GgaINT1009546 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011995 | CLASP2
Description
cytoplasmic linker associated protein 2 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001170856]
Coordinates
chr2:45277813-45283043:-
Coord C1 exon
chr2:45282980-45283043
Coord A exon
chr2:45277977-45282979
Coord C2 exon
chr2:45277813-45277976
Length
5003 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
CTTCTTCTTATACCTTTTAGGTG
3' ss Score
10.28
Exon sequences
Seq C1 exon
TCGTGTTGAGTTGAAAAGGCTGTGTGAAATCTTCACAAGAATGTTTGCTGATCCTCACAGTAAG
Seq A exon
GTATGTTTAGGTTTCCTTACCTGCAGTAAAAGTTTGAAAACATATGTTCATAGAAGGCCAACTTCAGTAAAATGTTGGCAGTAGTTGCACGTGTAAATTTCACAAAATACGTTCTATGCACAATTAATGGTCTTAGGTCTGAATCCCTTGGATTTGCAGTTTTGAATGAGGTAATTCTGCACCTTTTGTTGCAAGATATTTGAAAAATAGTGAAGGTTTATTTCAGTTAAGATACATTCGTTTAACAGTTGGTGCTCGAAGTTGGCAAAAATCTTTAGAAAGTCGTGGTATTTACAAAGGTCATTTCAGCATAACCTTGTGGTTTCCTCTCAACTACAAACAAAACACCCTGCTGCAATAATTTAAATCATAATGAAAGGTATGTAATCTTCACTATACCAAATATATGCTTACTTATTTTCCAGGGTATGTGTTCTGCATTTTTATTGCTACTGATATCTTCCTCTAGTTTCACAGATAAGACTGAATAATTTTGTGTCATTGATAATAATTAAGATGCCAAGTATGTTGACGTATAAAAGAAAATGTGATTATTTATTAATTTCTATAATAATTTATTATTTTATAATTTATTAATTTTTACAGTAATAAAGACTGTGAGTGGATGATGTAACTAAGAATAAGTCATCTGTTTTATCAGAACATTTTAAGTCTTTAAAACTGAATTACTACTCTTGATGTTATTTTTTTTAACAGTTATTGTGAGAGATGGGGTAGTACTGCAGCTTATATATGTGTATATAATCTACTGTAATAATTTCCATTAGCTAAAGGATTGCACATGAATATGAACCTGAACAAAGTTGAAAAAAAATTAACCTATAGAAAACCTGTAACTTCATGTTTGGTTTACGGTTACAGGCTTGCTTGGAAGAAACTCTGTTTTTTTTATGTTGAATGTAACATGTGCCACTTCATATTTCAGAACTGATAAAGTGATAACCCAGAAAAACTCACAGTGGAGTAGTTAATGCAGAGCTATTGGCTTTTCAGAGTTCTGTTGAGAAGAAACTTTGATTATGCAGCACTTTTAACATTTTTAAGTCTTTATGATTGTTCTGATGAAAAAGTAAATTAGATACAAAATCTTGACAGGCAAGCAGTTATTTTTCTGGCAGGCAAAATAAAGGCAGGTGAATGCTCTCTGTATTTTTGAAAGAAAATTGATTTGCACACATGAGCCTAGTATGAACCTATGAACCTTGCTTACATACTGCACTAATCCAGAAGAAACAACAAAAACCAAGTTGAAGAGAAACAAAACGTTCAACTAAAAAGAAGAGTAAAGAGAAAAGTAAATACTGAATTATGATTGGTTTCTAAATGAAGTATGATAAAATTGTGAATAGCAGCTTGGCTTAATTTTGGTGGTTTGTTCCTGTGTTAATTCATACATCAGCTCTGCATCTATTGGAGCTATCCTGGAGATTTTTGTTGAGGTTAGGGGAAAGGAGGAGGAGAATGAAGGCACTCCAAAAAAGTGTGTGTCAGAAGAGCATTTTAAATTTTCACTGGGCCTTTATGAATTACTGCAGTCCAGTTGATTTTTTTTTGGTTGTTGTTTATCGGGCATTCTGACATGGAATAATGTAACTTTTGAGTTCAGAAATTTGATGGATATGGTAGCATAGGTATTAGCACCTGTTCCAGTCACTGAAAGCTTGCCTGCATTTTGATATTGCAAAACTAATTATAATTTGTGAATGTACTACTGGGGGGTCAGCTCAAGTGTTGGAGTTCTTGAGCTGTGGATTTTTTTTTATCACGTATATATGGCTGCACAGATCTAATCTTAGAATCTTGTCTTCAAATGCCTGTAGGAATTATTCTGTCATCGCTTCTGTGTTGTCTTTTTTTCCATTTAAGGGTTTCTTTTTACATGGTATCTGGATGTAGGGAATTGCTTGGGAGGACAGTAATGTGATATGGAGGGGACAACGGGTGAATGATTTGAAGGATGTGCCAGTGCTTACTTCTAAAATAGTTTAGATATCCCAATAAAATCCTTAAATTTGTCATAAAAGCTTTGAAATACCTTTTTTGTTTTGTTTCATTTTATATTCCATACAGGAACTTTGTATTGGTGGCCACTAATTTATATGTTTTTATCTTTTTCCCTTTTTTGTTTTTGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGCATGCTGTCTCCTGTGTTGGAACTCTCTTTAGAGAGTAAGTTGGTTCAGTATTTGTTGGAAGCCTAACCTTATTTGCATGAATGTGCAATTAACCCTTTTTCTCTATTTTTCCTCCCCAACAAGTTCATGCAGTGTCAAGGCTTTTGCAATCATAAAATGCTGTATACAATTATGTAAACTGTGTGGCAAAGTTTTGAGATGTGCTTTATTTACTAATTAACTGACATTGTTTGGTTATGCATTCCTGCTTTGTATTGTGGTGGTTGGCACATCTGAAATAATTCACTTTAAAGGTAGATCAGTTACAATTATTTTCATATCTGTTTATTTTTCCACTATCAAATTATTAAGAACTTCAGCTTTAGGCGCTTGATAGAAGTTTGAAGTTGCATCTTAAAAATGGAGACTGCAGGAGTTGTAGTACCGACATACGTTGTTCAGAACGAAGGTGGCTGAGTTCCATTTTCCATTCCAAATTCATCCTTTACCTTAAATTCTCTTCCAGCTTTTTTTTTTTAAACCCTCATGCTTTGACTGAGACAAAAAGCCATGATATTTTTATATTTTTAATACCAGAAAATGATTAAACTTACACAACTTTTCTGCTGGCAGTCATGGGGTAGAGCTAAAATCAAAGCTTGAAAAGAAAACTGAGTCATCAGTTGTGAATGTTTATTTTTAACATCTAAAAAGTTGTCATGAAATTTTTAAAGTACTTTTGCCATAGTGATTCATAATTCACTTCATAATGATTTCACTTTAACCCGCTTTACTTGTTGAAAGTGTCATACGGGGTCTACATTATTCCATCAAGTAGTTTGTTGTAACCAGTTTGTTCAGCTTGCACATTTTAATGAAGTATTGTGTGTAGTGGTAAATGGAAACTTTAAGAAGCAGGTACAGTTTCTGAGTTCTGCTGTGCTAAATAATTTAATTTGAAAGATTTTAAATACAGTTGTAAGACTTCCACTGTAATCTTTAGAGTACCTTATTTTCTACCTCTTATTTTAGGAGGCTGTAAAATCCAAAGACAGTAACGTTAGAATACAGAAAGTACCATTTGGCTTGGTTTTGCTTAGCTTTTAAAACTGTGTCCATGATTAACCCTTCGTGTGTAGTGGTATATGGTTTCTGTTCAGGCAAAGAGAGAAGGCATTTACAATCACAAGTGTGAAAATTACTTCCCGCTTCTGGGAGGGCAATTCTTAAATGTCAGACTTGCATAAAAATTTAAGTGGATAGCAGTGGAGTTAGCAATATTTTTTTCTCATTTTCAACTTAATTTACCCCAAAAGGAAAGTTGTACTGTTTCATCCTGATTGGCTTTGCATTAAGTAGAGTTTGTATTATTTTGTTTCCAATGAAGATTTTTTGGTGTTCAGGGCATCTCTTCTTAGATTCTCCGGTCTTTATGTGGTCCTGAAATAATCTGATTACTTTTTACTTTCAATGTAAATGTTGAGACATTTTTTAACGTAACTCTATTGATTTATTGTATTGGTTTTCATTATATGAATTGACTTACCCTGGCTTGATGTATCATCATGAAAAGCTAGGAGATCTCTTCTCCTCAGTAGTGATCTGACCCCTCCATTCTTGGTCACTGTTGTGGATGTAAGCCCATTTCTGTGGTGTGGCGTCTACAGCCATGTGAGGTATCATTACTGCTTGGGTTCATCCACTCCTACAGCAGCAGAATTTGGCATCATCACAAGGCAGATAAGCTGCAGGAGGAGGTGGAGGAGGATGTGGTGTTACAGCCCATCCTCTGCAGCAGGTATTTCCAGCCTTGTACCCATGTCAGGTACATACTCAGAAGGCAGTGTGTGTCCAGAGCTCTTTGTATCATGACAACAACTTTGCAGCTGTACCCAGCTATTTGCTGGAGCAGGAGTGCAAGTCAGATGTGAAGGCAGCATTTTCAGCTCAAATACCCATTTTTGTTATCAGAGAAATGAGAAACCCATCAAGTACACTGAATTTATAGCACACACTCCTTAATATCATTGTGAGCTTAGGAAAAACATAAAATCGGTGAGAGATACTAAAAAGACTGTTCAGATGAAGTTGTGTATTTCTGATGTTCTTCTTCCTGATCTCCGTGGTAAAGTTATTATAAATACACTAATATGCATCACTTTCTAAAAACTGAATACTGTATTTTCAGCATTATTTGTTTAAAAGAACACAATGGATAATATGTTTTGGAATGCTAAAGTACTTAACAGCTGTCAATCCGAAACGTATTGTGGCTTTTTTTCCTGCTCTGGGGAACGATTCTGTGTTTAGATATCTGCAATAGCAGAAGAACCTTGTTCTGTTCCAGAAACGTTTTATGTAAAGAGTTGGCCAGCTTTCATGATCTTGCAGAACTTAGTAGTGGAGATATTTACAGTGAAGATTCTACTAAAGCACTGTAGATGGTTTTTTTGCTTTAGAGAGAGAATGTTTTTGTAGTCATAGAGGATATGACAAAGCTTAATGATAGAGCTTGAAATGGGAAGAAAAAAAAAAGTTTTACTTGAAAAAAATGAGATTGCGCCAGCCATCACAGTAAGCATTTCTTTTCTTGACAATACTGCATGGAATACCTAGTTTTCAAACTTCTGCAGAAGTCAGCTAATGCTTCCACTGTACTCTTGTATCAAAATCCAGTGAAAAAGCAAGACAGGTTCTTTTTATTTTTTTCCTGCTTGGCTGCAAAACACTGCCTATTTCTGCCTCTGATTCCCTTACTGCTGCTTCTTTGTTTGTAAGTTCAGCATATGTCAGTGTCATTTCCTCTTTTTCCCCATCCTACCCTCTTTCCTTCTTCTTATACCTTTTAG
Seq C2 exon
GTGTTCAGTATGTTTTTGGAGACACTGGTGGACTTCATCCAGGTCCATAAAGAAGATCTGCAGGACTGGCTGTTTGTACTGCTGACCCAGCTATTGAAGAAAATGGGTGCTGATTTGCTTGGGTCTGTACAAGCAAAAGTTCAGAAGGCACTTGATGTCACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011995:ENSGALT00000019569:26
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.000 A=NA C2=0.003
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF123483=CLASP_N=FE(9.3=100)
A:
NA
C2:
PF123483=CLASP_N=FE(23.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]