HsaINT0037708 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000082438 | COBLL1
Description
cordon-bleu WH2 repeat protein like 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23571]
Coordinates
chr2:164684816-164692397:-
Coord C1 exon
chr2:164692221-164692397
Coord A exon
chr2:164686033-164692220
Coord C2 exon
chr2:164684816-164686032
Length
6188 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGT
5' ss Score
10.45
3' ss Seq
AGTGTGTTTCTTTCTCTTAGGTT
3' ss Score
10.43
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAAATAACTCTGCACATAATGAACAGAATTCCCAAATACCAACTCCAACTGATGGCCCATCATTCACTGTTATGAGACAAAGTTCTTTAACATTCCAAAGCTCTGACCCAGAACAGATGCGACAGAGTTTGCTGACTGCAATCCGTTCGGGAGAGGCTGCTGCCAAATTGAAAAGG
Seq A exon
GTAAGTCTTCTTTATCAGATGGGTGACAGTGGGTTTATTGTCACCATTGTCAAACTAATACTTAGGGAAAAATTTTTCTAGCATGTAAATCTAAATAGGGTTCCCAAAGTTACTCTTCTGTGTCTTTGAAGTATAAGCTGAAAGAGTTCCAGAGTCTTACACGTACTTGAAAAATATGTCAGGTCTATTTTCCACAACATGGGCCAGTTGCAGAACATGAATTTTGTTCATTCTTACATAACTATATAGAGAATACCCTGGACTCTGATTTTAAGAGATTATGTTAGCACCTCGAGAAAGACTCTTTGGAAAACACCTTCCTGTTCCAAAAAAGGTACATTAGTGATAGGAACCTACAAGTTTGTAGTCATAGCTCTTGCCATGATTAGTTACTAACATATATGAGGCTTAGGGAAGAGTTTTATAGGTTAAACCAAAAAAAAGTGCAGAATATCTAGAGAATGTAGATGATAGATAATACAGAAATTCAAATCTTAGTAATGTCCTGCCAAAGTTGTCTAGCTCCTCCTTACTGTGGGGTAGAAGAAGAAAAAAAGAGGAAGTCTGCTTTTTCTCAGGAAAAACACCCAAGTGTCACAGGGAATTCTTTTCAGGTGAATTTCCTCCTTGGGTTCCCTTCATCCACTGAGAAGAAGATGTGGTGAAGCTTTGAACAAGGCATCAGCACTTAGACTCCCCAGAGAGAGTCCTCTCCCTAAACCTCTCTTGTCTTCTCCCCTTAATTCTCCTGGTTGGAAGCACCTCCGCATCTAAGACAAGGAAAGTACTTATTATTCCATTAACTCCCGAGGCATTTCATTTTGTGAATTCCTTCTGTGATCATTTTAAAAGCCATTTAGAGAATAGTAAGAGACTTGTTGAGCAAAACATTGAGCTCAACAGAAATTAAACCTGCAAAGGAACAGGAATGCTACAAAGATAGGAAAAGAAATGGGGAAAGGCTTTCCGGGCCTTTCAACCATATCAACATTGGCCAAACTTGACTGCATAAGCCAACTTCCTTGGTGTGTATGTGAGGAGGTATGAGTGACAGCCATTCCTCCCAGAGGACTTGGCACCCTGTCTGGGCAAACATGGAGACAAGGCAGAATACTGGGTGCTGTCAGGAGTGGAGGAAACAGGAGGGAATACTACAGTGGATTAGATTTGAATTTTGTAAATTATTTGTAGAGTCTGATTTTAGGTGCCAGGCAGCATAACAATTTGGTATAGCTTTTAATATTGAAATTGGTTTTTCATCGGTCATGACAAATTTATATTTTTAGAGGAGGATAAATGCCCTTGTTAATAAATTACACAACCTCACGAAAAGTTTTCTTTTTCTGATCTTGTAAATTAAGGATGAGTTTCAAACCAAGCACTACTGGTTTCTCAGTTCAATAAATTTCGCAAGCACTTTTAAAGCACATAAGTAACAAATATTGTACTAGATACTGAGAACATGAAAATGAATAAAATGAAGCCTCTGTCTTCTGTGCATTCACAGCCTGGTCCTGAGATACAGTGGTATATCAGGCCCATGGGAGAACCAAGTTACTACACAGAAACTGATTGCGATGCCTTTATACTAGGTCAGTGAAGATATTCATCAGTTTCAATGAACTAATTGCAGAAAACTGCATTAAGTTGGAAATGCCTTTTAGGCCAACAGAATTATACAGGCCAGCAGCTATATACTTGGTGTGTTATGGACCCTGACTTGGCAGTCCTTTCACACAGAAAACTCTCATTGCTTCTAGAATGAGCTGAATATGAATCAACATAAAAAGCGGGCAATAAATGATTATCCTATAATTGTTTCCTGTTTAAAACTAATTACTTTAGGTTCTATTGAATCTAAAATTTTCTCTTTCAGTGGAACCTTATTGATAGCTCTGAGCATAGTGCCAGATTCTAATTTTTTTAAAATAAAAATCTCATCTATAATCCATCTCATTTCACTAAAAATGGACATAGTATCTAGTAAAGTTCACAATATACAAACTTCATGACGAGCATTTTTCACTTCTAGTTACGTACCCTAAAAATGTTGTTATTGTGTACCAGGACTCTCACACATAAGAATGTTCAGGGAATATTATTTGTAAAAACTCCAAATAAATATAACCCTAATATCCAATTAGTAGAATTAATAGCAGTATATTCAAAGAATGGACTGTCATATAGCCATCAAATGGACAAAATATAGTAAAATGCAACAATGTGCACAAAAATACACAGATATATATGCATAAAGTTTGACAGCATACAAAACTAATTTACATTATTTAGTGATGCATGCATAAGTGGCAGTTATTTTTAAAAGCAAGGAAGTAATTACAAAACTTATGATAGCGCTTACTTCCAGAGGGAAAAAAGGAGGGGTTGGTGAGGGCTTATTGATGTAGGCCATGCACACAATTTAAGGGGGAATCAAAAAGCTAAGTAATCCAGATAAATGTTATTTATTGTAATGCAATAAAAATATTCAAAATAAGGCTAAAATCTATGCTGAAGAAAATACCACAATTTTAAAAGAAGATTAATAGGGAACGTGGAGGTATTTTTTCTCTTGACATGAGTGGTGCATTGTATGCACATTTGTTTTTCACTGGGCTGCGTATTTACATTTAGTGAATTTTTCTATACATATATTCTATTTCAAAAAATTGCAAAAGGAAGTAAAAATGGACACAGGCAGGCTCTTAATTTCTTGTGATCTTTGCTTAAGTCTTATGTTTCTGTTCTGTACTGAAAATTTCTTCTAGTTTCTTTTAAATTCTAACATTTGTTTTATAGAACAACAATTATATTGCCAAATAAAATCTCCAGTGATTTTGATAGTAGGTTTAGATTGTTCATCAGAAAGTTGGCTCTGTGTTTCTCTATATCTTGGCACCCAAATGTTCAATTTAACTCCAGGTACCCACTTGTCTTATGGCTCTGGTTCATACGCAGGCAATTAACCTTCATTATAATGGTTGGTTCACAATAGAACAATTATCTAGTTGATTGCTCTAGTGTAAATGTAGTCATAAATATGCCATGTTTTTTTTCATGTTTCAGAAGGGATTTTTTGCATACCTTACCCCTACTCAACCCACATGTAGTCACAGAGATTAGTCTTTTCTTCAAGTAAAGCATTAATAAATCAAGCTCAGTATGTTATAAATTGTGTGATGTTAAGGTTTATTAATCAGCAAATTATTTACAAAGAGTAAGACAGATTAATTCATTACCCTTGGCCTGTGTTGACATAAGAACAACTTTGGCTTTCAGTACTTGATGGTCTCTGATTTACTAAAAATCAAGTTATTACCCTATTACAAGTAAGGTCTGAAAATAGTGAATGATATTGATATTTATCACTATGTATTAAGTGTTTTTCAAATGTAAGATTTATCTTTGGTTCAACAGAAGGTGGAGGGAAGGAAAAAACTGGGTAAGTCACACAGAATCTTGCTGGCTTGTATTGTTTATTTAATTAGTTTTTTTAATTCATATTTCCTTAGTTTAAATTTGAACAACCAAAGAGTTTCAGGTTGGCAGCGATTTCTACATTTTTAAAGTAAATGTAAATGATAGAAATTGTTATAGTTGCATTCCTTATGGAAAAAAGAAAGCTATGTGAAATTCCTAAAAATGCTTTAAACTTCAAGAGTAGACAATCAACTAGTAGATATTCACATCAGTAAATTCTTAAATGCTGTTTTTTTAAGTATCTGTATTATAAGTGTAATATGTTCCTCATTCAAAAACATTCAAGTGATACCTTCTTGTTTATGAATGTTTGTAAAAAGTTACCATATTCCATTTAAGAAATATTTATTGAGCACTACACTGTCCCAGGCACTAAAATAAATATAAAGTAGTTATAAACTGGCATTAAAATCAGTAAGATCTCTGCCCTCAGAATGCGTAAACTAGTATTCTATTGATGGCTTCTTGTGTTTAAAAGTTTAGTAAACAAGTTTTTAAATAATAAAGCAGATGTCATTTCTCTTCAAAAATAACCATTCTTGATAGGTTGCTCTGTAAGCTTCTAGCCCACTTCTGTAGTATGTAAATGTATTTAATTTACAAAATGGAATCCTCTGCAAATCCAGTCATAAACAAATGTCTCTTTGAAGCTTTTTAAAATTGTTTATATATATATTCATATACTATTCTTTTAAAGATTACATAGTATTTGACTTTATGAATGTGACGTAGCTTATTTGTTCATTATTTGTGGACATTTAAGTGGATTCTGTATATGGTGGTACAATGAGCATATTTTACGTGGAGACATTTAGAGCCATCGATACGTTTTCTAAATGCCTAAAACAAATTTTCTCCTTCACAAAGAATTATGAGAACTGCAATTTTGGCAAGGATTACAAAATAATTATCCTGTACACAGAAACATTTAGGACCAAGGTTCCACAATGGAAGTCATTACCTCTGCAGTCAATTAAGTGTACTGAGTTCCTTTCCTTATGGGGGCCCAGTGTGCAATGGCTGCAAACAGCAGCTTCCTTGGTGGTGTATGCAGCCTGTTTCCTCTATAGGTTGCTCTAAGGGACCTTGATAATAGGCCTTTCAGATGTATGTTCATGTCTCTGACCTTGCATTACCCCAATGTAGGCTTCAAACAGGCATGCGAGGTGCCTTTGGAAAACCCCAGGGCACTGTGGTCAGGGGTCACATTGGCCAAGTTACCATGTCCGTCCGCACCAAGCTGCAGAACAAGGAGCATGTGATTGAGGCCCTGCACAGGGCCAAGTTCAAGTTCTCTGGCTGCCAGACGATCCACTTCTCAAAGAAATGGGGCTTCACCAAGTTCAATGTCGATGAATTTGAAGACATGGTGGCTGAGAAGTGGCTCATATGGCTGTGGGGTCAAGTACATCCCCAGTTGTGGCCCTGTGGACAAGTGCCGGGCCCTGCACTCATGAGGGCTTTCACTGTGCTTCCCCTCTTAATACTAACCAATAAATTCTACTTCCTCTCCAAAAAAA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Seq C2 exon
GTTACCATTCCATCAAATACAATATCTGTGAATGGAAGGTCAAGACTCAGCCATTCCATGTCCCCTGATGCCCAGGACGGCCATTAAATGTTACCCTGCCACACCACTGCACTTCACTTCCACTTCAGACCAACTTCATACTAATGGAACATTTTGGCAAATGTATATTCAGATGTACACTAATATATTATCTATTAAAATATTAGAATTTGTGTTGTGGCTTTTAATGCCAGAAGAAAAGTTACCAGAATTTATAATTTATAGTAATTTTTTGATCTTTTTTTTGCCTTAAGAGTTGAATATGCTGCTTTAGAACTTTAAAACAAGGTGTAAATGATTTTCATTTTTTACAAATGAAAAATAATTCCTTTGTATTGATTTCACTTACCAGCACATTCTCTACAATGGTGACTTAGACAAAAGTATAAGATTCATAGACTTTATATTTGTATGACATACAACTAGGACAAACATAGATATGACATTTGCTGCCTCAGTGTAGCAATTGGAAATATTTATAAGTTATATGAAAGCCTGTTTTGGGCTGAAAGAATGATTTAGAAAACTAGTGATACCAAATAAGTATATTCAGTTCAATAATTATTTTCAATGATGAATCACTTAGTGTGAAAGACTTGCCTTGTGTATTCTTTATGTAATTACAAATCACTGTCAATTTTATGGGAAGCTCATAGTATTTTAATATTTTATTAACATGGAACTCTTGTTTTTTTAATCTTTAGAACTTAAATTCTACAAGAATTTTAAATATTTTCTGTATATAATTATGACATTGTCACACAGAAATTACACATTTTATGTGCCAGAAGCCTTAAACATCTTTCTGTGAAAATGCTGATATATTGTGACAGTTATTTCACATTTGATATGTAGAGAGGAATAGGGGTTAGTTTATGTTTATATTGAAAAACTTTAAAGACTATTTGGAAGTTCCAGAAATTCTGGTTTTAATTCAAGTAAAATGATAAAATAGTCATTATATAGTTCAGATGCTAATATTCTAAGTAATAATATATATTTACATTGAAGCTAAAACTGTTAAGCAAAACAATGCCCATTTGTCGGCTTACAGCTCTTCCGGAGTCTAGAGCCTGTTGGTGTTCTGTCCCTACTTTAAGAATTTAATTGCTCACTTATTCTGAAAGCTTTGTTCAAACAAGATGATATTAAATTTGTTTTCACTAAAACTACTGGGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000082438:ENST00000409184:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.949 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development