BtaINT0010174 @ bosTau6
Intron Retention
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:G3MWS9]
Coordinates
chr2:31693440-31699171:+
Coord C1 exon
chr2:31693440-31693616
Coord A exon
chr2:31693617-31698551
Coord C2 exon
chr2:31698552-31699171
Length
4935 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGT
5' ss Score
10.45
3' ss Seq
AGTGTGTTTCTTTCTCTTAGGTT
3' ss Score
10.43
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAAATAATTCTGCACATAATGAACAGAATCCTCAAATACCATCTCCAACTGACTGCCCGTCGTTCACCCTTAAGAGACAAAGTTCTTCGACATTCCAAAGCTCTGACCCAGAACAGATCCGACAGAGTTTGCTGACTGCAATTCGTTCTGGAGAGGCTGCTGCCAAATTGAAAAGG
Seq A exon
GTAAGTTTTCTTTATCAGATGGGTGACATCGGGTTTATTTTCAACACTGTCAAACTAATACTTAGGGGAAATTGTTTTCTGGCTTTTAAATCTGAATAGGGAAGATGCCAGAAGTTCCCCTTTTATAAGTTAAGGGTCATTTTTGAAGTATAAGCTCTGGACTCTCTCAGTGTTACACATCCTTAAAACTACGTCAGGTCTGTTTTCCAAAACATGAGCCAGGTGCAGAAAGCAAGTTTTGCTCATTATTATATAACTATATATAGAAAGTGCCCCAGACTCTTATTTTAAGAAACTGTGTTAGCACAGCAAGAAAGAGTCTTTTAGAAAGAAAGTCCCTCCTTTATTCCAGAAAAGCTGCGATATTGTAAGAGCCTGCGTTTTCAGTCCTGGCTCCTATAGTAATCAGTTACTACCGTACTGATTGGCTGGTTAAGCGGGGAGGAGTTTTATAGGCTAAACTAAAAAAATGTAGGGAATTTAGATGAGACTTAATGCAGAAATTCAAGTTTTAATAATGCACTGCCAGAGTCTAGCTTCTACTGATATGTGACAGAGCAAGGTGACGCACTCTGTTCTCGGGTAAACCCCAGAAAGCATCACAGGGAGTTATTACAGATAAGTTTCCTCTCTCACCCTTATCCTCTGAAACAGGATGTAGTGAAGCCTTAAGCCTGGCATCATGACTTGGACTTCCCAGAGGCTGCAGTCTCCCCTAAATGTCTTTCTTGTTCGCCTTAGTCATCTTGGTTGCAAGTTCCTCAACACCAAGACAAGAAAAGTACTCATTATTTCACTGACTCCCTAGGCATTTCATTTTGTGAATTGCTTTTCTAATCATTTTAGAAGCTATTTAGAGAAAAGTAAGAGACTTGTTGAGCAAATCACTGAACTCAACAAAAATGAAATTTGTGAAGGAACAGGAATGCTGCAAAGATAGAAAAAGGGGAAGGCATTTCGTGAGGGTCAGTCAGCTTCCTAGTGGGTTTCAGTGGAGCCCTGAGTGACGGCCATTTGCCCAGAGGACTTAGCATTCCCATCTGGGCACATATGGTGAAAAGGCAAAATATTGTGTGCTGTTAGGAGTGGAGGAAACACAAAGGAATAATTCAGGGGGGTAGGTCTGAATTTCGTAGATTATTTGTAGAATTTGAGTTTAGTCCCAGGCAGCAAACAACAGCAGCGAAAAAGGAATATTGAAATTGGTATTTCACAGGTCATGACATTTATACTTTTGGGGGGAAATATGTTCCTGTAAATAAATTGCACATTCTCATTCATGAAAATAATTCTATTTCTAATTCTGTTTCTAATCTTATAAATTAAGGATAGAGTTTCAAACTTCTCAATTCAGTAAATTTGATAAGCATTTTTAAAAACAGAAAAATACCAAACACTGTACTAGATACTGAGGATACAAAACTGAGTCAAATGAAGCCTCTGCCTTCTGGGTGTTCAGAGCCAGGGATTGAGAACAGCGGTTCCTCACGCTCACAGCAGAATAGAAAATAACTGCAGTATCTTTGTATTAAGTCAGTGGATGTATTATTAATAATCAGTTTCAATGAACTAATTGCAGAAAATAGTGCATTAAGTTGGAAATACCTTTTAGGCCAACAGAATCATACAGGCAGGCAGCTGTATACTTGATGTGTTATGGGCCCTGATTTGGCAGTCTCTTCACAGATAAAGCTCTCATTGCTTCCAGAACGAGCTGGATGTGAATCAACACAGAAAGCAGGCCCTAAATGATGATCCTATAATTGTATCCTATTTATTACTCATTACTTTAGGTTCTATTGAATCTAAATTTTATCTCTTTCAGTAGGAGGTTATTGATAGCTCTGACTCTCTATAGTGCCAGCTCCTAAATTCTGTTTAATGAAAATCCCTTACATAATCCTTTTTCTTCCTCTAAAAGACACGGGGTCTAGTGGAGTTTATCATATCTATATGCCATGATTAACATCTTCACTTCTAGTTATATATGCTAAAAATGTGTTTCAATGTGCCAAGACTCAAGAATATTGTTTGTAATAGCTCCAAATACATATAACCTTAATGTCCAAAAATGGTAGAATAAATAGTGGTATATTTAAAGCATGGACTATCAAATGGCAATAAATTAGATAAGATATACTAAAGACAACAATGTAGATAGAGACATAAATAAACAGTATGTGTAAAGTTGACGGCATGCAAAACTAAATTATATAGTGATACATGTATAGGTGGCAATTATTCCTAAAAGTTGGGAAATAATTACATAAGTCACAATAGGGTTACTTCCAGAGGGGAAGAAAAAGGGTTGTTAGAGGTTTATTGGAGCAAGACTGGAACACAGTTTAAGAGGGAACCAAAAAAATTAGTAATCAGAATAAATATATCTTAATGCAATATTTTTAAATATAAAAATTAATGCAAAAATCCATGATAAAGTCAAAATTTTAAATAAAGACAGGATCAGGAGGGAGCTGGAGGTATTCTTTCTCTTGACCTGGGTGGTGGGCTACCTATATGTCTGTTTTCATTGCGCTGTTCAATGCACGTCTCTGTACATGTATTATATTTCAAAAAATTGCAGAAGGTGGTAGAAACAGACACAAGGCTCTAATTTCTTACGCTTTTTTCCTTTCTTACGCTAATTTCTCTCTTGTGCTTAAGTCCCATATTTCTGTGCTGTTCTGAACATGTCTCTTGGTTTGTTTTAAATTCTAACGTTTCTTTTATAGAACAACAGTTATAATGCCAAACAAAGTCTCCAGTGATTTTGACAGTGGGTTTAGACTGTTCATCAGAAAGTTGGCTCTGTGTCTGCCTGTATTGTGGCACCCAAATGTTCATTTTAACTCCAGGTACCAACCTGCCTTATGGCTCTTGTTCATACTTGAGCAATTAACCTTCATTATATACTTGGTTCACATTAGAACAATTATCTAGTTGATAGCTCTAGTGTAAAGGTAGTCATGAATTTTCATGTTTCTGAAGGCTTTTTCCTGTACCTTACCCCCATCTCAACCTGCATATAATCATGGTGATTTGTCTTGTCTTCATATAAAGCATTACTACATCCAGCACAGTATTTTATAAAATGCGTTTGAAGTTAAGACATACATATGTGTTTTGTGCTTAGTTGCTCAGTCGTGTTGGATTCTTTGTGACCCTATGAACTGTAGCCTGCCAGACTCCTCTGTCCATGGGATTTCCCATGCAAGAATACAAGAATGGGTTGCCATTTCCTACTCCCAGAAGCTGTACAGCGCAGCCAAAAAAAAAGACTACACAGAATTTGTGTGAAAGAACCATAGCTTATTTGCTCCTTATTGGTAGACATTTAACTGGATTCTAGTTTTTTACCCTATAAATGATGTTACAATGAGCATCTTTATTTGTAGATATTTAGGCAATGGCACCCCACTCCAGTACTCTTGCCTGGAAAATCCCATGGATGAAGGAGCTTGGTGGGCTGCAGTCCATGGGTCGCTAAGAGTCAGACACGACTGAGCGACTTTTTCACTTTCATGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCCGGAGAGTCCCAGGGACGGGGGAGCCTGGTGGGCTGCCGTCTATGGGGTCGCACAGAGTCAGACACGACTGAAGCGACTTAGCAGCAGCAGAACCATCTGTATCTTTTCTAAATGCTTAAACCAAATTTTCTTTTACTTTTCAAAGAATGTGAGAACTGCAGTTTTGGCAAGAATTACAAAAATAACCCCTCACACACAGACTTTTCAGACCAAGACAGCATAGCAAAAAGCCATCACCTGTCTGTTGGCTGCATTTGGAAAGTAATCCCACATGAGTACTGAAAAGGATGCAGACAAGTGTTCTTCCTCTGGTGGCAACTTTTTTTCCTTAGCTGTTTTGTTTCAGGTGGATGGTTGTCAACCATTCTACTCTGTCCTGGGTTCCTAAGATAGTCAAGAAAATCGATTAGTTTGGATTACTTATCTTTGTTTAGTAAAAGGCAAGAAATGAAGCACCAGGAAACCAAAGCCAACTAAATTTGCCAATTTTATTTTCCTTTCTACTAACTTACTCTGTTGCTAGGCAGAATCTGGCCTTTTGTACTTCAGTTCTCTGCTTGGGAGAAGAGGCTAATGTTTGGTTAGGAAGCTAAGCTAGTCAAATTATAATCAAGAGATAAATAATTTTTCTTAAAATATTGTTATATTTTACATGTAATATTTTAAAATACTATACCTGCTTACTATGTAGAACCCAGGTAATTTTCTTCTACATTCTTATAAATAATGTTGGAATTTCAAGCTATTTAGGAAATTTTGTCTTAGTGTTTTTTATTTACTTACAGCTTGTAAACAGGAAACTTTGTCATAGAATTTTGGAACTTAGGAATGTATTTGCAGTTTTGGCAAAACAGTCACAGGTTTGACATTTTTAGCGCTTCAAATGAAGGCATTTTAAAAACCAAAGCTATTTTTCCCTTATAAATAAGGGGTACCTGGGAGAGAGTAACTTCAAGTTAATATCATCAGTATGAAAATTACAGAATTCATTGCTCTGTGGGATTCACTATGTTTTTCTACATTCTCCAATGTACTTTGAGGGAACCAGAATTAATCTAGCTAAAAATGCGCTTTAACAGCTTGGCCTGCAGTCTGTTTATGCTCTTGTCCTTTGAATTGATTTGGTAATTTTGTAAAGACTAAGATGTGTTAATGGATTATTTAACTTGTTTGTTGTGGAAATAACTAATTTTTAATTTCATGGTAGAATGAACATTTATTCTTGATTATTTGAAATTTATCGAATGACATGAAATGTTAGTATTTACAATTAAGCAGAAATTAAAATGTTGGTAATTGATGAAAATTCAAAATTAGACAGCTGTCCACTTTTACACTGATGGCTGCAAAGTGTGTTTCTTTCTCTTAG
Seq C2 exon
GTTACAGTTCAATCAAATACAATATATGTGAATGGGAAGTCAAGACTCAGCCGTTCTATGTCCCTTGATGCCCCGGGTAACCATTAAATGTTGCCCTGCCATGCCGCACTTCACCACCTCTGCTGCACAGAACAACTTCAGACTGATGGAGAATGTTAGCAAATGTATATTGAGATATACACTAATATATTATCTATTAAAGCATAAGAATTTGTGCTGTGACTTTTAATGCCAAAAGAAGAATTACCAGAATTTATAATTTATAATAATAAGTTTGGCCTTTTTTGCCTTAAGAACTGAATATGCTGCTTCAGAACTTTAAGACAAGGTGTTGATAACTCATTTTTTCAAATGACAAATGGTCACTTTTCGTTGATTTCACTTATTTTCCACTTATTAACACATTATCTACAATGGTGACTTAGACAAAAGGATAAATTAGGATTCATAGACTTATTTATGTGACACCTAAATAGCTAGGCAAACATAGATCTGACGTTTGCTGCCTCAATGTTACAGTTTAATTGGAAATGTTTTTAAGTTATATTAAAGCCTGTTTGTGCTGAAAGTTTGATCTAGAAAACTAACGATGTCAATAAGTATATTCAGTTTAACAGTTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000047880:ENSBTAT00000063852:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.898 A=NA C2=0.893
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]