HsaINT0036372 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000130779 | CLIP1
Description
CAP-GLY domain containing linker protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:10461]
Coordinates
chr12:122825300-122837333:-
Coord C1 exon
chr12:122837273-122837333
Coord A exon
chr12:122826245-122837272
Coord C2 exon
chr12:122825300-122826244
Length
11028 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAAA
5' ss Score
7.3
3' ss Seq
CTTTGGACTGCTGTTAATAGGTG
3' ss Score
5.59
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGGTTGAGGACCTTCAGTTCCGGGTTGAAGAAGAATCAATTACCAAAGGTGATCTTGAG
Seq A exon
GTAAAACCCCTCCAGCTCTCTTACAGCTTTTATGGGTATCAGTATTCAGAACACGGGCGAAATAATGCACCAATTGAAATGAGCGGCCAGAACAGCCAGCTGAGGAAGTGGCGGGGGAAGGTTCTGGGGGTGGCTTTGTGGTGACGGTGCCGGTACTTGAGCCTGTGAGTGTGTGGCCCACTTCCTAGCAGAGTGGAACTTGCACTACTTCTTTCTCATGCTTCAAAATGCAAAACCATGAATTGGATCTCATCAAGTCATAAATCTGGCAGTGTGTCCTCAATTTAAAGCAGTCCTAAGTGAGACTTAATGGTGTTCGTCTGATGATTAGAAAAGGCATTTTAAATTTTGTCATAGTAGTCCATAACAGGCCGGGTGCGGTGGTTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTAGGTGGATCACCCGAGGTCAGGAGTTCGAAACCAGCCTGGCTAACGTGGTGAGACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGGGTGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCTTGGGGGATGGGTCGAGACTTTGTCTCCAAAAAAAAAAAAAAAAGTCCACAACAAAGTTTTTTGCTTTATCTCAGCTTTGCTTTCCAGTTGAGCAGGATAAATCCTTTTATAACCCTATAAAAGGAATATGTTGTAATTGTTAATTTTTTTAAAAAAGTAATTAGCAGAGCAAAAACTAAGAACACTTTATATTTCAACTTCTTTTACTTTCATGGCATTTGTAGAATTCATGGATTTTCCTTTAGTGTCAGGTTTCTCATCCCTTTTTAACAATTTATTCATATTAGTTTTTAAATTAGACACCAGAATTAAATGGTTTTGATGGTTTCAAGCCATTGCTAGATATATGACAAATGTAAATCATTCAGTTTTTCAAATTTTCCAGATTTGTAGTTCTTTAATCTACAATATTTTAGTAAAAATTGCACTTAACTGTGCGTTTCCCAAATATGCAGTTTTGCTACAATTTTAGAGTCTGCTGGCTGCCCACACCATGCTTAAATTTGAGGGGCCCTTCCAAACAGCAACTCTGATTTCTTTGAAAATAAATGTATCTTTACAGTTAACAAAGAGCAAGGGGGGCATTTTCTGGGTTCTAGTTTTATGGGGCCCAGAATTTAATGGTTCATTAACAATTTAATAGATATCTTCTTCACTCATTTCATATACAGCCACATTCCTTTAGTCAATTTTTGTGTTGTTCTCATCCATTTAAAAACACCCCAAAGTCTCATTAGAAGTTTCATGTCATCATCTAATTCATGTGAAATATAGCCCATGGTGTCTTCAGGAGGGTCCAGTTAAAATAATTTACATCAGCACTGGGTTGTATAGTCTGTCTGATAAACTTACTTGAAATTAATCAAATAAAGTTATCTTGAAACCCTAACACATATTGAAGCTTTATTGGAATCTCTTTTTTGTTGTTGTTTAATTTTTTTTATTTTTTTACTGATAGCAAAAGAGCCAGATTTCTGAAGATCCTGAGAATGTAAGAGGGCACTTAACTGTGTGGATATTTCCCTTGTTAACAAAGATTGATCACAGATTAAAATGCTTATTGATATACTCAAACACTAACTGCATAATCTGACCTTGGGACATTGACCTTAATGTTTCTGTGCATGTGGCTTTCAAAGCAATTACATTTATATCCTGAAGAAATTGTATGTAATGACTAAGCTCCACACATTCATGTGTTTAATGAATAGGCCAACGTTTGCTTTATAAAGAATTTTGCCAGAAAGGGGGGAAAAATGTTTTTTGTCTGGAGACCTGGCCTTCTTCACCTAATTCATAATGTCTTCTAATTTTAGTGGAATTATTCCAAAAGAGATGATATCTGGCTGGAGCATAAGGCATTCTAGATGTGGAGTTGTGGGAATTCTGGGGAAGTTTCCAAGTTGTCTAATTTTGCTTCCCATGAGAGGAAAGGGGATTGTGAGGCTGGCTGCTGTCCCGGAGCTGACTGGCTGCCTTTTCAGTGTGCCCCCGCCACTGGCCAGTGCCTGCCAGTGCAGCTGATGAGACATTTAAACTTCTGTTTGTTTCTACAATATTTTCCTTAGTTGCAAAACTAGAGGCAAGCGTTTGTCAATGAAGACAATAGCATGTTTTAAATTGTTATTACCGAAGTGAGAGTTTTCTAGCTGTAGCATTACTAGGTATGCAGGTGTTTTATTTTTCTTCCTCCAAGTTCAAACACCCAGTACAAGTCCTTGCTATGTGGTCTCCAGAGCCCTGCTTCCTGGTGTACCCTGCCAGCTGTGCTGCTGGTTGTAAAGAACCTGAAAACGTTTTGCCTTGATTTACTGCCACATAAGACGGAAATTAAAGAATGACATTACTTCCTACCACCTCCTGGCAGCTGAAATAGACAACTCAAGACTAAACTTTTGGCCAGGCACTGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGTTGAGGCGGGCAGAACACCTAAGGTTAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGAATATGGTGGCACGCACCTGTAATCCCAGCTACTAGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGACAGGAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGACAACAAGAACAAAACTCCATCTCAAAAAAAAACAAAAAAAACAAAAAAAACAAAAAAACACAAGACTGAATTTTTTAAAAGGTCTTCGTTCTGAAGGGTTCCTTTTTGTGAAGCTACTTCAGTGATCTGGGTCTCTTCTCTCCTTCCGAAACAGGCTCCCGCTGCCCCCGGTGTCAGTCTGCATGGGATTTCCCCCCTGCCTTTCCTGTGCGCTTCTCGCAAAGCCTTTGCTTTCCTTCTCAATCCCCTGTCCCAGGACTTTCCTCTTGGGATACTCTGTGTTCTTATTCTAAGAAAGGAATGATTTTACAAGAAGGGTTGTCCTGTTCAGTGTCACATTTTTACTGTGTGCTGTGGCATGGAAGTGGATCACTAGTTCCCTTGCTGCTGATTGATCACTCAAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCAGTCTCTACTGAAATACAAAAATTAGCCAGGTGTGGTGGCGCATGCCTGTAATCCCAGCTACTACGGAGGCTGAGGCACTGTAGAGTCCCAGATAATGTGTATATAGACCCATCAGTAAGGAGGCGTTGGCTACGCTTATCTGAAAGATCTCTGAATGGGGAGGAGATCACATTAAATGTGTATTTGCTTTTTATCTGGAAATAGTGACCTTTTACCCAGAGGACACTTAACTGTGTCAAGAGAAGAAAGGTTCTATTGCCTTTTCTTTTTCCTACTACTGTAGTTTTGGATTTCAGCTCCTGAGGCTGTGACCCCAATTATGTAGATAAGGATTAGATTCTTTTCTTATAAAAGCAGGGAAATTGAACAGTGTCCATCCAAGGCACATACAGACCAAGGGGATTATCCAGACAGTTAGGGCTTGAATTGTATTTCATTATTTTTGTGGAGTATACAGAGCTGAAGCAGGTGATGAATTAAAAAAAATTTTTTTGTTCACCTTTTAAATATCTCATCATGGTTTGTCGATACCTGGTTTACAAGCAAAGTGACCTCTTGAATGTATTGAGGTCCCCGAGTCCCACTGGAATGAGTGAAGACGTTTGCAATCTTCACTTTTACATTCCCCCCTCTACTGAAGCTCTGCACTTTGTGTCACTTTGTTTAGAGTCTGTTGTCATTTTTTCATTGCCCATAATTGTCCAGACTGATAGGTCAATTAGTACCACAAAGTATTTAAATTACTGCACGTAACTGACAGTTGCTGAGAGCAGCCCTGCGGGTGTGGGCCTTGTCAGTCACTGATTCTGATAACTGATAACCTCTTGTGTAAGAGAGGTGGGGGTGGGAAGAGGTACATTTGGACCTAGATTATTTCAAATTAAGATTCTGCTGCACTTAAACCTGTTAGAGATTATCCTCTGGGTTCCCTATCAGGCTACATCCAAGTGCGTAATGGTGGGGAGAGCAGAGTATCTGAGATCACAGGTTTTGAATCACCTTAGGAACCCACCAGCTCTTTTTGAGAGAGCTCAAACTCATGCCTTTGTGTTGAGTTGCGTTTTTATGTCTGAGCTAATAAAAACAACTTCATCTTAAGGTAAAAATAATAAACCCCTTACCAGTTTGAGGTAAACTTTCCTCCTCTCTTGAGCCTCTCAATTGGACTCCTTCAGAGATGGAGACTATAGAGGATAATTATTACTAAATTTTCTCTTTGTAATTCTGAGTCCTTTTTTCCCTCCCTGGAGCCCAATAGCCTTTGGGACATCCACTGCTGGAAGGAAACTAGAGCTTCCATGGCCTCTTCCCCATCACATGTAGGAATGTTGCTAAGACTCTTAACTCAGACCCTTCTCACCCATTTCTGCAGAGGCTGCTAGCATGATTTCTTAGCTCTAGTTGGAGCTAGAGAAGGAATAGATTCCTTCTACTGAGGTTTTTATTTGACCCTTATTTACGTCAAGTTATATGCTAAGGTGCAAGAATCTGCTCTAAGGACTTATTGAACAGTTTAAGATTTATAATACCTTTGCCATATTTAGGTGATAGTGACCATCATTCTGAGGGTCAATATACCTTGTGAAGTTATCGAGTCAGTTACATACACATTAATGTCAAGTAGCCTTTGTGGGGCGGAGGGATAATGATAGTTTAGAGGGAGGGATATTAACTATTCTAATTGGTGCTGATAAACTTCACTTATCAATATTACTTATATTTGGCTGCATGCCTCTGACACTTCATCTGGCCTCATGT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Seq C2 exon
GTGGCTACAGTTTCAGAAAAGTCACGTATAATGGAACTGGAGAAAGACCTAGCATTGAGAGTACAGGAAGTAGCTGAGCTCCGAAGAAGGCTAGAGTCCAATAAGCCTGCTGGGGATGTGGACATGTCACTTTCCCTTTTGCAAGAGATAAGCTCTTTGCAAGAAAAGTTAGAAGTCACCCGTACTGACCACCAGAGAGAAATAACTTCTCTGAAGGAGCATTTTGGAGCCCGGGAAGAAACTCATCAGAAGGAGATAAAGGCTCTGTATACCGCCACGGAAAAGCTTTCCAAAGAGAACGAGTCATTGAAAAGCAAGCTGGAGCATGCCAACAAAGAGAACTCAGATGTGATAGCTCTATGGAAGTCCAAACTGGAGACTGCCATCGCATCCCACCAGCAGGCGATGGAAGAACTGAAGGTATCTTTCAGCAAAGGGCTTGGAACAGAGACGGCAGAATTTGCTGAACTAAAAACACAAATAGAGAAAATGAGACTAGATTACCAACACGAAATAGAAAATTTGCAGAATCAACAAGACTCTGAACGGGCTGCCCATGCTAAAGAGATGGAAGCCTTGAGGGCTAAACTGATGAAAGTTATTAAAGAAAAGGAAAACAGTCTGGAAGCCATCAGGTCGAAACTGGACAAAGCAGAAGACCAGCATCTCGTAGAAATGGAAGACACGTTAAACAAATTACAGGAAGCTGAAATAAAGGTAAAGGAGCTAGAGGTACTGCAAGCCAAATGCAATGAACAAACCAAGGTTATTGATAATTTTACATCACAGCTCAAGGCTACTGAAGAAAAGCTCTTGGATCTTGATGCACTTCGGAAAGCCAGTTCCGAAGGTAAATCGGAAATGAAGAAACTTAGACAGCAGCTTGAGGCAGCTGAGAAACAGATTAAACATTTAGAGATTGAAAAGAATGCTGAAAGTAGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000130779-CLIP1:NM_198240:8
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.259 A=NA C2=0.393
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF058526=DUF848=FE(17.7=100)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)