HsaINT0018586 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000137948 | BRDT
Description
bromodomain, testis-specific [Source:HGNC Symbol;Acc:1105]
Coordinates
chr1:92470676-92479985:+
Coord C1 exon
chr1:92470676-92470856
Coord A exon
chr1:92470857-92479762
Coord C2 exon
chr1:92479763-92479985
Length
8906 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCAGTAAGT
5' ss Score
9.07
3' ss Seq
ATTTTCTGCTTTTTCTACAGATG
3' ss Score
11.44
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGGTGGGTACCATTGATATGACCCTTCAAAGTGACATTATGACAATGTTTGAAAACAACTTTGATTAAAACTCAGTTTTTAAATTAACCATCAACTTAAAATGAATGGTAAAAGATCAAAATGCATATGGTAAAATGATTGCTTTCAGATAACAAGATACCAATCTTATATTGTATTTTGACTGCTCTAAAATGATTAAACAGTTTTCACTTACATTTTTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000137948-BRDT:NM_207189:18
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.738 A=NA C2=0.591
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)