HsaINT0026591 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000182389 | CACNB4
Description
calcium voltage-gated channel auxiliary subunit beta 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:1404]
Coordinates
chr2:151832768-151842088:-
Coord C1 exon
chr2:151841903-151842088
Coord A exon
chr2:151839380-151841902
Coord C2 exon
chr2:151832768-151839379
Length
2523 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATTG
5' ss Score
8.35
3' ss Seq
GAACTATCTGATATTTTTAGAGT
3' ss Score
5.54
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAATGTTTGATGTTATATTGGATGAAAATCAGCTTGAGGATGCATGTGAACATCTAGGGGAGTACCTGGAGGCGTACTGGCGTGCCACCCACACAACCAGTAGCACACCCATGACCCCGCTGCTGGGAAGGAATTTGGGCTCCACGGCACTCTCACCATATCCCACAGCAATTTCTGGGTTACAG
Seq A exon
GTATTGTCACTTTTTCACTCATGCTTTTTACAACCTTACATGTAAAATTCTATGGGAACTTGATTAGGATGGAGACTGGAGTCATCCTTAATCTGAAGAGGGAACACTATGTGCACATTATATTTAAAAATCTTAAATATTATCTAATTATGATCTATCCTAGAGAAAACTACCCAGAGACTGACAATTTCCTGAGAATTATGCTGTCTGTGAATTTACAGTGGATTTTACTTAGGTAAATTAACTCCTCCTATGTCTAAACTCTGCTGGCAAACGTAATGCCTACTCAATGCACCTGCCCATTACTTTTTTTTAGAGACATAGTCTCACTCTGTTGTTCAGGCTGGAATGCAGTGATATGATCATAGCTCACTACAGCCTCAAATTCCTGGACTCATGGGCTTATGCAGTCCTGCTGCCTCAGCCTCCCAAATAGCTGGGACTACAGGCACATACCACACACATGGATAATTAAAAAAAAAAAATTGTAGAGACAGTGTCAGTGTCTCACTTTGTTGCCCAGGATGATCTCAAACTCCTGGCTTCAAGCAATCTTCCTGCCTTGGCCTCCCAAAATGTTGAAATTACCATCATGAGCCACCACTCCTGGCCCCTCCATTACTTCTTAATGCCACTTCTTAAGGATTACACAATAGCTAAGTAAGATATATAGGTGCAGATAGGCCTTTCAGCTGCCCTTAATTAATCCTGCCGCACCCAGGTTGCTAGGCCTGCTCTCTACCTTGCACAAGACAATGTGGATATAAGTAGAGCTGCTCTGTTCAGAAACAGTAACTGATCCCTGAGTTTTCTTGGGGCTGTGCAGGTGCCCACCTTTGTAAGTGGCTGTGGCACGTGTCCTTTAGGGAAGCTGGTGACGAACACAGGATCAAGAGGTTCTCCCTTCTGCTGTTCTGGTATTGCACTCAGAGGTAGAGATAGGGAACCAGAGACCTTATGGTACAAAATGAGCCTGCCTTTCTACATCAATTATTATTTACCATTCATCAAGTAGCTGCTGGAATGTGGCCAAACCCGCAGCAAACTGAGGAACATGTAGTCAATTGAGCCCTCTTGTATCATGATGAGTTTTGTTTTAATGGATTATAATGATAGTCTTAATTGTCGATCATACAGAGTTAACTCTGAGATAAATGGCACTCTCTGAAATGCTATTATAGCTGTATTACTCTGTTACAAAATTGCATCTTTGTAAGCAGAAAAACTGTCATGCAAATGAATAGCTTTTGAAACTAGAAATGAACATGAAAAATGTACTGTGGTAATGTACAGCACATACGCATGCATTAGGACTATTTCATGCCTTGTTTCACTTCCCATGGGCTGATCTGAGTGTACATTACTATTGACTAGTGTGGATTGGCTCTGAATTGTACATTACAGAATGAGAAATAGATGCATGAAGCAATACACTTCTGTAATGTACGTAGAAATGCAATGTTGCACTTTTATATTGAATACAACAATCTTGACTCATCACTGCTAAGACATCCACCTAGAGTGGTTCTCCCTGTTTCACTAATGAGTTAATGTGTTGCCCTTTATTCTGTGGCCTATTTCTTCTCCCAGTAACAATTGACACTTCATTGTGAGGCACCTGAGGTTAAAGGCACAGTCTGTGACCTGTCAAATGAATTTCCTTCTGCCTGAATCTGAGTGTACTTTAGATGAGATGTGTCTGGGCCCATGGTTTCAGCAGGATCCTGTGCCTTAACTGATGTGACCTACCTAAACCAGTAGACACAAGTAGATAAATGTTTTCTCATAGTGGAGAAAAATGTTGAATAACATTTTCTGAGCCTTCAAATAAGTATCTTAAGATGCTAATTTCAATTAATGGTATTAGAGGAATTTCGTTTATATTGGAAGATTATTTTGCAGGACATTTTAGTTGAGGAAGCAAGATTTATAAATGTATCAATTAGCTGGCTTCATAATTATTGTATACACCCTTGGAAAGATTATTACATTTATGTAGGATGCAGAAACACTTTATTTTATGAACAGCACAAATAATAATTTTATTAAAATGTTTTTAAAAGGTATAAGGAATATTCAGTTAGATCAAGGTGAGGTGTGTTACTTTAGAAGGAGAAAGATTATATCAATTCAAGAGAGAAATAATAAATGCTATTCTGAACTTTATTTCCCAATAGTAAAATAATTTTCATTTTTGCAATAGAAATGGAATTATTAGAACTTCCTAAATATATTAAGTTCCATTTAACAGTTAGCTTTCAATTCTACATTTGTAATAGGAAGCATAGTCATTCAGCACTGTGGAATTAAACTCATAAACTATCAACACTCTGGCATCTTTTCATGTTGTGTCCCAAATAAATAAGACCAGATATTCTAAGCAGATCATTGGTGCATCAGGATGCCTTATTAAGTCAGATATTTAGCATCTTATTGTACAGATCCTATGATTTTACATACATTTACATGTTTAGATGAATGAAGCTGACATTATTTAATCAATGAACTATCTGATATTTTTAG
Seq C2 exon
AGTCAGCGAATGAGGCACAGCAACCACTCCACAGAGAACTCTCCAATTGAAAGACGAAGTCTAATGACCTCTGATGAAAATTATCACAATGAAAGGGCTCGGAAGAGTAGGAACCGCTTGTCTTCCAGTTCTCAGCATAGCCGAGATCATTACCCTCTTGTGGAAGAAGATTACCCTGACTCATACCAGGACACTTACAAACCCCATAGGAACCGAGGATCACCTGGGGGATATAGCCATGACTCCCGACATAGGCTTTGAGTCTAATGAAACAAAAAATATTCATCTGTTGACAATTTGCCATAGCAGTGCTAGGATAAACCAATCATCTTAACTTGGCTAACATAGCACAGTATTTACTGTGCTAATGGGCTGCTGTCATTTTATGCTAAGTAAGGGGCAAAAAAAAAAATTACATTATGCCCTTGAGTCTAGATGGATATTAGATGCCCGATCATATAGATATTTTTAAGTGCAACATTTACATGATAACAGTACATTTTGTTTTCTTCATAGATTTAGACACATCAATTTGTAATTTAGGGTACTTACAAGGCACATATAAAATAATTTCCCATGCTGGAAATTCCAAATGACCAGTTCCAGTTGGAACCAATTTATAAACCAATTCCTGTTGGAATTTGGGTGAATTGACTAGAAAGTCTACTTGAGCATGTTGTAATCAACTGAAAAATCTGGGGGGAAAAAAAAAAAACTAATAAGAAAATCGAAATACCAATAGAAGCCAAATCCAGCTTTGGTATTTATTTGCTGGAAGCTAAATTTACACTTAAAGTTGGAGTGTATAAACATTTTAATATATGTTAATGTTGCCAGAATGACTTTTCAGACTTACCAAATGTATTGATAGTGCCAAAAAAAAAATCTCAGAAATCTTAATGCAGAAATTATATAGTCTCCTCAGATTTTAATATTTTTATTTCTTTCCTGGCACAGCTGTTGTATTCAAAGTGTTTTGCTTTTTGTTTGGTCAGTACTGTTAGCTCATTTGAAGTTGGCAAAAACAAATACAAACAAGCAAAAAACCTCAAATTTTTTTCAGCAGTGAGAGAGAATAGTAAAGAGAGGCCCAAGCATAGCTGGTTATGTGAAATATAAAATGGGGTGTTGTTCTCCCTTTAATCAATCTGAGCACAACTACATACATCCAGGAATCTGAAGTCAGATAGTAAGGATGTGGTACCAATCCTCCCGAGTGCAATGCTAAACACTTCCAGGTGGGAATTCATCTATTTCACTTAACACAAACGCAGGGTCTGTATTTCCTGCCAACAAGATTGAGTATCTTTCCATTGCTTCTCTCAGTCTCTGTCTTTGAATATCTGAATGTTCTGGCCCTTCAACAAATTCTTTAAATCATGCTAAGGAATTTCGTTTTATGTGGACACACTCAACTTTGATATTCAGGAGATGTTTTTACAAAATGACTAATTGAAAAAAGTTGAAACAAATGATTTTAAAAGCTTGCAGTAAAAAATAAACTCATAGATTCAGCAAATATTTGTTGACTAAAATTATAGCATTTTTAATGCAGAAAATTATAAAGAATTTGGAGATTGAGCTGCCTTATTTCTAATGAACACTCCTCTTCATCTTATTAAGTCTTCACAGTTTTTCCAGTGGCTATAATTATGGAATTGGTGACCTATGTTTTATATTATCAAGGAAGCCTTAGATTCACTCTGATCTAAGAAATTATTGAAATTGACCCTTTTTACACAAATGTCTTTAAAAAAAAAAACTTATTTCTAAATGTCCATAGTGCATGCATTTTCTAAAACCCCAATAAGTCCAGCCATAAAAGTTCTTTTCTGCTAGTACATGTCATGAAGCCTATTTTTGAAAATAATGATAATTAATTTTATAGTATCTTCTTTTCTCCCCAAGCCTTTCAGTATTCAGGCACTCAAAGCATGCACCAGTTCAGTAATCTTCTTGACCATGGAAATAAGTTCCACATTACTGATGAGTTATATATATATCTTGAACCCCATTACAACCTCACCACATCCCCCTGCATTTATGTTCAGTGTTTGTACCCCATTATGAACCTGTTTAGCTGATAATGAGGATACCTATAATTCTGTAAGTCATTTCAAATATTTGATACAATTAAAAAATATGGGCTTAGTAAATTTTAAAAGTTAACATGTGATACTGGCTTGTGAGATTCTTCTGTCATCTAGTGAAGCTTATAAAACTTTCAGTTAAGACATTTTAAAAGAGTTATATCCATTAGGCACTTTAATAAACATATAACCTGCCATTACTGAATACTTTGTTAGAACACAGAAGAGCATCTTCCAGCAAACAAAAATATATTTATTACATGTACAGCACATACTTGCATGAGAAAGAAAACATTAGCCAAAACATTTTTCTATATGCTTTACTGGTTTCTTGTTTATGCGCATTAAAGTATTTAATTGCAAAGAGTGCACCAAGGTGTACAAATTTAGACTAGACAGCTGTTCAGCTTTTTCTGTAGTAGCATTAGCAGTTTGGTCATTTAACTACTTTAAGATACTTACATTTTATGGCAGGTAGCTGTAACAGCATTTAAATATATTTCCTAGTCATCAAGATTACCATCTTCTTTCAACTTTTTAAAAGTCACTTGTTTTTAAAGGTTTTTCAAAGCCTTGTTTTTAGTCTTCCATGTCATGCCGATAAAGAGAGTCTCATTCAATATCTGTGCACAAAACCAATCTATCAATTACCATCAGATGTCCATACCTGTTTTGCTTTGCATTCTTATTCAAAAGCTGACAATCTTGGAAAGGGTATAATGTATATTTTATTGATGGATATATTTAAATGTTTACTTTAATTTGGAATATTCTTTCCCCTTCTTTCTGTAATAAGTTTATCTTCCTCAAATAAGGGGATATACATCTTATTTTTTTTAAAGACTTAAGAGTTTATTGTGTAAATGATACTTAAAATCTAGATATATACTAAATGAAAAGTTTTATTTTTGCCAAGCACACCAAGCACCTTTGAAAAATACATACTCCATACTTTGTTTTTAATTAATTTCATTTAAAGATAGCAAATGATTATAAGCAAGAGAAACAAGTCTTTTACTGTTTTGAGGCTGTTTTAACTTACAGTATAAGCCACATACTAGAATTCTGTAATTTCAGTCACAGACATATAATAATGTGGACTCATGTGACAATGTGGAAATGTAGTTCTGGAAAAAAACGAATGCAATTTGTCAATCCTGATGTTAATTCTCAAGGGTATAATGTCACTCTAATATTATAACCAACAACATTATCTTGTTTAATATTTAAAGCAACACTTAGAAATGTTTATAAATGATGATTCTCTCTTATCTTTATACAGTTCTATTGGAGAGAAGGTTGAAATTGTTCACAATTTAGATGATGGTCTTTCCTAATAAGAGTCTTAATTTTGTGACTATATAAGTCATTGCAGTTAGTCTTTAATGAAATGAATTTTATTAATGTAAAACAAATTCTGAGACAATTATTTGTTTCCTTTAAATAATCTGCTATTTAATTATTATTGTCGTTGTTTGCAAAATGTATTTTTGGAATGTTAACCTCTTTTCATACCTGCATACTTGAACTTGTCTTTTGTGTGGGGGCCTTAAAATTCATAATAGGAAGTGGAGGCAGTGAAAGGAAGTAAGAAAAGGAAATTATGCTAAAAGATGGTTTGCAAATTTAAATTCTTTAAATGAACATATCACAAAATGTTGTTAAGACCCAGGATGTCCGTTAAGAATGTGTCTTGGCAACCTTAATTTGCATGTTAGTATATATTTTCTTAGTTACACAGTTTTATTTTGGTATTTGCTTAAAAAATGTAATACCATTGTAGAAATTACCCTATGTACTGATATATTTACTACCTCTTCTCTAGAGAAGACAATCTGTCTTTAAAGGGAAAAACACTGGTCAATAAGTAGTGATCAAAATTATCACTATTCTGGCTAACCTTGCTGCAAAGCTAAATACATAGATTATTAAAATATGCCTTCCCTTTAGATTTTAAACTGTTTCCAAAATGCTGTTTGGCACCCTTTCATTTCTTCCACGTTAGTGAAGTTTTCTTTGAATTGGTTCACAGTTTATCATGAGGCAAGGTTAATTTAACAAATAAGTCATCATAGGGAACAAAACAAACTGCAAGGGAATTGCCTTTGTGTGCAACTTGTTATAATATCTAGTTCTAAGTCTAAAGGAGTAAAAGTCCAAAGACTTTATGTTTAAGAGCAGCTGGTTTGCAAATTCACATTTTGTTGGTCCTTGACTTCCACAGAGCATGACTTAGCCATTTACTGGGTAAGGATATGCATAATCTTGGACTCCCATGTAATTGGAATAAACTTCATATCAATGTTTCAAATAAATGCTATGTACCCCTTATTCCTTTTACATTTCTGCCTTTGTCTTTTATGACAATGTTGCATGTTGTGTTTTTTTAAATTATATAAAACTCATCCTTGAATGACTGTATGAATGAAAAATTTATAGGAAATTATGTAATAAAATCTGTTTTATTAGTTTCTCATACCTTTAAATACTGTCAATACTATAACTGTTAGTAAGTTACTTACTCAAGCTGTGTCTATGGGGCAGAGAACAGTCCTCTTCTTTAAAATAATCATGATCAAACCAGTCAAGTCAATCCAATTAGCTGTTAGACAGACAATAAGGATAACCTTCTTTTTGACTTAAGCAGTCAAGTTAGTCAAAATAGAAAAATTGGCTTATATGGGCACCCAGAACTACAGCATTCAAAAATTACTTTTAAAAGTTTCTTCTTTTATTAAAATGGACTTTCTTAAATAAAATACATCCTCTGATAGCAGCTATCTCTTTTTACTTGTAATGATTAATTCTAAATGCTTCATGTAATTGAGGGACATTATGAGAAGACTAGAAAGTATCTCATCAGATAATCCTAAGGGCTGTAACTTCTACTTGCCATAAACAAAGTATAATTAAGAGTGAGTAGCAATTGGTTTGGGGAGTCGTAGTTATATATGAAACTTTCTTTTGTTTCTCATGATGTATGTAAAATGTTTGCAGAAGGATGGTAGAAAATGTTACTAATGAATTTAGAGTGGTTTGGGAGAATACACTGATACTTCCTCATTTGAAAATTATAAGGAGTTACAAGGGGAACTAAGAACCAGAAGTGGCTGGCCTCTAGCTTTTCAATACCTGATAAGTGTTCTTGGTTATGTTTTGAACACTTAAATTTCTCAACAAATGGCTATGTCTATATTTATGTAGGGGCCACCCTTGCCCTACTTGCATGCCACTTTGACTTTTAACTGAAATCAGTGTGAATTCTGTATGCATAAGGGATGTAATAAAGAGGCGGGATCATTAACGCTATATCGTTGCATACTATTTTTCATATGCCTTACAATATTTTCTGGGATGTTATTAAAATGAAAGCATTTTATTGCCAAAATAAATCTATGTTGTTACTTATAATCTGCATTAGCAGTAGAAAAATAATGTAGCAAAAACATATTGTACAGTACAAAATTATAAAATATATATTTTGCCAATAATATAAAAATAGATTGAGGAGAAAGAAGCACATTTGTTATAGCACAAACTTATAACAAAATCCACCGTTAAATTTGGCAGTCATATTTTTTAAAAGTATGTCGATTTAGTTCTAAGTTTTGTCAGATTTACTTCATCTACCATCTTTTTAACTTGCTGCTTGATACTTTTCCAGCAATTTATTTCATAGCCTTGCAATCTGTGGATGTAATTTCTTTTGTTTTATTCCCTTCCATAAAATTTATTAAATTTTATTTTGTGATAACACTCATACCATATTTTCTCCTCTTATTTCTTCTCTTTCAATAACAACAGCAGAAAGTCACAGCAAGTGAGCTCATAGGGCTCCTCTGAATTTTGGACATGTGTGAGATTTTTGTATTTTTCACAGCCTCGAGTCAGAATGATCAATAAAGATGTCCCAACCACAAAAAATTATATTAGTTAGGGATTCTTTAATTTGTTTTGTACTGAATACTACTTTGAAACATAAGTTAAAGCCATTAGCTGTGTTTTTGTAGGGATGGTGGGAAGGAATAAAAAATAAATGTATTAACATAAAACATACTAAAACAGAAATATGGCAAAATGATGTAAAAAGATTTTTCCTACTATTCTGAGGGCTGTTGAAATCCCAGGCTATTGCTATATCTCCATTGACAAAGTGGGATAAAAAATGCCTTTGTCAAATAATTTTTTTTCTTTCTTTAAATTTTAGTTATTTATTTTAATAATTTGTCCCCTTTTATTTTTCTTATCTAGGTATGTGTAGCATTCTACAAGGCATGCTGGGTAAAATATACTATGCAAATGTGTACAGTGCTGCATGTTTTGTTCTCCCTCTGCTTTAGTGGCTTTAAAGAAAAAAACGTGGTGTTATTTTTGTGAATAAAAACATTAACAAAGAAAATGCAGAGTGCATGCATAGAGTATCCTCATTTCTATGGATTTGTTTTATGGAATTTAAATGTGTACAAAACAACTGCATTACTTTTTTTCTTTTATATAATAAATGAAAAAAACACTGAAACCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000182389:ENST00000539935:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.386 A=NA C2=0.998
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0062516=Guanylate_kin=PD(15.0=40.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
ENSP00000353425, ENSP00000380490, ENSP00000390161, ENSP00000410978, ENSP00000443893, ENSP00000489621, ENSP00000489677, ENSP00000489679, ENSP00000489732, ENSP00000489772, ENSP00000489779, ENSP00000489787, ENSP00000489788, ENSP00000489876, ENSP00000489883, ENSP00000489943, ENSP00000490124, ENSP00000490138, ENSP00000490176, ENSP00000490247, ENSP00000490250, ENSP00000490304, ENSP00000490488, ENSP00000490660, ENSP00000490910
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- Pre-implantation embryo development