MmuINT1007231 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000033392 | Clasp2
Description
CLIP associating protein 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1923749]
Coordinates
chr9:113881688-113890121:+
Coord C1 exon
chr9:113881688-113881751
Coord A exon
chr9:113881752-113889957
Coord C2 exon
chr9:113889958-113890121
Length
8206 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
CTCTTGGTTATCAACTACAGGTG
3' ss Score
7.29
Exon sequences
Seq C1 exon
TCGAGTTGAACTGAAAAGATTATGTGAAATTTTCACAAGAATGTTTGCAGATCCTCATGGCAAG
Seq A exon
GTATGTTTTAATATTCAAAATTATTTATTTCTATGTGGTATCAAAAAGTATAGTAATAAAAAAACTATAAGCCGTTAATACTGGTATTTTCAAACATTTCAGTTGTTTTGCATCATGCATAGTTTTGAAATTGTTCTTTTTATCCATCCATTCAAGCTTCTTTAAAGGAAAATTGAGGGGTGCAGCTCTAATCCTAACTCTTAGGATTTAGACTAAGAAGGCTGTGCAGTCCAGATGGACGCTGAGTAGACTCTGAGTTTATACCACTGGGAACACACGTTTACAATGTTAGCTGTGGGCTTGTCAGCAGTGCACATGCCTTTAGTCCCAGCACCCCGGAGGTAGGGGCAGGTGGATCTCGGAGGATTTCCTGCCTCTGAGCATCTTCTTTCCTGCTAAGATAGAAGGAGCTCTCACCTTGAAACACTTGCTCACTACAGACATGTACATCCCATCTCTTGTGATATTGAACTCCGTAGACGTCTCAACCCCTACTGCTGTGACTCTTTAATACAGTTCCTGATGTTGTGGTGATCCCAGCTGTGAAGTTATTTCATTGCTATGTCATAAGTGTCATTTTGCTAATTATGAATCTTAATGTACTTAATATGTGTTTTCTGACGGTCTTAGACAACCCCTATGAAAGGATTATTTCCTCACCAAAGGGGTCTCAACCCACAGGTTGAGAAATGCTGCACTGTGCTATACGGTCTCATCTACTTGGCTTTTCAGGAGGTTCTTACATATTCCAGTTGGCTGTTTGACACGTTTTGTTTTATTCTGCTTTATTTTTAATCTGTTCTGTGTTTGGAGGTACTTTTTCTTTCATTTAAGAAACATGGGTGCGGGCTGGAGAGATGGTTCAGTGCCTAAGAGAACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCACCCACATGATGACTCACAGCCATCATGTAATGGGATCGGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAACTACAGTGTACATAAAATAATTAAATATATAAACATAAAATAATTAAATCTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAGAAACAAACAGAGGTGGCTAGGATAGGAAAAATAGCATTTTCTTCTGTTTGGAATCCCTCCTTTTCTTGTGCCCATTTCTTTTGGTCTGGTTCTCACACCCTATCTCTGCCTATTTTGCTGATACTGTTGTATAGAGAATTGTGCCCATTTCTTTTGGTCTGGTTCTCACACCCTATCTCTGCCTATTTTGCTAATACTGTTGTATAGAGAATTGTACCTAAATCCTCCTTCCACTTTATACTTTATTATTTGAAGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTGTGTCTGCATGTTACTATGTAAACTACTTGGTCTGGAATCTTTTATATAAACCAAGTTGCCCTTGAGCTCAGCACTCATCGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCTCAGGTATTGAGATTAAAGGCATGGGCCACTACATAATACCTAATGTAATTATATTGTAACTGTGAAAGTGTATTATTTAAAAATTATAGAGGAAATTTGCATAGTTATAGAGGCAAATGTTTGCAGATATTTCCAGCATGTGATTGTGTAAAGCACAGATGCAGAATTCTTAAGATGAAGGGGTTGGCTCTGTCTTTAGCCTTTCCCCTCTCCCTCCCGCGTGAGGCTACCACCATTTGACTGCTCAACTTAGGAATCTGCATTCCTGTAACAATACCACTCCTTTTAATTCTGCCTCTGAATGTCTCTCCATTCTCACTGCTATTCAAGGTACAATCATCTGTTGCCAATCGTGCACATACACGCATGCACACACCTTCTATACCTAAATTATCTGATATAACGTGCCTAACCATCTTAATTTTAAAACCTTTAAAAAATGTCCAACCAAATGTCCAATTTTGTCATTTGGTTTATATTCCCTGGAATACTCAGGTTCTCTAGAGGAACAGAACTGATAGAATGATTCTGTGTTAAAACGGGATTTGTTAGAGTGGTTTACCAGCTGTAATCCAGCTAGTCCATAAGTAGCTGTCTCTGGCAGGAAGGCCAAGAATGAGCTATTTGTTCAGTCCCTCAAGTCGGAGTTAGATGGCCATTCTGGATTGAAATGTTTTATCTATGATTCAGGTTTTTTTGTAAGGTCACAGGATAGATATTGTGTAAAGTCCCACAAAGGTGCGTGGGAGATACCATTTGTCATGGCATGGATGGCGAATTGCCCCATGTGGTTTGGTTTGTCTTGGTTTGTGTTGGATCCTGAAGAAGTGTGTTCATCTGCCAGTGAAGGATAGATGGACTTGCCAGAGAGAGAGAGAAAGGGCAAGCAGACAAAAAGTAAGTTTCTTTCTACCATGTCAATTTATATAGGTTGCCACCAGAAGGTGTGGCGTAGACTTAGGGCAGGTCCTCTGACCTCAAATGATCCAGTCAAGACAAGTCTCTCACAGGTATGCCCAGCTACTGAGGTTCCATGTATGGCCAAGGAGACAATCTAGATTAACCACACACCTCTTTACTATTGGCCAGAATCTTACTTTCTTCCCTAACTCTGCTGCACAGTTTTCTTTAAAGCTTGAAACGTACCATGTGGAATAGTTCTTGTTCTTTTCTGAGCCACATCCTTAGGGTTCTGTATAAATAATACATCTCCCTCAAGTCGGAGTTAGATGGCCATTCTGGATTGAAATGTTTTATCTATGATTCAGGTTTTTTTGTAAGGTCACAGGATAGATATTGTGTAAAGTCCCACAAAGGTGCGTGGGAGATACCATTTGTCATGGCATGGATGGCGAATTGCCCCATGTGGTTTTTAGATTTAGATCAATGTTTCAGTCTGTCTGTGAGCATTAGACACTAGGCAGCTGGCCTGAGGGGTGCAGGTTGTTGAAGCTTTTGTCTGACTTGAGTGAGACCACTTGTTGACTCCAGCAGAAACGGGATACTTCACCAACAGGGCAGCTAGGACCGTTCATTTCAGCGCCCAGGGCATTTCCCTTAATATGTTTAGACAAAGGTTTTGTGACCAGCCAAGATAGAGACGTCCCAGACAGGAAGGACTAGGAAAAACCTTTCCTTGGTTTAGCTGAAGTGGACGCAGGACTTTTCCTGAAGCTCAGATAGTTTAGTACAGTTTGCAACTGGAGATCACTTGATGTCTGTCTATAGTTTGATAAATTCACCTTGTTAATTTATGTATCACCTCACCCCACCACCCCGGCCCCGGCCCCAGCATCTATCATGGGTTGGTTCCAGGACAATCTGCCGATACTAAAATCTTGTTTAAAGGTGATTAAAGAAAAAAGTTATGCATGTGTTGAATAAAAAGGCAGTTTCTTCCCAGAAATGTTTTCAGTCCACGTTAGGTTGACTCCTCCAATAATGGAATCTGCAAATAGAGAGAGAACAGCGTGAGGACAAGTGCTCCGAGTGTGGCATACTTATGAATAGAATATAGACCATAAGACACCAAGTGTTATCACTTACAATACGTTAATAGCACATATGGATAGTGGCGTGTATTCTAAATAATTCTATATGTAGTACTTTTTAGTAATGTCTCCCTTAGTTTATACAACAGTTTATAATAGGATCCAAATTATATAAGATTTTGATGATGATTCAGTTAAAATATGTAGTTTTTAGATTAGATCTCTTCTATGGTTCTTACCACAGAAGTTCTAGAACATCAAATGTAAGAATTTCTTTAAAATAAATGTTTTTAGAGACTGCCTTTCCAACTCTGTTTTTGTGAGTGGAATGTTTACATGTGTGGTTTTCCTAGTATGTGTGTATGTCTGTGTACGTGTGTGTTTGTGTCTGTGTTTTGTGTGTGCTTATGTATAGGTGTTGATGTGTGTTTGTGTCTGTGTATGTAATGTGTGTATGTACTTGTGAATGTGTGTGTTTGCTTGTGTGCTTTTTTGTGTACAGGTGAATATGGCTTTGTTCATGCAGAGATGCCGGGAGAGGGTATCTGGTGTCCCCGTTTGTGTACACCTTATTTCTTTAAATAATCTTCCTAAATCTGTAGTTTGAATATTTCAGCTAGGCTGCTAGCCAATAAGGCCTGAAGATTCACCTGTCTTCCCCAGCCCCCGACAGCAGTGGAATTACAGTGTAAGCAAGACCACAGCTTGTTATATGAGTGCTGGGATCAGAGTTCAGGTTCTCATAGTGAGCTACTCTCTGACCCCCAAGTTTTCATTTTTACTGCTGTGAATCCATTTTATGCCTTCCAACACCCTAATATATGTGATACCATGTACTGAAACTTGCTTAACCATGTGGTTTCAGCATTTGATATTCATAAAGGAATTCTTTAAAAAAAAGTACATCTGCACTCAGCTGCACGTACTGGCAACTGTTTTTGAATTGGGCCTTTGAGCCTTGGATTGCTGTAGAAACCTCCCTGTCATTGCTGAACCAGGACCCAGTTGAGTATTACTAGGTCATTATCTCTGGTCTTCTGACAAGCATTGTAGCCAGATCAGGGAGCGAGCTGCTTAATAGTCTTAGAGCAGGAGATGGTAACACTCTTCCCTACGGAAGGTAAAGTGTGATGAGAATACTTGGTTTTACTTGCATACAGTACAGAACTTCACAGAAGTCATGCCGCTTTTGAAGGTGCAGCGAGAAGATGAGAAAATAGCTTTAGATACTATGGTTTCGAACCAAATTTTGACACTGTTGATGAATGGAAACAAGGTTCTCTTAACCTTTTTCTAAAAGTTAATCCACAGGATAGTGGATTGTGCCACAAAAAAGTATTTGTAATGGGTTGGGTGTGGAAGTCCAGGCCTTTAATTCTGGTACCTCTGAGGCTGAGGCAGACTGATCTCTGAGAGTTCGAGGACCACCTGGTCTACATGGTGAGTTCTAGGACAGCCAGGGCTACATAATGAGATTTTGTCAAAGAAACAAATAAATAAATAAGATAGATTTGTGGGCAACAAAAA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Seq C2 exon
GTGTTCAGCATGTTCTTGGAGACTCTAGTAGATTTCATACAAGTCCACAAAGATGATCTTCAAGATTGGTTGTTTGTTCTGCTGACACAGCTGCTGAAAAAAATGGGTGCTGATTTGCTTGGCTCTGTTCAGGCAAAAGTTCAGAAAGCCCTTGATATTACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000033392:ENSMUST00000111838:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.005 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF123483=CLASP_N=FE(9.3=100)
A:
NA
C2:
PF123483=CLASP_N=FE(23.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types