HsaINT0035765 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000163539 | CLASP2
Description
cytoplasmic linker associated protein 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:17078]
Coordinates
chr3:33602300-33612282:-
Coord C1 exon
chr3:33612216-33612282
Coord A exon
chr3:33602464-33612215
Coord C2 exon
chr3:33602300-33602463
Length
9752 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTATGTTTT
5' ss Score
-31.08
3' ss Seq
CTCCCCTTTATCAACTGTAGGTA
3' ss Score
10.03
Exon sequences
Seq C1 exon
TCGAGTTGAACTGAAAAGATTATGTGAAATTTTCACAAGAATGTTTGCTGACCCTCATGGCAAGGTA
Seq A exon
TGTTTTAGTATTTAAGATTATTTATTTCTATAGGGTATCATTTGTATATTGTCAAAGCAGAAAAACTGTAGGCCATTTTTATTTTATTGTCCCAAAATGGCAGTAATATTTTCAAGCATAATTAAAATTGTTTGGTATCATACGTAATTTAGAAATTAATCTCTGGTAACTATTTGAGCTTCTCCAATGATAGATGGTCTAAGACTGAAATAAAGGGGATACAGTTACAACTCAAGTAATTTAGTCAAGTTGGTGTATTTTGTGTTACTAAGACTGTTTTAGTGTTTGTAAAAGACATAATTGGGGTAAGTTGAAAAGGTTTTTAACATTTTATTTTGTTTTCGTCTGTGATTAATTACAGCATTGATGTAAATATGTTTCAATTTTGAAATAATAATTTTGTAGAAAAGAATTGTCATTAACACAAAGGCACAAAATGTGGTTCCAGCCATAGTTTGGTAGTAATATAAGAGACATTTCTTACATTGAAGTAGTCCATAAAAATTTTCAGAACTTTGTTCATTTTTAATGTTGATTAAAATATATTTATTTAAGTACTTATATGTAATGTGCATGTGTACTGTGAAATTTTGGTTTACCTTGATGCATAGTACTGTTATAAAACTGTGGTCACATATTCTGTTTCCAGCAATATGTTTGATAATGGTGAAATCTTCCCTTAGGATACCAAATGTCTACAGGAGACTTTCTAACCTAAGTGAGCGGGAGATGTGGCAAGGAAATAAGAAAAATATTAATGAATTTCACTTTACTGTTTCTTTTTATTGTCTTCACTTTATTGTTGCACATCTCATTTCCTCCTCATTTTTTTCTATTTTTAGTATTTTCATTACTTACAACACTACTTAAAGATAATGAAATCCCACATTGTACATAAACTAAAATCCAGCTAAAGATTTAAATGCAGTGGGGGATATACTTAATTATTTAAATAAATTGCTTATACTTTAAAACAATATTTTCAAAGATTATTCTATCAGAAGTTATATTTATTTGAGGGTAAAATATCCCATTAAAAGACAAAGAAGAAAATACATTTGGTAAGCAGTTTACTAAAATCTTTTAAAGTTTGTAACTTATAATTGAACATGTAGATAACTATACCATTCTAGATAGATATTGCTATCACTGATTACAGCTGTTAGTCTTACTTTAATGTAAAAATTTCTATAAATCCTGAACAGATTAACTGTTGATATTTTTAGTTGGCAATATAAGCCAAAGGACAAGACAGTTATTTGGGTTAATTTGTTTTATTAAACATTTAAATTAACAGTCTGTTCAACTTTGAAATATATAGTTATTAAGCATCTTCAGTAATTCCTGCTACTGGAAGATATAAGACCAAAGCTAGATTATTTCTTGAAGTCACAGTTTTTGACTTTTTGTTAAGTCAGTAATGCAGTTTGGTTGGATGCCATGATGTATAGTGATAAAGACAAACTTTTTTAAAAAAGATCAAATAGGAAAGCTGAGTTTAACACTGGTATAGGAACTTAACTGAGCACAAATGTTTGGCCTCTCTTAATACAGGTGGAGAACCAGCTACTATTTTCCCTAGGATTGCATCAGATTTCTCTTCTTAGGGCTTTATAGCAACATAAAATTCTTATCTACCCATCTTGTTTGTTTGATTTTGGTTTTTGTTTTTTAGTCAGTTCTGTGAAGACAAATGTAATGGGAAGATTTTCTGATTTTTGTGTGGCCATTGATTGTCCATCAGAGACTCTGTCAATAATGTAATTCATTAAGGATACTAGACATGTCACCATCCTGTGCCGAGTTAAAAATGTTTGAGTTTTTGCATTGTATTCTGATATTTTTTAAATAGCTGCACCCCTCCCTTTTTAATGTATTTTTAGACCAACAGTTCCATCTTCAGAATCAAGCAACTTTTTTTGATATCTTCTTTCTGAATGCAATTTTGTTCTATATCAGACTCAGCAACTATTTTCTGTAAATAATGTGGCTTTGCAGACCATAAGGGTCTCTATCCCAGCTACTCAATTATGCCATTATAGCATGAAGGCACCCTTAACAGGCAATGAACAAACAAATGTGTGTGTTGGGTTGCAATAAAACTTTATTTATGAACATTAAAATGTGAGGGGGTGTGTGTGTGTGTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAAGATCTCTTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACTTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCATGCCTCAGCCTTCCAAGTAGCTGGGATTACAGTCATGTGCCACCACACTCTGCTCATTTTTCGTATTTTTAGTAGAGACGGGTTCTCACCATGTTGGCCAAGCTGGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAGTGATCTGTCCATTGTGTCCCCCCAAAGTGCTGTGATGACAAGCGTGAGCCACCATGCCTGACCATGTGGTTATATAATTTTCATGTATCACTAAATAGCCTTTTGATTGCTTTTAAAGTCATTTTTTAAAGTGTAAGAATTAGAAATAGCTTGCAGGCCATAGTTTGCTGACCCCTGTCATATATGATCAACTCTTTGTCGTTGACACTAAAATAGAAACATATGTTCAGGAACCTATACCCTTGGAAGATGAAATTATTTGATGTCTGTAATTTGATAAATGAACTTTTTTTCCTTCATATACCCATATAGAAATAAATAATTAACCACAATATCTGTAAGACAATAATTTAGACCATAAATCAGCAAATGTATAATTTAAAGCCTTTTAGTATTTTTTATAAGTGAAGCAGTACAACACATATTGTACTGCAAAATGGTAGGCTTTGTTTGGACATTATCTTGAGGGCAGTGAGCAGTCACTGAGTAGACAAGACGTACCTTTTGGAAGGATTACTTAAGCAGTGTGAGGGAAAATTTAAAATAACAGGTATGGATAGTGGAGCTAGATTGCTTGGGTTCAAATTCTACCTCCAATTTATTAGCAGTATGTACTTTAATTATTAATTATTAATCTGTAAAACAGTTAATAGTAATATCCACCTCATGTAAACCCTTAGAACATACCAAGTACCATATATACGTTTTTTAAAAATCAAATTTTTTAAATTAAGGAGTTTGCAGCAGATTTTTATTTTGACTGCTCTGGACCCATTTTTTGCCCCTCAAATGCAAGCAGTATCAGTTGCCAAAAGCCATCCCATATATTTCTGGCACTTGACTCTGGAAAGAACTGCCTTCACTGTGGTGCATGCTTTGAATTGGCATTTTATGGTATTTGTAACACTACCTCTTGAACCATACTCTTGAGTCTTGGACAACTACGGTAGAAATTCAATCTGTGGCTACTAAAATGAGGCACAGTTGAATCTCCTGACGAGCATTCTAGGCAGCTCAGCTGCCTGCAGTCTTTAGATCAGGAGACCATAACACACATCTTACCTAGGGAAAATAAAAAGTAGTAGTATAGTTACTTTTATTACTTCCAAGCAATAGTTATTGTTTCAAGCCTTCACAGAAATATTTTAACTTGTGAAAGTATTGCTTCTGAGAGGAGGAAAAAAAAGAGAAAAGAAAGGAAAAAATTCTATGGACTATGCTTTGGAACCAAATGTTGGCCCCATTCAGAAGTGGGAGTATGTGTCTATTATTCTTGGATTATTTTCAGATGTTTAACCTCAAGGATTGATAGGGTCTGGAAAAAAAAGAGTTTTTGTCTTTAGTTTTCTTAATTTTCCTGGCAAAGAGGTGCAAGAGAAACAAAATCATATGTTCTTCTCCCATACTATTCATTTAAGTCTTGTTTTAAAAACTATTTTGAGTTTATCATAAAACTTCGAAAAACATTTGTCACTATTATTTTCTGAGTGTTTTTCTTCCATACAGGAACTTTGCATTGATGGCGACTAATTTGTGTGTTTTTCTTTTTTTTCTTTTTTTCTTTTTGCATGCTGTCCCCTGTGTTGGAACTCTCAATAGAGAGTAAGTTGGTTCAATATTTGTTGGAAACCTAACTTTACTGCATGACTGTGAAATTAACCCTTTTTCTCTATTTTCTCTCCCAAAGAGTTCATGCAGTGTTGGAACCTTTGCAATCCACGAAATGCTATTTGCAGTTATGCAAACTATCATTCTGTTTGGAGATATGCTTTTTAATCTACTAATTAATCTAATTTGATTATGTTCTTCTGTTCTATTTGATGACTGGCACACCTAAGATATAAGGGAGTTAAAGAAAAGTCTGCCTCAATTGTAATAGCTCGAATATTTTAATTCTTTTCCAACAAATTATATTTATGAGATATGTGGGATAATAAATTGATTCTATTGAAGATTGCTTCCATTGAATTATTTTAAAATGATTCTGAAGTTTCACAATTTTTAAAAAAACATTTAACCCCTGCCTTCCCACAAATGACATTTTATTAATGTCATTCCATAAAAGCAAACAGAGTAGATTATGGGATAGTAATTCTCATCTTTGTCTTCTGAAAGAACATGTGAATCACTAGTTTTATATTAGCATAGCCACTTTCCACTTTGTTCTTTAATCATAGATTAGGAAATGGGGGCATATTAACATCTGACAAGAACCCTTTGTGTTAGGGCAATCAAGTAAGATGTTTTATATATAACTTTCAATAAATTTTGGATATGGATAATGAATGAAGATAGATATGTATGCATGTATATGTAAGTACAGTTGACCCTTGAACAATGAGGAGGTTAGAGAGGGACACAGACGCCTGTGCAATAGAAAAATCTGTATATAATTTTTAACTCCCCAAAACATAACTACTAATAGCCTAGTGTTGACCAGAAACCTTACCAATAACATAGTCAATTAACATATATTTTATTTATTATATATATTATATACTGTATTTTTTTTTCTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTTTCACCCAGGCTGGAGTGCAATGGCTCAATCTCAGCTCACCACAATCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAGT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Seq C2 exon
GTATTCAGCATGTTTTTGGAGACTCTAGTGGATTTCATACAAGTCCACAAAGATGATCTTCAAGATTGGTTGTTTGTACTGCTGACACAACTACTAAAAAAAATGGGTGCTGATTTGCTTGGATCTGTTCAGGCAAAAGTTCAGAAAGCCCTTGATGTTACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000163539-CLASP2:NM_015097:26
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.000 A=NA C2=0.069
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF123483=CLASP_N=FE(9.3=100),PF116403=TAN=FE(28.0=100)
A:
NA
C2:
PF123483=CLASP_N=FE(23.8=100),PF116403=TAN=PD(18.7=25.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)