MmuINT0038643 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000034903 | Cobll1
Description
Cobl-like 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2442894]
Coordinates
chr2:64926396-64933921:-
Coord C1 exon
chr2:64933745-64933921
Coord A exon
chr2:64927615-64933744
Coord C2 exon
chr2:64926396-64927614
Length
6130 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTAAGT
5' ss Score
9.35
3' ss Seq
AATGTGTTTCTTCCTCTTAGGTT
3' ss Score
11.04
Exon sequences
Seq C1 exon
CAAAATAATCCTGTACAGAATGAGCACAGTTCTCAAGTGCTGACTCCAGCTGATGGCCCATCGTTCACCCTTAAGAGACAGAGTTCTCTAACATTCCAGAGCTCTGACCCAGAGCACGTACGACAGAGCTTGCTCACTGCAATCCGGTCTGGAGAGGCTGCTGCCAAGTTGAAGAGA
Seq A exon
GTAAGTTTTCCCTATCAGATGGGTAACAGTGGGCTTATTTTCAACCTTGTCAAACTAGTACTTGATCGGGTATTCACATATAAACAGAAAAGTGTCAGACGTTACACTTTTCTGCCAGAGATCATTTTTGAGGTATAAACAGAAAGAATCGGAGTCTTAACATATACCTAAAAACTTGTCATCATTTTTTTTCTTTTCTTCCCACTTTGTGGGACAGGTGCACAATATGACTATATTCGTTGTTGTATATGTGGGAAGGTAGCCTGAATTCTCATTTTAAGAAATTGCATTAGCATTGTAAGAGAGACTCTATTGCGCCCACTCCACTAGAACAGGTAGACTTTTACCAATGGGACCATTAATGTTTGCAGTCATCTCTCAGCAGTCAAAGTAACTGCCGTATCTGGGTTTTAGGGATAGTGTTATAGCTTAAGTTACGGATAGTAAAAGGAATTTAGAGCATGTAGAGGACCTCCACATGGTTCAGCTGTCCCTGCTTAGCTGGAGAAGAGCAATGAGAGGGGGTTGTGATTCCTCTGGGCAGAATGTGAGTGTCTCAGGCGAGGCTCTCCTCCCTTTCTACCTCCTTCCTCTGAGAGAGCATGATCAGGCTGACCAGCCACTGCCATGGAGTTATGCGAAGAGAAGCATCTCAGCATGGAAGTTCATATTGTACTGACTCCCTGGGTTTCATGGCATGAGCTTCTTTGGTGATCACATTAGAATGCAGTTAAAGACGGATTAAGAGACTTGCAGAATGAAGCATTGACTTCCACGAGAATTAAAGCAACAGAGGAATAGAAATACTGAAAAACAGAAATACAAGTGTCTTTGGTGTTTGTACCACAACAGCCCATGCTATGCAAAACCATCCAAGGCTTCTGCACACGAGTGTGAGTGTGTGTATGTGTATGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAAACCACTGAAGCCAAACAATGCATTAAGTAGTTTCAGAAATGATAGAAACATAAGGGAATAATTCAGAGGATACATCTAAAATTTTCAGATTATATATAGGTACCAAGGCAGCAGAAAATTCATACAGATTTAAATGTTGAAATTAGCATTTTACCAGTCCTCTTTTGCCAAGGGGAAAATACACCAATGTTAATAAATAGGAGATTCTTGTTTATGAAATACTTTCTGTTCTTTACTCAGGAAGTTAAAGAGGAGTTCAAGCCAATTTCGACCAATCTAAAATTCTTAAATTCAATAAATTAGAGGCACACACATTTTTACTAGACACACGGGGCAGGAAAGACAATTAACCCAAGCCTCTGCCTTCTATGTAGCCTCAGCCTGAAAAGTAGTATTGCATTAGATCTGTAGGAGAGCCCAGTGCCTGCACAGGAGTTGAACGCAATGCTTTGGGAATGGGCAAGTACATATACTAACTAGCTTAGGCTACTCATTGCAGGCTGCTGTACATTGAACTGCAAATGTATTTCAGGCCAGCAGCTGGCTATTGGTGGATGCCTGGGCTTGATTTGGCTTTCACACAGGAAACTCTTCACAGCTCTAGAAAGAGCTGGATCTGAGCCAACAGAAAGGAAACCTAAATGATGTGCTTATAATTGTATCCTATTTAAAGCTCATTACTTTAGATTCTATTGAGGATAAAACTTTATCGTATTGAGTAGGAGGCTATTAACAGCTCAGAGCCTATAGAGTGTCAACTTCTAAGCTTTTAATGAACACTTTAGACATAATCTATTTTATTTCACTAAAAATGGTTTATGGAACTAGTAATATTCATAATCTCTAAATTTAGTGACAAGCATTTCAGCTCTAGTATATACTCTTAAAAATTATTTTTGTGGGGGCGGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAACACTGGCTGTTCTTCCAGAGTACCCAGGTTCACTTCCCAGCACCCACATGGCAGGTCACACCTGTCTGTAACTCCAGTTCTAGGAGATCTGACACCTCACACCAGTGCATATTTGAAAATAATGGAAACCAAGACTTCTGTATATAACAGTGCTCATGCCATATTTGTTGTAAAGTTGCAAATAAATATAACTCTTAAAAATAATAAACAGTGTTTCTGAAGAATAGACCATCTTACTGGAACACTTTTTATGTTCTTTGATAGTCCATACATCTACAATGTATGTTGATCATATCTGTACACCATTACCACCCCTCTAGGACATGTGACCTGTCTAGCCAGAAGTTTAGCGACTCCAAGAACTGTTCTAGGTTTGAGTTTCACCTTGTAGAATAGGCCTGAAATCCGATCCGAAAGTGGTTGGTTATTCCACAACATCCTTTCCACTATTGCACTGATGGGCATGCCTTATAGCAACAGGAACTCAACCTGACAGCATGCACATGTCCTTCACAAGCTCCAGCCAGACAAATCTGAATATGGAATGGGGAAGGAAGATGGTGCCATGTTTGCCCATATCTGTCTTTGAACTCATTTGTTCAGTTTAGCTCCAGGTACCATCTTAGCTATGGCTCTGGTTCTTGTAGAGCAGTTAGACTTCATTAGAATAGCTACCTCGCATTAGTCCAATTCATGTGTGCTGTGTGAATGTGGCTGTGAACATGCTACGATCTTTTCATGATTCTCTGGGGTTTTCTCATATCTTACTCCCATTCACTGTCCATGTAGCCATGGAGACTAGTTTGTCTTCATACAAAGCTTTAAATAGCCTAGCACAGTACTTTCAAATTGTGTTCAGTTTTCAAATTTATCCATGAACCAGGAATCAGTAAATTGTTCATAGAGAATGAAGGTAAATCTTCCACTATTGTACATCTGTTCTGACACAGAACTTTGGCTGCTTTCAGTGCTTTTGTGTTGCCCCTGAATTAATTCAAAATTGGGCTGTTACATTGTTACAAATAGAATATGCTTTTAAAAAGAGTCTAAAATAAATTGATATTTTATACTTCATATTGTAGATTGTCTTAGGATGTAAAATTTATCTGACTAAATGGTAGTATGGAAAGAACAAACAGCCATGTGTGCCTTACAGACTCTTCCTGGCTTGTATTATTTAATTAGCTTGCTTTTCATTATTTTTGGTTTGATTTTTAAACGTTTCAATGTTGACAGTTCTCTCTAAATAAATAAAAGTTTTGTAAAATTAGGGTGTTTCATAGGCACAGTTTAAATTTTGTGTCTACTCAGGAAACTTCTTTAACCATCAAGGGTAGATGATCAGCAGGCACATCAGTAAGTTCTTAAATACTACTTTTTAAAAAGTAACTTTTTTTTGGGGGGGGGGGTGGGTCTGAAGAGATATTTCAGGTTTTGAGTCCTGTCTGTTCTTGCAGAGGACTCAAGTTCAATTCCCAGTGCCCATGTGGCCACTCACAACTGCCTGTAACTCTAGTTCCATTTCATCAGTCTCCTCTGGCCTCTGTGGGCACTAGGAATGTACATAAACAAAATAGGTCATATTTTAAAATAATTCTGTTGTCAATGAATTTCATGCATTATGTGCATAGCTCAAACAAGTCAAATAACACTCTTAGTTTCTGAATGTTTCTTAAATTTGTATTCCATTTAAGAAATATTCTGTAGCACTCAACTTTGACAAGCACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTTTGGAATAAAGTGGGATCCAAGAGACAGAATCTCTGATCTCAGAATTTATACATTCACTGGAGATTCTAATGATATCTTCTCATTAGTATATTTAAATACCAAAGAAATAATTTTTTTTCTTTTAAGGTAACCTCTCTTTAGTGTGTTTTTTGTTTTGTTTGTTTGTTTGTTCTTTCTGAGACAGGATGTGGTCTACCTGTTGTAGCCAGGACTAGTCTTGCTTTCACGATCCCTTTGTCTCAGCTTCTCAAAGTGTTAGGATTCTCATGGGTAGGTGCCATCACACCTTGTGAGCAATTGCATCTGGCATATTGTGATGCAACCTTCTACAATATTTTATTAGTGTATCAAGTCTAGTTTATACAATGGAAACTTCTAGAAATTCACACACATACCTCTCTATGGAGCTCCTTATCCTAGGTAAGAGCTATGCTATTTAAGATGATATTGTATTTGCCTTTAAAAAAAAAATCAGCTTCCAAAATACTAGGTTTCTGCATGGTTTTCCCACACATTGCATTTTAGTTGGCTCTCCCCTGACTCCTCCATCTGCCTCATTGCTCTTCCCACTGTAGCATTTTGCCTCCCCCCCCCACCACTACCCTCTTTCACTTTGTTCTCCTTTCCCACTCCCCTCCCTTAAATTATTTTTTTACCCAGTTCCATGGCCCCTTCCTGGTTTCCTGGCCTTTATCAATATTTGCTTCCCCTAGTATCCTACTCACATTTCTGTTGCTATTTAAATCCATGACCCAAAGCAACCTAGGAAGGAAAGGGTTTGTTTGGTTACAGGTTCCAGGCCATCATCAGAGGAAGCCAAGGCAGGAACTCAAGGTCCGTGCTGAAACAGAAACCACAGAGGACCATTGCTTACTGACTTTCTCCCCAAGGCTTGCATAGCCTGCTTTCCTATACAGTGCAGGACCAGGGGGTGACACCACCCACAGTGGGCTGGGCTATACCACATCAGTCATTTATCAAGAAAGTGCCTTACAGATTTTGTCTGGGCCAATCTAATGGAAGCATTTTCTCAACTCAAGTTCCTTCTTCGTAAACAACATTAGCTTGTGTCAAGTTGCCAGAAAACTAGCCCAGTACACCTGGATATGCATAGCTAGCAATGAGATGCTAGGATCACATATGTGAGATAGCATATGGCATATCTATTTCTTTGGGTCTTTCTTGCTTTGCTTAATATGGTATTTGCCACTTCTAACTATGCCTGCACGTTTATTTTTTATTACTGAGTAAAATCTCTTTGTGTATAATACCACATTTATCTTATCATGATCTATTCATGACCTTTCAGGCTGATTCATTCTCTTGCTGGGGTGAAAAGAATAGTGAAACCATGGATGTGCA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Seq C2 exon
GTTACTGTTCCATCGAATACAATATCTGTGAATGGGAAGTCGGGCCTCAGCCAGTCCATGTCCATTGACGCCCAGGACAGTCGCTAATATTACCCTGCTGTGACACACTTCACCGACCAGCTTTCTGCCTACAAGAAATATTCACAAATATATATTTAGATGTACATTAATATATAAATCTATTCAGGAGTAAACATTTGTATTATGGATTTAATGCCAAAAGAAAAATGAATAGAATCTATAATTTATAATAAGTTTTGGCCTTTTTGTTATAGCTAAATACTGCTGCTTTAGAAATGTTAAACAAGGTGTAAATGACTTGTTTTTTTCCAATGAAGAACAATCACTGCTTATGGTTTTTTTTTTTCCTTATGGATATACTGTGCACCATGAAACAAAGGTGTAAATTGAGATTTATAGACATACTGTATGACACAGAAACAGGCAAGCACAGACTAACATTTACTGCCTCAGCGTTAGGCTATAATTAGAAAGATAATTTATAGTACGGCCTTTGTTGCTGAAAGACGTGGAAGACTAGTAAATCAAATAGATAATGTTCAGTTATTTTTATTGAAGAATCACTATGAGACTTATTTTATGTATTCTTTAATTACAAGTGTCAGATCTGTAGGTAACAGTTGAGTATTTTTAAATAGAACACTTTAACCTTTAGAAGTAAAATTGCACAAGAAGACTTTAAGATATTTTCTGTATATAATTATGATGTTGTTACACAGATATTGCATATTTTCTAATGCCAGAGGCCTTAAAATATCCCTGTGAAAATGTTGATACATTGTGGCAGTTATTTCACTTTTGCTATAAGGAGGAATTGAGGGTTAGTTTATGTCCACATTCAAAACTTTGAAGTCAGACATTTGCAAAATCCTGATTTTTTTTTAATTAAAGAAAATGCTAAGTTAGTCATTTATGTATCTCAGATGCTAGCCATCTAAATAATAATATATATTTTCCTGAAAGCCAAAATCGTTGAGAGAAACAGTACTTGATGTGTCGGCTTCCAGTGGCCCAGAAGTTTAGAACGTGTTAGTGTCCTGGACTTCCTTAATAATTTTATTCCTCTTTTATTCAAAAGACTGCTCAGACACCTGACACTGAACTTTTTCCTAAAGCTACTGGAGTATCTGTCATCCTGACACATAGGAACCTTTTTCCGTTTAATAAAAGCAAGTTATATATTTACAGTCTGTTGTTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000034903-Cobll1:NM_027225:12
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.947 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: