MmuINT0036764 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000033392 | Clasp2
Description
CLIP associating protein 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1923749]
Coordinates
chr9:113790806-113799239:+
Coord C1 exon
chr9:113790806-113790869
Coord A exon
chr9:113790870-113799073
Coord C2 exon
chr9:113799074-113799239
Length
8204 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
TTCTCTTGGTTATCAACTACAGG
3' ss Score
-4.76
Exon sequences
Seq C1 exon
TCGAGTTGAACTGAAAAGATTATGTGAAATTTTCACAAGAATGTTTGCAGATCCTCATGGCAAG
Seq A exon
GTATGTTTTAATATTCAAAATTATTTATTTCTATGTGGTATCAAAAAGTATAGTAATAAAAAAACTATAAGCCGTTAATACTGGTATTTTCAAACATTTCAGTTGTTTTGCATCATGCATAGTTTTGAAATTGTTCTTTTTATCCATCCATTCAAGCTTCTTTAAAGGAAAATTGAGGGGTGCAGCTCTAATCCTAACTCTTAGGATTTAGACTAAGAAGGCTGTGCAGTCCAGATGGACGCTGAGTAGACTCTGAGTTTATACCACTGGGAACACACGTTTACAATGTTAGCTGTGGGCTTGTCAGCAGTGCACATGCCTTTAGTCCCAGCACCCCGGAGGTAGGGGCAGGTGGATCTCGGAGGATTTCCTGCCTCTGAGCATCTTCTTTCCTGCTAAGATAGAAGGAGCTCTCACCTTGAAACACTTGCTCACTACAGACATGTACATCCCATCTCTTGTGATATTGAACTCCGTAGACGTCTCAACCCCTACTGCTGTGACTCTTTAATACAGTTCCTGATGTTGTGGTGATCCCAGCTGTGAAGTTATTTCATTGCTATGTCATAAGTGTCATTTTGCTAATTATGAATCTTAATGTACTTAATATGTGTTTTCTGACGGTCTTAGACAACCCCTATGAAAGGATTATTTCCTCACCAAAGGGGTCTCAACCCACAGGTTGAGAAATGCTGCACTGTGCTATACGGTCTCATCTACTTGGCTTTTCAGGAGGTTCTTACATATTCCAGTTGGCTGTTTGACACGTTTTGTTTTATTCTGCTTTATTTTTAATCTGTTCTGTGTTTGGAGGTACTTTTTCTTTCATTTAAGAAACATGGGTGCGGGCTGGAGAGATGGTTCAGTGCCTAAGAGAACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCACCCACATGATGACTCACAGCCATCATGTAATGGGATCGGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAACTACAGTGTACATAAAATAATTAAATATATAAACATAAAATAATTAAATCTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAGAAACAAACAGAGGTGGCTAGGATAGGAAAAATAGCATTTTCTTCTGTTTGGAATCCCTCCTTTTCTTGTGCCCATTTCTTTTGGTCTGGTTCTCACACCCTATCTCTGCCTATTTTGCTGATACTGTTGTATAGAGAATTGTGCCCATTTCTTTTGGTCTGGTTCTCACACCCTATCTCTGCCTATTTTGCTAATACTGTTGTATAGAGAATTGTACCTAAATCCTCCTTCCACTTTATACTTTATTATTTGAAGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTGTGTCTGCATGTTACTATGTAAACTACTTGGTCTGGAATCTTTTATATAAACCAAGTTGCCCTTGAGCTCAGCACTCATCGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCTCAGGTATTGAGATTAAAGGCATGGGCCACTACATAATACCTAATGTAATTATATTGTAACTGTGAAAGTGTATTATTTAAAAATTATAGAGGAAATTTGCATAGTTATAGAGGCAAATGTTTGCAGATATTTCCAGCATGTGATTGTGTAAAGCACAGATGCAGAATTCTTAAGATGAAGGGGTTGGCTCTGTCTTTAGCCTTTCCCCTCTCCCTCCCGCGTGAGGCTACCACCATTTGACTGCTCAACTTAGGAATCTGCATTCCTGTAACAATACCACTCCTTTTAATTCTGCCTCTGAATGTCTCTCCATTCTCACTGCTATTCAAGGTACAATCATCTGTTGCCAATCGTGCACATACACGCATGCACACACCTTCTATACCTAAATTATCTGATATAACGTGCCTAACCATCTTAATTTTAAAACCTTTAAAAAATGTCCAACCAAATGTCCAATTTTGTCATTTGGTTTATATTCCCTGGAATACTCAGGTTCTCTAGAGGAACAGAACTGATAGAATGATTCTGTGTTAAAACGGGATTTGTTAGAGTGGTTTACCAGCTGTAATCCAGCTAGTCCATAAGTAGCTGTCTCTGGCAGGAAGGCCAAGAATGAGCTATTTGTTCAGTCCCTCAAGTCGGAGTTAGATGGCCATTCTGGATTGAAATGTTTTATCTATGATTCAGGTTTTTTTGTAAGGTCACAGGATAGATATTGTGTAAAGTCCCACAAAGGTGCGTGGGAGATACCATTTGTCATGGCATGGATGGCGAATTGCCCCATGTGGTTTGGTTTGTCTTGGTTTGTGTTGGATCCTGAAGAAGTGTGTTCATCTGCCAGTGAAGGATAGATGGACTTGCCAGAGAGAGAGAGAAAGGGCAAGCAGACAAAAAGTAAGTTTCTTTCTACCATGTCAATTTATATAGGTTGCCACCAGAAGGTGTGGCGTAGACTTAGGGCAGGTCCTCTGACCTCAAATGATCCAGTCAAGACAAGTCTCTCACAGGTATGCCCAGCTACTGAGGTTCCATGTATGGCCAAGGAGACAATCTAGATTAACCACACACCTCTTTACTATTGGCCAGAATCTTACTTTCTTCCCTAACTCTGCTGCACAGTTTTCTTTAAAGCTTGAAACGTACCATGTGGAATAGTTCTTGTTCTTTTCTGAGCCACATCCTTAGGGTTCTGTATAAATAATACATCTCCCTCAAGTCGGAGTTAGATGGCCATTCTGGATTGAAATGTTTTATCTATGATTCAGGTTTTTTTGTAAGGTCACAGGATAGATATTGTGTAAAGTCCCACAAAGGTGCGTGGGAGATACCATTTGTCATGGCATGGATGGCGAATTGCCCCATGTGGTTTTTAGATTTAGATCAATGTTTCAGTCTGTCTGTGAGCATTAGACACTAGGCAGCTGGCCTGAGGGGTGCAGGTTGTTGAAGCTTTTGTCTGACTTGAGTGAGACCACTTGTTGACTCCAGCAGAAACGGGATACTTCACCAACAGGGCAGCTAGGACCGTTCATTTCAGCGCCCAGGGCATTTCCCTTAATATGTTTAGACAAAGGTTTTGTGACCAGCCAAGATAGAGACGTCCCAGACAGGAAGGACTAGGAAAAACCTTTCCTTGGTTTAGCTGAAGTGGACGCAGGACTTTTCCTGAAGCTCAGATAGTTTAGTACAGTTTGCAACTGGAGATCACTTGATGTCTGTCTATAGTTTGATAAATTCACCTTGTTAATTTATGTATCACCTCACCCCACCACCCCGGCCCCGGCCCCAGCATCTATCATGGGTTGGTTCCAGGACAATCTGCCGATACTAAAATCTTGTTTAAAGGTGATTAAAGAAAAAAGTTATGCATGTGTTGAATAAAAAGGCAGTTTCTTCCCAGAAATGTTTTCAGTCCACGTTAGGTTGACTCCTCCAATAATGGAATCTGCAAATAGAGAGAGAACAGCGTGAGGACAAGTGCTCCGAGTGTGGCATACTTATGAATAGAATATAGACCATAAGACACCAAGTGTTATCACTTACAATACGTTAATAGCACATATGGATAGTGGCGTGTATTCTAAATAATTCTATATGTAGTACTTTTTAGTAATGTCTCCCTTAGTTTATACAACAGTTTATAATAGGATCCAAATTATATAAGATTTTGATGATGATTCAGTTAAAATATGTAGTTTTTAGATTAGATCTCTTCTATGGTTCTTACCACAGAAGTTCTAGAACATCAAATGTAAGAATTTCTTTAAAATAAATGTTTTTAGAGACTGCCTTTCCAACTCTGTTTTTGTGAGTGGAATGTTTACATGTGTGGTTTTCCTAGTATGTGTGTATGTCTGTGTACGTGTGTGTTTGTGTCTGTGTTTTGTGTGTGCTTATGTATAGGTGTTGATGTGTGTTTGTGTCTGTGTATGTAATGTGTGTATGTACTTGTGAATGTGTGTGTTTGCTTGTGTGCTTTTTTGTGTACAGGTGAATATGGCTTTGTTCATGCAGAGATGCCGGGAGAGGGTATCTGGTGTCCCCGTTTGTGTACACCTTATTTCTTTAAATAATCTTCCTAAATCTGTAGTTTGAATATTTCAGCTAGGCTGCTAGCCAATAAGGCCTGAAGATTCACCTGTCTTCCCCAGCCCCCGACAGCAGTGGAATTACAGTGTAAGCAAGACCACAGCTTGTTATATGAGTGCTGGGATCAGAGTTCAGGTTCTCATAGTGAGCTACTCTCTGACCCCCAAGTTTTCATTTTTACTGCTGTGAATCCATTTTATGCCTTCCAACACCCTAATATATGTGATACCATGTACTGAAACTTGCTTAACCATGTGGTTTCAGCATTTGATATTCATAAAGGAATTCTTTAAAAAAAAGTACATCTGCACTCAGCTGCACGTACTGGCAACTGTTTTTGAATTGGGCCTTTGAGCCTTGGATTGCTGTAGAAACCTCCCTGTCATTGCTGAACCAGGACCCAGTTGAGTATTACTAGGTCATTATCTCTGGTCTTCTGACAAGCATTGTAGCCAGATCAGGGAGCGAGCTGCTTAATAGTCTTAGAGCAGGAGATGGTAACACTCTTCCCTACGGAAGGTAAAGTGTGATGAGAATACTTGGTTTTACTTGCATACAGTACAGAACTTCACAGAAGTCATGCCGCTTTTGAAGGTGCAGCGAGAAGATGAGAAAATAGCTTTAGATACTATGGTTTCGAACCAAATTTTGACACTGTTGATGAATGGAAACAAGGTTCTCTTAACCTTTTTCTAAAAGTTAATCCACAGGATAGTGGATTGTGCCACAAAAAAGTATTTGTAATGGGTTGGGTGTGGAAGTCCAGGCCTTTAATTCTGGTACCTCTGAGGCTGAGGCAGACTGATCTCTGAGAGTTCGAGGACCACCTGGTCTACATGGTGAGTTCTAGGACAGCCAGGGCTACATAATGAGATTTTGTCAAAGAAACAAATAAATAAATAAGATAGATTTGTGGGCAACAAAAA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Seq C2 exon
AGGTGTTCAGCATGTTCTTGGAGACTCTAGTAGATTTCATACAAGTCCACAAAGATGATCTTCAAGATTGGTTGTTTGTTCTGCTGACACAGCTGCTGAAAAAAATGGGTGCTGATTTGCTTGGCTCTGTTCAGGCAAAAGTTCAGAAAGCCCTTGATATTACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000033392-Clasp2:NM_001114347:27
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.082 A=NA C2=0.015
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF123483=CLASP_N=FE(9.3=100),PF116403=TAN=FE(28.0=100)
A:
NA
C2:
PF123483=CLASP_N=FE(23.8=100),PF116403=TAN=PD(18.7=25.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: