HsaINT1007758 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000163539 | CLASP2
Description
cytoplasmic linker associated protein 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17078]
Coordinates
chr3:33560808-33570790:-
Coord C1 exon
chr3:33570727-33570790
Coord A exon
chr3:33560972-33570726
Coord C2 exon
chr3:33560808-33560971
Length
9755 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
CTCCCCTTTATCAACTGTAGGTA
3' ss Score
10.03
Exon sequences
Seq C1 exon
TCGAGTTGAACTGAAAAGATTATGTGAAATTTTCACAAGAATGTTTGCTGACCCTCATGGCAAG
Seq A exon
GTATGTTTTAGTATTTAAGATTATTTATTTCTATAGGGTATCATTTGTATATTGTCAAAGCAGAAAAACTGTAGGCCATTTTTATTTTATTGTCCCAAAATGGCAGTAATATTTTCAAGCATAATTAAAATTGTTTGGTATCATACGTAATTTAGAAATTAATCTCTGGTAACTATTTGAGCTTCTCCAATGATAGATGGTCTAAGACTGAAATAAAGGGGATACAGTTACAACTCAAGTAATTTAGTCAAGTTGGTGTATTTTGTGTTACTAAGACTGTTTTAGTGTTTGTAAAAGACATAATTGGGGTAAGTTGAAAAGGTTTTTAACATTTTATTTTGTTTTCGTCTGTGATTAATTACAGCATTGATGTAAATATGTTTCAATTTTGAAATAATAATTTTGTAGAAAAGAATTGTCATTAACACAAAGGCACAAAATGTGGTTCCAGCCATAGTTTGGTAGTAATATAAGAGACATTTCTTACATTGAAGTAGTCCATAAAAATTTTCAGAACTTTGTTCATTTTTAATGTTGATTAAAATATATTTATTTAAGTACTTATATGTAATGTGCATGTGTACTGTGAAATTTTGGTTTACCTTGATGCATAGTACTGTTATAAAACTGTGGTCACATATTCTGTTTCCAGCAATATGTTTGATAATGGTGAAATCTTCCCTTAGGATACCAAATGTCTACAGGAGACTTTCTAACCTAAGTGAGCGGGAGATGTGGCAAGGAAATAAGAAAAATATTAATGAATTTCACTTTACTGTTTCTTTTTATTGTCTTCACTTTATTGTTGCACATCTCATTTCCTCCTCATTTTTTTCTATTTTTAGTATTTTCATTACTTACAACACTACTTAAAGATAATGAAATCCCACATTGTACATAAACTAAAATCCAGCTAAAGATTTAAATGCAGTGGGGGATATACTTAATTATTTAAATAAATTGCTTATACTTTAAAACAATATTTTCAAAGATTATTCTATCAGAAGTTATATTTATTTGAGGGTAAAATATCCCATTAAAAGACAAAGAAGAAAATACATTTGGTAAGCAGTTTACTAAAATCTTTTAAAGTTTGTAACTTATAATTGAACATGTAGATAACTATACCATTCTAGATAGATATTGCTATCACTGATTACAGCTGTTAGTCTTACTTTAATGTAAAAATTTCTATAAATCCTGAACAGATTAACTGTTGATATTTTTAGTTGGCAATATAAGCCAAAGGACAAGACAGTTATTTGGGTTAATTTGTTTTATTAAACATTTAAATTAACAGTCTGTTCAACTTTGAAATATATAGTTATTAAGCATCTTCAGTAATTCCTGCTACTGGAAGATATAAGACCAAAGCTAGATTATTTCTTGAAGTCACAGTTTTTGACTTTTTGTTAAGTCAGTAATGCAGTTTGGTTGGATGCCATGATGTATAGTGATAAAGACAAACTTTTTTAAAAAAGATCAAATAGGAAAGCTGAGTTTAACACTGGTATAGGAACTTAACTGAGCACAAATGTTTGGCCTCTCTTAATACAGGTGGAGAACCAGCTACTATTTTCCCTAGGATTGCATCAGATTTCTCTTCTTAGGGCTTTATAGCAACATAAAATTCTTATCTACCCATCTTGTTTGTTTGATTTTGGTTTTTGTTTTTTAGTCAGTTCTGTGAAGACAAATGTAATGGGAAGATTTTCTGATTTTTGTGTGGCCATTGATTGTCCATCAGAGACTCTGTCAATAATGTAATTCATTAAGGATACTAGACATGTCACCATCCTGTGCCGAGTTAAAAATGTTTGAGTTTTTGCATTGTATTCTGATATTTTTTAAATAGCTGCACCCCTCCCTTTTTAATGTATTTTTAGACCAACAGTTCCATCTTCAGAATCAAGCAACTTTTTTTGATATCTTCTTTCTGAATGCAATTTTGTTCTATATCAGACTCAGCAACTATTTTCTGTAAATAATGTGGCTTTGCAGACCATAAGGGTCTCTATCCCAGCTACTCAATTATGCCATTATAGCATGAAGGCACCCTTAACAGGCAATGAACAAACAAATGTGTGTGTTGGGTTGCAATAAAACTTTATTTATGAACATTAAAATGTGAGGGGGTGTGTGTGTGTGTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAAGATCTCTTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACTTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCATGCCTCAGCCTTCCAAGTAGCTGGGATTACAGTCATGTGCCACCACACTCTGCTCATTTTTCGTATTTTTAGTAGAGACGGGTTCTCACCATGTTGGCCAAGCTGGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAGTGATCTGTCCATTGTGTCCCCCCAAAGTGCTGTGATGACAAGCGTGAGCCACCATGCCTGACCATGTGGTTATATAATTTTCATGTATCACTAAATAGCCTTTTGATTGCTTTTAAAGTCATTTTTTAAAGTGTAAGAATTAGAAATAGCTTGCAGGCCATAGTTTGCTGACCCCTGTCATATATGATCAACTCTTTGTCGTTGACACTAAAATAGAAACATATGTTCAGGAACCTATACCCTTGGAAGATGAAATTATTTGATGTCTGTAATTTGATAAATGAACTTTTTTTCCTTCATATACCCATATAGAAATAAATAATTAACCACAATATCTGTAAGACAATAATTTAGACCATAAATCAGCAAATGTATAATTTAAAGCCTTTTAGTATTTTTTATAAGTGAAGCAGTACAACACATATTGTACTGCAAAATGGTAGGCTTTGTTTGGACATTATCTTGAGGGCAGTGAGCAGTCACTGAGTAGACAAGACGTACCTTTTGGAAGGATTACTTAAGCAGTGTGAGGGAAAATTTAAAATAACAGGTATGGATAGTGGAGCTAGATTGCTTGGGTTCAAATTCTACCTCCAATTTATTAGCAGTATGTACTTTAATTATTAATTATTAATCTGTAAAACAGTTAATAGTAATATCCACCTCATGTAAACCCTTAGAACATACCAAGTACCATATATACGTTTTTTAAAAATCAAATTTTTTAAATTAAGGAGTTTGCAGCAGATTTTTATTTTGACTGCTCTGGACCCATTTTTTGCCCCTCAAATGCAAGCAGTATCAGTTGCCAAAAGCCATCCCATATATTTCTGGCACTTGACTCTGGAAAGAACTGCCTTCACTGTGGTGCATGCTTTGAATTGGCATTTTATGGTATTTGTAACACTACCTCTTGAACCATACTCTTGAGTCTTGGACAACTACGGTAGAAATTCAATCTGTGGCTACTAAAATGAGGCACAGTTGAATCTCCTGACGAGCATTCTAGGCAGCTCAGCTGCCTGCAGTCTTTAGATCAGGAGACCATAACACACATCTTACCTAGGGAAAATAAAAAGTAGTAGTATAGTTACTTTTATTACTTCCAAGCAATAGTTATTGTTTCAAGCCTTCACAGAAATATTTTAACTTGTGAAAGTATTGCTTCTGAGAGGAGGAAAAAAAAGAGAAAAGAAAGGAAAAAATTCTATGGACTATGCTTTGGAACCAAATGTTGGCCCCATTCAGAAGTGGGAGTATGTGTCTATTATTCTTGGATTATTTTCAGATGTTTAACCTCAAGGATTGATAGGGTCTGGAAAAAAAAGAGTTTTTGTCTTTAGTTTTCTTAATTTTCCTGGCAAAGAGGTGCAAGAGAAACAAAATCATATGTTCTTCTCCCATACTATTCATTTAAGTCTTGTTTTAAAAACTATTTTGAGTTTATCATAAAACTTCGAAAAACATTTGTCACTATTATTTTCTGAGTGTTTTTCTTCCATACAGGAACTTTGCATTGATGGCGACTAATTTGTGTGTTTTTCTTTTTTTTCTTTTTTTCTTTTTGCATGCTGTCCCCTGTGTTGGAACTCTCAATAGAGAGTAAGTTGGTTCAATATTTGTTGGAAACCTAACTTTACTGCATGACTGTGAAATTAACCCTTTTTCTCTATTTTCTCTCCCAAAGAGTTCATGCAGTGTTGGAACCTTTGCAATCCACGAAATGCTATTTGCAGTTATGCAAACTATCATTCTGTTTGGAGATATGCTTTTTAATCTACTAATTAATCTAATTTGATTATGTTCTTCTGTTCTATTTGATGACTGGCACACCTAAGATATAAGGGAGTTAAAGAAAAGTCTGCCTCAATTGTAATAGCTCGAATATTTTAATTCTTTTCCAACAAATTATATTTATGAGATATGTGGGATAATAAATTGATTCTATTGAAGATTGCTTCCATTGAATTATTTTAAAATGATTCTGAAGTTTCACAATTTTTAAAAAAACATTTAACCCCTGCCTTCCCACAAATGACATTTTATTAATGTCATTCCATAAAAGCAAACAGAGTAGATTATGGGATAGTAATTCTCATCTTTGTCTTCTGAAAGAACATGTGAATCACTAGTTTTATATTAGCATAGCCACTTTCCACTTTGTTCTTTAATCATAGATTAGGAAATGGGGGCATATTAACATCTGACAAGAACCCTTTGTGTTAGGGCAATCAAGTAAGATGTTTTATATATAACTTTCAATAAATTTTGGATATGGATAATGAATGAAGATAGATATGTATGCATGTATATGTAAGTACAGTTGACCCTTGAACAATGAGGAGGTTAGAGAGGGACACAGACGCCTGTGCAATAGAAAAATCTGTATATAATTTTTAACTCCCCAAAACATAACTACTAATAGCCTAGTGTTGACCAGAAACCTTACCAATAACATAGTCAATTAACATATATTTTATTTATTATATATATTATATACTGTATTTTTTTTTCTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTTTCACCCAGGCTGGAGTGCAATGGCTCAATCTCAGCTCACCACAATCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAGTTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCCAGCTAAATTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCAATGTTAGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCCGACCTCAGGTGATCCACACACCTCGGCCTCCCAAAATTCTGGGTTACAGGCATGAGCCACCACGCCCAGCCTATATACTGTATTATTATAATAAAGTAAACTAGAGAAAATAAAATGTTATTAGCCAGGTGTGATGGCTCATGTCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGCAGATCGCCTCAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCAGGCCAACATGGTGAAACCCTATCTCTACTAAAAGTACAAAAAAATTAGCCGAGTGTGGTGGCGCTGGCCTGTAATCCTACCTACACAGAAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTTCAGTGAGCCGAGATCGCACCAGTGCACTCCACCCTGGGTGATAGGTGAGACTCCGTCTCAGAAAGAAAATAAAATGTTATTAAAATTATAAGGAAGAGAAAATATATTTACTTACTAATTGTTAGGTGGAATGGATCACCATAAAGATCTTTATTATTGTCATCTTCACCTTGAGTAGGCTAAGGAGGAAGAGGAGGGGTTGGTGTTGCTATCTCAGGGGTGGCAGAGGTGGAAGAAAATCCACGTGTAAGTGGACCCACACAGTTTAAAAGCATGTAGTTCAAGGGTCAGCTGTGTGTGTGTGTGCATATGATCATTTACTAAGTACCATTGATAGGATATAAGCATTTTTGAAAAATAATAGTACAGGCCAGGCACATGGCTCACGTCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGAATGAGGTGAGAGGATTGCTTAAGGCCAGGAGTTCAAGACTAACCTGGACAACAAAGGTAGACCCCATCTCTACAAAACTAAAAAAATTAACTGGACATGATGGTGCATGCCTGTAGCCCTACCTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAAGATTGCTTAAGCCCAGAAGTTTGAGGCTGCAGTGTACCATGATCGTGCCACTGTACTGCAGACTGGGTGACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAAAGTGATAACAAAATTTTTAAAATAGTACAATTTCTTATGTAGAGTACAGCAAATAACATGTCCACATTTTTATTTAGCTACTCACATTTTATATAATCAAAACAAATTTCTACTTAGGAAACTCAGAGAAGTCTTCTTGAAGAAAATGGCATCTCAGATCTTAATAGAACATAAGCTTTGGATATGTCAGAGTGAGAATAAAGGGCTTATTCGAAGTAGCTAGCCTGAGTCCAGAAAAAGAAGTGGGAGATGCTAGAAAGTTTATAGGAAATAAAAAGAAGTTAATCTTGGCTAGACTAAAGGGAAGGTCTTCCCTTGCATTGAAGAAAAAGGGTTGGCTACCAATTAGAGGGTAAATTTCACTTGATTTCATTGATAAACTTTTTATTGGGTTCTCAGCCTCTGATAACCTTAAGCCTGGTTCTAGTTCTAATTGGTGACACACAAGACTGTATAAAAATATAGTCTTTATTTTCAAATGGTATGTGTTAGAGATGGGAAAATAACATAAATACAGAAAAAGCTAAATAGCACCATAAATAGTTTGCCCCTCTGTGAGTTCTAAGTCAGGAAGATCAGTGGCCCTGACTTGCAATCCAAGAAGTTTCTTGACTAGGACTTGAATAGTAAATTCTATAGAGAGTCACATACTGTGTGTAAATGAATGGAGTGGGGATGTGTTAGGAAATCAGGGTGGATATATGAGGTGTGTTCAAGGATAAAGAGTTTATGTTTCCAGATAGCCCAAGATCAGTTTGGAGTTAGAAACTTGTCCAGGTATTTTAGACATTATCTTACAGACAGTGAAGGAACAGTAAAGGATTTTGTTTCCATCCAAAGAGTCATATCACAATCTGATGGTAACAAAGAGACATGAGTTGACAAACTACAGCCTGCAGGCCACATCTTCCCTGCTGCCTGTTTTTGTGAATAAAGTTATATTGACACACGGCCATGCTTATTTGTTTATGTGGTGTCAGTGGCTGTGCTAAATGGCAAAGTTGAGTAGTTGTGATAGAGACCATATGGCTTGCAAAGCCCTAGGATATTTACTATCTGGCCTGTTACAAAAATGGTTTACTGAACCCTGGTATACAGGAAATATAAAACTAAAGTCAGGCTACTACAGAAATCCAGACCTGAGGTCAGAAATGCTTGGTGCCTTTAGTGATGGTGTGGTAAACAGATTTGGAGAAGGCCAGGAAAAAGGCCTCATGGGATAGATCAGAGAGACTGTGTCAAGTAGGTCACACTTATGATGAAAAGAGAATCAGGATGAAGACATGCAAAAGGAGAATTCCTGGCAACCAGAAAGAAGGGAAGTAAGAGGAAAGCAGTGTCAAGTTACAGAACGGCCAAACATACTAAACTTAATGAAGAAGCTATTATACATCATGATTAGAAAGTAATTGGTGGGAGCAATAGGATGGAAGCAGAGAGATAATTTCTTGAGATGACTTCTGCATCTGTAAGCAAAGGATTTCGGTAGAGAATAAAAAGAGTAAAGATAGTAGAGGAGACCATGTTTTAGAGAGCAGGAATATAAAGTAGAAAGATTAGCCATAAAATGAAGAAAATCACTTCTTTCTTGGATAAATTAGAAGGATAGGTATAGAGGAAATCAAATTGAGGGAAGAGTCAATGGAGAATTTCATGTTGAATGACAATAATGAAGATAAGTTAGGTCATCTGGTAATAGAGTGGATAGAGCACAACTGAAAACCAAGTGACCTAGCTTTAAGTCCTGGCCTAGCTATTAACCATCTGTGAAACATTGGGCAGGTCATGTAATTCTCTGCTTCCCTGTTTCCTCATCCATAAAATAGGAGGTTGACCTAGGCATTCTAATGTCTGTGATTTTCAGAATGGATTTTCATATAGGAAAGCTAGAGGTTGTAATCTTCAGGAGCATAGACAAGTGTTGAAACAAGGGTGAAAGTGAACCAAAGAATAGGACAATGGTGTCCTAGTAAATGAGCTTTGGGGGAGAGGCAGGAAGCTCTGATATGTAGTGTTTGCCCATTTCTGAGATGTAAATACTCCTATCCCGTGGTAGATTTCAAGCTACCAACCACTTCACAAGATTCCTGAATATTTAACAATTGACTCTCTAGACAGGTGCAAACTGATGCCAGCACATGACTGAACAGATTTGCTAGGTAACAGTAAGAATGAGTACCAGATTAGTTACATGCATTTGTCATAGACTATGTCTAGTGAAGCTCCTTGACAATATTCCTGGCCCTCAGGAGAAGGCCAGAGACAGTTTAATGAAGCAGTTGGCCAAGTTTGGAATCTAAGAGAATCCAAGTTCTTGGGGGATTATGGGGGTAGTGGTGGAATGAGAGTTAAAGGAATCCACACTGTGAGTAGGAACAGTGTTGAAGCACACACTGTCTGGGGACCAGAGAATACTCAAAAATTTAATTATAGTTTCTGCTGTTACAGGTATACAGCGTCTTAAGCAAATAGCTAAAGTATATTTTTATTTTTAACTCAGTTTAAATGTTGAAGCTTAATTATAATTCTGATAAAGAAAATCCTTCATTTCTAAAGAAAAAAAAGAGTTCATCTATAACTGTATGAAGGGAATTCAAGAAATAAAATATGCATTGAGAGCAAAACTCTTAGTTCTCAAATTATCATATTTACTTTTTGAGATTAACTTGAAAAGTTAATAATTTTAAGTTTTTTTAACCCATAGTTTTTAATCTGTGATCAAAATGTTTATTATGATTTGTCCAGTAATACATTATGGCTGACAGTTTTTTCTTCTTTATCTAGAAACTAATTTTCCATTATGGTGTTGACTATCTTATAAAGAGATACAGCCTTGATAAAGGTCACTTTTCATAAGTATTTTAATGAGCTACATCACTTATAAACATTAGCTTCCCTTCACTATAATAATTTTTTTCTACCTTATAAAAATGTTAAAACAAATAGATTAATATTGGAAGTAAGTAAAAAACCCATAAATGGGTATGGAGACTAATAGTATGCCATCTAGGACTTTTTAAAAATCACTGAAATTTAAATGTAGACATTCATCTTGGATTTATTTTAGATGCAGTTACAGTTAAATCATTTAAAATTACCATTGAGGCAGTTTTAATAAATAATACATCCCATACCAAATTATTTGTGACAATTGTCATTTTGAGAAATCTGAGGATTCTCTAATTAGTCTATTATGCCAGATAAATTTTATACTTTAAGGTCATTGTAGTCATCTTCTCATTTACTCAGTGCCACTCTTCAGAAAAGCTGAGAGTTACTGAAACTATAGTTTTTTTCCCCTACATTTTACACAAAACAGATTTCACTTTACCCAGTTTAAGCTGTGGCATCATTGATAACATTAGGTGTGCCAGCCATTATGGCCAAACTTTCTTTACCAAGTGATGCTGCATGGAGTAGCTAATTGTCGAACTTCTGCAGAAGTTGGATAACAGTTCAAAGGTACTCTTGTATCACAGAGTCCAATGAAAAGCAAGAGAGATTGTTTTTCCGCTTGGCTGCCAATCGCTGTGCCTCTGATTCCTGTGTTCCTTTCTGTATTCGCTTTGAATTGAACATAGAGGTCAATATTTCCTCTTTTTTTCTCCCTACCTCTCCCCTTTATCAACTGTAG
Seq C2 exon
GTATTCAGCATGTTTTTGGAGACTCTAGTGGATTTCATACAAGTCCACAAAGATGATCTTCAAGATTGGTTGTTTGTACTGCTGACACAACTACTAAAAAAAATGGGTGCTGATTTGCTTGGATCTGTTCAGGCAAAAGTTCAGAAAGCCCTTGATGTTACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000163539:ENST00000468888:27
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.000 A=NA C2=0.034
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains