MmuINT0025755 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000029279 | Brdt
Description
bromodomain, testis-specific [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1891374]
Coordinates
chr5:107806923-107816077:+
Coord C1 exon
chr5:107806923-107807103
Coord A exon
chr5:107807104-107814476
Coord C2 exon
chr5:107814477-107816077
Length
7373 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCAGTGAGT
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7.39
3' ss Seq
GAATATTTTCTTCTCTACAGATG
3' ss Score
9.82
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGGCGGGTACCATTGATATGACTCTTCAAAGTGACATTATGACAATGTTTGAAAATAACTTTGATTAAAACTCAGTTTGTAAATTAACCCTCAACTTTAAATGAAAGGTAAAAGTGTTTACAGTGGGCGTGGTTAAAGTGGTTACTTTAAACACCAGAATGTCAATCACTGATTGTGTTCTGACTGCCCTAAATAATTTTTCATTTACATTTTAATAAATATGTTCTTTTAATGACATAATTGATAAAATGTTTTATAATTTTGACCTCTGAAAGTGGATAGATTTTATTCATCCTAAAGAGGACTGTCAGTGATGTAATATAGTCCTGATCTAAGTCTAAAAGGGATCATCAGATTGAAAACAAATGAAGAATACATAAAAGTATATAAAACACGTTTTGTTGAGATTTTAACTTTTGTTTTTTGTCTAAACCTGTTTGTTGGTTAGTTGGTTTGTGTCCTTGTTTGAGACAGGGTCTCATATACTCAGGCTGGCTTTGGTGAACTCAACATGTAGCCAAGGCTGGCCTTGATCTCCTGATTCTCCTGCCCTCAGCTCTCAAGTACTGGACTCCAGAAGTGTGTCTTCATGCCTGGCTGAGTTGTTAACTTTTCAAAGAGATATGTGTCTGCTGTCAGAATTGTAACAGAACTTCTAACAAGAATACTTGGTTTCCATGTGAGTCACAGTGTGTCAGATTCTCTGCTAGTTCCATGTTTAAATTCCATACTGCCTTTTGTTTTAAAGTAATATTAGCTATGATTTGAAAGGTGTTAAATTTTAAGCAAAGTAATAGTAAATATTGTGTATACAAGCTTCTGTGGGAATGTGTCAGACATTTCTTAAAATGTGTAGGTGATAGCAATGAATATTTGCCTAACCAGGGGAAATTATAGCCTATGAAACATTGATGTTTTGTCATTTTTCAAACTGCATGCATGTCTAACCATATGTAATCTTTTTTAAAATTTTAAACCTTTGAACATTTGAAATATAACCTGATTAAGGCAATGCTGTGATCTAAAGTACAAACTCAGTGTGTGTCCAGACAGGGAAGTGCACACCTGCTGTCCAGACAGGGCAGTGCACACCTGCTATGCAGACAGGGCAGTGCACATCTGCTGTCCAGACAGGGCAGTGCACACCTGCTATGCAGACAGGGCAGTGCACACCTGCTGTCCAGACAGGGCAGTGCACACCTGCTATGTAGACAGGGCAGTGCACACCTGCTGTCCAGACAGGGCAGTGCACACCTGCTGTCCAGACAGGGCAGTGCACACCTGCTGTCCAGACAGGGCAGTGAACACCTGCTGTCCAGACAGGGCAGTGCACACCTGCTGTAATTCCAGTATTTGGGGGGCAGAGGCAGAGAAGGAGTCACTGCTGATAACTCAAGACCAGCCTGGTTCACATAGCAATCTTCAGATTCTGGTCATAGCCAGACCTCCTTGATTGAGAAGAACCAAGAAAGAGAGAGAGAAAGAGAGTAAGAAGATGGTATTGCTTTCAGGAAACATTGCTTTCAGGAAACAACCAGAATTAAAGTGATAGATATTTTGTTGTACCTATTTTCTACTTTTTAATTAAAAACTTTATATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000029279-Brdt:NM_054054:18
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.902 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: