTAAAATATTCTTTATTCAGGAAAGAGTTCCAACATATTTTAGTTAAAAATTTTAGACTTCTTCAACTAATCTTATACTAAGTAAAGGTTCATACAATAACATAAGTTATATAGTTATTGAAAACAATCCTAATACTTTTTTCCTTGTTAAATAAGTAGAGGCTAGTTCCTAATGCGACAGTTATTCATGAGAATAAAAAACAAATTACACTTCATTCAAATTTACTTGCTTTTTTAAAAAAAGAAAGCTATAGATTACTAAAAAGATACAACATTGCATTCTGCTAATGAACTTCTTCACAGTGGTAAGAAGGAAAAAGACCTGGATGTAGAGTATTGTAGGATCATAGATAAGAATCTAGAAATCATAATGAGGTGTTTAAAGTTCATATGCAGCCTACAAAGTGATGAGATGGTTTTAGGTAAAATGTAATTGACTAATAATAACTGAATTTACACAAGAATCTGTGCATGCCAATACTTCAGTTTGCAAAATAAATCATTTATATTTTGAAAAAGGAACTTTTAAAAGAAGTTCTTTCATTACTGAAGGGCAGTAAAGTAGTCTAAGTACCTCAATTACACCCCAATTATGTACAACTAGATACACCTATAAGTAATTATGGTGCACTACTTATGATGAACCAACAGCATCCAGTAGTTAAAGATGAATTATGTGTTAAGATAAAGATCTTTAAATTCATAGTCTTTAATAAAACAGTTTTCCTATGAATCTCAAGCATTTAATACTGACTCTGGATAATTCTCAACTTTTGCTGTGCATTAGAATCACCTAGGAGCTTTAAAAAATACTAGTGCTGGCCAGGCGCAGTGGCTCACGCCTATAATCCCAGCACTCTGGGAGGACGAGGTGGACGGATCATGAGGTCAGGGGTTTGAGACAAGCCTGAACAACATGGTGAAACCTCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGTGGTGCACACCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGGTGAGGCAGAAGAATCATTTGAACCCGGGAGGTGGTGGTTACAGCGAGCCTAGACTGCACCACTGCTCTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTCCAAAAAAAACAAAAACAAAAACAAAAAAAACTAGTGCCCAGGCCTCAACCCAGACCAATTATTTGGAGGCCTGGCATTGATACTGTCTACAAGCGCCAATAGTACAGTTGTTTTATATATAAACTGTTAGGAAAAACTTTGCTTAATAAGGCTTTGGTTATTAGAGAGACCTGGTTAATTAAGGTATACCTAGTTCTCTCAAATGTTCTTTATTTCTTCCATTCACTTATGTATTCATTCTTCACACATTTGTGTAATTCTATAAAGTACCTGACATTGTGCCAGGTACTAAGAAAAAAGCTAAGTAACATCTAGCCTCTGCCTTTAGAAACACACTCTATGTTGTTATTTAAAGTTAGAAGACACTTAATCTGTAAAGAGAGAGAAACATCGTGGTTAATAGTGTGCTTGGGAGTCAGACCTGTCAGAATTAAATCCTGACACTGACACTCGTATGTGACATCAGGCACAGTTATATAAAAATCTCTGAGTTTCAGTTTCCATATCTATAAGATGAGTGTTATATTATTGATCCCATAGGGGAGCTTTAATAGCTAATTACTTTTTAAATAATTAGCACTTTGCCTGGAAATAATAAGTGCTCAATAGATTATAGCTATTAGTATTTGTACAATCCCCATATACACATGTTCTAGATCTTTCACAAATTGCAAATCCATTAAGGAAAATGTATTATGACTCCTCTAAATGGCAGCGTCAATGTGGTTCAATTCACAATAGTAACGTTTGACTTACTGTTATTTTTATTCAGGCAAATTATTCTCTATTAGCGTCTCCAGTGTTTCAACAAACACAATGCATTTGATGACTCTAACAGAATGAGTTATTACTATTGAAAACTCAATGATTCTCAGTTTCCTGGTATTTGAAAGCTACCATGATATTAATGTATATGAGTAACACTCATCATACCATGTCATGTAGCAAGAGTTTTTTGTAATTTTATTCATTATACACCAGGTTCCTAAATAGTAGCTTTTATTTATTTTTTTTGAAGAACTTAGTTTTTCTTTAATTAATTGGGTGGATTCTTAAGCCACTTCAAGTTCTACCCAAAATGTAAGGAAAAAAAAAGGAGACGAAGTCTTACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGTGGTGGCACAATCTCAGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGTACTACAGGTGTGCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTGGTAGAGACAGGGTTCGCCAGTTAGCCAGGCTGGTCTGGAATACCTGACCTCAGGTGATTCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGTTGGGTTTATAGGCGTGAACCACCGTGCCCAGCCAAAAAACAGATATTTTGATAGAGGTGATAATAAAGTTAGTTTTTTATGCACATGCCACTGATTTGTACATATAATGTTCTCTTAAATTTAATAAAGGGATTTTACATTAATAGAAGACACCGTTTCTACCAATAAGCAGTATTGGTGATTTTATTTTACCTCTATTTTATGTTTCCAGTGACTAATGTTCATAACTAGAGAACAATAGGTATCAGTGATTAAAAAATCAGTATCAGTGATTAAAAAATCAGTATCAGTATTAAAAAATCTGTTCTGCTCAATACACACAGCAAATACCTGGCAAAAGAAAGACTAACATTTGCTGTTTATTTTAAAGTGTTGTCTTCAGATTCACAATGACTCTAATCAACAGTTATTTCTAGCATCCTAGTCATGATCATAACAACATAATCTTGGGCAAGAATTTTAATTTTACAATTCTTCTTCATTTCATAAGTGCATAAGGAATTAGAAGATGTAAGACACAACTCTTAGCAGTAGCTAGCTTTGTAAGTCTTCTTAAATATTGTTATTAAAGGTCTTTAGTTTTTGTAGTGTTTTAATTACAGTCAAATGCCAACAATTAAATGTCAATTCATTAAAATGTCCTACACAGTCATACATTAACTGGAGGTCTGTAAGGTTGTCTTTTAAAGAACTTCTTTTCATAAAAACATGTTGAAGGCAATTTTGTTGTTTACCTAAAATTTCTCCAAAAATAAAGTCTATTTTAAAAATCATCTTGAAGGTATTCTCTCAAATAACGGGATATTTGAAATGCAAGGAAGTCAAGGCTCTCACTTGACAATATTAATGTTTATCTAATATGTACGGCAGTTAAGTTAGTTATTCATGTATTTCACAACAGCCTAGGGTTTTTTTTAGATACGTGAAGGTAAATTCTTTTAGATGAGGAAAGTTTTTTCATAATAAGTAGCAAAACAAGTGTTTAGTAAGGTTGGATTTCCGGTCCATTAAGCATGTATACTTTTGTATGTCATTAGGGTTGAAAACACAAGAGAATCTTGTGAAAGCTTATGGAGGGTTTTACGGAAGAGCAGACTCATAGGTAGAAGAAGAGTGAAAGGTAGAACTATAATGTGGGATTAGACATTATGACCACTGAGGAAGACAGCAATCTCCAAAGCAGGAAATGAAGTATTGACAAAAGCACCAAGACTTTGTTTGCATAGCTTTTTTTTGCGATACTCTAGTAGGTAATTGATATTACCTACCCCGCTTTATAGTTTATGCTACTGTTTGTTGTTGATCTATACTTTAAATTGTGCCTTTTCTTTTTGCATTTCTTCTGTGATAGCCCAAAAAGTTATTATCATTATTTTTAAAGTATTAAATGTATAAAACAAAAACCTTTGCGTCAAAACTGTGTCCATCAAATCAAAGACTTTATGTTTTTCATCATAATGACCCTTGATGTTTCTGTAGCTTCTTGGACACTCAGACTTTGTTAAACGCCCTCATAAGCCAATGTTGACCAAGGTTAAAAACCCATATCCAGTGATTTTATAATATCCCCAGTTCTCTAAACTGGGAGTTGCCACAAAGCCCCCATAACTTGCTCTTCTCGACCTATATCTCATTTGGATTTCCATTTGTTTTCAATGAATAAGGTATTGGTGTATAAATAATAAGTCACTTCTGAGTTCCTTCCTTATATTTCACTTTATCCGTTCCTTCTCTGTGCTAAAGTATCTATTCTGTTGCAG
Seq C2 exon
CCGCGCCTCTCCATGTCTTGAACGTGACAACAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000145362-ANK2:NM_001127493:27
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.083 A=NA C2=0.231
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0079115=ZU5=PU(1.0=2.9)
A:
NA
C2:
PF0079115=ZU5=PU(1.2=7.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)