HsaINT0037708 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000082438 | COBLL1
Description
COBL-like 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:23571]
Coordinates
chr2:165541258-165548907:-
Coord C1 exon
chr2:165548731-165548907
Coord A exon
chr2:165542543-165548730
Coord C2 exon
chr2:165541258-165542542
Length
6188 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGT
5' ss Score
10.45
3' ss Seq
AGTGTGTTTCTTTCTCTTAGGTT
3' ss Score
10.43
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAAATAACTCTGCACATAATGAACAGAATTCCCAAATACCAACTCCAACTGATGGCCCATCATTCACTGTTATGAGACAAAGTTCTTTAACATTCCAAAGCTCTGACCCAGAACAGATGCGACAGAGTTTGCTGACTGCAATCCGTTCGGGAGAGGCTGCTGCCAAATTGAAAAGG
Seq A exon
GTAAGTCTTCTTTATCAGATGGGTGACAGTGGGTTTATTGTCACCATTGTCAAACTAATACTTAGGGAAAAATTTTTCTAGCATGTAAATCTAAATAGGGTTCCCAAAGTTACTCTTCTGTGTCTTTGAAGTATAAGCTGAAAGAGTTCCAGAGTCTTACACGTACTTGAAAAATATGTCAGGTCTATTTTCCACAACATGGGCCAGTTGCAGAACATGAATTTTGTTCATTCTTACATAACTATATAGAGAATACCCTGGACTCTGATTTTAAGAGATTATGTTAGCACCTCGAGAAAGACTCTTTGGAAAACACCTTCCTGTTCCAAAAAAGGTACATTAGTGATAGGAACCTACAAGTTTGTAGTCATAGCTCTTGCCATGATTAGTTACTAACATATATGAGGCTTAGGGAAGAGTTTTATAGGTTAAACCAAAAAAAAGTGCAGAATATCTAGAGAATGTAGATGATAGATAATACAGAAATTCAAATCTTAGTAATGTCCTGCCAAAGTTGTCTAGCTCCTCCTTACTGTGGGGTAGAAGAAGAAAAAAAGAGGAAGTCTGCTTTTTCTCAGGAAAAACACCCAAGTGTCACAGGGAATTCTTTTCAGGTGAATTTCCTCCTTGGGTTCCCTTCATCCACTGAGAAGAAGATGTGGTGAAGCTTTGAACAAGGCATCAGCACTTAGACTCCCCAGAGAGAGTCCTCTCCCTAAACCTCTCTTGTCTTCTCCCCTTAATTCTCCTGGTTGGAAGCACCTCCGCATCTAAGACAAGGAAAGTACTTATTATTCCATTAACTCCCGAGGCATTTCATTTTGTGAATTCCTTCTGTGATCATTTTAAAAGCCATTTAGAGAATAGTAAGAGACTTGTTGAGCAAAACATTGAGCTCAACAGAAATTAAACCTGCAAAGGAACAGGAATGCTACAAAGATAGGAAAAGAAATGGGGAAAGGCTTTCCGGGCCTTTCAACCATATCAACATTGGCCAAACTTGACTGCATAAGCCAACTTCCTTGGTGTGTATGTGAGGAGGTATGAGTGACAGCCATTCCTCCCAGAGGACTTGGCACCCTGTCTGGGCAAACATGGAGACAAGGCAGAATACTGGGTGCTGTCAGGAGTGGAGGAAACAGGAGGGAATACTACAGTGGATTAGATTTGAATTTTGTAAATTATTTGTAGAGTCTGATTTTAGGTGCCAGGCAGCATAACAATTTGGTATAGCTTTTAATATTGAAATTGGTTTTTCATCGGTCATGACAAATTTATATTTTTAGAGGAGGATAAATGCCCTTGTTAATAAATTACACAACCTCACGAAAAGTTTTCTTTTTCTGATCTTGTAAATTAAGGATGAGTTTCAAACCAAGCACTACTGGTTTCTCAGTTCAATAAATTTCGCAAGCACTTTTAAAGCACATAAGTAACAAATATTGTACTAGATACTGAGAACATGAAAATGAATAAAATGAAGCCTCTGTCTTCTGTGCATTCACAGCCTGGTCCTGAGATACAGTGGTATATCAGGCCCATGGGAGAACCAAGTTACTACACAGAAACTGATTGCGATGCCTTTATACTAGGTCAGTGAAGATATTCATCAGTTTCAATGAACTAATTGCAGAAAACTGCATTAAGTTGGAAATGCCTTTTAGGCCAACAGAATTATACAGGCCAGCAGCTATATACTTGGTGTGTTATGGACCCTGACTTGGCAGTCCTTTCACACAGAAAACTCTCATTGCTTCTAGAATGAGCTGAATATGAATCAACATAAAAAGCGGGCAATAAATGATTATCCTATAATTGTTTCCTGTTTAAAACTAATTACTTTAGGTTCTATTGAATCTAAAATTTTCTCTTTCAGTGGAACCTTATTGATAGCTCTGAGCATAGTGCCAGATTCTAATTTTTTTAAAATAAAAATCTCATCTATAATCCATCTCATTTCACTAAAAATGGACATAGTATCTAGTAAAGTTCACAATATACAAACTTCATGACGAGCATTTTTCACTTCTAGTTACGTACCCTAAAAATGTTGTTATTGTGTACCAGGACTCTCACACATAAGAATGTTCAGGGAATATTATTTGTAAAAACTCCAAATAAATATAACCCTAATATCCAATTAGTAGAATTAATAGCAGTATATTCAAAGAATGGACTGTCATATAGCCATCAAATGGACAAAATATAGTAAAATGCAACAATGTGCACAAAAATACACAGATATATATGCATAAAGTTTGACAGCATACAAAACTAATTTACATTATTTAGTGATGCATGCATAAGTGGCAGTTATTTTTAAAAGCAAGGAAGTAATTACAAAACTTATGATAGCGCTTACTTCCAGAGGGAAAAAAGGAGGGGTTGGTGAGGGCTTATTGATGTAGGCCATGCACACAATTTAAGGGGGAATCAAAAAGCTAAGTAATCCAGATAAATGTTATTTATTGTAATGCAATAAAAATATTCAAAATAAGGCTAAAATCTATGCTGAAGAAAATACCACAATTTTAAAAGAAGATTAATAGGGAACGTGGAGGTATTTTTTCTCTTGACATGAGTGGTGCATTGTATGCACATTTGTTTTTCACTGGGCTGCGTATTTACATTTAGTGAATTTTTCTATACATATATTCTATTTCAAAAAATTGCAAAAGGAAGTAAAAATGGACACAGGCAGGCTCTTAATTTCTTGTGATCTTTGCTTAAGTCTTATGTTTCTGTTCTGTACTGAAAATTTCTTCTAGTTTCTTTTAAATTCTAACATTTGTTTTATAGAACAACAATTATATTGCCAAATAAAATCTCCAGTGATTTTGATAGTAGGTTTAGATTGTTCATCAGAAAGTTGGCTCTGTGTTTCTCTATATCTTGGCACCCAAATGTTCAATTTAACTCCAGGTACCCACTTGTCTTATGGCTCTGGTTCATACGCAGGCAATTAACCTTCATTATAATGGTTGGTTCACAATAGAACAATTATCTAGTTGATTGCTCTAGTGTAAATGTAGTCATAAATATGCCATGTTTTTTTTCATGTTTCAGAAGGGATTTTTTGCATACCTTACCCCTACTCAACCCACATGTAGTCACAGAGATTAGTCTTTTCTTCAAGTAAAGCATTAATAAATCAAGCTCAGTATGTTATAAATTGTGTGATGTTAAGGTTTATTAATCAGCAAATTATTTACAAAGAGTAAGACAGATTAATTCATTACCCTTGGCCTGTGTTGACATAAGAACAACTTTGGCTTTCAGTACTTGATGGTCTCTGATTTACTAAAAATCAAGTTATTACCCTATTACAAGTAAGGTCTGAAAATAGTGAATGATATTGATATTTATCACTATGTATTAAGTGTTTTTCAAATGTAAGATTTATCTTTGGTTCAACAGAAGGTGGAGGGAAGGAAAAAACTGGGTAAGTCACACAGAATCTTGCTGGCTTGTATTGTTTATTTAATTAGTTTTTTTAATTCATATTTCCTTAGTTTAAATTTGAACAACCAAAGAGTTTCAGGTTGGCAGCGATTTCTACATTTTTAAAGTAAATGTAAATGATAGAAATTGTTATAGTTGCATTCCTTATGGAAAAAAGAAAGCTATGTGAAATTCCTAAAAATGCTTTAAACTTCAAGAGTAGACAATCAACTAGTAGATATTCACATCAGTAAATTCTTAAATGCTGTTTTTTTAAGTATCTGTATTATAAGTGTAATATGTTCCTCATTCAAAAACATTCAAGTGATACCTTCTTGTTTATGAATGTTTGTAAAAAGTTACCATATTCCATTTAAGAAATATTTATTGAGCACTACACTGTCCCAGGCACTAAAATAAATATAAAGTAGTTATAAACTGGCATTAAAATCAGTAAGATCTCTGCCCTCAGAATGCGTAAACTAGTATTCTATTGATGGCTTCTTGTGTTTAAAAGTTTAGTAAACAAGTTTTTAAATAATAAAGCAGATGTCATTTCTCTTCAAAAATAACCATTCTTGATAGGTTGCTCTGTAAGCTTCTAGCCCACTTCTGTAGTATGTAAATGTATTTAATTTACAAAATGGAATCCTCTGCAAATCCAGTCATAAACAAATGTCTCTTTGAAGCTTTTTAAAATTGTTTATATATATATTCATATACTATTCTTTTAAAGATTACATAGTATTTGACTTTATGAATGTGACGTAGCTTATTTGTTCATTATTTGTGGACATTTAAGTGGATTCTGTATATGGTGGTACAATGAGCATATTTTACGTGGAGACATTTAGAGCCATCGATACGTTTTCTAAATGCCTAAAACAAATTTTCTCCTTCACAAAGAATTATGAGAACTGCAATTTTGGCAAGGATTACAAAATAATTATCCTGTACACAGAAACATTTAGGACCAAGGTTCCACAATGGAAGTCATTACCTCTGCAGTCAATTAAGTGTACTGAGTTCCTTTCCTTATGGGGGCCCAGTGTGCAATGGCTGCAAACAGCAGCTTCCTTGGTGGTGTATGCAGCCTGTTTCCTCTATAGGTTGCTCTAAGGGACCTTGATAATAGGCCTTTCAGATGTATGTTCATGTCTCTGACCTTGCATTACCCCAATGTAGGCTTCAAACAGGCATGCGAGGTGCCTTTGGAAAACCCCAGGGCACTGTGGTCAGGGGTCACATTGGCCAAGTTACCATGTCCGTCCGCACCAAGCTGCAGAACAAGGAGCATGTGATTGAGGCCCTGCACAGGGCCAAGTTCAAGTTCTCTGGCTGCCAGACGATCCACTTCTCAAAGAAATGGGGCTTCACCAAGTTCAATGTCGATGAATTTGAAGACATGGTGGCTGAGAAGTGGCTCATATGGCTGTGGGGTCAAGTACATCCCCAGTTGTGGCCCTGTGGACAAGTGCCGGGCCCTGCACTCATGAGGGCTTTCACTGTGCTTCCCCTCTTAATACTAACCAATAAATTCTACTTCCTCTCCAAAAAAA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Seq C2 exon
GTTACCATTCCATCAAATACAATATCTGTGAATGGAAGGTCAAGACTCAGCCATTCCATGTCCCCTGATGCCCAGGACGGCCATTAAATGTTACCCTGCCACACCACTGCACTTCACTTCCACTTCAGACCAACTTCATACTAATGGAACATTTTGGCAAATGTATATTCAGATGTACACTAATATATTATCTATTAAAATATTAGAATTTGTGTTGTGGCTTTTAATGCCAGAAGAAAAGTTACCAGAATTTATAATTTATAGTAATTTTTTGATCTTTTTTTTGCCTTAAGAGTTGAATATGCTGCTTTAGAACTTTAAAACAAGGTGTAAATGATTTTCATTTTTTACAAATGAAAAATAATTCCTTTGTATTGATTTCACTTACCAGCACATTCTCTACAATGGTGACTTAGACAAAAGTATAAGATTCATAGACTTTATATTTGTATGACATACAACTAGGACAAACATAGATATGACATTTGCTGCCTCAGTGTAGCAATTGGAAATATTTATAAGTTATATGAAAGCCTGTTTTGGGCTGAAAGAATGATTTAGAAAACTAGTGATACCAAATAAGTATATTCAGTTCAATAATTATTTTCAATGATGAATCACTTAGTGTGAAAGACTTGCCTTGTGTATTCTTTATGTAATTACAAATCACTGTCAATTTTATGGGAAGCTCATAGTATTTTAATATTTTATTAACATGGAACTCTTGTTTTTTTAATCTTTAGAACTTAAATTCTACAAGAATTTTAAATATTTTCTGTATATAATTATGACATTGTCACACAGAAATTACACATTTTATGTGCCAGAAGCCTTAAACATCTTTCTGTGAAAATGCTGATATATTGTGACAGTTATTTCACATTTGATATGTAGAGAGGAATAGGGGTTAGTTTATGTTTATATTGAAAAACTTTAAAGACTATTTGGAAGTTCCAGAAATTCTGGTTTTAATTCAAGTAAAATGATAAAATAGTCATTATATAGTTCAGATGCTAATATTCTAAGTAATAATATATATTTACATTGAAGCTAAAACTGTTAAGCAAAACAATGCCCATTTGTCGGCTTACAGCTCTTCCGGAGTCTAGAGCCTGTTGGTGTTCTGTCCCTACTTTAAGAATTTAATTGCTCACTTATTCTGAAAGCTTTGTTCAAACAAGATGATATTAAATTTGTTTTCACTAAAACTACTGGGATATCTGCCTCTTGGGGATTTTTTTTTCAATTTAATAAAAGCAAGTTGTATATTTGGGGTGCTTTTTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000082438-COBLL1:NM_014900:13
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.949 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)